View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14024_high_1 (Length: 1101)

Name: NF14024_high_1
Description: NF14024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14024_high_1
NF14024_high_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (17-1089)||(33412494-33413596)
chr1 (333-869)||(15728508-15729044)
chr1 (333-869)||(15736282-15736818)
chr1 (444-741)||(15754375-15754672)
chr1 (333-770)||(15764948-15765385)
chr1 (377-753)||(15778657-15779033)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (481-588)||(39261184-39261291)
chr7 (476-593)||(39239760-39239877)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 891; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 891; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1089
Target Start/End: Complemental strand, 33413596 - 33412494
Alignment:
Q  17 acaattaacaaatcatatagattttagaagaatcttatagctaacagtggcaaaattgtctagtagtatttgcagcatgctcaaagttttggataagttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33413596 acaattaacaaatcatatagattatagaagaatcttatagctaacagtggcaaaattgtctagtagtatttgcagcatgctccaagttttggataagttt 33413497  T
Q  117 taagtgaaaaagatggataatactaatagggatgtgtgcaatattaattatattgtttatcaggtcaaagtcaatctggtttaactattgcataatcaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  33413496 taagtgaaaaagatggataatactaataggtatgtgtgcaatattaattat--tgtttttcaagtcaaagtcaatctcgtttaactattgcatcatcaaa 33413399  T
Q  217 ttttacc--------------------acggacactcctcaaattatgcgtattcaggtgtcaccgacacaacactgacactta-taattattacaatga 295  Q
    |||||||                    ||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||    
T  33413398 ttttaccgaccctacaagttataaagcacgaacactcctcagattatgcgtattttggtgtcaccgacacaacactaacacttaattataattacactga 33413299  T
Q  296 attatgtaatttaattgtttgatctgtattggaacatgcagggtatgtctttgcttacattagcagtgtcacttcctaccttaaagccacctgaatgcca 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33413298 attatgtaatttaattgtttgatctgtattggaacatgcagggtatgtctttgcttacattagcagtgtcacttcctaccttaaagccacctgaatgcca 33413199  T
Q  396 tgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctacattacaattagctgtgttctatggttcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaa 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33413198 tgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctacattacaattagctgtgttctatggtgcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaa 33413099  T
Q  496 cccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatct 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33413098 cccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcatcctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatct 33412999  T
Q  596 tctttgggaccctttttgctaatactgttctagtttatatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatc 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33412998 tctttgggaccctttttgctaatactgttctagtttatatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatc 33412899  T
Q  696 aatcatgatattcttgggaggaatacccttttatagacacaaattgcctgcagggagtactttcactagaatggccagggtcatagttgcttctttgaga 795  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33412898 aatcatgatattcttgggaggaacacccttttatagacacaaattgcctgcagggagtactttcactagaatggctagggtcatagttgcttctttgaga 33412799  T
Q  796 aaatggaaagtacctgttcctgatgatactaaaaaactatatgaacttgatatggaagagtatgctaagaaagggagtaacacttacagaattgattcca 895  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33412798 aaatggaaagtacctgttcctgatgatactaaaaaactatatgaacttgatatggaagagtatgctaagaaagggagtaacacttacagaattgattcca 33412699  T
Q  896 ctccaacattgaggtatatacttttgattatttcctagcttaatt-----------acagacatttcagattgaaggcaatgtctgacacatgtcaatgt 984  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33412698 ctccaacattgaggtatatacttttgattatttcctagcttaattaaccgtaacacacagacatttcagattgaaggcaatgtgtgacacatgtcaatgt 33412599  T
Q  985 tggacacggacccgacaccgacacatgttactatattcaattaaaattatttatggtgtcgatatgttagtgtagtgtccgatgtttgtgttagtacttc 1084  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  33412598 tggacacggacccgacaccgacacatgttactatattcaattaaaattatttatgctgtcgatatgttagtgtagtgtacaatgtttgtgttagtacttc 33412499  T
Q  1085 atctc 1089  Q
    |||||    
T  33412498 atctc 33412494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 333 - 869
Target Start/End: Original strand, 15728508 - 15729044
Alignment:
Q  333 gcagggtatgtctttgcttacattagcagtgtcacttcctaccttaaagccacctgaatgccatgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctaca 432  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||| || ||||| | | |||| |||||||| || |||||| | ||||| |||||||||||  ||   ||||||    
T  15728508 gcagggcatgtctatgcttacattatcagtttctcttccaagcctaaaaccacctgagtgtcatgaaatggatgtgacaaaatgcaaggaagcttctaca 15728607  T
Q  433 ttacaattagctgtgttctatggttcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatg 532  Q
    |||||  ||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  15728608 ttacagctagttgtgttctatggtgcactctacattctagcagtgggaacaggtggaacaaaacctaacatttccactattggtgctgatcaatttgatg 15728707  T
Q  533 attttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatcttctttgggaccctttttgctaatactgttctagttta 632  Q
    | ||| || | ||||| ||   ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||| | ||| |||| ||    
T  15728708 agtttgacacaaaagagaagaaacacaaactctcattcttcaactggtggatgttcagcatcttcattggaaccctttttgcaaattcagttttagtcta 15728807  T
Q  633 tatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatcaatcatgatattcttgggaggaatacccttttataga 732  Q
     || |||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||| | |||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||| || ||||||    
T  15728808 catacaagataatgttggttggactcttgggtatgcacttccaactcttggacttgcaatatctatcataatatttttggcaggcacaccattctataga 15728907  T
Q  733 cacaaattgcctgcagggagtactttcactagaatggccagggtcatagttgcttctttgagaaaatggaaagtacctgttcctgatgatactaaaaaac 832  Q
    || ||||| ||| |||| ||| | || |||| |||||| | ||| ||||| ||| || |||  |||||||| || ||| |||||  |||  ||||| |||    
T  15728908 cataaattacctacaggaagtccctttactaaaatggctaaggtaatagtggctgctatgaagaaatggaatgtgcctattcctagtgaccctaaagaac 15729007  T
Q  833 tatatgaacttgatatggaagagtatgctaagaaagg 869  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  15729008 tatatgaacttgatttggaagagtatgcaaagaaagg 15729044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 333 - 869
Target Start/End: Original strand, 15736282 - 15736818
Alignment:
Q  333 gcagggtatgtctttgcttacattagcagtgtcacttcctaccttaaagccacctgaatgccatgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctaca 432  Q
    ||||||||||||| |||||||| || |||| || ||||| | | |||| |||||||| || |||||| | ||||| |||||||||||  ||   || |||    
T  15736282 gcagggtatgtctatgcttacactatcagtttctcttccaagcctaaaaccacctgagtgtcatgaaatggatgtgacaaaatgcaaggaagcttccaca 15736381  T
Q  433 ttacaattagctgtgttctatggttcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatg 532  Q
     ||||  ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||  | ||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  15736382 ctacagctagttgtgttctatggtgcactctacactctagcagtgggaacaggtggaacaaaggctaacatttccactattggtgctgatcaatttgatg 15736481  T
Q  533 attttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatcttctttgggaccctttttgctaatactgttctagttta 632  Q
    | ||| || | ||||| ||   ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||||  |||| ||    
T  15736482 agtttgacacaaaagagaagaaacataaactctcattcttcaattggtggatgttcagcatcgtctttgggactcttcttgcaaattctgtcttagtcta 15736581  T
Q  633 tatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatcaatcatgatattcttgggaggaatacccttttataga 732  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||| | | |||||| ||||| | ||| |||| ||| | ||  || ||||||    
T  15736582 catacaagataatgttggttggactcttggatatgcacttccaactcttggacttggaatatctatcataacatttttggcaggcacacaattctataga 15736681  T
Q  733 cacaaattgcctgcagggagtactttcactagaatggccagggtcatagttgcttctttgagaaaatggaaagtacctgttcctgatgatactaaaaaac 832  Q
    || ||||| |||||||||||| | ||||||| |||||| | |||||| || ||| |  | |  |||||||| ||  || |||||  |||  ||||| |||    
T  15736682 cataaattacctgcagggagtcccttcactaaaatggctaaggtcattgtggctgcaataaagaaatggaatgtgtctattcctagtgaccctaaagaac 15736781  T
Q  833 tatatgaacttgatatggaagagtatgctaagaaagg 869  Q
    | ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  15736782 tttatgagctagatttggaagagtatgcaaagaaagg 15736818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 444 - 741
Target Start/End: Original strand, 15754375 - 15754672
Alignment:
Q  444 tgtgttctatggttcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcaccct 543  Q
    ||||||||||| | |||| |||| | ||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||    
T  15754375 tgtgttctatgttgcactctacattatagcagtgggaacaggtgggaccaaacccaacatttcaaccattggtgctgaccagtttgacgattttgaccct 15754474  T
Q  544 aaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatcttctttgggaccctttttgctaatactgttctagtttatatccaagata 643  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||| | ||||  |||||||| | || |||||    || ||| |||| || || |||||||    
T  15754475 aaagaaaaatcacttaagctctcattcttcaactggtggatgtcttgcattgtctttgggtcactatttgcattcacagttatagtgtacattcaagata 15754574  T
Q  644 atgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatcaatcatgatattcttgggaggaatacccttttatagacacaaattg 741  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | |||||||||||||| | |||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  15754575 atgtgggttggactcttggttatgctcttccaactcttggacttgcaatatcaatcatcacattcttggcaggcacacctttttatagacacaaattg 15754672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 333 - 770
Target Start/End: Original strand, 15764948 - 15765385
Alignment:
Q  333 gcagggtatgtctttgcttacattagcagtgtcacttcctaccttaaagccacctgaatgccatgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctaca 432  Q
    ||||||||||| | |||||||| || |||| || ||||| | | ||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||   || |||    
T  15764948 gcagggtatgtgtctgcttacactatcagtttcccttccaagcctaaagccacctaaatgccatgaaatggatgttacaaaatgcaaggaagcttccaca 15765047  T
Q  433 ttacaattagctgtgttctatggttcactttacactctagcaataggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatg 532  Q
      |  | ||| ||||||||||  | |||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  15765048 caaacactagttgtgttctatactgcactctacattttagcagtgggaacaggtggaaccaaacccaacatttccaccattggtgctgaccaatttgatg 15765147  T
Q  533 attttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggtggatgtttagcatcttctttgggaccctttttgctaatactgttctagttta 632  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||||    |||  || | ||| | || |||||   |||  ||||||| ||    
T  15765148 attttgaccctaaagaaaaagcacttaagctctcattcttcaattggtggatgtcctacattgtcatggggtcactatttgcatttacaattctagtgta 15765247  T
Q  633 tatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaactctaggattagcaatatcaatcatgatattcttgggaggaatacccttttataga 732  Q
    | | |||||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||||  | ||  | |||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  15765248 tgtacaagataatgtgagttggactcttggttatgctcttccaacaattggccttgcaatatcaatcatcacattcttggcaggaacaccattttataga 15765347  T
Q  733 cacaaattgcctgcagggagtactttcactagaatggc 770  Q
    |||||||||  |  ||||||| |||||| ||| |||||    
T  15765348 cacaaattgattaaagggagtcctttcattagcatggc 15765385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 377 - 753
Target Start/End: Original strand, 15778657 - 15779033
Alignment:
Q  377 taaagccacctgaatgccatgaattagatgtaacaaaatgcaaaaaactctctacattacaattagctgtgttctatggttcactttacactctagcaat 476  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| || ||| ||    | ||| ||||  ||| ||||||||||| | | || |||| | ||||| |    
T  15778657 taaagccacctgagtgccatgaaatggatgtgacaaagtgtaaagaagctaccacactacagctagttgtgttctatgttgccctctacattatagcagt 15778756  T
Q  477 aggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaat 576  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||| | ||   || ||| || ||||| ||||||    
T  15778757 gggaacaggtggaaccaaacctaacatttccaccattggtgctgaccagtttgatgattttgacccaaaacagaagggacttaagctctcattcttcaat 15778856  T
Q  577 tggtggatgtttagcatcttctttgggaccctttttgctaatactgttctagtttatatccaagataatgttggttggactcttggatatgctttgccaa 676  Q
    ||||||||||   ||||  | |||||| | || |||||    || ||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||| | | ||    
T  15778857 tggtggatgtcctgcattgtttttgggtcactatttgcattcacagttatagtgtatatacaagataatgtgagttggactcttggttatgctcttcaaa 15778956  T
Q  677 ctctaggattagcaatatcaatcatgatattcttgggaggaatacccttttatagacacaaattgcctgcagggagt 753  Q
    |    ||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| | ||| || |||||||||||||||| | ||||||||    
T  15778957 caactggatttgcaatatcaatcatcacattcttggcaggcacacctttctatagacacaaattgctttcagggagt 15779033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 481 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 39261291 - 39261184
Alignment:
Q  481 acaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaattggt 580  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |  || || ||||||||||| | ||||||||    
T  39261291 acagggggaactaagcccaacatttccaccattggagcagaccaatttgatgagtttgagcctaaagagaggtcccaaaaactttcattctacaattggt 39261192  T
Q  581 ggatgttt 588  Q
    || |||||    
T  39261191 gggtgttt 39261184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 476 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 39239877 - 39239760
Alignment:
Q  476 taggaacaggtggaaccaaacccaacatctcaaccattggtgcagaccaatttgatgattttcaccctaaagaaaaatcacataaactttcatttttcaa 575  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || || || || |||||||||||||| ||| | || ||||| |||||  ||||  | || || |||||    
T  39239877 taggcacaggtggaaccaaacccaacatttctactatgggagctgaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaatccgataagttgtccttcttcaa 39239778  T
Q  576 ttggtggatgtttagcat 593  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  39239777 ttggtggttttttagcat 39239760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University