View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14017_low_1 (Length: 587)

Name: NF14017_low_1
Description: NF14017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14017_low_1
NF14017_low_1
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (11-574)||(54007-54570)
[»] chr6 (47 HSPs)
chr6 (11-544)||(29834375-29834908)
chr6 (11-544)||(29865809-29866342)
chr6 (11-571)||(24264058-24264618)
chr6 (11-574)||(29893683-29894246)
chr6 (54-564)||(29084158-29084668)
chr6 (11-571)||(29908724-29909284)
chr6 (57-574)||(29211430-29211947)
chr6 (11-571)||(29928406-29928966)
chr6 (11-500)||(29072967-29073456)
chr6 (11-500)||(29105540-29106029)
chr6 (11-502)||(29881637-29882128)
chr6 (11-561)||(29366727-29367277)
chr6 (11-481)||(29886520-29886990)
chr6 (48-574)||(29098473-29098999)
chr6 (11-574)||(29897212-29897770)
chr6 (48-574)||(29115391-29115917)
chr6 (62-549)||(28927339-28927826)
chr6 (11-566)||(29348904-29349459)
chr6 (24-574)||(29904783-29905319)
chr6 (48-550)||(24890589-24891091)
chr6 (11-356)||(29902604-29902949)
chr6 (48-561)||(24729998-24730511)
chr6 (137-513)||(24711329-24711705)
chr6 (11-362)||(24272253-24272604)
chr6 (11-376)||(24886827-24887192)
chr6 (315-569)||(30118942-30119196)
chr6 (48-449)||(25450163-25450564)
chr6 (11-164)||(29358285-29358438)
chr6 (140-339)||(29945997-29946196)
chr6 (11-175)||(29889049-29889213)
chr6 (461-571)||(29358450-29358560)
chr6 (12-310)||(31000245-31000543)
chr6 (11-427)||(15727474-15727890)
chr6 (50-409)||(21160970-21161329)
chr6 (11-425)||(15715292-15715707)
chr6 (183-305)||(29876224-29876346)
chr6 (52-183)||(25450639-25450770)
chr6 (10-427)||(16702323-16702740)
chr6 (224-409)||(24739714-24739899)
chr6 (189-409)||(24941495-24941715)
chr6 (397-500)||(34785621-34785724)
chr6 (189-319)||(24934052-24934182)
chr6 (187-312)||(29954103-29954228)
chr6 (443-490)||(24272617-24272664)
chr6 (11-65)||(28926853-28926907)
chr6 (221-305)||(30028537-30028621)
chr6 (224-312)||(30134556-30134644)
[»] scaffold0237 (2 HSPs)
scaffold0237 (11-544)||(21503-22036)
scaffold0237 (435-502)||(328-395)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (11-537)||(24219541-24220067)
chr3 (48-427)||(11990589-11990968)
chr3 (11-427)||(16350327-16350743)
chr3 (335-414)||(33997344-33997423)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-497)||(15063182-15063668)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (47-544)||(10129297-10129794)
chr1 (26-305)||(4260638-4260917)
chr1 (26-305)||(4264260-4264539)
chr1 (11-283)||(41315690-41315962)
chr1 (187-271)||(19489683-19489767)
chr1 (187-301)||(17250716-17250830)
[»] scaffold0014 (3 HSPs)
scaffold0014 (48-427)||(136651-137030)
scaffold0014 (50-283)||(105083-105316)
scaffold0014 (11-427)||(121777-122193)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (11-427)||(1526-1942)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (14-427)||(8272-8685)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (11-427)||(126429-126845)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (48-427)||(2508-2887)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (48-422)||(5478-5852)
[»] scaffold1840 (1 HSPs)
scaffold1840 (48-427)||(686-1065)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-425)||(13904903-13905318)
[»] scaffold0051 (2 HSPs)
scaffold0051 (11-330)||(43593-43912)
scaffold0051 (48-110)||(50847-50909)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (48-427)||(3642314-3642693)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (11-65)||(3776-3830)


Alignment Details
Target: scaffold0054 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 574
Target Start/End: Original strand, 54007 - 54570
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||| | ||  |   ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||   || |||||||||    
T  54007 catcatcatatctaacacatttttagcttttttcagccttccttccttacaaaatccatcaactaatatattaaaggtatacacatccggtttgatgttt 54106  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  54107 tccaatatcattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaaccctctaattaaagcactgtaagtaacaacatcgggagaaa 54206  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| || || |    
T  54207 ttctctttgcaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttatacataccatcaataacggtattgtacattaccgcattaag 54306  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54307 ctgaaccaattttccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 54406  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  54407 tccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtattcaatgtta 54506  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54507 tgatatctggctcataacccattttgagaatctttgccaaaacagagaaagcaaaagggataag 54570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 47)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 29834908 - 29834375
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| |   ||||||||||||    
T  29834908 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcatttttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatattaaaggtatacatatcagggttgatgttt 29834809  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||||    
T  29834808 tccaatgtcattttattgaacaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccactaatcaaagcattgtaagtgaaaacatcaggggaaa 29834709  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  29834708 ttctcttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtattgtacattaccacactagg 29834609  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29834608 ctgaaccaatttcccatctacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 29834509  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||    
T  29834508 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgtta 29834409  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctt 544  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||    
T  29834408 tggtatcaggctcgtaaccgtttttgagaatctt 29834375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 29866342 - 29865809
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| |   ||||||||||||    
T  29866342 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcatttttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatattaaaggtatacatatcagggttgatgttt 29866243  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||||    
T  29866242 tccaatgtcattttattgaacaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccactaatcaaagcattgtaagtgaaaacatcaggggaaa 29866143  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  29866142 ttctcttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtattgtacattaccacactagg 29866043  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29866042 ctgaaccaatttcccatctacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 29865943  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||    
T  29865942 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgtta 29865843  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctt 544  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||    
T  29865842 tggtatcaggctcgtaaccgtttttgagaatctt 29865809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 571
Target Start/End: Original strand, 24264058 - 24264618
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||    
T  24264058 catcatcatagctaacccatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatattaaaagtatacacatcagggttgatgttt 24264157  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    ||  ||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||| ||||| |||||    
T  24264158 tccgatgtcattttattgaacaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccactaattaaagcactataagtgacaatattggaagaaa 24264257  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | |    
T  24264258 ttctcctagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatttttatctttacacatactatcaataatcgtactgtacattaccacatcaag 24264357  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24264358 ctgaaccaattttccatcaactcgtcgtagcaattcaagggctgctcttgtttctcctaccttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 24264457  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24264458 tccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtattcaatgtta 24264557  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggat 571  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24264558 tggtatctggctcataacccattttgagaatctttgctaaaacagagaaagcaaaagggat 24264618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 11 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 29894246 - 29893683
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||| |||||| ||| | | ||||  |  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   || |||||||||    
T  29894246 catcatcatagcaaacacagttttaccttctttcatctttccgtccttacaaaatccatcaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttt 29894147  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29894146 tccaatatcattttattaaacagatcaattgcatctttcagttgaccaacagtgaaaaacccactaattaaagcactgtaagtaacaacattgggagaaa 29894047  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  29894046 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtactgtacattaccacattagg 29893947  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |  || |||||||||||||| || || ||||| |||||||  ||||||||| |||||| |||||||    
T  29893946 ctgaaccaaattaccatcaactcgtctgagcaagtcaagggctgctcttgtttctcctaccttacataagccatggatcaaggttccataaccaacttgg 29893847  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    ||||| |||||||| | | | ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| | || ||||    
T  29893846 tccaattgaaatcccatcgcaaccacattatcatgaaagagcaatgcttgatggatctgacctttaagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggtta 29893747  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    ||||||  || |  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29893746 tggtattgggatgataacccattctgagaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataag 29893683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 54 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 29084668 - 29084158
Alignment:
Q  54 tccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtt 153  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||   || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29084668 tccttacaaaatccatcaaccaatatattaaaagtatacccatccggtttgatgttttccaatattattttattaaacagatcaattgcatctttcagtt 29084569  T
Q  154 taccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcatt 253  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29084568 taccaacaacgaaaaacccactaattaaagcactgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcatt 29084469  T
Q  254 aacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagct 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||| |||   ||||| |  || |||    
T  29084468 aacatgtttatctttacacataccataaataacggtattgtacattaccgcattaagctgaaccaatttaccatcaactcgttggagcaagtcaagggct 29084369  T
Q  354 gctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttca 453  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||   |    
T  29084368 gctcttgtttctcctaccttacataagccatggatcaaggttccataactaacttggtccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagagaa 29084269  T
Q  454 atgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaac 553  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29084268 atgcttgatggatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttatggtattgggatgataacccattttgagaatctttgcgaaaac 29084169  T
Q  554 agagaaagcaa 564  Q
    ||| |||||||    
T  29084168 agaaaaagcaa 29084158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 29909284 - 29908724
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||| | || |||||||||    
T  29909284 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaaccaatatactaaaggtatacacattcggattgatgttt 29909185  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  29909184 tccaatatcattttattaaacaaatcaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaatccactaattaaagcactataagtgacaacattaggagaaa 29909085  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||| ||  | |    
T  29909084 ttctctttgcagccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacatgctatcaataatcgaactgtacattaccgcatcaag 29908985  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29908984 ctgaaccaattttccatcaacccgtcggagcaattcaagggctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 29908885  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||    
T  29908884 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggtta 29908785  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggat 571  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29908784 tggtatctggctcgtaaccgtttttgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaagggat 29908724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 57 - 574
Target Start/End: Original strand, 29211430 - 29211947
Alignment:
Q  57 ttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttac 156  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||   || |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29211430 ttacaaaaaacatcaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttttccgatatcattttattaaacagatcaactgcatctttcagtttac 29211529  T
Q  157 caacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaac 256  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29211530 caacagtgaaaaacccactaattaaagcactgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaac 29211629  T
Q  257 atgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgct 356  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||||    
T  29211630 atgtttatctttacacataccatcgataatggtactgtacattaccacattaggctgaaccaatttaccatcaactcgtctgagcaagtcaagggctgct 29211729  T
Q  357 cttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatg 456  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||  ||||||||  |||| |||| |||||  || |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  29211730 cttgtttctcctaccttacataagccatcgatcaaggtcccatagctaatttggttgaattgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagttcaatg 29211829  T
Q  457 cttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacaga 556  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||  || |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29211830 cttgatggatctgacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtattgggattataacccattttgagaatctttgcgaaaacaga 29211929  T
Q  557 gaaagcaaaagggataag 574  Q
     |||||||||||||||||    
T  29211930 aaaagcaaaagggataag 29211947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 29928966 - 29928406
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||| |   ||  ||||||||    
T  29928966 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaaccaatatactaaaggtatacaaatacggaatgatgttt 29928867  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  29928866 tacaatatcattttattaaaaaaatcaaatgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaatccactaattaaagcactataagtgacaacattaggagaaa 29928767  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  29928766 ttctctttgcaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtattgtacattaccacatcagg 29928667  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||| ||||| |||||||  ||||  |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29928666 ctgaacaaattttccatcaaatcgtcggagcaattcaagggctgctattgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 29928567  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||    
T  29928566 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggtta 29928467  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggat 571  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29928466 tggtatctggctcgtaaccgtttttgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaagggat 29928406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 11 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 29073456 - 29072967
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||| |||||| ||| | | ||||  |  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   || |||||||||    
T  29073456 catcatcatagcaaacacagttttaccttctttcatctttccgtccttacaaaatccatcaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttt 29073357  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  29073356 tccaatatcattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaattaaagcactgtaagtaacaacatcaggagaaa 29073257  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  29073256 ttccctcagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcttcattaacaagtttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattagg 29073157  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29073156 ttgaaccaatttaccatcgactcgtctcagcaattgcaaagctgctcttgcttgtccaactttacataacccattaatcaaggttccataactaacttgg 29073057  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgta 500  Q
    |||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  29073056 tccaaatgaaatcccatcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttaatgaatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgta 29072967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 11 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 29106029 - 29105540
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||| |||||| ||| | | ||||  |  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   || |||||||||    
T  29106029 catcatcatagcaaacacagttttaccttctttcatctttccgtccttacaaaatccatcaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttt 29105930  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  29105929 tccaatatcattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaattaaagcactgtaagtaacaacatcaggagaaa 29105830  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  29105829 ttccctcagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcttcattaacaagtttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattagg 29105730  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29105729 ttgaaccaatttaccatcgactcgtctcagcaattgcaaagctgctcttgcttgtccaactttacataacccattaatcaaggttccataactaacttgg 29105630  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgta 500  Q
    |||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  29105629 tccaaatgaaatcccatcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttaatgaatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgta 29105540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 29882128 - 29881637
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||| | || |||||||||    
T  29882128 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaaccaatatactaaaggtatacacattcggattgatgttt 29882029  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  29882028 tccaatatcattttattaaacaaatcaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaatccactaattaaagcactataagtgacaacattaggagaaa 29881929  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||| ||  | |    
T  29881928 ttctctttgcagccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacatgctatcaataatcgaactgtacattaccgcatcaag 29881829  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29881828 ctgaaccaattttccatcaacccgtcggagcaattcaagggctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 29881729  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtatt 502  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  29881728 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtatt 29881637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 561
Target Start/End: Original strand, 29366727 - 29367277
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |   ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  29366727 catcatcatagctagcacatttttagcttctttcaaccttctttccttacaaaatccatcaaccaatatgttaaaagtatacacatttgggttgatgttt 29366826  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29366827 tcgaatatcattttattaaacaaatcagttgcatctttcattttaccgacaatgcaaaagccactaattaaagcattgtaagtaacaacatcgggagaaa 29366926  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  29366927 tccccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcttcattaacaagcttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattagg 29367026  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||||||||||| |    
T  29367027 ttgaaccaatttaccatcaactcgtctcagcaattgcaaagctgcacttgtttgtccaactttacataacccattgatcaaagtcccataactaactttg 29367126  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||    
T  29367127 ttcaaatgaaatccaagcgcaaccaccttatcatgaaactgcaaggcttgatgaatctgacctttgagacacagacccttaatgagtgtagttaaagtta 29367226  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaag 561  Q
    ||  || |||||| |||||||| || | |||||| || |||||||| ||||    
T  29367227 tgacatttggctcataacccatcttaagaatcttagccaaaacagaaaaag 29367277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 11 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 29886990 - 29886520
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29886990 catcatcatagctaacacatttttagcctcttttacgtttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatattaaaagtatacacagttgggttgatgttt 29886891  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |   ||  ||||||||| || | |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||  |||    
T  29886890 ttcgatgtcattttattgaataaatcagttgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccactaattaaagcattgtaagtgaaaacatcggggaaaa 29886791  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  29886790 ttctcttagaagccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtattgtacattaccacatcagg 29886691  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  29886690 ctgaaccaattttccatcaactcgtcggagcaattcaagggctgcttttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataaccaactttg 29886591  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagaca 481  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||    
T  29886590 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagaca 29886520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 48 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 29098999 - 29098473
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||   || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29098999 tttccgtccttacaaaatgcattaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttttccaatatcattttattaaacagatcaattgcatctt 29098900  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29098899 tcagtttaccaagaatgcaaaaaccactaattaaagcactgtaagtaacaacatcgggagaaatccccttagaaaccatttcagaaaataaatcaaaagc 29098800  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
     ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||   || || |      
T  29098799 ttcattaacaagtttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattaggctgaaccaaattaccatcaactcgttggagtaagtca 29098700  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaa 447  Q
    || |||||||||||||| || || ||||| |||||||  ||||||||  |||| |||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  29098699 agggctgctcttgtttctcctaccttacataagccatggatcaaggtcccatagctaatttggtcgaaatgaaatccaagcgccaccaccttatcatgaa 29098600  T
Q  448 agttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgc 547  Q
    ||   |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29098599 agagaaatgcttgctggatctgacctttgagacaaagacccttgctgagtgtagtgaaggttatggtatctggcacgtaacccattttgagaatctttgc 29098500  T
Q  548 gaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  29098499 gaaaacagaaaaagcaaaagggataag 29098473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 11 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 29897770 - 29897212
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||  ||    |||||||||||||||||||||| || |||| || | |||||||||   ||| ||||||||    
T  29897770 catcatcatagcaaacacatttttagcttctttcac----ccttccttacaaaatccatcaacca-tatactaaaggtatacacatccgggatgatgttt 29897676  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||  |||| |||    
T  29897675 ttcaatatcattttattgaacaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccaataattaaagcactgtaagtaacaacaccgggataaa 29897576  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || || |    
T  29897575 ttctctttgcaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataacggtattgtacattaccgcattaag 29897476  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||  || ||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29897475 ctgaaccaatttaccatcaactcgtcggagcaattcaagggcttcttttgtttcaccaactttacccaacccattaatcaaggttccataactaacttgg 29897376  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||    
T  29897375 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttgtcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagagaaccttgatgaatgtagtcaatgtta 29897276  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| |||||| || |||| |||||||||||||| ||||||    
T  29897275 tggtatcaggctcgtaaccgtttttgagaatcttagccaaaatagagaaagcaaaagagataag 29897212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 48 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 29115917 - 29115391
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||   || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29115917 tttccgtccttacaaaatgcattaaccaatatattaaaagtatacacatccggtttgatgttttccaatatcattttattaaacagatcaattgcatcat 29115818  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  29115817 tcagtttaccaagaatgcaaaaaccactaattaaagcactgtaagtaacaacatcgggagaaatccccttagaaatcatttcagaaaataaatcaaaagc 29115718  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
     ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||   || || |      
T  29115717 ttcattaacaagtttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattaggctgaaccaaattaccatcaactcgttggagtaagtca 29115618  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaa 447  Q
    || |||||||||||||| || || ||||| |||||||  ||||||||  |||| |||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  29115617 agggctgctcttgtttctcctaccttacataagccatggatcaaggtcccatagctaatttggtcgaaatgaaatccaagcgccaccaccttatcatgaa 29115518  T
Q  448 agttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgc 547  Q
    ||   |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29115517 agagaaatgcttgctggatctgacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtatctggcacgtaacccattttgagaatctttgc 29115418  T
Q  548 gaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  29115417 gaaaacagaaaaagcaaaagggataag 29115391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 62 - 549
Target Start/End: Original strand, 28927339 - 28927826
Alignment:
Q  62 aaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaaca 161  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||| | |||||| ||| |||| |||||||| |    
T  28927339 aaatgcatcaatcaatatattaaaggtatacatatttgggttgatcttttctgatatcattttatgaaacaaaccaattgaatcattcaatttaccaaga 28927438  T
Q  162 atgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtt 261  Q
    ||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  28927439 atgcaaaaaccactaattaaagcactgtaagtaacaacttcgggagaaatccccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcttcattaacaagtt 28927538  T
Q  262 tatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgt 361  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28927539 tatctttacacatactatcaataatcatagtgtacattaccacatcaggttgaaccaatttcccatcaactcgtctcagcaattgcaaagctgctcttgt 28927638  T
Q  362 ttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttga 461  Q
    ||  ||||||||||| || || || ||||||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  28927639 ttgtccaactttacataatccgttgatcaaggtcccataactaacatggttaaaacgaaatccaagcgctgccagcttgtcatgaaagtgcaatgcttga 28927738  T
Q  462 tggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcga 549  Q
    || ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| | | || ||||||| |||||| || |||||| | ||||||||||| ||||    
T  28927739 tgaatctgacctttaagacacagacccttgatgagtgaagttaaagttatggcatctgggtcataacccttcttgaaaatcttggcga 28927826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 11 - 566
Target Start/End: Original strand, 29348904 - 29349459
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||   |||||||| | |    
T  29348904 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaaccaatatactaaaggtatacacatcagggttgatttct 29349003  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    ||  ||| ||||||||| |||| | |||||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  29349004 tccgatatcattttattgaacaaaccaattgcatcattcaatttaccaagaatgcaaaaaccactaattaaagcactgtaagtaacaacatcgggagaaa 29349103  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  29349104 tccccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcttcattaacaagtttaactttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccacattagg 29349203  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||||| ||||| |    
T  29349204 ttgaaccaatttaccatcaactcgtctcagcaattgcaaagctgcacttgtttgtccaactttacataacccattgatcaaagtcccataacaaactttg 29349303  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  | || ||||    
T  29349304 tttaaatgaaatccaagcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaaggcttgatgaatctgacctttgagacacagacccttaatgagtgtggttaaagtta 29349403  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaa 566  Q
    ||| || ||| || |||||| |||||| ||| || || || ||||| |||| ||||    
T  29349404 tggcatttggttcataaccctttttgagaatgttggcaaatacagaaaaagaaaaa 29349459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 24 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 29905319 - 29904783
Alignment:
Q  24 aacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattt 123  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||||              ||||||| |||  |||||    
T  29905319 aacacatttttagcttcttttacttttccttccttacaaaatgcatcaacgaatatattaaaggtata--------------tgttttccaatgtcattt 29905234  T
Q  124 tattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaac 223  Q
    |||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||| | || ||  || ||||||| |||||||||    
T  29905233 tattgaaaaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagtcactaattaaagcattgtaagtgagaatatcaggggaaattctcttagaaac 29905134  T
Q  224 catttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttc 323  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||  ||| ||||||| |||     
T  29905133 cattttagaatataaatcaaaagcatgattaacatgtttatctttacacatactatcaataatcgcaatgtactttaccacatcaggttgaaccagtttt 29905034  T
Q  324 ccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatc 423  Q
    |||||||| ||||  || ||||  || || ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||    
T  29905033 ccatcaactcgtcgtagtaattcaagggcggcttttgtttcaccagctttacacaagtcattgatcaaggttccataactaaattggtccaacataaatc 29904934  T
Q  424 caagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctc 523  Q
    |||   | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29904933 caattgcaaccagcttgtcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttatggtatccggctc 29904834  T
Q  524 gtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataag 574  Q
    ||||||||| || | |||||| || |||||||| |||| ||||||||||||    
T  29904833 gtaacccatcttaagaatcttagccaaaacagaaaaagaaaaagggataag 29904783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 48 - 550
Target Start/End: Original strand, 24890589 - 24891091
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||   |  ||||||||| |||| |||||||||||  |    
T  24890589 tttccttccttacaaaagccatcaaccagtatattaaaggtatacacatttgggttgatgttttcctttttcattttattgaacaaatcaattgcatagt 24890688  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| ||||  ||||  | |||| |||||||| |||||||||||||| | |||||  ||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  24890689 tcaatttagaaacagcggaaaaaccactaattaaagcattgtaagtgaaaacatcagggcaaattctcttagcaaccatttgagaatataaatcaaaagc 24890788  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    |||||||||| | ||| |||| ||||||  |||||||||| |  ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||     
T  24890789 atcattaacaagcttagctttgcacatattatcaataatcatgttgtacattaccgcattaggctgaactaatttcccatcaactcgtttcagcaattgg 24890888  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaa 447  Q
    ||||| ||| || ||   ||||||||||| || || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||    
T  24890889 agagcagctgttattcgtccaactttacataatccgttaatcaaggtcccatagctaacttggtccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaa 24890988  T
Q  448 agttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgc 547  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |  ||| |  |||||| |||||| |||||| ||    
T  24890989 agtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcagttgggtgataaccctttttgagaatcttggc 24891088  T
Q  548 gaa 550  Q
    |||    
T  24891089 gaa 24891091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 11 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 29902949 - 29902604
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  29902949 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaaaccatcaaccaatatagtaaaagtatacacatttgggttgatgttt 29902850  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||     
T  29902849 tcgaatatcattttattaaagaaatcaattgcatctctcagtttaccaacaatgcaaaatccactaattaaagcactataagtgacaacattaggagaag 29902750  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  29902749 ttctcctagaaaccatttcaaaatataaatcaaaagcatcattaacaaatttacctttgcacataccatcaataatcgtattatacattaccacattagg 29902650  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgct 356  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  29902649 ctgaaccaatttccgatcaacacgtctcagtaattgtagagatgct 29902604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 48 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 24730511 - 24729998
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||  || | ||||||| |   ||||||||||||||||||| |||||| |  |||| | ||| ||| ||||    
T  24730511 tttccttccttacaaaaagcatcaaccaatatgctaaatgtatacatacgagggttgatgttttctaatatcattttgtgtaacaaaccaactgcctctt 24730412  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| || ||| | |||| | || |||  ||| |||  |||  |||| | | |||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  24730411 tcaattgacccataatgcagaagccataaattaaactattacaagtgaaatcatcaggagaaattctcttagcaaccatttgagaatataaatcaaaagc 24730312  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    |||||||||| | ||| |||| ||||||  |||||||||| |  ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||     
T  24730311 atcattaacaagcttagctttgcacatattatcaataatcatgttgtacattaccgcattaggctgaactaatttcccatcaactcgtttcagcaattgg 24730212  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaa 447  Q
    ||||| ||| || ||   ||||||||||| || || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||    
T  24730211 agagcagctgttattcgtccaactttacataatccgttaatcaaggtcccatagctaacttggtccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaa 24730112  T
Q  448 agttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgc 547  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||| ||  ||||| |||| | ||||||  |    
T  24730111 agttcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgcc 24730012  T
Q  548 gaaaacagagaaag 561  Q
    ||||||||| ||||    
T  24730011 gaaaacagaaaaag 24729998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 137 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 24711705 - 24711329
Alignment:
Q  137 aattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatat 236  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||  |||||||| |||||| | ||||| |||||||  ||  |||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  24711705 aattgcatcattcaatttaccaacaatgcaaacaccactaattaaagcactataagtgacaacatcagggcaaattctcttagcagccatttcagaatat 24711606  T
Q  237 aaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtc 336  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||| || | || ||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  || ||||    
T  24711605 aaatcaaatgcatcattaacaagtttatatttgcataaactatcaataattgtggtgtacattaccacattaggttgaaccaatttcccattgacccgtc 24711506  T
Q  337 tcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccac 436  Q
    ||| ||||| | | || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |   |||||||    
T  24711505 tcaacaattcctgcgcagctcttgttgcaccaactttacacaacccattaatcaaggtcccatagctaacttggtccaaatgaaaacccaatgctaccac 24711406  T
Q  437 cttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatgg 513  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||    
T  24711405 cttattatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacacagacgcttgatgagtgtagtgaatgttatgg 24711329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 362
Target Start/End: Original strand, 24272253 - 24272604
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||    
T  24272253 catcatcatagctaacccatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatattaaaagtatacacatcagggttgatgttt 24272352  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    ||  ||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||   |||||  ||  |||    
T  24272353 tccgatgtcattttattgaacaaaccaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaaaccattaattaaagcattataagtgttaacatcagggaaaa 24272452  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||   ||||    
T  24272453 ttctcttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattatcaagtttatctttgcacatgctatcaataatggtgttgtacattaccaagttagg 24272552  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtt 362  Q
     |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  24272553 ttgaagcaatttaccatcaactcgtctcagcaattgcaaaggtgctcttgtt 24272604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 11 - 376
Target Start/End: Original strand, 24886827 - 24887192
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||| ||||  ||  | ||||||||||||||  |||||| | |||||||| | |||||||||   |||||||| |||    
T  24886827 catcatcatagataacacatatttagcttctttcaccctaccttccttacaaaaagcatcaaccgatatattaaaggtatacacatccgggttgatattt 24886926  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    ||   |  ||||||||| ||||   |||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| | |||||  |||||||    
T  24886927 tccgctgtcattttattgaacaacccaattgtatcattcaatttaccaacaatgcaaaaaccactaattaaagcactgtaagtgataacatcaggagaaa 24887026  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||| ||||    
T  24887027 ttctcttcgcgaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacaagtttacctttgcacataccatcaataatggtgctgtacattatcacattagg 24887126  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttaca 376  Q
     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  24887127 ttgaaccaatttgccatcaactcgtctcagcaattgtagagcagctcttgtttgcccaactttaca 24887192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 315 - 569
Target Start/End: Original strand, 30118942 - 30119196
Alignment:
Q  315 accaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtcca 414  Q
    |||||||| |||||||| ||||  |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  30118942 accaattttccatcaactcgtcggagcaattcaagggctgcttttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataaccaactttgtcca 30119041  T
Q  415 aatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggt 514  Q
    |||||||||| | | | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||    
T  30119042 aatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggt 30119141  T
Q  515 atctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaaggg 569  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  30119142 atctggctcgtaaccgtttttgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaaggg 30119196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 48 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 25450564 - 25450163
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||| |  |||||||||||    
T  25450564 tttccttccttacaaaatccatcaaccaatatattgaaggtatacacagttgggttgatgttttccgataccattatcttaaacaaactaattgcatctt 25450465  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| ||  ||||| ||| |||  |||  ||  | || ||||||||| | |||||| |||||||| | ||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  25450464 tcaattgtccaacgatgcaaaggccatgaagtagagtattgtaagtgataacattaggagaaatcctcttagcaagcatttcataatataaatcaaaagc 25450365  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    | | |||||| |||||||||||||||| | |||||||| |    |||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||  ||     
T  25450364 aacgttaacaagtttatctttacacattctatcaataagcacgttgtacattactacatgaggctgaaccaatttaccatcaacctgtctcaacagctgt 25450265  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaa 447  Q
    || ||| ||||||| || ||| ||||||| ||    |||||||| ||  ||||||||| ||||| ||| |||||||| |   ||||||||||||||| ||    
T  25450264 agggcttctcttgtctctccacctttacataatttgttaatcaatgtaccataactaatttggttcaactgaaatcccaaacctaccaccttatcataaa 25450165  T
Q  448 ag 449  Q
    ||    
T  25450164 ag 25450163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 164
Target Start/End: Original strand, 29358285 - 29358438
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||  |||||| || | |||||||||   ||||||||||||    
T  29358285 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaactaatatagtaaaggtatacacatccgggttgatgttt 29358384  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatg 164  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29358385 tccaatatcattttattaaacagatcaactgcatctttcagtttaccaacaatg 29358438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 140 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 29946196 - 29945997
Alignment:
Q  140 tgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaa 239  Q
    |||||| |||| || ||| |||||| |||| |||  ||| ||||  |||||||| ||||  || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29946196 tgcatcattcaattgacccacaatgcaaaagccatgaattaaagtgttgtaagttacaatgttcggagaaattctcttagtaaccatttcagaatataaa 29946097  T
Q  240 tcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctca 339  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||  ||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  29946096 tcaacaacatcattaacaagtttatctttgcacataccatcaataatcacactatacattaccacatcaggttgaaccaattttctatcaacacgtctca 29945997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 29889213 - 29889049
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| || ||| ||| | ||||||||| | || |||||||||    
T  29889213 catcatcatagctaacacatttttagcttctttcacccttccttccttacaaaatccatcaaccattatgttaaaggtatacacattcggattgatgttt 29889114  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccact 175  Q
    || |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  29889113 tccaatatcattttattaaaacaatcaattgcatctttcattttaccaacaatgcaaaatccact 29889049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 461 - 571
Target Start/End: Original strand, 29358450 - 29358560
Alignment:
Q  461 atggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctttgcgaaaacagagaaa 560  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  29358450 atggatcttaccattgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttatggtatttggcttgtaacccattttgagaatctttgtcaaaacagagaaa 29358549  T
Q  561 gcaaaagggat 571  Q
    ||| |||||||    
T  29358550 gcagaagggat 29358560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 31000245 - 31000543
Alignment:
Q  12 atcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgtttt 111  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||  ||  | || ||||||||||| ||||||| || ||||||| | |||||||||   |||||||||||||    
T  31000245 atcatcatggctaatacatttttagcttctttcaccctaccatccttacaaaaaccatcaaccagtatattaaaggtatacacatccgggttgatgtttt 31000344  T
Q  112 ctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaat 211  Q
    |   |  ||||||||| |||| | |||||||||| |||| ||||  ||||    |||| |||||||| |||||||||||||| | |||||   |   |||    
T  31000345 ccgctgtcattttattgaacaaaccaattgcatcattcaatttagaaacagcagaaaaaccactaattaaagcattgtaagtgaaaacatcaaggccaat 31000444  T
Q  212 tcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||| || | || ||||||||| || |||||||||| |||| ||||    
T  31000445 tctcttagcaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcgttgacaagtttatatttgcataaactatcaataattgtggtgtacattatcacattagg 31000543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 15727474 - 15727890
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||  |  |||||||||||||| |   |||||| |||||| ||| ||||||| | |  |||||||||||||    
T  15727474 catcatcacagctatcacatttttagcttctttgatctttccttccttacatagaacatcaaccaatatgttaaaagtataaatatctgggttgatgttt 15727573  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||| ||||| ||  |||| | ||| ||| ||||||| || |||||||||| |||| ||   ||| |||| |||| |||| | || ||| |||||||    
T  15727574 ttcaatagcatttgatagaacaaaccaaatgcttctttcaattgaccaacaatgcaaaatccgtaaattaaagaattgaaagtgataatattaggagaaa 15727673  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | || ||||||||||||||| ||| | |||||| | |||  ||||| |||||||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||   |     
T  15727674 ttctctttgtaatcatttcagaatataactcataggcatcagttacaaatttatgtttacacaaactatcaatgatcgtattgtgcattaccacatcgga 15727773  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    ||  |||||| |||| ||||    ||||| || | |||  || ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||  ||||| |||| ||     
T  15727774 ctcgaccaatctcccttcaatctttctcaacattagcaaggcagcttttgtttccccaattttacacaacccattgatcaaggtaccataagtaacatga 15727873  T
Q  411 tccaaatgaaatccaag 427  Q
    ||||| |||||||||||    
T  15727874 tccaattgaaatccaag 15727890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 409
Target Start/End: Original strand, 21160970 - 21161329
Alignment:
Q  50 tccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtataca-cagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatcttt 148  Q
    |||||||||||| || ||||||| |||| | ||| |||| |||| || | ||| |||||||||  || | ||||| ||| |||| ||||||||| | |||    
T  21160970 tccttccttacataaaccatcaaccaatgtgttaaaagt-tacaacattggggctgatgtttttcaacaacatttcatttaacaaatcaattgcttgttt 21161068  T
Q  149 cagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagca 248  Q
    || || ||| |||||| |||| |||   || |||| ||| || ||||| ||||| ||| | |||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21161069 catttgacccacaatgcaaaagccatatattaaagtattataggtaaccacattaggaaatattctcatggcaaccatttcagaatataaatcaaaagca 21161168  T
Q  249 tcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgca 348  Q
    ||| | ||| ||||||| || || | || || |||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||   |||||||| |  ||| || |  ||||    
T  21161169 tcaattacaagtttatccttgcataaactataaataattgtactgtacatgaccacattaggctgaaccaacagcccatcaatatttctaagaacctgca 21161268  T
Q  349 gagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttg 409  Q
      || ||||||||||| ||  |||| || || |||| |||||||||  |||||||||||||    
T  21161269 tggcagctcttgtttctcctgctttgcataacccatcaatcaaggtcccataactaacttg 21161329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 11 - 425
Target Start/End: Original strand, 15715292 - 15715707
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||| | ||  || |||||||| |||||||   |||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||  |||||||    
T  15715292 catcatcatagctatcatatttttagcttgtttaacatttccttctttacaaagagcatcaaccaagatattagaagtataaacatttgggaggatgttt 15715391  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttc-agtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaa 209  Q
      ||||||||||| ||  |||| | ||| ||| | |||  | || |||||| ||| |||| |||  ||| | |||| |  |||| |||||||| ||||||    
T  15715392 gttaataccatttcatggaacaaaccaaatgcttgttttgaattgaccaaccatgcaaaagccataaatgagagcactaaaagttacaacattaggagaa 15715491  T
Q  210 attcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactag 309  Q
    |||| ||| | || ||||||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||| |||||||| || ||| || || |  || ||||||||||||   |    
T  15715492 attctctttgtaatcatttcagaatataactcataggcatcatttacatctttatttttacacaaactatcgatgattgcggtatacattaccacatcgg 15715591  T
Q  310 gctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttg 409  Q
      |  ||||||||||| ||||    ||||| || |||||  |||||||||||||| || | ||||||||| |||| ||| |||||  |||| ||||||||    
T  15715592 tgttgaccaatttcccttcaatctttctcaacatttgcaaggctgctcttgtttcccctattttacacaacccataaattaaggtcccatagctaacttg 15715691  T
Q  410 gtccaaatgaaatcca 425  Q
    |||||| || ||||||    
T  15715692 gtccaagtggaatcca 15715707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 29876346 - 29876224
Alignment:
Q  183 gcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaa 282  Q
    ||||| ||||||| |||||  ||||||| || ||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||    
T  29876346 gcattataagtaaaaacatccggagaaactctcttagcaaccatttcagtatacaaatcaaacgcatcatcaacaagcttatctttacacaaaccattaa 29876247  T
Q  283 taatcgtagtgtacattaccaca 305  Q
    ||||||  || ||||||||||||    
T  29876246 taatcgcggtatacattaccaca 29876224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 52 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 25450770 - 25450639
Alignment:
Q  52 cttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcag 151  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||||||| | ||||| |  ||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||     
T  25450770 cttccttacaaaaagcatcaaccaatatagtaaaagtatacacattcgggttaacctttcccaatatcattttattaaacaaatcaactgcttctttcaa 25450671  T
Q  152 tttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaag 183  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||| ||||    
T  25450670 tttaccaacaatgcaaaagccacgaattaaag 25450639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 427
Target Start/End: Original strand, 16702323 - 16702740
Alignment:
Q  10 acatcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgtt 109  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||  |  ||||| ||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  16702323 acatcatcacagctatcacatttttagcttctttgatctttccgtccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtataaacatttgggttgatgtt 16702422  T
Q  110 ttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaa 209  Q
    ||  |||||||||| ||  |||| |  ||  || ||||||| || |||||||||| |||| | |   || | || | || |||| |||||  |||||| |    
T  16702423 tttcaataccatttcatggaacaaactaaacgcttctttcaattgaccaacaatgcaaaatcaatagattagagaactgaaagtgacaacggtgggagga 16702522  T
Q  210 attcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactag 309  Q
    |||| |||   || |||||| ||||||||| || | |||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||| |  ||| | |||||||||||| | |    
T  16702523 attctctttacaatcatttctgaatataaaccataggcatcaattactagtttatctttacacaaaccatcaatgactgtactatacattaccacattgg 16702622  T
Q  310 gctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttg 409  Q
      |  ||||||||||| ||||   |||||| || ||| |  || ||||||||||  || | ||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| ||    
T  16702623 tgttgaccaatttcccttcaatttgtctcaacacttgtaaggcggctcttgtttgtcccattttacacaatccattgatcaagataccataagtaacatg 16702722  T
Q  410 gtccaaatgaaatccaag 427  Q
     | ||| |||||||||||    
T  16702723 attcaagtgaaatccaag 16702740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 409
Target Start/End: Original strand, 24739714 - 24739899
Alignment:
Q  224 catttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttc 323  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| || || | || || |||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||   |    
T  24739714 catttgagaatataaatcaaaagcatcaattacaagtttatccttgcataaactataaataattgtactgtacatgaccacattaggctgaaccaacagc 24739813  T
Q  324 ccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttg 409  Q
    ||||||| |  ||| || |  ||||  || ||||||||||| ||  |||| || || |||| |||||||||  |||||||||||||    
T  24739814 ccatcaatatttctaagaacctgcatggcagctcttgtttctcctgctttgcataacccatcaatcaaggtcccataactaacttg 24739899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 189 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 24941715 - 24941495
Alignment:
Q  189 taagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcg 288  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||| ||||  || |||||||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||| || |||| || ||||||||| |    
T  24941715 taagtgacaacatctggaaaaattctcttaacaatcatttcagaacataaatcagaggcatgaattacaagtttatccttgcacaaactatcaataattg 24941616  T
Q  289 tagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaat 388  Q
    || ||||||| || ||| |||||||||||||   ||||||||  | ||| || |  ||||| || ||||||||||| ||   |||||| || ||||| ||    
T  24941615 tattgtacatgactacattaggctgaaccaacagcccatcaattcttctaagaacctgcagggcagctcttgtttctcctgttttacataatccattgat 24941516  T
Q  389 caaggttgcataactaacttg 409  Q
    ||||||  |||||||||||||    
T  24941515 caaggtcccataactaacttg 24941495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 397 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 34785724 - 34785621
Alignment:
Q  397 cataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgag 496  Q
    |||||||||| ||||  |||  |||||||||  |||||| ||| |||||||||| |||||||||||  ||  |||  ||||||||||||||||| |||||    
T  34785724 cataactaacatggttaaaacaaaatccaagtgctaccagcttgtcatgaaagtgcaatgcttgatcaatacgacccttgagacagagacccttgatgag 34785625  T
Q  497 tgta 500  Q
    ||||    
T  34785624 tgta 34785621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 24934182 - 24934052
Alignment:
Q  189 taagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcg 288  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||| ||||  || |||||||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||| || |||| || ||||||||| |    
T  24934182 taagtgacaacatctggaaaaattctcttaacaatcatttcagaacataaatcagaggcatgaattacaagtttatccttgcacaaactatcaataattg 24934083  T
Q  289 tagtgtacattaccacactaggctgaaccaa 319  Q
    || ||||||| || ||| |||||||||||||    
T  24934082 tattgtacatgactacattaggctgaaccaa 24934052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 187 - 312
Target Start/End: Original strand, 29954103 - 29954228
Alignment:
Q  187 tgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataat 286  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||  |||   || ||||||||||||||||||| | |||||| | ||  | ||||||||||| | || |||||| ||    
T  29954103 tgtaagtgacaacattaggagaaattttcttgacaatcatttcagaatataaatcatacgcatcacttacgagcttatctttacaaagactatcaatgat 29954202  T
Q  287 cgtagtgtacattaccacactaggct 312  Q
     || | ||||||||||||| ||||||    
T  29954203 tgtggagtacattaccacattaggct 29954228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 443 - 490
Target Start/End: Original strand, 24272617 - 24272664
Alignment:
Q  443 atgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagaccctt 490  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||    
T  24272617 atgaaagtgcaatgcttgatgtatctgacctttgagacagtgaccctt 24272664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 65
Target Start/End: Original strand, 28926853 - 28926907
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaat 65  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  28926853 catcatcgcagcaaacacatttttagcttcttttacttttccttccttacaaaat 28926907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 221 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30028621 - 30028537
Alignment:
Q  221 aaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccaca 305  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||  | ||  ||||||| ||||||| || |||||| || ||||| ||||||||||||    
T  30028621 aaccatttcagaatacaactcataagcatcggtcacgagtttatccttacacaaactatcaatgattgtagtatacattaccaca 30028537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 224 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 30134644 - 30134556
Alignment:
Q  224 catttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggct 312  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | ||  | ||||||||||| | || |||||| || || |||||||| | |||| ||||||    
T  30134644 catttcagaatataaatcataagcatcaattacgagcttatctttacaaagactatcaatgattgtggtgtacatgagcacattaggct 30134556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 11 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 22036 - 21503
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||  |||| ||||||||    
T  22036 catcatcatagctaacacatttttagcctcttttatgtttccgtccttacaaaatccatcaaccaatatactaaaggtatacacatctgggatgatgttt 21937  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |   ||  ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||  |||    
T  21936 ttcgatgtcattttattgaataaatcaattgcatctttcaatttaccaacaatgcaaaagccactaattaaagcattgtaagtgaaaacatcggggaaaa 21837  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  21836 ttctcttagaaaccttttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcgataatggtattgtacattaccacatcagg 21737  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    |||||| ||||| ||||||   ||||  |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21736 ctgaactaattttccatcatttcgtcggagcaattcaagggctgcttttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttccataactaacttgg 21637  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    |||||||||||||| | | | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||    
T  21636 tccaaatgaaatcccatcgcaataaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgtta 21537  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctt 544  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||    
T  21536 tggtatcaggctcgtaaccgtttttgagaatctt 21503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 435 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 395 - 328
Alignment:
Q  435 accttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtatt 502  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  395 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtatt 328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 11 - 537
Target Start/End: Original strand, 24219541 - 24220067
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  24219541 catcatcacaacaaacacatttttagcttctttcacttttccttccttacaaaatgcatcaaccaatatactaaaggtatacacagttgggttgatgttt 24219640  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    || |||| ||||||||  |||| | ||||||||||||||| || ||| | |||| | || |||| ||| |||| ||| ||||| |||||| | ||| |||    
T  24219641 tccaatatcattttatgtaacaaaccaattgcatctttcaattgacccataatgcataaaccacaaattaaagtattataagtgacaacagtaggacaaa 24219740  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||  | |    
T  24219741 ttctcttagcaaccatttcagaatagaaatcaaaagcatcgttaacaagtttatctttgcacacaccatcaataatcgtgttgtacatcaccacatcaag 24219840  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
      ||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |  || ||| ||||||  ||||||||||| || || || ||||||||    ||||||||||||    
T  24219841 tcgaaccaatttcccatcaattcgtctcagcatttctaaggcagcttttgtttgtccaactttacataacccgttgatcaaggtcctgtaactaacttgg 24219940  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgtta 510  Q
    | ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | || ||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  24219941 ttcaactgaaatccaagtgctaacaccttatcatgaaagtgcaatgctttatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtcaaagtta 24220040  T
Q  511 tggtatctggctcgtaacccattttga 537  Q
    ||| ||| ||||| |||||| ||||||    
T  24220041 tggcatccggctcataaccctttttga 24220067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 11990968 - 11990589
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||   |   |||||||||||||  |||||||||| |  ||||| | ||| ||| ||||    
T  11990968 tttccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtataataatcagggttgatgtttttcaataccatttcacgaaacaaaccaaatgcttctt 11990869  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
     ||||| |||||||||| |||| |||  ||| | |||| |  |||| ||||||| ||||||||||   || | || ||||| ||||||||| ||| | ||    
T  11990868 ccagttgaccaacaatgcaaaatccataaattagagcactaaaagtgacaacatcgggagaaattttttttgcaatcatttgagaatataactcataggc 11990769  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    |||| | ||   ||||| |||||||| || |||||| || ||  | |||||||||||| |   ||  ||||||||||||||||    |||||||| ||||    
T  11990768 atcaattaccaatttatgtttacacaaactatcaatgattgtgttatacattaccacattgatcttgaccaatttcccatcaatctttctcagcatttgc 11990669  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaag 427  Q
    |  |||| ||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||| ||| ||||| |||||||||||    
T  11990668 aaggctgttcttgtttcccctattttacacaagccattgatcaaggtcccatagctaaattgatccaagtgaaatccaag 11990589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 16350743 - 16350327
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||  |  ||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||  ||  |||||||||||||    
T  16350743 catcatcacagctatcacatttttagcttctttgatctttccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtataagcatctgggttgatgttt 16350644  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  | |||||||| |||||||| |  || ||||||||| | ||||||||||||  |||| |||   || | || | || |||| |||||| |||||| ||    
T  16350643 ttcattaccatttcattaaacaaacgaaatgcatctttgaatttaccaacaatacaaaatccatagattagagaactgaaagtgacaacagtgggaggaa 16350544  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| |||   || |||||| ||||||||| || | |||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||  | |||||||||||| | |     
T  16350543 ttctctttacaatcatttctgaatataaaccataggcatcagttactagtttatctttacacaaaccatcaatgattgtgctatacattaccacattggt 16350444  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     |  ||||||||||| ||||   |||||| || ||| |  || ||||||||||  || | ||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| ||     
T  16350443 gttgaccaatttcccttcaatttgtctcaacacttgtaaggcggctcttgtttgtcccattttacacaatccattgatcaagataccataagtaacatga 16350344  T
Q  411 tccaaatgaaatccaag 427  Q
    | ||| |||||||||||    
T  16350343 ttcaagtgaaatccaag 16350327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 33997423 - 33997344
Alignment:
Q  335 tctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtcca 414  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| || | |||||| || ||||| |||| | | || ||||||||||||||||    
T  33997423 tctcagcatttgcatagctgctcttgtttctcccattttacataacccattcatcaggatagcgtaactaacttggtcca 33997344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 11 - 497
Target Start/End: Original strand, 15063182 - 15063668
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| |||   || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| | || || |||||     
T  15063182 catcatcacagctaacacatttttagcttctctcacctttccttccttacaaaaaccatcaatcaatatactaaaagtatacacattcggattaatgttg 15063281  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    ||  ||| |||| ||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||| | |||| |||||||| |||| | | ||||| || ||||  |||||||    
T  15063282 tccgatatcattctattaaacaaatcaacagcatatttcaatttaccaacaacgcaaaagccactaattaaagaactataagtgactacatcaggagaaa 15063381  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  15063382 ttcttttagaaaccatttcacaatataaatcaaaagcatcgttaacaagtttatccttacacatactatcaataatcgtgctatacattaccacattagg 15063481  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
    | |||||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||| |||| || ||||| ||||| ||  |||||||||||||     
T  15063482 ccgaaccaattttccatcaacccgtctcaacaattgtacagctgcttttgtttcgccaactctacataacccattgatcaacgtcccataactaacttga 15063581  T
Q  411 tccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagt 497  Q
    ||||| ||||| ||  || ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| | ||  | ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  15063582 tccaactgaaacccctgcgctaccaccttatcgtgaaagtacaatgctttatgaacctcgcctttaagacaaagacccttgatgagt 15063668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 47 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10129794 - 10129297
Alignment:
Q  47 ttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatct 146  Q
    |||||| |||||||||||  |||||| ||||||| |    ||||| ||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||  |||| | |||||||||||    
T  10129794 ttttccatccttacaaaaagcatcaaccaatatactcatggtataaacatttgggttaatgttttccaatatcattttatgcaacaaaccaattgcatct 10129695  T
Q  147 ttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaag 246  Q
    |||| || ||| |||| | |||| |||||||| |||  ||| ||||| |||||||  ||| |||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  10129694 ttcaattgacccacaacgcaaaagccactaattaaattattataagtgacaacatcaggaaaaattctcttagcgatcatttcagaatataaattaaaag 10129595  T
Q  247 catcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattg 346  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||     
T  10129594 catcattaacaagtttatctttgcacataccatcaatgatcatggtatacattaccacattaggctgaacaattttcccatcaactcgtctcagcaattc 10129495  T
Q  347 cagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaagctctaccaccttatcatga 446  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| || | ||| ||||||||  |  |||||||||| ||||||    
T  10129494 cagggcagctcttgtttctccaactttacacaatccattaatcaaggctccataactaacctgattcaactgaaatccctgtgctaccaccttgtcatga 10129395  T
Q  447 aagttcaatgcttgatggatctgacatttgagacagagacccttaatgagtgtattcaatgttatggtatctggctcgtaacccattttgaaaatctt 544  Q
    |||| |||||||| | | | ||  | ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10129394 aagtgcaatgcttcacgaacctcgcctttaagacagagacccttaatgattgtagtcaaaattatgacatttggctcgtaacccatcttgagaatctt 10129297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 26 - 305
Target Start/End: Original strand, 4260638 - 4260917
Alignment:
Q  26 cacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccatttta 125  Q
    |||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||  |||| | ||||  |||| ||||||||||| | ||||| ||||||||  ||| ||||||     
T  4260638 cacatttttagcttcttctatctttccttccttacaaaaggcatctaccaatccattaaaagtatacacattcgggttaatgttttccgatatcattttt 4260737  T
Q  126 ttaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaacca 225  Q
    ||||||| | | |  || |||| || ||||||||||| | |||| |||  ||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  ||| |||||    
T  4260738 ttaaacaaacccaacgcttcttccaatttaccaacaacgcaaaaaccatcaattaaagcagtataagtgacaacattaggagaaattccgctagcaacca 4260837  T
Q  226 tttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccaca 305  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||    
T  4260838 tttcataatataaatcaaaagcatcattaacaaatgtatctttgcacatattgtcaataaccgtagtgtacattaccaca 4260917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 26 - 305
Target Start/End: Original strand, 4264260 - 4264539
Alignment:
Q  26 cacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccatttta 125  Q
    |||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||  |||| | ||||  |||| ||||||||||| | ||||| ||||||||  ||| ||||||     
T  4264260 cacatttttagcttcttctatctttccttccttacaaaaggcatctaccaatccattaaaagtatacacattcgggttaatgttttccgatatcattttt 4264359  T
Q  126 ttaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaacca 225  Q
    ||||||| | | |  || |||| || ||||||||||| | |||| |||  ||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  ||| |||||    
T  4264360 ttaaacaaacccaacgcttcttccaatttaccaacaacgcaaaaaccatcaattaaagcagtataagtgacaacattaggagaaattccgctagcaacca 4264459  T
Q  226 tttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccaca 305  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||    
T  4264460 tttcataatataaatcaaaagcatcattaacaaatgtatctttgcacatattgtcaataaccgtagtgtacattaccaca 4264539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 41315962 - 41315690
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||| ||||  |  |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||  || ||||||||||  | ||||| ||||||    
T  41315962 catcatcatagctatcacacttttagcttctttcatctttccttccttacatagaccatcaaccaaaatggtaaaagtatacacgctcgggttaatgttt 41315863  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||||||||| | | |||| | ||| ||||||||||| || ||||| |||| |||| |||   || | || |||| ||||  ||||||  |||||||    
T  41315862 ttcaataccatttgactgaacaaaccaaatgcatctttcaattgaccaataatgcaaaatccatatattagagaattgaaagtggcaacatcaggagaaa 41315763  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaat 283  Q
    ||  ||  | || ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  41315762 ttttctctgcaatcatttcagaatataactcataagcatcatttacaagcttatctttacacaaaccatcaat 41315690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19489767 - 19489683
Alignment:
Q  187 tgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttaca 271  Q
    ||||||| | |||||  |||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19489767 tgtaagtgaaaacatcaggagaaatccgcttacgaatcatttcagaatataaatcaaaagcatcatttacatgtttatctttaca 19489683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17250830 - 17250716
Alignment:
Q  187 tgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataat 286  Q
    |||||||||||||||| ||| |||  | |||   || ||||||| ||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  17250830 tgtaagtaacaacattaggaaaaaccctcttctcaaacatttcacaatataaatcaaacgcatccctcacaagtttatctttacataaaccatcaataat 17250731  T
Q  287 cgtagtgtacattac 301  Q
     ||| | ||||||||    
T  17250730 agtattatacattac 17250716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 3)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 48 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 137030 - 136651
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||||||||| ||||   |||||| |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| | ||| ||| ||||    
T  137030 tttccttccttgcaaagagcatcaaccaatatattaaaagtataatcatttgggttgatgtttttcaataccatttgatggaacaaaccaaatgcttctt 136931  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| |  |||||||||| |||| |||   || | || |||| |||| |||||||  |||||||||  ||| | || ||||||||||||||| ||| ||||    
T  136930 tcaatcgaccaacaatgcaaaatccatagattagagaattgaaagtgacaacatcaggagaaattgtctttgcaatcatttcagaatataactcataagc 136831  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    |||| | ||| ||||||||||||||| || |||||||||  |  | ||||||||||||   |  |  ||||||||||||||||    ||||| || ||||    
T  136830 atcaattacaagtttatctttacacaaactatcaataattatgctatacattaccacatcggtgttgaccaatttcccatcaatctttctcaacacttgc 136731  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaag 427  Q
    |  || ||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  136730 aaggcagctcttgtttctcccattttacacaatccattgatcaaggtcgcataagtaacttggttcaattgaaatccaag 136651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 283
Target Start/End: Original strand, 105083 - 105316
Alignment:
Q  50 tccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttc 149  Q
    ||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||| ||  | || | ||| ||| ||||||    
T  105083 tccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtatacacatctgggttgatgtttttcaataccatttgatggaccaaaccaaatgcttctttc 105182  T
Q  150 agtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcat 249  Q
    | || |||||||||| ||||||||  ||| | |||| |  |||| |||||| | |||||||||  ||| | || ||||||||| ||||| ||| | ||||    
T  105183 aattgaccaacaatgcaaaacccataaattagagcactaaaagtgacaacagtaggagaaattttctttgtaatcatttcagagtataactcatatgcat 105282  T
Q  250 cattaacatgtttatctttacacataccatcaat 283  Q
    || | ||| |||||||||| |||| || ||||||    
T  105283 cacttacaagtttatctttgcacaaactatcaat 105316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 121777 - 122193
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||  |  ||||||||||| ||||   |||||||||||||  || ||||||| | | ||||||||||||||    
T  121777 catcatcacagctatcacatttttagcttctttgatctttccttccttgcaaagagcatcaatcaatatggtaaaagtataaatatttgggttgatgttt 121876  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||| ||||| ||  |||| | ||| ||| ||||||| || |||||||||| |||| |||   || | ||   |  ||||||||||||| |||||||    
T  121877 ttcaatagcatttcatggaacaaaccaaatgcttctttcaattgaccaacaatgcaaaatccatagattagagagctcaaagtaacaacattaggagaaa 121976  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||  |||   || ||||| ||||||||| ||| |||| ||| | ||   ||| ||||||||||  | ||| || ||  || | |||||||||||| | |     
T  121977 ttttctttagaatcatttgagaatataactcataagcctcagtcaccaatttctctttacacaagctatcgatgattatattatacattaccacattggt 122076  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     |  ||||| ||||| ||||   |||||| || || ||  || ||||||||||| || | ||||||||||||| | |||||||   |||| |||||||||    
T  122077 gttgaccaacttcccttcaatttgtctcaacattttcaaggccgctcttgtttctccgattttacacaagccactgatcaaggccccatagctaacttgg 122176  T
Q  411 tccaaatgaaatccaag 427  Q
    ||||| |||||||||||    
T  122177 tccaagtgaaatccaag 122193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 1526 - 1942
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     |||||||||||||||||  |||| | |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||    
T  1526 catcatcatagctatcacatttttagcttctttcgtgtttccttccttacaaaaagcatcgaccaatatattaaaagtatacacatcagggttgatgttt 1625  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  ||||||||||  | ||||| | ||| ||| |||||||||| |||||||||| |||| |||  ||||| |||| |  |||| ||||||| ||||||||    
T  1626 ttcaataccatttcgtgaaacaaaccaaatgcttctttcagttgaccaacaatgcaaaatccataaatcagagcactaaaagtgacaacatcgggagaaa 1725  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | || |||||||||||||||  || | || ||  | ||   |||||||||||||| || |||||| || ||  | ||||||||||||  ||     
T  1726 ttctctttgtaatcatttcagaatataacacatatgcctcggtcaccaatttatctttacacaaactatcaatgattgtgctatacattaccacatcagt 1825  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     | |||||||||||||||||    ||||| || ||| |  ||| |  ||||||  || | ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  1826 gttaaccaatttcccatcaatctttctcaacacttgtaaggcttcggttgtttttcccattttacacaagccattgatcaaggtcccatagctaacttgg 1925  T
Q  411 tccaaatgaaatccaag 427  Q
    ||||| || ||||||||    
T  1926 tccaagtggaatccaag 1942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 8685 - 8272
Alignment:
Q  14 catcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttct 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||||||||||||||| |   |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||      
T  8685 catcatagctaacacatttttagcttctttcatttttccttccttacagagagcatcaaccaatatattaaaagtataaacatttgggttgatgtttttc 8586  T
Q  114 aataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattc 213  Q
    |||||||||| ||| |||| |  || ||||||||| | || |||||||||  |||| |||   || | || | || |||| |||||| | |||||||||     
T  8585 aataccatttcattgaacaaacgaaatgcatctttgaattgaccaacaatacaaaatccatagattagagaactgaaagtgacaacagtaggagaaattg 8486  T
Q  214 ccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctg 313  Q
     ||| | || ||||||||||||||| ||| | || ||  | ||   ||| |||||||||| || ||| || || ||  | ||||||||||||   |  |     
T  8485 tctttgtaatcatttcagaatataactcatatgcctcggtcaccaatttctctttacacaaactatcgatgattgtgttatacattaccacatcggtgtt 8386  T
Q  314 aaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtcc 413  Q
     ||||||||||| ||||    ||||| || |||||  |||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  8385 gaccaatttcccttcaatctttctcaacatttgcaaggctgctcttgtttcccctattttacacaagccattgatcaaggtcccatagctaacttggtcc 8286  T
Q  414 aaatgaaatccaag 427  Q
    || || ||||||||    
T  8285 aagtggaatccaag 8272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 126429 - 126845
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||| ||||| |||| ||| ||| ||||  |  |||||||||||||| |   |||||| || ||||||| ||||||| |||  |||||||||||||    
T  126429 catcatcacagctatcacacttttagcttctttcatctttccttccttacatagagcatcaaccattatattaaaagtataaacatctgggttgatgttt 126528  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  ||||| |||| ||  |||| |  ||  |||||||| | || |||||||||  |||| |||  ||| | || |||| |||| ||||||||||||||||    
T  126529 ttcaatactatttcatggaacaaacgaaacgcatctttgaattgaccaacaatacaaaatccataaattagagaattgaaagtgacaacattgggagaaa 126628  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||| ||| | || |||||||||||||||  || | || ||  | ||   |||||||||||||| || ||| || || ||  |||||||||||||| | |     
T  126629 ttctctttgtaatcatttcagaatataacacatatgcctcggtcaccaatttatctttacacaaactatcgattattgtgctgtacattaccacattggt 126728  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttgg 410  Q
     |  ||||||||||| ||||    ||||| || |||||  |||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  126729 gttgaccaatttcccttcaatctttctcaacatttgcaaggctgctcttgtttcccctattttacacaagccattgatcaaggtcccatagctaacttgg 126828  T
Q  411 tccaaatgaaatccaag 427  Q
    ||||| || ||||||||    
T  126829 tccaagtggaatccaag 126845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2887 - 2508
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    |||||||||||||| |   | |||| |||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||| |   | || | ||| ||| ||||    
T  2887 tttccttccttacatagagcgtcaaccaatatgttaaaagtatacacatctgggttgatgtttttcaataccatttcacggagcaaaccaaatgcttctt 2788  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    | | || |||||||||| || | |||   || | || ||||  ||| |||||| | |||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||| | ||    
T  2787 tgaattgaccaacaatgcaatatccatagattagagaattgagagtgacaacagtaggagaaattctctttgtaatcatttcagaatataactcatatgc 2688  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg--ctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaatt 345  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| || ||| | |||||||| ||| | ||  ||| ||||||||||| || |   |||||| || ||    
T  2687 atcatttacaagtttatctttgcacaaaccatcaatgattgtactatacattacaaca-tcggtactg-accaatttcccttcgatctgtctcaacattt 2590  T
Q  346 gcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaag 427  Q
    |||  || ||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  2589 gcaacgccgctcttgtttcccctattttacacaagccattgatcaaggtcccgtagctaacttggttgaaatgaaatccaag 2508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 5852 - 5478
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| | ||| ||| |||     
T  5852 tttccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtatacacatttgggttgatgtttttcaataccatttcatggaacaaaccaaatgcttcta 5753  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| || |||||||||| |||| |||   || |||| |||| |||| |||||||  |||||||||  |||   || ||||| ||||||||| ||| ||||    
T  5752 tcaattgaccaacaatgcaaaatccatagattaaagaattgaaagtgacaacatcaggagaaattttctttacaatcatttgagaatataactcataagc 5653  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
     ||  | ||   ||| |||||||||| || ||||||||| ||  ||| ||||| |||| ||   | |||||||||||||||||    ||| | ||||||     
T  5652 ctcggtcaccaatttctctttacacaaactatcaataattgtgttgtgcattatcacattattgttaaccaatttcccatcaatctttcttaacaattgt 5553  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaat 422  Q
    |  ||| || ||||||  || | ||||||||||||||| |||||  | |||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  5552 aaggcttctgttgttttccccattttacacaagccattgatcaatttagcataagtaacttggttcaagtgaaat 5478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1840 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold1840
Description:

Target: scaffold1840; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 1065 - 686
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    |||||||||||||| |   | |||| |||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||| |   | || | ||| ||| ||||    
T  1065 tttccttccttacatagagcgtcaaccaatatgttaaaagtatacacatctgggttgatgtttttcaataccatttcacggagcaaaccaaatgcttctt 966  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    | | || |||||||||| || | |||   || | || ||||  ||| |||||| | |||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||| | ||    
T  965 tgaattgaccaacaatgcaatatccatagattagagaattgagagtgacaacagtaggagaaattctctttgtaatcatttcagaatataactcatatgc 866  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactag-gctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattg 346  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| || ||| | |||||||| ||| | |  ||| ||||||||||| || |   |||||| || |||    
T  865 atcatttacaagtttatctttgcacaaaccatcaatgattgtactatacattacaacattggttctg-accaatttcccttcgatctgtctcaacatttg 767  T
Q  347 cagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaag 427  Q
    ||  || ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||  | || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  766 caacgccgctcttgtttcccctattttacacaatccattgatcaaggtcccgtagctaacttggttgaaatgaaatccaag 686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 11 - 425
Target Start/End: Original strand, 13904903 - 13905318
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||| | ||  || |||||||| |||||||   |||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||  |||||||    
T  13904903 catcatcatagctatcatatttttagcttgtttaacatttccttctttacaaagagcatcaaccaagatattagaagtataaacatttgggaggatgttt 13905002  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttc-agtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaa 209  Q
      ||||||||||| ||  |||| | ||| ||| | |||  | || |||||| ||| |||| |||  ||| | |||| |  |||| |||||||| ||||||    
T  13905003 gttaataccatttcatggaacaaaccaaatgcttgttttgaattgaccaaccatgcaaaagccataaatgagagcactaaaagttacaacattaggagaa 13905102  T
Q  210 attcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactag 309  Q
    |||| ||| | || ||||||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||| |||||||| || ||| || || |  || ||||||||||||   |    
T  13905103 attctctttgtaatcatttcagaatataactcataggcatcatttacatctttatttttacacaaactatcgatgattgcggtatacattaccacatcgg 13905202  T
Q  310 gctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgcagagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttg 409  Q
      |  ||||||||||| ||||    ||||| || |||||  |||||||||||||| || | ||||||||| |||| ||| |||||  |||| ||||||||    
T  13905203 tgttgaccaatttcccttcaatctttctcaacatttgcaaggctgctcttgtttcccctattttacacaacccataaattaaggtcccatagctaacttg 13905302  T
Q  410 gtccaaatgaaatcca 425  Q
    |||||| || ||||||    
T  13905303 gtccaagtggaatcca 13905318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 330
Target Start/End: Original strand, 43593 - 43912
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||| ||||||| ||| | |||  |||  || ||||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  43593 catcatcatggctaacagattcttagctcctttcacatttccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtatacacatttgggttgatgttt 43692  T
Q  111 tctaataccattttattaaacagatcaattgcatctttcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaa 210  Q
    |  |||||||||| ||  |||| | ||| ||| ||| ||| || |||||||| | |||| |||   || |||| |||| |||| |||||||  |||||||    
T  43693 ttcaataccatttcatggaacaaaccaaatgcttctatcaattgaccaacaaagcaaaatccatagattaaagaattgaaagtgacaacatcaggagaaa 43792  T
Q  211 ttcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagcatcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactagg 310  Q
    ||  |||   || ||||| ||||||||| ||| |||| ||  | ||   ||| |||||||||| || ||||||||| ||  ||| ||||| |||| ||      
T  43793 ttttctttacaatcatttgagaatataactcataagcctcggtcaccaatttctctttacacaaactatcaataattgtgttgtgcattaacacattaat 43892  T
Q  311 ctgaaccaatttcccatcaa 330  Q
     | |||||||||||||||||    
T  43893 gttaaccaatttcccatcaa 43912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 110
Target Start/End: Original strand, 50847 - 50909
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttt 110  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||    
T  50847 tttccttccttacaaagagcatcaaccaatatattaaaagtataaacatttgggtggatgttt 50909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 3642693 - 3642314
Alignment:
Q  48 tttccttccttacaaaatccatcaatcaatatattacaagtatacacagttgggttgatgttttctaataccattttattaaacagatcaattgcatctt 147  Q
    ||||| ||||||||||   |||||| ||||||| |  ||||||| |||  ||||||||| ||||  |||||||||| ||  |||| | ||| ||| ||||    
T  3642693 tttccatccttacaaagagcatcaaccaatatactgaaagtataaacatctgggttgatatttttcaataccatttcatggaacaaaccaaatgcttctt 3642594  T
Q  148 tcagtttaccaacaatgaaaaacccactaatcaaagcattgtaagtaacaacattgggagaaattcccttagaaaccatttcagaatataaatcaaaagc 247  Q
    ||| || |||||||| | |||| ||    || | || |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| | | | ||    
T  3642593 tcaattgaccaacaacgcaaaatcccaagattagagaattgaaagtgacaacatcgggagaaattctctttgtaatcatttcagaatataactgataggc 3642494  T
Q  248 atcattaacatgtttatctttacacataccatcaataatcgtagtgtacattaccacactaggctgaaccaatttcccatcaacacgtctcagcaattgc 347  Q
    |||| | |||  |||||||||||||| || ||  || ||  || | ||||||||||||   |  | |||||||||||| ||||    | ||| || ||||    
T  3642493 atcacttacagctttatctttacacaaactattgatgattatattatacattaccacatcggtgttaaccaatttcccttcaatctttttcaacatttgc 3642394  T
Q  348 agagctgctcttgtttcaccaactttacacaagccattaatcaaggttgcataactaacttggtccaaatgaaatccaag 427  Q
    |  || |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3642393 aaggcggctcttgtttcaccgattttacacaacccattgatcaaggtcctgtaactaacttgatccaagtgaaatccaag 3642314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 3830 - 3776
Alignment:
Q  11 catcatcatagctaacacattttcagcctcttctacttttccttccttacaaaat 65  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  3830 catcatcgcagcaaacacatttttagcttcttttacttttccttccttacaaaat 3776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University