View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14020_low_1 (Length: 611)
Name: NF14020_low_1
Description: NF14020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14020_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 689397 - 688804
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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689397 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttctt |
689298 |
T |
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| Q |
115 |
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204 |
Q |
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| T |
689297 |
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689198 |
T |
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| Q |
205 |
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304 |
Q |
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| T |
689197 |
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689098 |
T |
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| Q |
305 |
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404 |
Q |
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| T |
689097 |
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688998 |
T |
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| Q |
405 |
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504 |
Q |
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| T |
688997 |
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688898 |
T |
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| Q |
505 |
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598 |
Q |
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| T |
688897 |
tgattttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
688804 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 220242 - 219649
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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| T |
220242 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttctt |
220143 |
T |
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| Q |
115 |
tgaagttacgcatacatcaacgaaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctcc |
204 |
Q |
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| T |
220142 |
cgaagttacgcatacatcaacgaaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctcc |
220043 |
T |
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| Q |
205 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctc |
304 |
Q |
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| T |
220042 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctc |
219943 |
T |
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| Q |
305 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgc |
404 |
Q |
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| T |
219942 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgc |
219843 |
T |
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| Q |
405 |
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504 |
Q |
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| T |
219842 |
tagttatgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtag |
219743 |
T |
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| Q |
505 |
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598 |
Q |
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| T |
219742 |
tgattttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
219649 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 733865 - 733272
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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| T |
733865 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttctt |
733766 |
T |
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| Q |
115 |
tgaagttacgcatacatcaacgaaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctcc |
204 |
Q |
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| T |
733765 |
cgaagttacgcatacatcaacgaaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctcc |
733666 |
T |
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| Q |
205 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctc |
304 |
Q |
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| T |
733665 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctc |
733566 |
T |
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| Q |
305 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgc |
404 |
Q |
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| T |
733565 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgc |
733466 |
T |
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| Q |
405 |
tagttatgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtag |
504 |
Q |
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| T |
733465 |
tagttatgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtag |
733366 |
T |
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| Q |
505 |
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598 |
Q |
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| T |
733365 |
tgattttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
733272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 857761 - 857168
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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| T |
857761 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttctt |
857662 |
T |
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| Q |
115 |
tgaagttacgcatacatcaacgaaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctcc |
204 |
Q |
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| T |
857661 |
cgaagttacgcatacatcaacgaaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctcc |
857562 |
T |
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| Q |
205 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctc |
304 |
Q |
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| T |
857561 |
atggagattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctc |
857462 |
T |
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| Q |
305 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgc |
404 |
Q |
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| T |
857461 |
ctagtcaccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgc |
857362 |
T |
|
| Q |
405 |
tagttatgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtag |
504 |
Q |
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| T |
857361 |
tagttatgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtag |
857262 |
T |
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| Q |
505 |
tgattttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
598 |
Q |
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| T |
857261 |
tgattttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
857168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 216026 - 215440
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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| T |
216026 |
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215927 |
T |
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| Q |
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209 |
Q |
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| T |
215926 |
cgaagttacgtatacatcaatgaaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatgga |
215829 |
T |
|
| Q |
210 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagt |
309 |
Q |
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| T |
215828 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagt |
215729 |
T |
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| Q |
310 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagtt |
409 |
Q |
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|
| T |
215728 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagtt |
215629 |
T |
|
| Q |
410 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
509 |
Q |
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| T |
215628 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
215529 |
T |
|
| Q |
510 |
ttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
598 |
Q |
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| T |
215528 |
ttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
215440 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 692586 - 692000
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
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| T |
692586 |
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692487 |
T |
|
| Q |
115 |
tgaagttacgcatacatcaa-----cgaaacagataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatgga |
209 |
Q |
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| T |
692486 |
cgaagttacgtatacatcaatgaaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatgga |
692389 |
T |
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| Q |
210 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagt |
309 |
Q |
| |
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| T |
692388 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagt |
692289 |
T |
|
| Q |
310 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagtt |
409 |
Q |
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| T |
692288 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagtt |
692189 |
T |
|
| Q |
410 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
509 |
Q |
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|
| T |
692188 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
692089 |
T |
|
| Q |
510 |
ttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
598 |
Q |
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| T |
692088 |
ttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
692000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 696795 - 696209
Alignment:
| Q |
15 |
aaattaaggtcatatgaatggtactagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttcta |
114 |
Q |
| |
|
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| T |
696795 |
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696696 |
T |
|
| Q |
115 |
tgaagttacgcatacatcaa-----cgaaacagataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatgga |
209 |
Q |
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696695 |
cgaagttacgtatacatcaatgaaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatgga |
696598 |
T |
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| Q |
210 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagt |
309 |
Q |
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| T |
696597 |
gattattattgtactaatactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagt |
696498 |
T |
|
| Q |
310 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagtt |
409 |
Q |
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| T |
696497 |
caccaataattttgtcatgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagtt |
696398 |
T |
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| Q |
410 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
509 |
Q |
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| T |
696397 |
atgaaaaagttagaaaaatgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgatt |
696298 |
T |
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| Q |
510 |
ttggcaagtgttccttcgtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
598 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 853544 - 852958
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