View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14031_low_3 (Length: 748)

Name: NF14031_low_3
Description: NF14031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14031_low_3
NF14031_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-730)||(54472133-54472875)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 730
Target Start/End: Original strand, 54472133 - 54472875
Alignment:
Q  1 aaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472133 aaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttata 54472232  T
Q  101 tgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttcnnnnnnna 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  54472233 tgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttcttttttta 54472332  T
Q  201 ataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatggaggaag------------ttaattaattaatgattcatagcctattcttann 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  54472333 ataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaattaatgattcatagcctattcttatt 54472432  T
Q  289 nnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgtt 388  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472433 tttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgtt 54472532  T
Q  389 gcaaatgtagaaaccgttagatatnnnnnnnnnn-gttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaa 487  Q
    |||||||||||||| || ||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472533 gcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaa 54472632  T
Q  488 ggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttac 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472633 ggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttac 54472732  T
Q  588 acgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctaatcttttaaga 687  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54472733 acgaaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctattcttttaaga 54472832  T
Q  688 tgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgtt 730  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472833 tgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgtt 54472875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University