View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14031_low_5 (Length: 692)

Name: NF14031_low_5
Description: NF14031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14031_low_5
NF14031_low_5
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-596)||(9421289-9421867)
chr5 (18-591)||(7289238-7289811)
chr5 (31-190)||(43104251-43104410)
chr5 (31-190)||(22035458-22035617)
chr5 (31-190)||(22038684-22038843)
chr5 (31-190)||(36700063-36700222)
chr5 (597-641)||(41282676-41282720)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (50-596)||(17761080-17761624)
chr1 (18-554)||(45532927-45533464)
chr1 (31-190)||(14159653-14159812)
chr1 (31-302)||(28139200-28139471)
chr1 (31-302)||(28142451-28142722)
chr1 (51-190)||(25663463-25663602)
chr1 (39-157)||(1941373-1941491)
chr1 (607-692)||(43882436-43882517)
chr1 (597-654)||(43883424-43883481)
chr1 (74-189)||(26639926-26640041)
chr1 (607-692)||(9419380-9419466)
chr1 (608-692)||(7384470-7384555)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (18-596)||(27498457-27499035)
chr2 (18-596)||(29445764-29446342)
chr2 (18-417)||(27196230-27196630)
chr2 (18-260)||(4697237-4697479)
chr2 (116-598)||(29434137-29434618)
chr2 (37-190)||(6277522-6277675)
chr2 (31-190)||(35076513-35076672)
chr2 (31-190)||(35079771-35079930)
chr2 (597-691)||(5695961-5696056)
chr2 (607-692)||(31559117-31559203)
chr2 (597-652)||(5694998-5695053)
chr2 (459-554)||(27196673-27196768)
chr2 (601-679)||(42827725-42827804)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (18-596)||(53188964-53189541)
chr3 (18-598)||(6765601-6766181)
chr3 (18-596)||(6731065-6731643)
chr3 (31-302)||(10558398-10558669)
chr3 (597-692)||(26538551-26538646)
chr3 (26-190)||(9237183-9237349)
chr3 (64-192)||(3165225-3165353)
chr3 (64-190)||(19193339-19193466)
chr3 (60-189)||(28717147-28717276)
chr3 (597-692)||(1677355-1677451)
chr3 (597-676)||(27362037-27362116)
chr3 (597-665)||(5385980-5386048)
chr3 (597-654)||(55197939-55197996)
chr3 (597-676)||(27320272-27320351)
chr3 (598-654)||(1678357-1678413)
chr3 (607-669)||(34594636-34594698)
chr3 (597-641)||(25529529-25529573)
chr3 (600-667)||(16196463-16196530)
chr3 (597-654)||(5386830-5386887)
chr3 (497-554)||(19192974-19193031)
chr3 (597-662)||(27319816-27319881)
chr3 (597-653)||(27361546-27361602)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (31-554)||(11756137-11756660)
chr7 (31-302)||(5190051-5190322)
chr7 (31-302)||(1634043-1634314)
chr7 (31-302)||(1637288-1637559)
chr7 (31-302)||(44673383-44673654)
chr7 (60-214)||(21659424-21659578)
chr7 (51-190)||(20436357-20436496)
chr7 (597-673)||(5975266-5975342)
chr7 (601-679)||(41385379-41385458)
chr7 (600-663)||(44815641-44815704)
chr7 (75-134)||(22721866-22721925)
chr7 (93-137)||(23611528-23611572)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (20-263)||(33578613-33578856)
chr8 (37-302)||(5951613-5951878)
chr8 (37-302)||(33382847-33383112)
chr8 (37-190)||(2848183-2848336)
chr8 (51-190)||(15929031-15929170)
chr8 (93-187)||(8856362-8856456)
chr8 (93-187)||(8857835-8857929)
chr8 (607-692)||(7274242-7274328)
chr8 (597-676)||(27410167-27410246)
chr8 (597-676)||(37964221-37964300)
chr8 (597-654)||(7273280-7273337)
chr8 (597-677)||(27410836-27410916)
chr8 (597-673)||(37963678-37963754)
chr8 (93-188)||(9069504-9069599)
chr8 (78-142)||(29353950-29354014)
chr8 (75-148)||(19490484-19490557)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (18-263)||(12193990-12194235)
chr4 (33-274)||(14616915-14617155)
chr4 (53-227)||(22755201-22755376)
chr4 (31-190)||(48962060-48962219)
chr4 (31-187)||(54899406-54899562)
chr4 (48-187)||(22884681-22884820)
chr4 (48-187)||(22936345-22936484)
chr4 (39-256)||(12705518-12705735)
chr4 (597-692)||(20946233-20946329)
chr4 (597-692)||(2671918-2672015)
chr4 (500-553)||(22754873-22754927)
chr4 (597-654)||(20947236-20947293)
chr4 (597-654)||(2672611-2672668)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (33-274)||(200222-200462)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (31-325)||(15394508-15394800)
chr6 (31-263)||(12489446-12489677)
chr6 (31-302)||(964246-964517)
chr6 (60-190)||(27315478-27315608)
chr6 (386-554)||(15394816-15394982)
chr6 (31-190)||(20110376-20110535)
chr6 (600-692)||(1134471-1134564)
chr6 (132-302)||(16567266-16567436)
chr6 (601-679)||(19597549-19597628)
[»] scaffold0146 (2 HSPs)
scaffold0146 (38-190)||(35435-35592)
scaffold0146 (130-190)||(29427-29487)
[»] scaffold1206 (1 HSPs)
scaffold1206 (39-190)||(1766-1917)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (48-246)||(156642-156839)
[»] scaffold0050 (1 HSPs)
scaffold0050 (74-186)||(41520-41632)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Original strand, 9421289 - 9421867
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421289 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagctagtacagaatcatctcttgacctaatcgcaaaggacttagctactcatggctaaagcataa 9421388  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421389 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgaattttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 9421488  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9421489 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattcttgattcgccaaaatcgtagcccgatccaataaa 9421588  T
Q  318 tcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaa 417  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9421589 tcggagcacgatttcttcttaatcttcaaaatctgtctgacgctcctcaaaatcggagcacgatggaattccatcgtagcccaatattttacgtagcaaa 9421688  T
Q  418 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421689 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaa 9421788  T
Q  518 cttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421789 cttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacataaaaaaactaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 9421867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 7289811 - 7289238
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7289811 tcataaatgtaagagtttcaggttacatccacatgagctagtacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggacttagctactcatggctaaagcataa 7289712  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7289711 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataacaggctatgagttttgatggtttcccaccttttgctcagtgattcagctccaaaagta 7289612  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagccc-aatccaataa 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||  ||    
T  7289611 tgattttctctctaaaaattcgaacccctccttcagaaaacaacttggcttttatagt-acaaatctgggttcgccaaaatcgtagcccgattccataaa 7289513  T
Q  317 atcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctg-cctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagca 415  Q
    |||||||||| ||||||  ||||  | | ||||| |  |  ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7289512 atcggagcacgatttctcattaaagtccaaaatcagaacacacgctcctccaaatcagagcacgatgggattccatcggagcccgattttttacgtagca 7289413  T
Q  416 aaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacga-ttttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttc 514  Q
    || ||| | ||| | | ||| ||||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||||| | | |||||||||||||   || |||||| || ||||    
T  7289412 aaagctacaaaattaggccataaatcgggctatgatgcaaaatatcggagcacgatttttctacttccttcaagtatcaattctg-tcttttctaacttc 7289314  T
Q  515 aaacttatgcaaa-aacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgt 591  Q
     ||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||        | |||||||||||||||||||||||||||    
T  7289313 taacttgtgcaaacaacatctgaactcaactaaaattacataaaaat--tgagccaaaagtaatgcatgacctagtgt 7289238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Original strand, 43104251 - 43104410
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |    
T  43104251 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatatga 43104350  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43104351 aagaaggattcattacatgaaattggcaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 43104410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 22035617 - 22035458
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  22035617 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 22035518  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22035517 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagtttcgatggtctcacacctt 22035458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 22038843 - 22038684
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  22038843 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 22038744  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22038743 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagtttcgatggtctcacacctt 22038684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 36700222 - 36700063
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |    
T  36700222 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaatggatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatataa 36700123  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||||    
T  36700122 aagaaggattcattacatgaaattgttaatcagatatgagttttgatggtctccaacctt 36700063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 641
Target Start/End: Original strand, 41282676 - 41282720
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcat 641  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  41282676 catttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcaatcatcat 41282720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 17761624 - 17761080
Alignment:
Q  50 atgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatg 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17761624 atgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaaggacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgatgaagaagaattcattacatg 17761525  T
Q  150 aaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaattcgaacccttctt 249  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761524 aaattgataactggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaattcgaacccttctt 17761425  T
Q  250 tcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaatcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaat 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||     
T  17761424 tcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaattgtagcccgatccaataaatcggagcacgatttcttcttaatcttcaaaac 17761325  T
Q  350 ctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacg 449  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761324 ctgtctgacactcctcaaaatcggagcacgatggaattctatcgtagcccgatattttacgtagcaaaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacg 17761225  T
Q  450 atgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaat 549  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761224 atgccagaaattggagcacgattttctgctttcttcaagtatcaaaattgttcttttgtaacttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaat 17761125  T
Q  550 tacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    |||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17761124 tacat--aaaaactaagccaaaagtaatggatgacctagtgtcatca 17761080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 554
Target Start/End: Original strand, 45532927 - 45533464
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagct-attacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcata 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  45532927 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgaggttagtacagaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatggctaaagcata 45533026  T
Q  117 aataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagt 216  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533027 aataactaataataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagt 45533126  T
Q  217 atgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||  ||    
T  45533127 atgattttctctccaaaaattcgaacccttgcctcagaaaacaacttggcttttataatgaaaattttggattcgccaaaa-cgtagcccgatgcagaaa 45533225  T
Q  317 atcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaa-tctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagca 415  Q
    |||| ||||| ||| ||  ||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533226 atcgaagcacgattgctcattaatcttcaaaacttggtctgacgctcctcaaaatcggagcacgatgggtttccatcgtagcccgatattttacgtagca 45533325  T
Q  416 aaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttca 515  Q
    || |||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||| |||||| |||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45533326 aaagcttccaaacttgaccaaaaattggactacaatgcaagaaatcagagcacaatttcctgcttccttcaagtatcaaatttgttcttttgtagcttca 45533425  T
Q  516 aacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacat 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533426 aacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacat 45533464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Original strand, 14159653 - 14159812
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  14159653 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatcgagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaa 14159752  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14159753 aagaagaatttattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 14159812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 28139200 - 28139471
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  28139200 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 28139299  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  28139300 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 28139399  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  28139400 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 28139471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 28142451 - 28142722
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  28142451 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 28142550  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  28142551 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 28142650  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  28142651 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 28142722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Original strand, 25663463 - 25663602
Alignment:
Q  51 tgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatga 150  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  25663463 tgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcagaaaggatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaaaagaaaaattcattacatga 25663562  T
Q  151 aattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    | ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  25663563 acttggtaaccggatatgatttttgatggtgtcccacctt 25663602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 1941491 - 1941373
Alignment:
Q  39 gttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaa 138  Q
    |||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||| |    
T  1941491 gttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaagatctagctactcatggctaaaacacaaataactaatgtaaaagaagga 1941392  T
Q  139 ttcattacatgaaattgat 157  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1941391 ttcattacatgaaattgat 1941373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 607 - 692
Target Start/End: Original strand, 43882436 - 43882517
Alignment:
Q  607 aacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgca-aaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  43882436 aacaatgtattctcattccatttgtcaatcatgat-----gagttgccaatatgtggttgcagaaaaattatgaggatgttcatctc 43882517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 43883481 - 43883424
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  43883481 cattttcttcgacaatgttttctcatttcatttctcattcatcatcaaatgggttgcc 43883424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 189
Target Start/End: Original strand, 26639926 - 26640041
Alignment:
Q  74 tgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttt 173  Q
    ||||||||||  |||  |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |   |||| ||| |||||| |||||| ||||| || |||||| | |||    
T  26639926 tgacctaatctgaaagaacttagctactcatagataaagcacaaataactattacaaaagtagagttcattgcatgaatttgatgactggctataatttt 26640025  T
Q  174 tgatggtctcccacct 189  Q
    | ||||| ||||||||    
T  26640026 ttatggtttcccacct 26640041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 607 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 9419466 - 9419380
Alignment:
Q  607 aacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| || |||  ||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||||    
T  9419466 aacaatgtcttctcattccatttctcaatcatcatcaattgagttccctatacatggttacaacaaaataatgaagatgttcatctc 9419380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 608 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 7384555 - 7384470
Alignment:
Q  608 acaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    ||||||| |||||||||||||  | | ||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  7384555 acaatgtcttctcatttcattgctaattcatcttcaattgagttgcctatatgtgcgtgcaacaaaattatgaggatgttcatctc 7384470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 27499035 - 27498457
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27499035 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagttagtacagaatcatctcttgacctaatcacaacagacttagctactcatggctaaagcataa 27498936  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498935 ataactaatgataaagaagaattcattacatgagattgataaccggctataagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 27498836  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  27498835 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaaatctggattcgccgaaatcgtagcccgatcccataaa 27498736  T
Q  318 tcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaa 417  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27498735 tcggagcacgatttaatcttaatcttcaaaatctgtctgacgctcctcaaaatcggagcacgatggaattacatcgtagcccgattttttacgtagcaaa 27498636  T
Q  418 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttt-tgtagcttcaa 516  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  27498635 agcttccaaacttgaccacaaatcgggctacgatggcagaaatcggagcacgatttcctgcattcttcaagcatcaaaattgttctttctgtagcttcaa 27498536  T
Q  517 acttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498535 acttatgcaaaaacacctgaactcatctagaattacataaaaaat-taagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 27498457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Original strand, 29445764 - 29446342
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  29445764 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagctagtacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatttagctactcatggctaaagcataa 29445863  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29445864 ataactaatgataaagaagaattcattacataaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 29445963  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaac-ccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagccc-aatccaata 315  Q
    |||| || ||||||||| || |||| |||||  ||||||| | |||||||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||  |    
T  29445964 tgatattttctccaaaattttgaacgccttc-ctcagaaaacaacttggcttttataat-acaaatctggtttcgccaaaatcgtagcccgattccataa 29446061  T
Q  316 aatcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctg-cctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagc 414  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  | | ||||| |  |  ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  29446062 aatcggagcacaatttctcattaaagtccaaaatcagatcacacgctcctccaaatcggagcacgatgggcttccatcggagcccgattttttatgtagc 29446161  T
Q  415 aaaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgatttt-ctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagctt 513  Q
    ||| ||| | ||| | | ||| |||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||   || |||||||||||||    
T  29446162 aaaagctacaaaattaggccataaatcgggctacgatgctgaatatcggagcacgattttcctgcttccttcaagtatcaattctg-tcttttgtagctt 29446260  T
Q  514 caaacttatgcaaa-aacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    | |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||       || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29446261 ctaacttatgcaaacaacaactgaactcaactaaaattacat--aaagactgagccaaaagtaatgcatgacctaatgtcatca 29446342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Original strand, 27196230 - 27196630
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatg-acttagctactcatggctaaagcata 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  27196230 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagctagtacagaatcatctcttgacctaagcacaaaaggacttagctactcatggctaaagcata 27196329  T
Q  117 aataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196330 aataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagt 27196429  T
Q  217 atgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | | |||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||  |  ||    
T  27196430 atgattttctctccaaaaattcgaacccttgcctcagaaaacaatttggcttttatagtaaaaaatctgggttcgctaaaatcgtagcccgatgtagaaa 27196529  T
Q  317 atcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctg-acgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagca 415  Q
    |||||||||| ||||||  |||||  || |||||||  || ||||||| | ||||||||||| |||||  | |||||| |   |||||||||||||||||    
T  27196530 atcggagcacgatttctcattaat-atccaaatctgattgcacgctccaccaaatcggagcacgatgggttaccatcggactacgatattttacgtagca 27196628  T
Q  416 aa 417  Q
    ||    
T  27196629 aa 27196630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Original strand, 4697237 - 4697479
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4697237 tcataaacgtaagagtttcaggttacaaccacatgagctattacataatcatctcttgacctaatcacaaaggacttagctactcatggctaaaacataa 4697336  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697337 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataactggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 4697436  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcga 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  4697437 tgattttctctccaaaaattcgaacccttcctccagaaatcga 4697479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 116 - 598
Target Start/End: Original strand, 29434137 - 29434618
Alignment:
Q  116 aaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaag 215  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29434137 aaataaataataaaaaagaagaattcattacatgaaattgataaccggttataagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctctaaaag 29434236  T
Q  216 tatgattttctctccaaaaattcgaac-ccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagccc-aatccaa 313  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||| | | || ||||  ||||||||||||||||||| | ||||     
T  29434237 tatgatttt-tctccaaaatttcgaactccttc-ctcagaaaacaacttggcttttataat-acaaatctgatttcgccaaaatcgtagcccgattccat 29434333  T
Q  314 taaatcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctg-cctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgta 412  Q
     |||||||||||| ||||||  ||||  | | ||||| |  |  ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  29434334 aaaatcggagcacgatttctcattaaagtccaaaatcagatcacacgctcctccaaatcggagcacgatgggcttccatcggagcccgattttttacgta 29434433  T
Q  413 gcaaaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgatttt-ctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagc 511  Q
    ||||| ||| | ||| | | ||| |||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||   || |||||||||||    
T  29434434 gcaaaagctacaaaattaggccataaatcgggctacgatgctgaatatcggagcacgattttcctgcttccttcaagtatcaattctg-tcttttgtagc 29434532  T
Q  512 ttcaaacttatgcaaa-aacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatcaca 598  Q
    ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434533 ttctaacttgtgcaaacaacacctgaactcaactagaattacat--aaaaactgagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatcaca 29434618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 190
Target Start/End: Original strand, 6277522 - 6277675
Alignment:
Q  37 aggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaag 136  Q
    |||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  6277522 aggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaagatctagatactcatggctaaaacataaataactaatgtaaaagaag 6277621  T
Q  137 aattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6277622 gattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 6277675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 35076672 - 35076513
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  35076672 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 35076573  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35076572 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacacctt 35076513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 35079930 - 35079771
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  35079930 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 35079831  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35079830 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacacctt 35079771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 597 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 5696056 - 5695961
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgca-aaaaattatgatgatgtccatct 691  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  5696056 catttcattgaacaatgtattctcattccatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcagaacaattatgaggatgttcatct 5695961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 607 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 31559203 - 31559117
Alignment:
Q  607 aacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||    
T  31559203 aacaatgtcttctcattccatttctcaatcatcatcaattgagttgcctatatgtggttgcaacaaaataatgaggatgttcatctc 31559117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 597 - 652
Target Start/End: Original strand, 5694998 - 5695053
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttg 652  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  5694998 catttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcattcatcatcaaatgagttg 5695053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 554
Target Start/End: Original strand, 27196673 - 27196768
Alignment:
Q  459 atcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacat 554  Q
    ||||||| |||||||  ||| | ||| |||| |||||  || |||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  27196673 atcggagtacgatttcttgcttccttaaagtgtcaaatctgctcttttgtagctccaaccttatgcgaaaactcctgaactccactaaaattacat 27196768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 601 - 679
Target Start/End: Original strand, 42827725 - 42827804
Alignment:
Q  601 tccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatga 679  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||||||| |||||||| || || || |||||||| ||||||||||    
T  42827725 tccttcaacaatgtcttctaattccattactcaatcatcatccaatgagttacctatgtgcggttgcaacaaaattatga 42827804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 53189541 - 53188964
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189541 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagttaatacagaatcatctcttgacctaatcgcaaaagacttagctactcatggctaaagcataa 53189442  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189441 ataactaataataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 53189342  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaa 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  53189341 tgattttctctccaaaaatttgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagagaaaaatctggattcgccgaaatcgtagcccgatccaataaa 53189242  T
Q  318 tcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaa 417  Q
    ||||||||| ||||| | ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53189241 tcggagcacgatttcatattagtcttcaaaatctgtctgacgctcctcaaaatcggagcacgattgaactccatcgtagcccgattttttacgtagcaaa 53189142  T
Q  418 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttt-tgtagcttcaa 516  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53189141 ggattccaaacttgaccagaaatcggactacgatgccagaaatcggagcacgatttcctgcatccttcaagtatcaaaattgttctttctgtagcttcaa 53189042  T
Q  517 acttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53189041 acttatgcaaaaacacctgaactcatctagaattacat--aaaaactaagccaaaagtaatgcatgatctagtgtcatca 53188964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 598
Target Start/End: Original strand, 6765601 - 6766181
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6765601 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagttagtacagaatcatctcttgacctaatcacaacagacttagctactcatggctaaagcataa 6765700  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6765701 accactaatgataaagaagaattcattacatgagattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgcccagtgatccagctccaaaagta 6765800  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  6765801 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagcggcaaatctggattcgccgaaatcgtagcccgatcccataaa 6765900  T
Q  318 tcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaa 417  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6765901 tcggagcacgatttaatcttaatcttcaaaatctgtctgacgctcctcaaaatcggagcacgatggaattccatcgtagcccgattttttacgtagcaaa 6766000  T
Q  418 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttt-tgtagcttcaa 516  Q
     ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6766001 agcttccagacttgaccacaaatcgggctacgatggcagaaatcggagcacgatttcctgcattcttcaagcatcaaaattgttctttctgtggcttcaa 6766100  T
Q  517 acttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatcaca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6766101 acttatgcaaaaacacctgaactcatctagaattacat-aaaaaactaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatcaca 6766181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 6731643 - 6731065
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6731643 tcataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagttagtacaaaatcatctcttgacctaatcacaacagacttagctactcatggctaaagcataa 6731544  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6731543 accactaatgataaagaagaattcattacatgagattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgcccagtgatccagctccaaaagta 6731444  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  6731443 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagcggcaaatctggattcgccgaaatcgtagcccgatcccataaa 6731344  T
Q  318 tcggagcacaatttcttcttaatcttcgaaatctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaa 417  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6731343 tcggagcacgatttaatcttaatcttcaaaatctgtctgacgctcctcaaaatcggagcacgatggaattccatcgtagcccgattttttacgtagcaaa 6731244  T
Q  418 ggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttt-tgtagcttcaa 516  Q
     ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6731243 agcttccagacttgaccacaaatcgggctacgatggcagaaatcggagcacgatttcctgcattcttcaagcatcaaaattgttctttctgtggcttcaa 6731144  T
Q  517 acttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacatnnnnnnnctaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6731143 acttatgcaaaaacacctgaactcatctagaattacat-aaaaaactaagccaaaagtaatgcatgacctagtgtcatca 6731065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 10558398 - 10558669
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  10558398 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 10558497  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  10558498 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 10558597  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  10558598 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 10558669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 597 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 26538646 - 26538551
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  26538646 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgatttgtcaatatgtggttgcaaaaaattatgaggatgttcatctc 26538551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9237349 - 9237183
Alignment:
Q  26 gtaaaagtttcaggttacatccacatgagct-attacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataacta 124  Q
    |||| |||||||||||||||    ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9237349 gtaagagtttcaggttacataagtatgagcttaatacataatcatctcttgacctaatcacaaaggatttagctactcatggctaaagcataaataacta 9237250  T
Q  125 atgataaagaagaattcattacatgaaat-tgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||  ||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  9237249 atgtaaaagaaagcttcattacatgaattcggataaccggcaatgagttttgatagtcccccacctt 9237183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 64 - 192
Target Start/End: Original strand, 3165225 - 3165353
Alignment:
Q  64 aatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccgg 163  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||| |||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||||||||     
T  3165225 aatcatctagtgacctagtcacaaaagacttacctattcatggttaaagcacaaataactaatataaaagaaggattcattacatgaatttgataaccga 3165324  T
Q  164 ctatgagttttgatggtctcccacctttt 192  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3165325 ctatgagtttttatggtctcccacctttt 3165353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 19193466 - 19193339
Alignment:
Q  64 aatcatctcttgacctaatcacaaatgact-tagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccg 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |  | |||||| |||| ||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| |||||     
T  19193466 aatcatctcttgacctaatcacaatagcttctagctagtcattgctaaagcacaaataactaatatgaaagaaggattcattacatgaaattggtaacca 19193367  T
Q  163 gctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||    
T  19193366 gatatgcgttttgatggtctcccacctt 19193339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 60 - 189
Target Start/End: Original strand, 28717147 - 28717276
Alignment:
Q  60 acagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataa 159  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||  || ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||    
T  28717147 acagaatcatctagggacctaatcataaagaacctagatactcatggataaagcacaaataactaatacaaaagtaggattcattacatgaatttgataa 28717246  T
Q  160 ccggctatgagttttgatggtctcccacct 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28717247 ccggctatgagttttgacggtcttccacct 28717276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 597 - 692
Target Start/End: Original strand, 1677355 - 1677451
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgca-aaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  1677355 catttcattgaacaatgtcttctcattccatttgtcaattatcatcaaatgagttgccaatacgtggttgcagaaaaattatgaggatgttcatctc 1677451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 597 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 27362116 - 27362037
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaatta 676  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||    
T  27362116 catttccttcaacaatgtcttatcatttcatttctcaatcatcatcaaatgagttgcatataggtgggtgaaaaaaatta 27362037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 597 - 665
Target Start/End: Original strand, 5385980 - 5386048
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggtt 665  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  5385980 catttcattcaacaatgtcttctcatttcatttatcaatcatcatctaatgagttgcctatttgtggtt 5386048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 55197996 - 55197939
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  55197996 catttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcattcatcatcaaatgagttgcc 55197939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 597 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 27320351 - 27320272
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaatta 676  Q
    |||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||    
T  27320351 catttccttcaacaatatcttatcattccatttctcaatcatcatcaaatgagttgcatataggtgggtgaaaaaaatta 27320272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 1678413 - 1678357
Alignment:
Q  598 atttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  1678413 atttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcattcatcataaaatgagttgcc 1678357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 607 - 669
Target Start/End: Original strand, 34594636 - 34594698
Alignment:
Q  607 aacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa 669  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| | |||||||    
T  34594636 aacaatgtcttctcatttcatttctcaaccatcatcaattgagttgcctatatatagttgcaa 34594698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 25529573 - 25529529
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcat 641  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  25529573 catttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcaatcatcat 25529529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 600 - 667
Target Start/End: Original strand, 16196463 - 16196530
Alignment:
Q  600 ttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgc 667  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||  | ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  16196463 ttccttcaacaatgtcttcttattccacctctcaatcatcatcatatgacttgcctatatgtggttgc 16196530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 5386887 - 5386830
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  5386887 catttcattcaataatgtcttctcattctatttatcaatcatcatctaatgagttgcc 5386830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 497 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 19193031 - 19192974
Alignment:
Q  497 ttgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacat 554  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| | ||||||||    
T  19193031 ttgttcttttgcagcttcaaactcatgcataatcacctaaactcaaccaaaattacat 19192974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 662
Target Start/End: Original strand, 27319816 - 27319881
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtg 662  Q
    |||||||||| | ||||| |||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||  |||||||    
T  27319816 catttccttccataatgtcttctgatttcatttctgagtcatcatcaaatgagttgcttatatgtg 27319881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 653
Target Start/End: Original strand, 27361546 - 27361602
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgc 653  Q
    |||||||||| | |||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  27361546 catttccttccataatgtcgtctgatttcatttctcagtcatcatcaaatgagttgc 27361602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 554
Target Start/End: Original strand, 11756137 - 11756660
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11756137 agtttcaggttacataagcatgagctagtacagaatcatct-ttgacctaatcacaacggatttagctactcatggctaaagcacaaataactaatgata 11756235  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  11756236 aagaagaattcattacatgtaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttctgctcagtgatccagctccaaaagtacgtttttctctcc 11756335  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaatcggagcacaatt 330  Q
    |||| |||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||||||||| |||    
T  11756336 aaaatttcgaacccttgcctcagaaaacaacttggcttttataataaaaattctggattcaccaaaatcgtagcccgatgcacaaaatcggagcacgatt 11756435  T
Q  331 tcttcttaatcttcgaaa-tctgcctgacgctcctcaaaatcggagcatgatggaattccatcgtagcccgatattttacgtagcaaaggcttccaaact 429  Q
     ||  ||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11756436 gctcattaatcttcaaaacttggtctgacgctcctcaaaatcagagcacgatgggtttccatcgtagcccgatattttacgtagcaaaagcttccaaact 11756535  T
Q  430 tgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttcaagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaa 529  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11756536 tgaccaaaaatcagactacgatgcaagaaatcagagcatgatttcctgcttccttcaagtatcaaatttgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaa 11756635  T
Q  530 cacctgaactcaactagaattacat 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  11756636 cacctgaactcaactagaattacat 11756660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 5190051 - 5190322
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  5190051 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctagtcacaaaagatctaactactcatggctaaagcacaaataactaatgtaa 5190150  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||   ||| |||||||||||  | || | |||||    
T  5190151 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccaccttctctccagatctcctgctccaaaagtccgtttctttctcc 5190250  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||| ||||||||| |   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  5190251 aaaatttcgaacccctggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 5190322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 1634043 - 1634314
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  1634043 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 1634142  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  1634143 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 1634242  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  1634243 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 1634314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 1637288 - 1637559
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  1637288 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 1637387  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  1637388 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 1637487  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  1637488 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 1637559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Original strand, 44673383 - 44673654
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  44673383 agttgcaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatctagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaa 44673482  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | |||||    
T  44673483 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccgaatatgagtttcgatggtctcacaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctcc 44673582  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||  ||| |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  44673583 aaattttccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 44673654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 60 - 214
Target Start/End: Original strand, 21659424 - 21659578
Alignment:
Q  60 acagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||  |||||||||||  || |||  |||||||||||||| |||| ||    
T  21659424 acagaatcatctcttgacctaatcacaaaggatttagctactcgtggctaaagcacgaataactaatgtaaaggaaatattcattacatgaatttgacaa 21659523  T
Q  160 ccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaa 214  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||   |||||||||||||    
T  21659524 ccggctatgagttttgatggcctcccaccttcttctcagatctccagctccaaaa 21659578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 20436496 - 20436357
Alignment:
Q  51 tgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatga 150  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||  |||||||||||||    
T  20436496 tgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaatagatttagctactcatggctaaagcacaaataactaatatgaaagaaagattcattacatga 20436397  T
Q  151 aattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    ||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  20436396 aattggtaactggataagagttttgatggtctcccacctt 20436357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 597 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 5975342 - 5975266
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaa 673  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  5975342 cattttcttcaacaatgtcttctcagtccatttgtcaatcatcatcaaatgagttgttaatatgtggttgcaaaaaa 5975266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 601 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 41385458 - 41385379
Alignment:
Q  601 tccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatga 679  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  41385458 tccttcaacaatgtcttctaattccattactcaatcatcatccaatgagttacctatgtgtggttgcaacaaaattatga 41385379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 600 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 44815704 - 44815641
Alignment:
Q  600 ttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtgg 663  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  44815704 ttccttcaacaatgtcttctcattccatctctcaatcgtcatcaaatgacttgcctatatgtgg 44815641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 22721925 - 22721866
Alignment:
Q  75 gacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaaga 134  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  22721925 gacctaatcacaaagagtttagctactcatgactaaaacataaataactaatgttaaaga 22721866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 137
Target Start/End: Original strand, 23611528 - 23611572
Alignment:
Q  93 ttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaaga 137  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  23611528 ttagctactcatgactaaagcacaaataactaatgtaaaagaaga 23611572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-120; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 20 - 263
Target Start/End: Original strand, 33578613 - 33578856
Alignment:
Q  20 ataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaat 119  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33578613 ataaacgtaagagtttcaggttacatccacatgagctagtacagaatcatctcttgacctaatcacaaaggacttagctactcatggctaaagcataaat 33578712  T
Q  120 aactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatg 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33578713 aactaatggtaaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgcccagtgatccagctccaaaagtatg 33578812  T
Q  220 attttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgactt 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33578813 attttctctccaaaaattcgaacccttccttcagaaatcgactt 33578856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 37 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 5951878 - 5951613
Alignment:
Q  37 aggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaag 136  Q
    |||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  5951878 aggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaagatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaaaagaag 5951779  T
Q  137 aattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaat 236  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||   ||  ||||||||||| || || | ||||||||| |    
T  5951778 gattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccaccttctctccagatttcttgctccaaaagtctgtttctttctccaaaatt 5951679  T
Q  237 tcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    ||||||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  5951678 tcgaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 5951613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 37 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 33383112 - 33382847
Alignment:
Q  37 aggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaag 136  Q
    |||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  33383112 aggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaagatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaaaagaag 33383013  T
Q  137 aattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaat 236  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||   ||| ||||||||||| || || | ||||||||| |    
T  33383012 gattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccaccttctctccagatctcctgctccaaaagtctgtttctttctccaaaatt 33382913  T
Q  237 tcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    || |||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  33382912 tccaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 33382847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 37 - 190
Target Start/End: Original strand, 2848183 - 2848336
Alignment:
Q  37 aggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaag 136  Q
    |||||||||  ||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||    
T  2848183 aggttacataaacatgagctagaacaaaattatctcttgacctaatcacaaaagatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtagaagaag 2848282  T
Q  137 aattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2848283 gattcattatatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 2848336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Original strand, 15929031 - 15929170
Alignment:
Q  51 tgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatga 150  Q
    |||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||     
T  15929031 tgagctagaacaaaatcatatcttgacctaatcacaaaggatttagctactcatggataaggcacaaataactaatgtaaaagaaggattcactacatgt 15929130  T
Q  151 aattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15929131 aattgataaccggctatgagttttgatagtctctcacctt 15929170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 93 - 187
Target Start/End: Original strand, 8856362 - 8856456
Alignment:
Q  93 ttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccac 187  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8856362 ttagttactcatggctaaatcataaacaactaataacaaagaaggattcattacatgaaattgatgattggctatgagttttgatggtctcccac 8856456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 93 - 187
Target Start/End: Original strand, 8857835 - 8857929
Alignment:
Q  93 ttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccac 187  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8857835 ttagttactcatggctaaatcataaacaactaataacaaagaaggattcattacatgaaattgatgattggctatgagttttgatggtctcccac 8857929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 607 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 7274328 - 7274242
Alignment:
Q  607 aacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgca-aaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  7274328 aacaatgtattctcattccatttgtcaatcatcatcaaatgagttgtcaatatgtggttgtagaaaaattatgaggatgttcatctc 7274242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 676
Target Start/End: Original strand, 27410167 - 27410246
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaatta 676  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||    
T  27410167 catttccttcaacaatgtcttatcattccatttctcaatcatcatcaaatgagttgcatataggtgggtgaaaaaaatta 27410246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 37964300 - 37964221
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaatta 676  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||||    
T  37964300 catttccttcaacaatgtcttatcattccatttctcaatcatcatcaaatgagttgcatataggtgggtgaaaaaaatta 37964221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Original strand, 7273280 - 7273337
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  7273280 catttccttcaacgatgtcttctcattccatttctcattcatcatcaaatgagttgcc 7273337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 27410916 - 27410836
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaattat 677  Q
    ||||| |||||| ||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||    
T  27410916 cattttcttcaataatgtcttatgatttcatttctcagtcatcatcaaatgagttgcttatatgtggatgaaaaaaattat 27410836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 673
Target Start/End: Original strand, 37963678 - 37963754
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaaaaaa 673  Q
    |||||||||||| ||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||    
T  37963678 catttccttcaataatgtcttatgatttcatttctcagtcatcatcaaatgagttgcttatatgtggatgaaaaaaa 37963754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 93 - 188
Target Start/End: Original strand, 9069504 - 9069599
Alignment:
Q  93 ttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacc 188  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||||||| || |||||||    ||||||||||||||||  |||||||    
T  9069504 ttagcaactcatggctaaagcataaacaactaatacaaaagaaggatttattacattaatttgataattaactatgagttttgatggcttcccacc 9069599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 29354014 - 29353950
Alignment:
Q  78 ctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattca 142  Q
    ||||||||||| ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||    
T  29354014 ctaatcacaaaggatgtaactactcatggctaaagcacaaataactaatgtaaaagaaggattca 29353950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 148
Target Start/End: Original strand, 19490484 - 19490557
Alignment:
Q  75 gacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacat 148  Q
    |||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||  |  |||||||||||    
T  19490484 gacctaatcacaatagaattagctactcatggctacaacataaacaactaatgacaaaatatgattcattacat 19490557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 12194235 - 12193990
Alignment:
Q  18 tcataaacgtaaaagtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataa 117  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  12194235 tcataaacgtaagagtatcaggttacatccacatgagctagtacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaggatttagttactcatggctaaagcataa 12194136  T
Q  118 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12194135 ataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagta 12194036  T
Q  218 tgattttctctccaaaaattcgaacccttctttcagaaatcgactt 263  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||    
T  12194035 tgattttctctccaaaattttgaacccttccttcataaatcgactt 12193990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 33 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 14617155 - 14616915
Alignment:
Q  33 tttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaa 132  Q
    |||||||||||||    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  14617155 tttcaggttacataagtatgagctagtacataatcatct-ttgacctaatcacaaaggatttagctactcacggctaaagcacaaataactaatgataaa 14617057  T
Q  133 gaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  14617056 gaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttctgcacagtgttccagctccaaaagtcagcttttctctccaa 14616957  T
Q  233 aaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatag 274  Q
    || || ||||||||| |||||||| | ||||  |||||||||    
T  14616956 aattttgaacccttccttcagaaaacaacttcccttttatag 14616915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 53 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22755376 - 22755201
Alignment:
Q  53 agctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatga-a 151  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22755376 agctaatacaaaatcatctcttgacctaatcacaatagatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgataaagaagaattcattacatgaga 22755277  T
Q  152 attgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  22755276 attgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttctgctcagtgatccagctccaaaagtacgtttttctc 22755201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Original strand, 48962060 - 48962219
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |    
T  48962060 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctattgacctaatcacaaaagatctagctactgatggctaaagcacaaataactaatgtaa 48962159  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48962160 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 48962219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 54899562 - 54899406
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||| ||||||| |||||||||||   |    
T  54899562 agttacaggttacatatacatgagctagaacagaatcatctcttgacctaatcagaaaggatctagctaatcatggttaaagcacaaataactaatatga 54899463  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccac 187  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  54899462 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccagatatgagttttgatggtctcccac 54899406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 187
Target Start/End: Original strand, 22884681 - 22884820
Alignment:
Q  48 acatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattaca 147  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  22884681 acatgagctagaacataatcatctcttgatctaatcacaaaggatctagctactcatggctaaaacacaaataactaatatgaaagaaggattcattaca 22884780  T
Q  148 tgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccac 187  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  22884781 tgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtcttccac 22884820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 187
Target Start/End: Original strand, 22936345 - 22936484
Alignment:
Q  48 acatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattaca 147  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  22936345 acatgagctagaacataatcatctcttgatctaatcacaaaggatctagctactcatggctaaaacacaaataactaatatgaaagaaggattcattaca 22936444  T
Q  148 tgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccac 187  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  22936445 tgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtcttccac 22936484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 12705735 - 12705518
Alignment:
Q  39 gttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaa 138  Q
    |||||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||  |    
T  12705735 gttacataaacatgagttagaacaaaatcatctcttgacctaatcacagaggatctagctactcatggctaaaacacaaataactaatgtaaaagaatga 12705636  T
Q  139 ttcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaattc 238  Q
     |||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | ||||||||| |||    
T  12705635 ctcattacatgaaattggtgaccgaatatgagttttgatgttctcccaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctccaaaatttc 12705536  T
Q  239 gaacccttctttcagaaa 256  Q
    | ||||||| || |||||    
T  12705535 ggacccttccttaagaaa 12705518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 597 - 692
Target Start/End: Original strand, 20946233 - 20946329
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgca-aaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||    
T  20946233 catttcattgaaccatgtcttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcagaaaaattatgaggattttcatctc 20946329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 597 - 692
Target Start/End: Original strand, 2671918 - 2672015
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgc--aaaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  2671918 catttcattgaacaatgtcttctcattccatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatacgtggttgcagaaaaaattatgaggatgttcatctc 2672015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 500 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 22754927 - 22754873
Alignment:
Q  500 ttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaac-tagaattaca 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22754927 ttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaacttagaattaca 22754873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 20947293 - 20947236
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  20947293 cattttcttcaacaatgtcttctcatttcatttctcattcatcatcaaatgagttgcc 20947236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 597 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 2672668 - 2672611
Alignment:
Q  597 catttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgcc 654  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  2672668 catttccttcaacaatgtcttctcattccatttctcattcatcatcaaatgagctgcc 2672611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 142; Significance: 4e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 33 - 274
Target Start/End: Original strand, 200222 - 200462
Alignment:
Q  33 tttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaa 132  Q
    |||||||||||||    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  200222 tttcaggttacataagtatgagctagtacataatcatct-ttgacctaatcacaaaggatttagctactcacggctaaagcacaaataactaatgataaa 200320  T
Q  133 gaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  200321 gaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttctgcacagtgttccagctccaaaagtcagcttttctctccaa 200420  T
Q  233 aaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatag 274  Q
    || || ||||||||| |||||||| | ||||  |||||||||    
T  200421 aattttgaacccttccttcagaaaacaacttcccttttatag 200462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 31 - 325
Target Start/End: Original strand, 15394508 - 15394800
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||||||||||||||    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15394508 agtttcaggttacataagtatgagctagtacaaaatcatct-ttgacctaatcacaaaggatttagctactcatggctaaagcacaaataactaatgata 15394606  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   | |||||||||     
T  15394607 aaggagaattcattacatgaaattgataactggctatgagttttgatggtctcccaccttctgctcaatgatccagctccaaaagccagcttttctctct 15394706  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattctggattcgccaaaatcgtagcccaatccaataaatcggagca 325  Q
    |||| || |||||| ||  ||| ||| | |||||| ||||||| | |||| ||| | ||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||    
T  15394707 aaaattttgaacccctccatcataaaacaacttggattttataat-aaaaatctcggttcgccaaaatcgtagcccgatgcacaaaatcggagca 15394800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 31 - 263
Target Start/End: Original strand, 12489446 - 12489677
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||||||||||||||   |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  12489446 agtttcaggttacataagcatgagatagtacagaatcatct-ttgacctaatcacgacgggtttagctactcatggctaaagcacaaataactaatgcta 12489544  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
     |||  ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  12489545 gagagaaattcattacatgtaattgataactagctatgagtttttatagtctctcaccttctgctcagtgatccaactccaaaagtacgtttttctctcc 12489644  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgactt 263  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  12489645 aaaatttcgaacccttccttcagaattcgactt 12489677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 964517 - 964246
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  964517 agttacaggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaaaagatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaa 964418  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||   ||| ||||||||||| || || | |||||    
T  964417 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccaccttctctccagatctcctgctccaaaagtctgtttctttctcc 964318  T
Q  231 aaaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    |||| |||||||||||   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  964317 aaaatttcgaacccttggctcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 964246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 60 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27315608 - 27315478
Alignment:
Q  60 acagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataa 159  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  27315608 acagaagcatctcttcacctaatcacaaaggatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatgtaaaagaaggattcattacatgaaattggtaa 27315509  T
Q  160 ccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  27315508 ccagatatgagttttgatggtctcccacctt 27315478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 386 - 554
Target Start/End: Original strand, 15394816 - 15394982
Alignment:
Q  386 ttccatcgtagcccgatattttacgtagcaaaggcttccaaacttgaccaaaaatcgggctacgatgccagaaatcggagcacgattttctgcattcttc 485  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||| | |||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||||||| |||| |  |||    
T  15394816 ttccatcatagcccaatattttacgtagaaaaagctacaaaattagaccaaaa-tcgggctacgatgctagggatccgagcacgatttcctgcttctttc 15394914  T
Q  486 aagtatcaaaattgttcttttgtagcttcaaacttatgcaaaaacacctgaactcaactagaattacat 554  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15394915 aagtatcaaatttgttcttttgtagcctctaacttatgc-aaaacacctgaactcaactagaattacat 15394982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Original strand, 20110376 - 20110535
Alignment:
Q  31 agtttcaggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgata 130  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |    
T  20110376 agttacaggttacataaacatgagatagaacaaaatcatctcttgagctaatcacaaaggatctagctactgatggctaaagcacaaataactaatgtaa 20110475  T
Q  131 aagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| || || | ||||||||||||||||||    
T  20110476 aagaaggattcattacatgaaattggtaaccggataggactgttgatggtctcccacctt 20110535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 600 - 692
Target Start/End: Original strand, 1134471 - 1134564
Alignment:
Q  600 ttccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgc-aaaaaattatgatgatgtccatctc 692  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  1134471 ttccttcaacaatgtcttctcattccatttgtcaatcatcatcaaatcagttgcctatatgtggttgcaaaaaaattatgaggatgttcatctc 1134564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 132 - 302
Target Start/End: Original strand, 16567266 - 16567436
Alignment:
Q  132 agaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   |||   ||| |||||||||||  | || | ||||||    
T  16567266 agaaggattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccaccttctctccagatctcctgctccaaaagtccgtttctttctcca 16567365  T
Q  232 aaaattcgaacccttctttcagaaatcgacttggcttttatagtgaaaattct-ggattcgccaaaatcgta 302  Q
    ||| ||||||||| |   ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  16567366 aaatttcgaacccctgactcagaaaacaacttcccttttatag-gaaaattctcagatacgccaaaatcgta 16567436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 601 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 19597628 - 19597549
Alignment:
Q  601 tccttcaacaatgtgttctcatttcatttgtcaatcatcatcaaatgagttgccaatatgtggttgcaa-aaaattatga 679  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||  |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  19597628 tccttcaacaatgtcttctaattccattactcaatcatcatccaatgagttacctatgtgtggttgcaacaaaattatga 19597549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 35592 - 35435
Alignment:
Q  38 ggttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaata-----actaatgataaa 132  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||| |||||     ||||||   |||    
T  35592 ggttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaatggatctagctactcatggctaaagcacaaatataaaaactaatataaaa 35493  T
Q  133 gaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35492 gaagaattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 35435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 29487 - 29427
Alignment:
Q  130 aaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29487 aaagaagaattcattacatgaaattggtaaccggatatgagttttgatggtctcccacctt 29427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1206 (Bit Score: 76; Significance: 9e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1206
Description:

Target: scaffold1206; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 39 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 1917 - 1766
Alignment:
Q  39 gttacatccacatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaa 138  Q
    |||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| |    
T  1917 gttacataaacatgagctagaacaaaatcatctcttgacctaatcacaatggatctaactactcatggctaaagcacaaataactaatataaaagaagga 1818  T
Q  139 ttcattacatgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccacctt 190  Q
    |||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  1817 ttcattacatgaaattggcaaccagatatgagttttgatggtctcccacctt 1766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 48 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 156839 - 156642
Alignment:
Q  48 acatgagctattacagaatcatctcttgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattaca 147  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||  ||||||    
T  156839 acatgagctaaaacagaatcatctcttgacctaaccagaaaggatctagctactcatggctaaagcacaaataactaatatgaaagaaggatgtattaca 156740  T
Q  148 tgaaattgataaccggctatgagttttgatggtctcccaccttttgctcagtgatccagctccaaaagtatgattttctctccaaaaattcgaaccctt 246  Q
    ||||| || ||| | | ||| |||| ||||||||||||||||| |   |||   |||||||||||||||  | || | ||||||||| |||||||||||    
T  156739 tgaaactggtaa-cagatataagttatgatggtctcccaccttctctccagatctccagctccaaaagtcagtttctttctccaaaatttcgaaccctt 156642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0050 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0050
Description:

Target: scaffold0050; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 186
Target Start/End: Original strand, 41520 - 41632
Alignment:
Q  74 tgacctaatcacaaatgacttagctactcatggctaaagcataaataactaatgataaagaagaattcattacatgaaattgataaccggctatgagttt 173  Q
    ||||||||||||||  || |||| |||||||| |||||||||||| ||||| | | |||| || ||||||| ||| || | ||| || ||||||||||||    
T  41520 tgacctaatcacaatggatttagttactcatgactaaagcataaacaactagtaacaaaggaggattcatttcataaattggatgactggctatgagttt 41619  T
Q  174 tgatggtctccca 186  Q
    |||||||||||||    
T  41620 tgatggtctccca 41632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University