View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14023_low_7 (Length: 556)

Name: NF14023_low_7
Description: NF14023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14023_low_7
NF14023_low_7
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (11-541)||(11196064-11196594)
chr6 (11-541)||(11155617-11156141)
chr6 (98-541)||(11160566-11161008)
chr6 (98-541)||(11199147-11199584)
chr6 (245-541)||(11241720-11242016)
chr6 (37-541)||(11132361-11132865)
chr6 (314-524)||(11315047-11315257)
chr6 (252-523)||(11208959-11209245)
chr6 (252-522)||(11170137-11170422)
chr6 (64-383)||(11275333-11275652)
chr6 (417-523)||(11275701-11275807)
chr6 (490-541)||(11199708-11199759)
chr6 (64-136)||(11169949-11170021)
chr6 (64-134)||(11208771-11208841)
chr6 (286-332)||(11319803-11319849)
[»] scaffold1207 (2 HSPs)
scaffold1207 (421-523)||(639-741)
scaffold1207 (343-383)||(546-586)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (429-523)||(17260000-17260094)
chr7 (429-483)||(27831230-27831284)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 541
Target Start/End: Original strand, 11196064 - 11196594
Alignment:
Q  11 catcatcatcgatttggaagcggattatgatctgaggaacacctgccgcagcaggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagt 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196064 catcgtcatcgatttggaagcggattatgatctgaggaacacctgccgcagcaggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagt 11196163  T
Q  111 tattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196164 tattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattc 11196263  T
Q  211 ctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaact 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196264 ctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaact 11196363  T
Q  311 caccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcac 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196364 caccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcac 11196463  T
Q  411 catttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccaca 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196464 catttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccaca 11196563  T
Q  511 atctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196564 atctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 11196594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 541
Target Start/End: Original strand, 11155617 - 11156141
Alignment:
Q  11 catcatcatcgatttggaagcggattatgatctgaggaacacctgccgcagcaggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagt 110  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  11155617 catcatcatcgatttggaagctgattttaatctgaggaacacctgccggagccggaggaatttccaaaacaaattttccaagcaagttgttttccctagt 11155716  T
Q  111 tattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11155717 tattttcctctcaccttcataaacatgaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattc 11155816  T
Q  211 ctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaact 310  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||||| |||    
T  11155817 ctagggattattgtgttcataatccccccatgagtctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaattgtaaatctt------tctcactacact 11155910  T
Q  311 caccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcac 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11155911 caccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcac 11156010  T
Q  411 catttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccaca 510  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156011 catttgttgcacttttacaatcctggtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccaca 11156110  T
Q  511 atctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156111 atctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 11156141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 98 - 541
Target Start/End: Original strand, 11160566 - 11161008
Alignment:
Q  98 tgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcagg 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160566 tgttttccctagttattttcctctcaccttcataaacatgaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcagg 11160665  T
Q  198 aattttggtattcctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaacc 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160666 aattttggtattcctagggattattgtgttcataatccccccc-gagtctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaacc 11160764  T
Q  298 ttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccga 397  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160765 ttctcactacgctcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccactgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccga 11160864  T
Q  398 agaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattat 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160865 agaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattat 11160964  T
Q  498 acacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160965 acacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 11161008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 98 - 541
Target Start/End: Original strand, 11199147 - 11199584
Alignment:
Q  98 tgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcagg 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199147 tgttttccctagttattttcctctcaccttcataaacatgaattagaatattcatgtggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcagg 11199246  T
Q  198 aattttggtattcctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaacc 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||         
T  11199247 aattttggtattcctagggattattgtgttcataatccccccatgagtctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaattgtaaatctt----- 11199341  T
Q  298 ttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccga 397  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199342 -tctcactacactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccga 11199440  T
Q  398 agaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattat 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199441 agaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattat 11199540  T
Q  498 acacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199541 acacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 11199584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 245 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 11242016 - 11241720
Alignment:
Q  245 tctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgcc 344  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11242016 tctccaatccaagggacaaagaaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacaacagcgcc 11241917  T
Q  345 atatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccg 444  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  11241916 atatgccacagcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctaatagagcca 11241817  T
Q  445 ccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241816 ccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 11241720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 37 - 541
Target Start/End: Original strand, 11132361 - 11132865
Alignment:
Q  37 atgatctgaggaacacctgccgcagcaggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaacat 136  Q
    ||||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  || |||||||||| || ||||| || |||||||    
T  11132361 atgatttgaggtatacctgccggagctgggggaatttccaaaacaaattttcctagcaagttgttccccatagttatttttctttcaccctcgtaaacat 11132460  T
Q  137 caattagaatattcatttggttgtgcaaatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattcctagggattattatttccataatccc 236  Q
     ||| | ||||||  ||||||| || | |||||| |||||||| ||||||||  ||| |||||||  |||||||||||| || ||| ||  ||| || ||    
T  11132461 gaatcaaaatattggtttggttatgaagatgtgttgtgaatacttgttccatgctggtaggaattaaggtattcctaggaatcattgttgacatgattcc 11132560  T
Q  237 cccatgtttctccaatccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggaca 336  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | || | ||| |   |||||| |||||||| |||||| ||||||| || |||||||||    
T  11132561 cccatgtttctccaatccaagggataaaggaatgacctccctcgatcgcaaaacgctaaccttttcactaaaatcaccattcaatattgatgcatggaca 11132660  T
Q  337 gcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctag 436  Q
    ||||| ||| |||| |  || |||||  |||| ||||||||||||||   ||| ||  | |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |    
T  11132661 gcagcaccacatgcaatagcttcatctgcatttatgcttttgcataactcctttccttcaaagaaatcactcaatatttgttgtacttttacaatcctcg 11132760  T
Q  437 tagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgatt 536  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11132761 tagacccgccaacaaggacaacatcatgaatactactcttgtccaacccgctatctattagacacttttccgcaatctccatacacttgttgaagtgatt 11132860  T
Q  537 cttgt 541  Q
     ||||    
T  11132861 attgt 11132865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 314 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 11315257 - 11315047
Alignment:
Q  314 cactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccccgaagaaatcactcaccat 413  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||   |||| | || |||||| |||| |        
T  11315257 cactcaacatagcagcgtggacagcagcgccatatgcaaccgccttatcagcattgatgcttttgcataatttcttctcaccaaagaaaccacttaaacg 11315158  T
Q  414 ttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatc 513  Q
    | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||   || ||||||||| ||||||    
T  11315157 tcgatgcagctttacaatcctagtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgtcactcttgaccatcccactatcctctagacacttttctacaatc 11315058  T
Q  514 tccatgcactt 524  Q
    | |||||||||    
T  11315057 ttcatgcactt 11315047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 252 - 523
Target Start/End: Original strand, 11208959 - 11209245
Alignment:
Q  252 tccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgcc 351  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  ||||   |||||||||| ||| |||| || |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||     
T  11208959 tccaagggacaaaggattgacttccctcaatgtcaaatcttgaaacttttcacaaatctcaccacttgctataaaagcatggacagcagcgccatatgca 11209058  T
Q  352 accgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccc---------------cgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctag 436  Q
    || ||||||||  ||||||||||||| |||||   | |||| |               | ||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| |    
T  11209059 actgcctcatctgcattgatgcttttacataactccgtcccactaccttttttaattccaaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctgg 11209158  T
Q  437 tagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcact 523  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11209159 tagacccgccaacaagcacaacatcatgaatgttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacaatctccatgcact 11209245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 252 - 522
Target Start/End: Original strand, 11170137 - 11170422
Alignment:
Q  252 tccaagggacaaaggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgcc 351  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  ||||   |||||||||| ||| |||| || | |||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||     
T  11170137 tccaagggacaaaggattgacatccctcaatgtcaaatcttgaaacttttcacaaatcgcaccacttgctataaaagcatggacagcagcgccatatgca 11170236  T
Q  352 accgcctcatcgacattgatgcttttgcataaaagcttccccc---------------cgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctag 436  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||   | |||| |               | ||||||||| |||    ||||||||||||||||||||| |    
T  11170237 accgcctcatctacattgatgtttttacataactccgtcccactacccttattaattccaaagaaatcaatcaaacgttgttgcacttttacaatcctgg 11170336  T
Q  437 tagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcac 522  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  | |||||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11170337 tagagccgccaacaagcacaacatcatgaattttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacactctccatgcac 11170422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 64 - 383
Target Start/End: Original strand, 11275333 - 11275652
Alignment:
Q  64 ggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaacatcaattagaatattcatttggttgtgca 163  Q
    ||||||||||| |||  |||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |  ||||  || |    |||||||  | |    
T  11275333 ggaggaatttcaaacctaaaagttcctagcaagttgttgtccttagttgttttcctctcaccctcataaatactaattgcaacaaatttttggttaggta 11275432  T
Q  164 aatgtgtggtgaatacatgttccattttggcaggaattttggtattcctagggattattatttccataatccccccatgtttctccaatccaagggacaa 263  Q
     |  |||||||||||| | |||| | |||| ||||||  |||||||||| || | |||| ||| ||| || ||||  ||| | |  | ||||| ||||||    
T  11275433 tagttgtggtgaatacttcttccttgttggtaggaatcatggtattcctgggaaatattgttttcatgattccccattgtgttttaattccaatggacaa 11275532  T
Q  264 aggaatgacctccgacaatagtaaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatggacagcagcgccatatgccaccgcctcatcg 363  Q
     ||| | || |||  ||||   |||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||     
T  11275533 tggattaacttccctcaatgtcaaatcttgaaacttttcacaaagctcaccactcaatataaaagcatggatagcagcgccatatgcaaccgcctcatct 11275632  T
Q  364 acattgatgcttttgcataa 383  Q
     |||||||||||||||||||    
T  11275633 gcattgatgcttttgcataa 11275652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 417 - 523
Target Start/End: Original strand, 11275701 - 11275807
Alignment:
Q  417 ttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctcc 516  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||   |||||||||||| ||||| |||    
T  11275701 ttgcacttttacaatcctggtagacccgccaacaagcacaacatcatgaatgttactcttgtttatcccactatctgctatacacttttctacaatttcc 11275800  T
Q  517 atgcact 523  Q
    |||||||    
T  11275801 atgcact 11275807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 490 - 541
Target Start/End: Original strand, 11199708 - 11199759
Alignment:
Q  490 tcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgt 541  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11199708 tcaattatacacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtcattcttgt 11199759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 136
Target Start/End: Original strand, 11169949 - 11170021
Alignment:
Q  64 ggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaacat 136  Q
    ||||||||||| ||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11169949 ggaggaatttcaaactcaaaagctcctagcaagttgttgtccttagttatttgcctctcaccctcataaacat 11170021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 11208771 - 11208841
Alignment:
Q  64 ggaggaatttccaacacaaatcttcctagcaagttgttgtccctagttattttcctctcaccttcataaac 134  Q
    ||||||||||| ||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  11208771 ggaggaatttcaaactcaaaagatcctagcaagttgttgtccttagttgtttgcctctcaccctcataaac 11208841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 11319849 - 11319803
Alignment:
Q  286 aaatcttgaaccttctcactaaactcaccactcaatatagaagcatg 332  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11319849 aaatcttgaaacttttcacaaaactcaccactcaatatagaagcatg 11319803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 421 - 523
Target Start/End: Original strand, 639 - 741
Alignment:
Q  421 acttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgc 520  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||   |||||| ||||| ||| |||||||||    
T  639 acttttacaatccttgtagagccgccaacaaggacaacatcatgaaagttactcttgtttatcccactatctgctatacagttttctacactctccatgc 738  T
Q  521 act 523  Q
    |||    
T  739 act 741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 383
Target Start/End: Original strand, 546 - 586
Alignment:
Q  343 ccatatgccaccgcctcatcgacattgatgcttttgcataa 383  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  546 ccatatgcaaccgcctcatctgcattgatgcttttgcataa 586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 523
Target Start/End: Original strand, 17260000 - 17260094
Alignment:
Q  429 aatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcact 523  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||  || |||| | | |||||| || ||||||||||||||||    
T  17260000 aatcctagaagatccaccaacaaggacaacatcatcaattctgctcttgtcaatcttaccatcactaagacacttctcaacaatctccatgcact 17260094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 429 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27831284 - 27831230
Alignment:
Q  429 aatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatc 483  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  27831284 aatccttgaagagccaccaacaaggacaacatcatctatactactcttgtccatc 27831230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University