View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14034_low_27 (Length: 352)

Name: NF14034_low_27
Description: NF14034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14034_low_27
NF14034_low_27
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (66-335)||(12546997-12547266)
chr5 (73-335)||(12531353-12531615)
chr5 (79-335)||(9866668-9866925)
chr5 (75-183)||(9869994-9870102)
chr5 (66-318)||(9894527-9894772)
chr5 (94-212)||(38735501-38735619)
chr5 (235-336)||(9869875-9869976)
chr5 (73-121)||(12538673-12538721)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (67-326)||(13576218-13576477)
chr2 (41-317)||(34571419-34571695)
chr2 (52-323)||(34578898-34579169)
chr2 (52-323)||(34584647-34584918)
chr2 (52-323)||(34562636-34562910)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (67-336)||(3929960-3930229)
chr7 (67-335)||(21317435-21317703)
chr7 (75-335)||(3928616-3928876)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (67-335)||(43479673-43479941)
chr8 (14-317)||(26592047-26592347)
chr8 (41-323)||(25865573-25865855)
chr8 (67-335)||(38799356-38799624)
chr8 (67-335)||(38821893-38822161)
chr8 (41-323)||(41943817-41944099)
chr8 (70-173)||(44343978-44344081)
chr8 (67-146)||(38807046-38807125)
chr8 (241-323)||(44343874-44343958)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (67-335)||(30873-31140)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (31-302)||(34748649-34748920)
chr4 (73-326)||(24860416-24860669)
chr4 (94-212)||(53290720-53290838)
chr4 (211-290)||(40035830-40035909)
chr4 (202-252)||(44771103-44771153)
chr4 (41-170)||(40036062-40036191)
chr4 (211-290)||(40045155-40045234)
chr4 (43-170)||(40045370-40045497)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (41-173)||(7594104-7594236)
chr1 (139-220)||(17769233-17769314)
chr1 (211-301)||(7594402-7594492)
chr1 (139-217)||(1539185-1539263)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (139-220)||(27440873-27440954)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 66 - 335
Target Start/End: Original strand, 12546997 - 12547266
Alignment:
Q  66 agcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagct 165  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12546997 agcaagttgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagct 12547096  T
Q  166 tcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatca 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  12547097 tcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcggagatctgttttgaaatcttgagcgatttcacgaacaagcctctggaatggaagcttccttataa 12547196  T
Q  266 gaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12547197 gaagctcggtgctcttctggtacttgcggatctcacgaagtgcaacagttcctggacggaatctgtgtgg 12547266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 73 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 12531615 - 12531353
Alignment:
Q  73 tgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12531615 tgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaa 12531516  T
Q  173 gagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctc 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12531515 gagcagaaacagcactgctttggaatcggagatctgttttgaaatcttgagcgatttcacgaacaagcctctggaatggaagcttccttataagaagctc 12531416  T
Q  273 ggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12531415 ggtgctcttctggtacttgcggatctcacgaagtgcaacagttcctggacggaatctgtgtgg 12531353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 79 - 335
Target Start/End: Original strand, 9866668 - 9866925
Alignment:
Q  79 tccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcag 178  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  9866668 tcctcaggcataatagtaactctcttagcatgaatagcacaaaggttagtatcttcaaacaaaccaacaagatagtctttagcagcttcttgaagagcag 9866767  T
Q  179 aaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaaca--agtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggta 276  Q
    ||||| |||| || | ||| |  ||||| || ||||||||||  ||| |||| |  | |  |||||||| || |||||||||||||  ||||||||  |     
T  9866768 aaacatcactactctagaacctcagatcagtcttgaaatccttcgcg-tttccctcagatcagtctctgaaacggaagcttcctta--agaagctcaatg 9866864  T
Q  277 ctcttctgata--cttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    ||||| || ||  ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  9866865 ctcttttggtactcttacggatctcacgaagcgcaacggttccaggacggaaacggtgtgg 9866925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9870102 - 9869994
Alignment:
Q  75 aatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaaga 174  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  9870102 aatatccttaggcataatagtaactctcttagcatgaatagcgcaaagattaatatcttaaaacaaaccaacaaaataagcttcaacagcttcttgaaga 9870003  T
Q  175 gcagaaaca 183  Q
     || |||||    
T  9870002 ccataaaca 9869994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 66 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9894772 - 9894527
Alignment:
Q  66 agcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagct 165  Q
    |||||| | ||||||||| | ||| |||||||| | |||||||||||| || || | ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||| || ||    
T  9894772 agcaagttcaatatcctt-gccataatagtaactcacttagcatgaatagcgcaaatattagtatcttcaaacaaactaacaaaacaagcttcaacaact 9894674  T
Q  166 tcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatca 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||||| |  ||| | || ||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  9894673 tcttgaacagcagaaacagcactactctggaacctcagaccagtcttg-aatcctgagcaatttccctcacaagtctctgaaacggaagcttccttatta 9894575  T
Q  266 gaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttcca 318  Q
    |||     || ||| |||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9894574 gaa-----gtgctcctctggtaattacggatctcacgaagagcaaccgttcca 9894527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 94 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 38735619 - 38735501
Alignment:
Q  94 gtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgcttt 193  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  38735619 gtaaccctcttagcatgaatagtacaaaggttagtatcttcaaacaaaccaacaagataaacttcaatgactttttgaagagcagaaacagcgttgctat 38735520  T
Q  194 ggaatcgaagatctgtttt 212  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  38735519 ggaacctgagatctgtttt 38735501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 235 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 9869976 - 9869875
Alignment:
Q  235 acaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtg 334  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||| | |||||    
T  9869976 acaagtctctaaaacggaagcttccttattagaagctcagtgctcttctggtacttacggatctcacgaagagcaacggttccatgacagaaacagtgtg 9869877  T
Q  335 gt 336  Q
    ||    
T  9869876 gt 9869875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 12538721 - 12538673
Alignment:
Q  73 tgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacaga 121  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  12538721 tgaatacctttaggcatgatagtaactctcttagcatgaatagcacaga 12538673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 67 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 13576477 - 13576218
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13576477 gcaagttgaatatccttaggcataatagtaaccctcttagcatgaatagcacaaagattcgtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 13576378  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||    
T  13576377 cttgaagagcagaaacagcactgctttgaaaacggagatccgttttgaaatcctgagcaatttctcgaaccaatctttggaatggaagcttccttatgag 13576278  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaa 326  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  13576277 aagctcggtgctcttctgatacttgcggatttcacgaagagcgacggttccaggacggaa 13576218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 41 - 317
Target Start/End: Original strand, 34571419 - 34571695
Alignment:
Q  41 aagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaa 140  Q
    ||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||    
T  34571419 aagcacgttcaccacggatacggcgagcaagttgaatatccttaggcataatggtaaccctcttagcatgaattgcacacaaattggtatcctcaaacaa 34571518  T
Q  141 accaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagt 240  Q
    |||||| | ||| ||||| || ||||| ||||| ||   ||| |||  ||| |||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  34571519 accaaccaaatatgcttccgctgcttcctgaagtgcgagaaccgcatggctctggaatcgtaaatccgtcttgaaatcctgagcaatttcacgaacaaga 34571618  T
Q  241 ctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttcc 317  Q
    | |||||||||||| || |  |||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||    
T  34571619 cgctggaatggaagtttacggatcaaaagttcggtactcttctgatacttacgtatctcacgaagagcaactgttcc 34571695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Original strand, 34578898 - 34579169
Alignment:
Q  52 ccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagat 151  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||   ||| |  || | ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  34578898 ccacggatacgacgagcaagttgaatatccttcaccataacggtgatcctcttagcatgaattgcacacaaattggtatcctcaaacaaaccaaccaaat 34578997  T
Q  152 aagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatgg 251  Q
    |||||||  | ||||| ||||| ||   ||| |||  ||| |||||||  | |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  34578998 aagcttccactgcttcctgaagtgcgagaactgcatggctctggaatctcaaatctgtcttgaaattctgagcaatttcacgaacaagacgctggaatgg 34579097  T
Q  252 aagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    ||| || |  |||| ||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  34579098 aagtttacgaatcaaaagttcggtacccttctgatacttacgtatctcacgaagagcaactgttccaggacg 34579169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Original strand, 34584647 - 34584918
Alignment:
Q  52 ccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagat 151  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||   ||| |  || | ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  34584647 ccacggatacgacgagcaagttgaatatccttcaccataacggtgatcctcttagcatgaattgcacacaaattggtatcctcaaacaaaccaaccaaat 34584746  T
Q  152 aagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatgg 251  Q
    |||||||  | ||||| ||||| ||   ||| |||  ||| |||||||  | |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  34584747 aagcttccactgcttcctgaagtgcgagaactgcatggctctggaatctcaaatctgtcttgaaattctgagcaatttcacgaacaagacgctggaatgg 34584846  T
Q  252 aagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    ||| || |  |||| ||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  34584847 aagtttacgaatcaaaagttcggtacccttctgatacttacgtatctcacgaagagcaactgttccaggacg 34584918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Original strand, 34562636 - 34562910
Alignment:
Q  52 ccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagat 151  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  34562636 ccacggatacggcaagcaagttgaatatccttaggcataatggtaaccctcttagcatgaattgcacacaaattggtatcctcaaacaaaccaaccaaat 34562735  T
Q  152 aagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaat---cctgagcgatttcacgaacaagtctctggaa 248  Q
    | ||||| || ||||| ||||| ||   ||| |||   || |||||||  | ||| |  |||| ||   | ||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  34562736 atgcttccgctgcttcctgaagtgcgagaaccgcatgactctggaatctgaaatccggcttgagatcaacatgagcaatttcacgaacaagacgctggaa 34562835  T
Q  249 tggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    ||||||||| |  |||| ||| |||| ||||||||| || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  34562836 tggaagcttacggatcaaaagatcggaactcttctggtatttacgtatctcgcgaagagcaactgttccaggacg 34562910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 67 - 336
Target Start/End: Original strand, 3929960 - 3930229
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3929960 gcaagttgaatatccttcggcataatagtaactctcttagcatgaatggcacaaagattcgtatcttcaaacaaaccaacaagatacgcttcagcagctt 3930059  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  3930060 cttgaagagcagaaacagcactactctgaaatcgaagatcagttttgaaatcctgagcgatttcacgaaccaatctttggaatggaagtttcctaatgag 3930159  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtggt 336  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  3930160 aagttcagtgctcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcgactgttcctggacggaatctgtgtggt 3930229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 21317703 - 21317435
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21317703 gcaagttgaatatccttaggcataatagtaactctcttagcatgaatagcgcaaagatttgtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcagccgctt 21317604  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || ||||||||    
T  21317603 cttgaagagcagaaacagcactgctctggaatctgagatcggttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagacgttggaatggaagttttcttatcag 21317504  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||    
T  21317503 aagctcagtgctcttctggtacttgcggatttcacgaagcgccacggttccgggacggaaacggtgtgg 21317435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 75 - 335
Target Start/End: Original strand, 3928616 - 3928876
Alignment:
Q  75 aatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaaga 174  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||| |||||||||||||||| | | ||||||||   ||||||||||    
T  3928616 aatatccttaggcacaatagtaactctcttagcatgaatagcacaaagattcatatcttcaaacaaaccaacaatacacgcttcagcgatttcttgaaga 3928715  T
Q  175 gcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcgg 274  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||| | ||| ||||| ||||| || |||||||| |    
T  3928716 gcagaaacagcgctgatctggaatcggagatcagttttgaaatcctgagcgatttcatgaaccaatcttttgaaaggaagtttcctaatgagaagctcag 3928815  T
Q  275 tactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |  |||| |||||||| | ||| ||||| | ||| || ||||| || | ||||||||||||    
T  3928816 tgatcttttgatacttcctgatttcacgcaatgcgactgttcctggtctgaatctgtgtgg 3928876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Original strand, 43479673 - 43479941
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43479673 gcaagttgaatatccttaggcataattgtaaccctcttagcatgaatagcgcaaaggttagtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcagcggctt 43479772  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  43479773 cttgaagagcagaaacagcgctactctggaacctgagatcagttttgaaatcctgagcgatttccctaaccaatctttggaatggaagcttcctgatgag 43479872  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43479873 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagagcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 43479941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 26592347 - 26592047
Alignment:
Q  14 tcacaactcacgaacaacaacaagatcaagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  26592347 tcacaactcacgaacaacaa---gatcaagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaacacgcttagcatgaat 26592251  T
Q  114 ggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttg 213  Q
     || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || || || ||||||  ||| || || || ||||| || |||    
T  26592250 agcgcagaggttagtatcctcaaacaatccaacaagataagcctccgccgcttcttgcagcgccgacacagcagagctctgaaaacggagatccgtcttg 26592151  T
Q  214 aaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacag 313  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| || |  || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |    
T  26592150 aaatcctgagcaatctcacgaacaagacgctggaaaggaagtttgcgaatgagaagttcggtgctcttctggtacttgcggatctcacggagtgcgacgg 26592051  T
Q  314 ttcc 317  Q
    ||||    
T  26592050 ttcc 26592047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 25865855 - 25865573
Alignment:
Q  41 aagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaa 140  Q
    ||||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  25865855 aagcacgttcaccacgaatacgacgagcaagctgaatatcctttggcataatcgttaccctcttagcatgaattgcacacaaattagtatcctcaaacaa 25865756  T
Q  141 accaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagt 240  Q
     || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||   || || ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  25865755 tcccacaagataagcctcagcagcttcctgaagtgcaagaacagcatgactctgaaatctcagatccgttttgaaatcctgagcaatttcacgaacaaga 25865656  T
Q  241 ctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    | ||||||||||||||| |  |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25865655 cgctggaatggaagcttacggatcaaaagctcagtactcttctgatacttacggatctcacgaagagcaacggttccaggacg 25865573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 38799624 - 38799356
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||    
T  38799624 gcaagctgaatgtccttaggcatgattgtaactctcttagcatgaattgcacaaaggtttgtgtcttcaaagagaccaaccaagtaagcttcagcagctt 38799525  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| || |  || ||    
T  38799524 cttgaagagcggaaactgcgctgctctggaatctcagatctgtcttgaaatcttgagcaatttcacgaacaagacgttggaatggaagtttacggatgag 38799425  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |  |||||||||||||| | |||||| |||||    
T  38799424 aagctcagtgctcttctgatacttacggatctctctcaaagcaacagttccaggtctgaatctatgtgg 38799356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Original strand, 38821893 - 38822161
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||    
T  38821893 gcaagctgaatgtccttaggcatgattgtaactctcttagcatgaattgcacaaaggtttgtgtcttcaaagagaccaaccaagtaagcttcagcagctt 38821992  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| || |  || ||    
T  38821993 cttgaagagcggaaactgcgctgctctggaatctcagatctgtcttgaaatcttgagcaatttcacgaacaagacgttggaatggaagtttacggatgag 38822092  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |  |||||||||||||| | |||||| |||||    
T  38822093 aagctcagtgctcttctgatacttacggatctctctcaaagcaacagttccaggtctgaatctatgtgg 38822161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 41 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 41944099 - 41943817
Alignment:
Q  41 aagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaa 140  Q
    ||||||| || ||||| ||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||    
T  41944099 aagcacgttcaccacgaatacggcgtgcaagttgaatgtcctttggcataattgtaaccctcttagcatgaattgcacacaaattggtatcctcaaacaa 41944000  T
Q  141 accaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagt 240  Q
     ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||  |||||||  ||| |||||||  ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  41943999 tccaaccagataagcttctgctgcttcctgaagtgcaagaacagcatggctctggaatctgagatccgtcttgaaatcttgagcaatttcacgaacaaga 41943900  T
Q  241 ctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    |  |||||||||||||| |  |||| ||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  41943899 cgttggaatggaagcttacggatcaaaagatcagtactcttctggtatttacggatctcacgaagtgcaacggtaccaggacg 41943817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 44344081 - 44343978
Alignment:
Q  70 agctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttctt 169  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| |    
T  44344081 agctgaatatccttgggcataatcgtcaccctcttagcatgaatagcacacaaattggtatcctcaaacaatcccacgagataagcctcagctgcttcct 44343982  T
Q  170 gaag 173  Q
    ||||    
T  44343981 gaag 44343978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 38807125 - 38807046
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaac 146  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| || |||||||| | ||||||    
T  38807125 gcaagttgaatgtccttaggcatgatagtaactctcttagcatgaattgcgcacggatttgtgtcctcaaagagaccaac 38807046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 44343958 - 44343874
Alignment:
Q  241 ctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcgga--tctcacgaagtgcaacagttccaggacg 323  Q
    |||||||| |||||||| |  |||| ||| | |||||||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  44343958 ctctggaagggaagcttacggatcaaaagtttggtactcttctgatacttacagatctctcacgaagagcaacggttccaggacg 44343874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 67 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 31140 - 30873
Alignment:
Q  67 gcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 166  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31140 gcaagttgaatatccttaggcataatagtaactctcttagcatgaatagcgcaaagatttgtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagctt 31041  T
Q  167 cttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcag 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||| || ||||||||    
T  31040 cttgaagagcagaaacagcactgctctggaatctgagataggttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagacgttggaat-gaagttttcttatcag 30942  T
Q  267 aagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaatctgtgtgg 335  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||    
T  30941 aagctcagtgctcttctggtacttgcggatttcacgaagcgccacggttccgggacggaaacggtgtgg 30873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 34748920 - 34748649
Alignment:
Q  31 caacaagatcaagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  34748920 caacaagatcaagcacgctcgccacggatacgcctagcgagctggatatccttaggcatgatagtgacacgcttggcatgaatggcacagaggttagtat 34748821  T
Q  131 cctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttc 230  Q
    ||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||| || || || || ||   ||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  34748820 cctcaaagagaccaacgagataagcctcagccgcttcttgcagcgccgacacggcggagctctggaaacggagatcagtcttgaaatcctgagcgatctc 34748721  T
Q  231 acgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcacg 302  Q
    |||||| || | |||||| || || || |  || || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  34748720 acgaaccagacgctggaaggggagtttgcggatgaggagttcggtgctcttctggtacttacggatctcacg 34748649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 24860669 - 24860416
Alignment:
Q  73 tgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaa 172  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24860669 tgaatatccttgggcataatggtaactctcttagcatgaatagcgcaaagatttgtatcttcaaagagtccaacgagataagcttcagcagcttcttgaa 24860570  T
Q  173 gagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctc 272  Q
    ||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||||||| || |  || ||||||||    
T  24860569 gagcagaaacagcgctactctggaaacggagatcggttttgaaatcttgagcgatttcacgaacgagacgttggaatggaagttttcggatgagaagctc 24860470  T
Q  273 ggtactcttctgatacttgcggatctcacgaagtgcaacagttccaggacggaa 326  Q
     || || || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24860469 tgtgcttttttggtacttgcggatttcgcgaagtgcaacggttccgggacggaa 24860416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 94 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 53290838 - 53290720
Alignment:
Q  94 gtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgcttt 193  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||| |    
T  53290838 gtaatcctcttagcatgaatggtacaaaggttagtatcttcaaacaaaccaacaagataagcttcaacgactttttgaagagcagaaacaacgttgctat 53290739  T
Q  194 ggaatcgaagatctgtttt 212  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  53290738 ggaacctgagatctgtttt 53290720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40035909 - 40035830
Alignment:
Q  211 ttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatactt 290  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  40035909 ttgaagtcctgagcaatttcacgaaccaacctctggaatgggagcttcctgatcaagagctcagtactcttctgatactt 40035830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 252
Target Start/End: Original strand, 44771103 - 44771153
Alignment:
Q  202 agatctgttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatgga 252  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  44771103 agatcggttttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagacgttggaatgga 44771153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 40036191 - 40036062
Alignment:
Q  41 aagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaa 140  Q
    |||| ||||| |||||||| | ||| || | ||| || ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| |  ||||| |||||||| |     
T  40036191 aagcgcgctcaccacggatcctccttgccaactggatgtccttgggcataatagtaactcgcttggcatggatagcacacaagttagtgtcctcaaagag 40036092  T
Q  141 accaacaagataagcttcagcagcttcttg 170  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40036091 accaacaagatatgcttcagcagcctcttg 40036062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 211 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40045234 - 40045155
Alignment:
Q  211 ttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatactt 290  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||| || |||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  40045234 ttgaagtcctgagcaatttcacgaaccaacctctggaaggggagcttcctgatcaagagctcagtactcttctggtactt 40045155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 40045497 - 40045370
Alignment:
Q  43 gcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaaac 142  Q
    ||||||||||||||||| | ||| || | ||| || ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || || || |  ||||| |||||||| | ||    
T  40045497 gcacgctcgccacggatcctccttgccaactggatgtccttgggcataatagtaactcgcttggcatggatagcgcacaagttagtgtcctcaaagagac 40045398  T
Q  143 caacaagataagcttcagcagcttcttg 170  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||    
T  40045397 caacaagatatgcctcagcagcctcttg 40045370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 173
Target Start/End: Original strand, 7594104 - 7594236
Alignment:
Q  41 aagcacgctcgccacggatacgcctagcaagctgaatatccttaggcatgatagtaaccctcttagcatgaatggcacagagattagtatcctcaaacaa 140  Q
    ||||||| || ||||| || || | |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7594104 aagcacgttcaccacgaatgcgacgagcaagctgaatatcctttggcataattgtcaccctcttagcatgaattgcacacagattggtgtcctcaaacaa 7594203  T
Q  141 accaacaagataagcttcagcagcttcttgaag 173  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
T  7594204 tccaaccaggtaagcctcagctgcttcctgaag 7594236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 220
Target Start/End: Original strand, 17769233 - 17769314
Alignment:
Q  139 aaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcct 220  Q
    |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||| ||| || |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  17769233 aaaccaacaagataagctacactggcttcttgaagagcagaaacagtactactctaaaatcggagatctgttttgaaatcct 17769314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 301
Target Start/End: Original strand, 7594402 - 7594492
Alignment:
Q  211 ttgaaatcctgagcgatttcacgaacaagtctctggaatggaagcttccttatcagaagctcggtactcttctgatacttgcggatctcac 301  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |  |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7594402 ttgaaatcttgagcaatttcacggacaagacgctgaaatggaagcttgcggatcaaaagctcagtactcttctggtacttacggatctcac 7594492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 217
Target Start/End: Original strand, 1539185 - 1539263
Alignment:
Q  139 aaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||||||| ||| || |  ||||| ||||||||||||||||    
T  1539185 aaaccaacaagataagctacactggcttcttgaagagaagaaacagtactactctaaaatcggagatctgttttgaaat 1539263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27440954 - 27440873
Alignment:
Q  139 aaaccaacaagataagcttcagcagcttcttgaagagcagaaacagcactgctttggaatcgaagatctgttttgaaatcct 220  Q
    |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||   || || |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  27440954 aaaccaacaagataagctacactggcttcttgaagagcagaaacaatgctactctaaaatcggagatctgttttgaaatcct 27440873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University