View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1402_low_15 (Length: 371)

Name: NF1402_low_15
Description: NF1402
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1402_low_15
NF1402_low_15
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (11-342)||(9305065-9305396)
chr5 (11-342)||(9301447-9301778)
chr5 (11-342)||(9373601-9373932)
chr5 (26-342)||(9351591-9351910)
chr5 (23-342)||(9297232-9297551)
chr5 (26-342)||(9331863-9332182)
chr5 (23-342)||(9292625-9292944)
chr5 (26-342)||(9367710-9368026)
chr5 (22-342)||(9356490-9356810)
chr5 (28-342)||(9288093-9288407)
chr5 (26-338)||(9349112-9349424)
chr5 (106-342)||(9328963-9329199)
chr5 (108-342)||(9361014-9361245)
chr5 (23-111)||(9310083-9310171)
chr5 (121-254)||(9307772-9307905)
chr5 (127-254)||(9355034-9355161)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (23-281)||(31476657-31476915)
chr8 (23-281)||(31466811-31467069)
chr8 (23-281)||(31502021-31502279)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9305396 - 9305065
Alignment:
Q  11 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305396 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 9305297  T
Q  111 tatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305296 tatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggaaaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 9305197  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305196 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaag 9305097  T
Q  311 accttgtttcagtgattacagttcttagagag 342  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9305096 accttgttgcagtgattacagttcttagagag 9305065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 11 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9301778 - 9301447
Alignment:
Q  11 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9301778 cacagaagcttgtttctcaccatcatggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 9301679  T
Q  111 tatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9301678 tatgttacacattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 9301579  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9301578 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaaaaaagatcaag 9301479  T
Q  311 accttgtttcagtgattacagttcttagagag 342  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9301478 accttgttgcagtgattacagttcttagagag 9301447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 342
Target Start/End: Original strand, 9373601 - 9373932
Alignment:
Q  11 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9373601 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacac 9373700  T
Q  111 tatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 210  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  9373701 catgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaacaagtgtagccgaatataaattc 9373800  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  9373801 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaag 9373900  T
Q  311 accttgtttcagtgattacagttcttagagag 342  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  9373901 accttgtcgcagttattacagttcttagagag 9373932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 26 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9351910 - 9351591
Alignment:
Q  26 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaattaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  9351910 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacatcatgttacaaattaa 9351811  T
Q  126 agaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatg 225  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9351810 cgaaaatgttcaatcaattcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattcttcacaaagaagatg 9351711  T
Q  226 aagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataa---agatcaagaccttgtttcag 322  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |||    
T  9351710 aagaagaacgtcacaaagttgattacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaattagatcaagaccttgttgcag 9351611  T
Q  323 tgattacagttcttagagag 342  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  9351610 tgattacagttcttagagag 9351591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9297551 - 9297232
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9297551 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagaattattggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacaccatgttacaaat 9297452  T
Q  123 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9297451 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaacaagtgtagccgaatataaatttttcactaagaag 9297352  T
Q  223 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttcag 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
T  9297351 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatatttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcag 9297252  T
Q  323 tgattacagttcttagagag 342  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  9297251 ttattacagttcttagagag 9297232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9332182 - 9331863
Alignment:
Q  26 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaattaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  9332182 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacatcatgttacaaattaa 9332083  T
Q  126 agaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatg 225  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9332082 cgaaaattttcaatcaattcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattcttcacaaagaagatg 9331983  T
Q  226 aagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataa---agatcaagaccttgtttcag 322  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |||    
T  9331982 aagaagaacgtcacaaagttgattacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaattagatcaagaccttgttgcag 9331883  T
Q  323 tgattacagttcttagagag 342  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  9331882 tgattacagttcttagagag 9331863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9292944 - 9292625
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaat 122  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || |||||||   ||||||||||    
T  9292944 tttctcaccatcagggtgagaaatttgtggaagagttgctggatggttcaatgaaagttttggatatctgtggcatcaccagggacatcgtgttacaaat 9292845  T
Q  123 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  9292844 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaaacattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 9292745  T
Q  223 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttcag 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  9292744 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgttgcac 9292645  T
Q  323 tgattacagttcttagagag 342  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  9292644 tgattacagttcttagagag 9292625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 26 - 342
Target Start/End: Original strand, 9367710 - 9368026
Alignment:
Q  26 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaattaa 125  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||  ||| |||||||||    
T  9367710 ctcaccgtcaaggtgagaaatttgttgaagagttgttggatggttcagtgaaaattttggatatctgcggcatcacaagggacaccgtgtcacaaattaa 9367809  T
Q  126 agaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatg 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  9367810 agaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaaggcagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatg 9367909  T
Q  226 aagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttcagtga 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9367910 aagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcgcttttgaatcaagatcaagaccttgttgcagtga 9368009  T
Q  326 ttacagttcttagagag 342  Q
    |||||||| ||||||||    
T  9368010 ttacagttattagagag 9368026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 342
Target Start/End: Original strand, 9356490 - 9356810
Alignment:
Q  22 gtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | || |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||    
T  9356490 gtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcggtgaaacttttagatatatgtggcatcacaagagacaccatgctacaaa 9356589  T
Q  122 ttaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9356590 ttaaagaaaatgttcaatcacttcactctgctcttagaaggagaaagggggattcaagcatcgaaactagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaa 9356689  T
Q  222 gatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttca 321  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  9356690 gatgaagaaaaatgtcgcaaagttgatcacatctttaaaacagatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaaaatcaagaccttgttgca 9356789  T
Q  322 gtgattacagttcttagagag 342  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  9356790 gtgattacagttcttagagag 9356810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 28 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9288407 - 9288093
Alignment:
Q  28 caccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaattaaag 127  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  9288407 caccatcgaggtgagaaatttgtcgaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacaccatgttacagattaaag 9288308  T
Q  128 aaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatgaa 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9288307 aaaatgttcaatcccttcactcttcccttagaaggagaaagagagattcaagcatcgaaacaagtgtagccgaatataaattattcacaaagaagatgaa 9288208  T
Q  228 gaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttcagtgatt 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9288207 gaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacgaatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgttgcagtgatt 9288108  T
Q  328 acagttcttagagag 342  Q
    |||||||||||||||    
T  9288107 acagttcttagagag 9288093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 26 - 338
Target Start/End: Original strand, 9349112 - 9349424
Alignment:
Q  26 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaattaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9349112 ctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcggtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacaccatgttacaaataaa 9349211  T
Q  126 agaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  9349212 agaaaatgttcaatcacttcagtcttctcttagaaggagaaagggaaaatcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacgaagaagatg 9349311  T
Q  226 aagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaagaccttgtttcagtga 325  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||    
T  9349312 aagaaaaatgtcataaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgctgctgtga 9349411  T
Q  326 ttacagttcttag 338  Q
    |||||||||||||    
T  9349412 ttacagttcttag 9349424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 106 - 342
Target Start/End: Original strand, 9328963 - 9329199
Alignment:
Q  106 gacactatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatata 205  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9328963 gacaccatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctattagaaggagaaaaggagaatcaagcattgaaaaatgtgtagcagaatata 9329062  T
Q  206 aatttttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaaga 305  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9329063 aattattcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatctcatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaataaaga 9329162  T
Q  306 tcaagaccttgtttcagtgattacagttcttagagag 342  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9329163 tcaagaccttgttgcagtgattacagttcttagagag 9329199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 108 - 342
Target Start/End: Original strand, 9361014 - 9361245
Alignment:
Q  108 cactatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaa 207  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9361014 cactttgtaacaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactcttctcttagaaggagaaaaggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaa 9361113  T
Q  208 tttttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatc 307  Q
    || ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9361114 ttcttcacaaaga---tgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatc 9361210  T
Q  308 aagaccttgtttcagtgattacagttcttagagag 342  Q
    ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9361211 aagaaattgttgcagtgattacagttcttagagag 9361245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 111
Target Start/End: Original strand, 9310083 - 9310171
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacact 111  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  9310083 tttctcaccatcatggcgagaaatttgtcgaagaattgttggatggttcagtgaaagttttggatatttgtggcatcacaagggacact 9310171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9307905 - 9307772
Alignment:
Q  121 attaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaaga 220  Q
    ||||| ||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||  ||    
T  9307905 attaaggaaaatgttcaagtactttactctgctcttagaaggataaaatgggattgaagcattgaaaaaagtgtagctaaatataacttcttctcagtga 9307806  T
Q  221 agatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatc 254  Q
    |||||||||||||||  |  ||||||||||||||    
T  9307805 agatgaagaagaatgctaggaagttgatcacatc 9307772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9355161 - 9355034
Alignment:
Q  127 gaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaagatga 226  Q
    |||||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||||  | |||| |||||   |||||||||||||  ||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  9355161 gaaaatgttcaggcactttattctgctcttagaaggagaaaatgggattgaagcaacaaaaaaagtgtagctaaatataacttattctcaatgaagatga 9355062  T
Q  227 agaagaatgtcacaaagttgatcacatc 254  Q
    |||||||||  |  ||||||||||||||    
T  9355061 agaagaatgctaggaagttgatcacatc 9355034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 281
Target Start/End: Original strand, 31476657 - 31476915
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaat 122  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||     
T  31476657 tttctcaccatcaaggtgaaaaatgtgtggaagagttgttggatagttctatgagaatcttggatatatgtggcatcacaagggacaccattttgcaaac 31476756  T
Q  123 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | |||||||||||||| || || ||||| || ||||||||  |||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||    
T  31476757 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttctctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaagaagtgtggcagaatacaaattcttcacaaaaaag 31476856  T
Q  223 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttgg 281  Q
    ||||| || ||||| |  ||||||||||||||||| || || ||| | |||||||||||    
T  31476857 atgaaaaaaaatgttaacaagttgatcacatctttgaagcacatgaatagtaaatttgg 31476915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 281
Target Start/End: Original strand, 31466811 - 31467069
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaat 122  Q
    |||||||||||  |||||||||||   | |||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||| || | ||| || ||  | |||||    
T  31466811 tttctcaccatagaggtgagaaatgcattgaagaggtgttggatagttcaatgagaattttggatatttgtggcatcactaaggatacaattcttcaaat 31466910  T
Q  123 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | |||||||||| ||| || || ||||| || ||||||||  |||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||   |    
T  31466911 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttgtctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaagaagtgtggaagaatacaaatttttcacaaaactg 31467010  T
Q  223 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttgg 281  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||||||    
T  31467011 atgaagaaaaatgtcaccaagttgatcacaagtttgaagcatatggatagtaaatttgg 31467069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 281
Target Start/End: Original strand, 31502021 - 31502279
Alignment:
Q  23 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacactatgttacaaat 122  Q
    |||||||||||  |||||||||||   | |||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||  | |||||    
T  31502021 tttctcaccatagaggtgagaaatgcattgaagaggtgttggatagttcaatgagaattttggatatttgtggcatcactagggatacaattcttcaaat 31502120  T
Q  123 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaatttttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | |||||||||| ||| || || ||||| || ||||||||  |||||| ||||||  || |||| ||||| |||||||| |||    
T  31502121 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttgtctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaataagtgtgacacaatacaaattcttcacaaaaaag 31502220  T
Q  223 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttgg 281  Q
    ||||| || ||||| |  ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  31502221 atgaaaaaaaatgttaacaagttgatcacatctttgaagcaaatggatagtaaatttgg 31502279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University