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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14028_low_20 (Length: 347)

Name: NF14028_low_20
Description: NF14028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14028_low_20
NF14028_low_20
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-329)||(9302050-9302371)
chr5 (46-329)||(9352195-9352475)
chr5 (9-329)||(9367112-9367422)
chr5 (5-329)||(9332470-9332792)
chr5 (46-329)||(9305669-9305950)
chr5 (8-246)||(9297890-9298127)
chr5 (8-328)||(9288684-9288999)
chr5 (6-246)||(9293283-9293522)
chr5 (5-328)||(9373026-9373344)
chr5 (5-279)||(9309464-9309748)
chr5 (8-329)||(9355873-9356204)
chr5 (57-329)||(9348564-9348834)
chr5 (5-54)||(9348500-9348549)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 9302371 - 9302050
Alignment:
Q  1 ctagttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302371 ctagttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatc 9302272  T
Q  101 ttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302271 ttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg-----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacat 9302177  T
Q  201 gctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctctta 300  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302176 gctctacaccatcactaac--aagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctctta 9302079  T
Q  301 tataaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302078 tataaatagggagtcaagaacttggtaac 9302050  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 46 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 9352475 - 9352195
Alignment:
Q  46 acatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9352475 acatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttg 9352376  T
Q  146 ggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaattt 245  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||    
T  9352375 ggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaa-ggaaatcatgcaggcaccacatgctctacaccatcactaac--aagtgctgtttattttattaattt 9352279  T
Q  246 cattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  9352278 cattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatataaatagagattcaagaacttggtaac 9352195  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 9 - 329
Target Start/End: Original strand, 9367112 - 9367422
Alignment:
Q  9 tgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaa 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||        ||||||     
T  9367112 tgactaatgaggttttctaattgccaacactcggaggacatgccagctatattcatcgtgcacctcaaactcattttaatatcat--------tgcagat 9367203  T
Q  109 tatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctctaca 208  Q
    || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9367204 taacacatgctatatcattcaaatattcacaatgttgggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaatcatgcaggcaccacatgctctaca 9367303  T
Q  209 ccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaata 308  Q
    |||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9367304 ccatcaccgac--aagtgcttcatattttattaatttcattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaata 9367401  T
Q  309 gggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  9367402 gagagtcaagaacttggtaac 9367422  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 9332792 - 9332470
Alignment:
Q  5 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9332792 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactaggaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaattcattttaatatcat-agcatcttgc 9332694  T
Q  105 agaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 204  Q
    | |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  9332693 ataataccacatgcgataccattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaatcatacaggcaccacatgctc 9332594  T
Q  205 tacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcat-tattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 303  Q
    || |||||||  |||  |||| ||||||||||||| || ||  | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9332593 taaaccatcatcaac--aagtactgcatattttatcaacttattatattatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatat 9332496  T
Q  304 aaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    |||||| |  ||||||||||||||||    
T  9332495 aaatagagcatcaagaacttggtaac 9332470  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 46 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 9305950 - 9305669
Alignment:
Q  46 acatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||    
T  9305950 acatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcaaaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 9305851  T
Q  146 ggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttatt-aat 243  Q
    |   |||||  ||||||||||||||||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||     
T  9305850 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaac--aagtgctgtatattttattaaaa 9305753  T
Q  244 ttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  9305752 atcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaata--gagtcaagaccttggtaac 9305669  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 8 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 9298127 - 9297890
Alignment:
Q  8 atgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcaga 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9298127 atgactaatgatgttttctgattgccaacactataaagacatggcagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatatcataagcatcttgcaga 9298028  T
Q  108 atatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctcta 206  Q
    ||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |   | |||||||||||| |    
T  9298027 ataacacatgcagtatcattaatatattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatccatattgacaccacatgctcaa 9297928  T
Q  207 caccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttc 246  Q
    |||||||  ||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  9297927 caccatccttaac--aactgctgcatattttattcatttc 9297890  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 8 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9288999 - 9288684
Alignment:
Q  8 atgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaata-tcataagcatcttgcag 106  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  9288999 atgactactgaggttttccgattgccaacacaaagaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcatttcaatattcat-agcatcttgcag 9288901  T
Q  107 aatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaa-gggaaatcctgcaggcaccacatgctct 205  Q
    |||| |||||||| ||||||| | | |||| |||||||||   |||||  ||||||||||||||||| ||| || || |  || ||||||||||||||||    
T  9288900 aataacacatgcagtatcattaataaattctcaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaatttatgtaggcaccacatgctct 9288801  T
Q  206 acaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataa 305  Q
    ||||||||  ||||  || |||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||    |||||| |||| || |||||||||||    
T  9288800 acaccatccttaac--aactgctgtctattttattaattttgttattatatgaacataataattatcaac----caatatcatgattagctcttatataa 9288707  T
Q  306 atagggagtcaagaacttggtaa 328  Q
    | || |||||||| |||||||||    
T  9288706 agagagagtcaagcacttggtaa 9288684  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 9293522 - 9293283
Alignment:
Q  6 tgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaata-tcataagcatcttgc 104  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  9293522 tgatgactaatgaggttttatgattgccaacactatgaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatattcat-agcatctagc 9293424  T
Q  105 agaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaa-gggaaatcctgcaggcaccacatgct 203  Q
    |||||| |||||||| | ||||| | | ||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||| ||| || || || || ||||||||||||||    
T  9293423 agaataacacatgcagtctcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgct 9293324  T
Q  204 ctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttc 246  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||  |||||||||||||||    
T  9293323 ctacaccatcattaac--aactgctgtctattttattaatttc 9293283  T

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Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Original strand, 9373026 - 9373344
Alignment:
Q  5 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaata-tcataagcatcttg 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||||||    
T  9373026 ttgatgactaatgatgttttctgattgccaacacaaagaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatattcat-ggcatcttg 9373124  T
Q  104 cagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgc 202  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | | ||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| || || |||||||||||||    
T  9373125 cagaataacacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgc 9373224  T
Q  203 tctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttata 302  Q
    ||||| |||||| ||||  || |||    ||||||||| ||||| ||  ||||| || || ||||||||||||    |||||| |||| || ||||||||    
T  9373225 tctactccatcattaac--aactgccctctattttattcatttcctttctatatgaacttgataattatcaac----caatatcatgattagctcttata 9373318  T
Q  303 taaatagggagtcaagaacttggtaa 328  Q
    |||| || ||||| || |||||||||    
T  9373319 taaagagagagtctagcacttggtaa 9373344  T

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Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 279
Target Start/End: Original strand, 9309464 - 9309748
Alignment:
Q  5 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatat------------tcatcatgcacctcaaactcatttcaatatca 92  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||            |||||||||| ||  |||  ||||||||||||    
T  9309464 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacattaggaagacatgccagttatatagtgaataatattcatcatgcatcttgaaccaatttcaatatca 9309563  T
Q  93 taagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcc-tgcag 191  Q
     | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |  |   |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9309564 ga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaagggaaatccatgcag 9309662  T
Q  192 gcaccacatgctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaat 279  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||  ||||| |   ||||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||||||||    
T  9309663 gcaccacatgctctaaaccatgattaac--aagtgataactattttattaatttacttattatatgaaattaataatcagcaaccaat 9309748  T

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Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 329
Target Start/End: Original strand, 9355873 - 9356204
Alignment:
Q  8 atgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccagctatat------------tcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||            |||||||||| ||  |||  |||||||||||| |     
T  9355873 atgactaatgaggttttctgattgccaacattaggaagacatgccagttatatagtgaataatattcatcatgcatcttgaaccaatttcaatatcaga- 9355971  T
Q  96 gcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggca 194  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||   |||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||| ||    
T  9355972 gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagcca 9356071  T
Q  195 ccacatgctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatac 294  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||  ||||| | | |||||||| |||||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||    || ||||||      
T  9356072 gcacatgctctaaaccatgattaac--aagtgatacctattttatcaatttccttattatatgaaattaataatcagcaaccaatatcaatcatgaatgg 9356169  T
Q  295 ctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    |||||||||||| || |||||| | ||||||||||    
T  9356170 ctcttatataaagagagagtcaggcacttggtaac 9356204  T

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Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 57 - 329
Target Start/End: Original strand, 9348564 - 9348834
Alignment:
Q  57 atattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatca 156  Q
    |||||||||||||| ||  |||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||      
T  9348564 atattcatcatgcatcttgaaccaatttcaatatcata-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatat 9348662  T
Q  157 aacaagcttaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacttaagtgctgcatattttattaatttcattattata 255  Q
     |||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| | ||||  ||||| | | |||||||| |||||| ||||||||    
T  9348663 gacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaac--aagtgatacctattttatcaatttccttattata 9348760  T
Q  256 tcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaac 329  Q
    | |  |||||||| | | ||||||    || ||||||   ||||||||||| || |||| | ||||||||||||    
T  9348761 tgagattaataatcagctaccaatatcaatcatgaatggatcttatataaagagagagtaaggaacttggtaac 9348834  T

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Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 54
Target Start/End: Original strand, 9348500 - 9348549
Alignment:
Q  5 ttgatgactaatgaggttttctgattgccaacactacaaagacatgccag 54  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||    
T  9348500 ttgatgactaatcaggttttctgtttgccaacattaggaagacatgccag 9348549  T

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