View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14016_low_9 (Length: 316)

Name: NF14016_low_9
Description: NF14016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14016_low_9
NF14016_low_9
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (9-310)||(1139-1440)
scaffold0491 (9-310)||(6026-6327)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (9-310)||(18739260-18739561)
chr8 (9-310)||(18744224-18744525)
chr8 (9-310)||(18749185-18749486)
chr8 (9-310)||(18723533-18723834)
chr8 (151-200)||(18732996-18733045)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (9-310)||(1541489-1541790)
chr7 (20-310)||(1604237-1604527)
chr7 (9-310)||(1088490-1088791)
chr7 (9-310)||(1595896-1596197)
chr7 (9-310)||(1105839-1106140)
chr7 (9-310)||(1557433-1557734)
chr7 (9-310)||(1550723-1551024)
chr7 (9-309)||(2321032-2321332)
chr7 (9-307)||(2329530-2329828)
chr7 (9-307)||(2337429-2337727)
chr7 (9-311)||(3955480-3955782)
chr7 (9-310)||(9532075-9532375)
chr7 (9-310)||(30792145-30792447)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (9-310)||(19250247-19250547)
chr1 (31-272)||(41668852-41669093)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (31-272)||(42977778-42978019)
chr4 (31-272)||(54122784-54123025)
chr4 (31-272)||(48712437-48712677)
chr4 (7-203)||(16880134-16880331)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-272)||(31657883-31658124)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (62-304)||(36620505-36620744)
chr5 (31-272)||(8873098-8873340)
chr5 (62-304)||(39102260-39102501)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-272)||(1257677-1257918)


Alignment Details
Target: scaffold0491 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 1440 - 1139
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1440 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1341  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1340 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1241  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1240 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1141  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1140 gt 1139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 6327 - 6026
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6327 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 6228  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  6227 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 6128  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6127 tatcgtgaagctttatggtttctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 6028  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  6027 gt 6026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 18739561 - 18739260
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739561 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18739462  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739461 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18739362  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18739361 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18739262  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  18739261 gt 18739260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 18744525 - 18744224
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744525 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18744426  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744425 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18744326  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18744325 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18744226  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  18744225 gt 18744224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 18749486 - 18749185
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749486 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18749387  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18749386 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18749287  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749286 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18749187  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  18749186 gt 18749185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 18723834 - 18723533
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723834 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18723735  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18723734 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18723635  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723634 tatagtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18723535  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  18723534 gt 18723533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 18733045 - 18732996
Alignment:
Q  151 cttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 200  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18733045 cttttgattagagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 18732996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 1541790 - 1541489
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  1541790 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaggttg 1541691  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541690 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1541591  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541590 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 1541491  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1541490 gt 1541489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 20 - 310
Target Start/End: Original strand, 1604237 - 1604527
Alignment:
Q  20 agcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 119  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604237 agcaacggaagacttcgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 1604336  T
Q  120 aaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 219  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604337 aaacttcacggctatgaagaagaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 1604436  T
Q  220 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1604437 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgt 1604527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Original strand, 1088490 - 1088791
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1088490 gacattattaaagcaacagaggactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatagaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1088589  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1088590 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1088689  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1088690 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1088789  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1088790 gt 1088791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Original strand, 1595896 - 1596197
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  1595896 gacataatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacgggagcatatggaagtgtttacagggcacaattaccaagtggaaaggttg 1595995  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1595996 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1596095  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  1596096 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 1596195  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1596196 gt 1596197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Original strand, 1105839 - 1106140
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105839 gacataatcaaagcaacggaagactttgacatgagatattgcattggaactggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1105938  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105939 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagtcgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1106038  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  1106039 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctatcttgtatgatgat 1106138  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1106139 gt 1106140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 1557734 - 1557433
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  1557734 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggtaatgttg 1557635  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1557634 ttgctttaaagaaacttcacggctatgaagctgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1557535  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1557534 tatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatatatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1557435  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1557434 gt 1557433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 1551024 - 1550723
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1551024 gacattattaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 1550925  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    | |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1550924 tcgccttaaagaaacttcatggctatgaagcagacgttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattgacagaaataaagcaccgaca 1550825  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||    
T  1550824 tattgtgaagcttcatggattctgcttgcacaagagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagagaggaagcttgttcactgtcttgtatgacgat 1550725  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  1550724 gt 1550723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 309
Target Start/End: Original strand, 2321032 - 2321332
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2321032 gacatcattagagcaacggaagattttgacattagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2321131  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321132 ttgccttgaagaaacttcacggctatgaagcagagctgccagcttttgatgaaagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaaa 2321231  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  2321232 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctaccattacatggagagaggaagtttgttctccgtcttgtatgatgat 2321331  T
Q  309 g 309  Q
    |    
T  2321332 g 2321332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 9 - 307
Target Start/End: Original strand, 2329530 - 2329828
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2329530 gacatcattaaagcaacagaagactttgacattagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2329629  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2329630 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagatataaagcaccggca 2329729  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2329730 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctgtcttgtatgatga 2329828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 307
Target Start/End: Original strand, 2337429 - 2337727
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2337429 gacattattaaagcaacagaagactttgacattagatattgcattgggacaggagcatatggaagtgtttataaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2337528  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2337529 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgaaaatattatcagatataaagcaccgaca 2337628  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2337629 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctggcttgtatgatga 2337727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 9 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 3955782 - 3955480
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  3955782 gacatcattagagcaacaaaagactttgacattaaatattgcattggaaaaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggtaaatttg 3955683  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    ||||  |||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  3955682 ttgcactaaaaaaacttcatagctacgaagcagaggtgccatctcttgatgaaagttttagaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcacagaaa 3955583  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  3955582 tattgtgaagctttatggattttgtttgcataaaagagttatgtttttgatctatcagtatatggaaaaaggaagcttgttctccgtcttgcatgatgat 3955483  T
Q  309 gtc 311  Q
    |||    
T  3955482 gtc 3955480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 9532375 - 9532075
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||| | || |||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| ||| ||||    
T  9532375 gacattattaaagcaatacaacactttgacattagatattgcatatggacaggagcatatggaagtgtatacaagactcaattaccatgtgacaaagttg 9532276  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||  | |    
T  9532275 tcgccttaaagaaacttcacatctatgaagcagaggtgccatcttttgatgcgagtttcaaaaatgaagcgagaatattataaaaaataaatcacataaa 9532176  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| || |||||  | ||||||||||||    
T  9532175 tattgttaagctttatggattatgattgtacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacgt-gagaaaggaagtttgttctcgtttttgtatgatgat 9532077  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  9532076 gt 9532075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Original strand, 30792145 - 30792447
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| |  ||| ||| | ||| |||||| |||||| | || ||| || ||||||| ||||    
T  30792145 gacattattaaagcaacataacactttgacattagatattacatcgagacatgaggacatgaaagtgtatacaagactcatttatcatgtggcaaagttg 30792244  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||| || | ||  ||||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |    
T  30792245 ttgccttatagaaacttcacaactatgaaacaaatgtgtcatcttttgttacaagtttcataaatgaagtgagaatattatcataaataaagcacataaa 30792344  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcac-aaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 307  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | ||||||  |||| ||| |||||||||||    
T  30792345 tattgttaagctttatagattctgcttgcacaaaaagaatcgtgtttttgatctatcaatacgtagagaaaagaagctagttctttgttttgtatgatga 30792444  T
Q  308 tgt 310  Q
    |||    
T  30792445 tgt 30792447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 310
Target Start/End: Original strand, 19250247 - 19250547
Alignment:
Q  9 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 108  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| |||||||||||    |||||| |||||| |||||| |||||| | | ||||||| |||| || ||||    
T  19250247 gacattattaaagcaacacaacactttgacattagatattgcatcatgacaggatcatatgaaagtgtatacaagactcgattaccatgtggtaaagttg 19250346  T
Q  109 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 208  Q
    | || ||||||||| |||||  |||||||| ||| || || ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||  | |    
T  19250347 tcgctttaaagaaatttcacaactatgaagtagatgtgccgtcttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcatatataaaacacataaa 19250446  T
Q  209 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 308  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  19250447 tattgttaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat-gaaaaatgaagcttgttctcggttttgtatgatgat 19250545  T
Q  309 gt 310  Q
    ||    
T  19250546 gt 19250547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 41669093 - 41668852
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  41669093 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 41668994  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  41668993 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcagaattgaagtgaaaatattataaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 41668894  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  41668893 tgcttgcacaaaagaataatgtttttaatctatcgatacatg 41668852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 42978019 - 42977778
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  42978019 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 42977920  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  42977919 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 42977820  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42977819 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 42977778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Original strand, 54122784 - 54123025
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  54122784 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 54122883  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||  | |||||||||  |||     
T  54122884 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcacaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatatctttaagctttatatattt 54122983  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54122984 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 54123025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48712677 - 48712437
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  48712677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 48712578  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
    |||| ||||||| ||  | ||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  48712577 ctattaagcagatgtgtcttcttttgatgcgattttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaa-cagataaatattgttaagctttatggattt 48712479  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  48712478 tgcttgcacaaaagaatcatattttcaatctatcaatacatg 48712437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 203
Target Start/End: Original strand, 16880134 - 16880331
Alignment:
Q  7 tggacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggt 106  Q
    ||||||| || |||| |||| || |||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||||  | |||| ||    
T  16880134 tggacattattaaagaaacacaacactttgacattagatattgcatcggcacaagagcatatggaagtgtatacaagactcgattaccatcttgcaaagt 16880233  T
Q  107 tgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaa-gtgagaatattatcagaaataaagcac 203  Q
    ||  |||||||||||| |||||  |||||||| | | ||  ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16880234 tgccgccttaaagaaatttcacaactatgaagtaaaagtgtcatcttttgatgcgagtttcagaaatgaatgtgagaatattatcagaaataaagcac 16880331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Original strand, 31657883 - 31658124
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||| |||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  ||||  |||||||||||||||||      
T  31657883 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcacatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgtcaccttaaagaaacttcacaa 31657982  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
    ||| |||  ||| ||  ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  31657983 ctacgaaatagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 31658082  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31658083 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 31658124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 304
Target Start/End: Original strand, 36620505 - 36620744
Alignment:
Q  62 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgat 161  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||   |||||||||||      
T  36620505 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactattaagcagatgt---atcttttgatgcg 36620601  T
Q  162 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36620602 agtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 36620701  T
Q  262 atcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatga 304  Q
    ||||||||||| | |||| ||| || ||||| || ||||||||    
T  36620702 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgtatga 36620744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 8873340 - 8873098
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  8873340 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcgaccttaaagaaacttcacaa 8873241  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatgga-tt 229  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||| | |||||||||||| ||    
T  8873240 ctatgaagcagatgtgtcatcgtttgatgccagtttcagaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatattattaagctttatggattt 8873141  T
Q  230 ctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8873140 ttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 8873098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 39102501 - 39102260
Alignment:
Q  62 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgat 161  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||| ||||||  |||| ||||||| ||  ||||||||||||      
T  39102501 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcctccttaaagaa-cttcacaactattaagcagatgtgtcatcttttgatgcg 39102403  T
Q  162 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 261  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  39102402 agttttagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaagcatgtttttaatat 39102303  T
Q  262 atcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatga 304  Q
    ||||||||||| | |||| ||| || ||||| || ||||||||    
T  39102302 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgtatga 39102260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Original strand, 1257677 - 1257918
Alignment:
Q  31 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||||||| |||||| |||||| | |||||| || ||||| |  |||   |||||||||||||||||      
T  1257677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatgaaagtgtatacaagactcaattatcatgtggccaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 1257776  T
Q  131 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 230  Q
     ||||||||||| ||  ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| || ||||||| |||     
T  1257777 atatgaagcagatgtgtcattttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaaactttatgaattt 1257876  T
Q  231 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatg 272  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1257877 tgtttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 1257918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University