View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14034_low_51 (Length: 264)

Name: NF14034_low_51
Description: NF14034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14034_low_51
NF14034_low_51
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (22-248)||(10262816-10263042)
chr3 (22-214)||(10373570-10373762)
chr3 (22-248)||(10431769-10431995)
chr3 (18-245)||(9840976-9841203)
chr3 (18-245)||(10519603-10519830)
chr3 (18-245)||(9851857-9852084)
chr3 (19-245)||(10582729-10582955)
chr3 (18-214)||(10034152-10034348)
chr3 (18-245)||(10129043-10129270)
chr3 (22-248)||(10197791-10198017)
chr3 (22-248)||(10090909-10091135)
chr3 (18-233)||(10361525-10361740)
chr3 (17-131)||(10665698-10665812)
chr3 (18-212)||(11779706-11779900)
chr3 (30-209)||(11771388-11771567)
chr3 (24-240)||(10502706-10502921)
chr3 (22-225)||(13853189-13853392)
chr3 (18-79)||(11244247-11244308)
chr3 (24-111)||(13397732-13397819)
chr3 (17-110)||(10967426-10967519)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (18-239)||(55326-55547)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (22-246)||(26909005-26909229)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10263042 - 10262816
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10263042 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaagagaactgagtttcaagtgtgttagacaagtgcttctcagaa 10262943  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262942 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 10262843  T
Q  222 atcaagcccatcgatattaattttctt 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  10262842 atcaagcccatcgatattaattttctt 10262816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Original strand, 10373570 - 10373762
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373570 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 10373669  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10373670 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacagttggg 10373762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Original strand, 10431769 - 10431995
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431769 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 10431868  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||| |    ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10431869 tcaattttggcacaactaatagcttaacacagttttcaatcactacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaaattggtccttcc 10431968  T
Q  222 atcaagcccatcgatattaattttctt 248  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||    
T  10431969 gtcaagcccattgatattaactttctt 10431995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 9841203 - 9840976
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9841203 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctc 9841104  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |    ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  9841103 agaatcaattttggaacaactaatagtttaacacacttttcaatcactacatcttgcatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaac 9841004  T
Q  218 ttccatcaagcccatcgatattaatttt 245  Q
    || || ||||||||| |||||| |||||    
T  9841003 tttcaccaagcccattgatattcatttt 9840976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10519830 - 10519603
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10519830 aatattaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtcccaagtgtgtaagacaagtgcttttc 10519731  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |    |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  10519730 agaatcaattttggcacagctaatagcttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaac 10519631  T
Q  218 ttccatcaagcccatcgatattaatttt 245  Q
    || || ||||||||| |||||| |||||    
T  10519630 tttcaccaagcccattgatattcatttt 10519603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 9852084 - 9851857
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9852084 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtgaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctc 9851985  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |    |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  9851984 ataatcaattttggcacagctaatagcttaacacacttttcaatctctacatcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaac 9851885  T
Q  218 ttccatcaagcccatcgatattaatttt 245  Q
    || || ||||||||| |||||| |||||    
T  9851884 tttcaccaagcccattgatattcatttt 9851857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10582955 - 10582729
Alignment:
Q  19 atatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctca 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  10582955 atatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctca 10582856  T
Q  119 gaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcct 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |     || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10582855 gaatcaattttggcacagctaataggttaacgcagtttgccatcactgcatcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaataacaattgggtcct 10582756  T
Q  219 tccatcaagcccatcgatattaatttt 245  Q
    | || |||||||||| || ||||||||    
T  10582755 ttcaccaagcccatcaatcttaatttt 10582729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 10034348 - 10034152
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034348 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 10034249  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 214  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |   ||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10034248 aaaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacagttggg 10034152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10129270 - 10129043
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||    
T  10129270 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttttc 10129171  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |   ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  10129170 agaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaac 10129071  T
Q  218 ttccatcaagcccatcgatattaatttt 245  Q
    || || ||||||||| |||||| |||||    
T  10129070 tttcaccaagcccattgatattcatttt 10129043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10198017 - 10197791
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||    
T  10198017 tcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaa 10197918  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||| |||| |  ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10197917 tcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttc 10197818  T
Q  222 atcaagcccatcgatattaattttctt 248  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||    
T  10197817 accaaacccatcgatattaattttctt 10197791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10091135 - 10090909
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||    
T  10091135 tcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaa 10091036  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||| |||| |  ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10091035 tcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttc 10090936  T
Q  222 atcaagcccatcgatattaattttctt 248  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||    
T  10090935 accaaacccatcgatattaattttctt 10090909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 233
Target Start/End: Original strand, 10361525 - 10361740
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10361525 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagattaccgagtcccaagagtgtaagacaagtgcttctc 10361624  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    |||||||||||||| |||| | | | | || | || |   |||| ||| | | |||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  10361625 agaatcaattttggcacagatgacagcatagcgcacttttgaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatcgctcccaagaaatgacaattgggtcc 10361724  T
Q  218 ttccatcaagcccatc 233  Q
    ||||||||||||||||    
T  10361725 ttccatcaagcccatc 10361740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 10665812 - 10665698
Alignment:
Q  17 aaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttct 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10665812 aaatattaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatagagtgccaagtgtgtaagacaagtgcttct 10665713  T
Q  117 cagaatcaattttgg 131  Q
    || ||||||||||||    
T  10665712 cataatcaattttgg 10665698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 212
Target Start/End: Original strand, 11779706 - 11779900
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||    
T  11779706 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaaatgcttctc 11779805  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattg 212  Q
    | |||||||||||| ||| || ||| || | |||| |    ||| ||||| | |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  11779806 aaaatcaattttggcacaactgatagctcagcacacttttcaatcactacatgttgcatcatagatagagaatcactatcaagcaatgacaattg 11779900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 11771567 - 11771388
Alignment:
Q  30 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaatttt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11771567 ttgcaatgaagtgggtagaccacttgggggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaagtgcttctcaaaatcaatttt 11771468  T
Q  130 ggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaa 209  Q
    || ||| || ||| || |||| | |    ||| ||||| | |||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  11771467 ggcacaactgatagctcaacatacttttcaatcactacatgttgcatcatagatagagaatcactatcaagcaatgacaa 11771388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 10502921 - 10502706
Alignment:
Q  24 aagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatc 123  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||  |  ||||||  |||||||||| |||| |  || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  10502921 aagtgactgcaaagaagtgggtagaccatctttgggaaacacagtgagagatggaatatcatagagttccaagtgttgaagacaagtgcttctca-aatc 10502823  T
Q  124 aattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccat 223  Q
    | |||||||| || ||||| | |||||||   || ||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| || ||     
T  10502822 atttttggaatagataatagcgtaacacacctacaaatgactacatgttgcatcatacatggagagtcactcccaagcaatgataattgagtcttttcac 10502723  T
Q  224 caagcccatcgatatta 240  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10502722 caagcccattgatatta 10502706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 225
Target Start/End: Original strand, 13853189 - 13853392
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |  || ||||| |||||||  |||| |||||||||||| ||    
T  13853189 tcaagtgattgcaatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagagatggaatatcatagagtttcaagtgttgaagaaaagtgcttctcaaaa 13853288  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    |||||||||| | || | | | | ||||||| |    ||| ||| | | ||||||| | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13853289 tcaattttggcatagatgacagcataacacacttttcaatcactgcatgttgcatcgtgcaaggagaatcgctcccaagaaatgacaattgggtccttcc 13853388  T
Q  222 atca 225  Q
    ||||    
T  13853389 atca 13853392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 79
Target Start/End: Original strand, 11244247 - 11244308
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaa 79  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||    
T  11244247 aatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtaggaaatgcagtgagagatggaa 11244308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 13397819 - 13397732
Alignment:
Q  24 aagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtg 111  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| | || | || |||| |||||||||  ||||||||||    
T  13397819 aagtgactgcaacgaagtgggaagaccatttgctggaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagatccaagtgttgaagacaagtg 13397732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 110
Target Start/End: Original strand, 10967426 - 10967519
Alignment:
Q  17 aaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagt 110  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| || ||| | || | ||||||||||||||| | || | || |||||| |||||||  |||||||||    
T  10967426 aaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccattagatgaaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagttgcaagtgttgaagacaagt 10967519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 55326 - 55547
Alignment:
Q  18 aatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctc 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  55326 aatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatggagtttcaagtgtgtaagacaagtgcttttc 55425  T
Q  118 agaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtcc 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |   ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  55426 agaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaac 55525  T
Q  218 ttccatcaagcccatcgatatt 239  Q
    || || ||||||||| ||||||    
T  55526 tttcaccaagcccattgatatt 55547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 26909229 - 26909005
Alignment:
Q  22 tcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaa 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||||||||    
T  26909229 tcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacatgtgcttctcagaa 26909130  T
Q  122 tcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttcc 221  Q
    |||||||||| | | |||||| |  |||||| |   |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||      
T  26909129 tcaattttggcaaacctaatagcccaacacaattttgaatcactacatcttgcatcatacagggagaatcactcttaagcaatgacaatatggtcctttt 26909030  T
Q  222 atcaagcccatcgatattaattttc 246  Q
    | ||||||||| |||||||||||||    
T  26909029 accaagcccatggatattaattttc 26909005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University