View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14038_low_4 (Length: 618)
Name: NF14038_low_4
Description: NF14038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14038_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Original strand, 15020516 - 15021116
Alignment:
| Q |
7 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
106 |
Q |
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| T |
15020516 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaacca |
15020615 |
T |
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| Q |
107 |
gaaagcaacgacatg--cgtaaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
204 |
Q |
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| T |
15020616 |
gaaagcaacgacatgagcgtaaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
15020715 |
T |
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| Q |
205 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattttctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
304 |
Q |
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| T |
15020716 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattctctcttccctcattttcccaaacaaagaaagtgcatcctcaaatctaccattttg |
15020815 |
T |
|
| Q |
305 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaacctcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
404 |
Q |
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| T |
15020816 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaaccgcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
15020915 |
T |
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| Q |
405 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
504 |
Q |
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| T |
15020916 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
15021015 |
T |
|
| Q |
505 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcattcggaacaaaa |
604 |
Q |
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| T |
15021016 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcatttggaacaaaa |
15021115 |
T |
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| Q |
605 |
c |
605 |
Q |
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| T |
15021116 |
c |
15021116 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Original strand, 15027634 - 15028234
Alignment:
| Q |
7 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
106 |
Q |
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| T |
15027634 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaacca |
15027733 |
T |
|
| Q |
107 |
gaaagcaacgacatg--cgtaaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
204 |
Q |
| |
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| T |
15027734 |
gaaagcaacgacatgagcgtaaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
15027833 |
T |
|
| Q |
205 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattttctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
304 |
Q |
| |
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| T |
15027834 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattctctcttccctcattttcccaaacaaagaaagtgcatcctcaaatctaccattttg |
15027933 |
T |
|
| Q |
305 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaacctcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
404 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15027934 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaaccgcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
15028033 |
T |
|
| Q |
405 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
504 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15028034 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
15028133 |
T |
|
| Q |
505 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcattcggaacaaaa |
604 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
15028134 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcatttggaacaaaa |
15028233 |
T |
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| Q |
605 |
c |
605 |
Q |
| |
|
| |
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| T |
15028234 |
c |
15028234 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Original strand, 15006399 - 15006999
Alignment:
| Q |
7 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
106 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15006399 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaactgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
15006498 |
T |
|
| Q |
107 |
gaaagcaacgacatgcg--taaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
204 |
Q |
| |
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|
| T |
15006499 |
gaaagcaaagacatgagcttaaccacattaggacgacaacgacatccacacattttccgaaacacatccattgcttcacaaccaaatcctctctgagcat |
15006598 |
T |
|
| Q |
205 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattttctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
304 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15006599 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattatctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
15006698 |
T |
|
| Q |
305 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaacctcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
404 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15006699 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaaccgcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
15006798 |
T |
|
| Q |
405 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
504 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15006799 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaaatcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaacc |
15006898 |
T |
|
| Q |
505 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcattcggaacaaaa |
604 |
Q |
| |
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| T |
15006899 |
actaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcattaggaacaaaa |
15006998 |
T |
|
| Q |
605 |
c |
605 |
Q |
| |
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| |
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| T |
15006999 |
c |
15006999 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Original strand, 15045759 - 15046360
Alignment:
| Q |
7 |
atcatcattatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaattgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
106 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15045759 |
atcatcagtatcatcattatgctcccccttgagaataaatttaactgaataacaatgagtttcttttccatgaagcaaagctccaacagacgcacaagca |
15045858 |
T |
|
| Q |
107 |
gaaagcaacgacatg--cgtaaccacattaggacgacaactacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccctctctgagcat |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
15045859 |
gaaagcaacgacatgagcgtaaccacattaggacgacaacgacatccacacatttgccgaaacacatccattgcttcacaaccaaaccccctctgagcat |
15045958 |
T |
|
| Q |
205 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccaactcaattttctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
304 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15045959 |
acccagaaataacagaactccaagtaacaacatccgactcaattttctcttccctcattttcccaaacaaagaaagagcatcctcaaatctaccattttg |
15046058 |
T |
|
| Q |
305 |
agaatacccggtaaccatagcattccaagtaacaacatccttaaacctcatcctctcataaaccttactagcgtcttccattttcccacattttgcatac |
404 |
Q |
| |
|
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|
| T |
15046059 |
agaatacccggtaaccatggcattccaagtaacaacatccttaaacctcatcctctcaaaaaccttattagcatcctccattttcccgcattttgcatac |
15046158 |
T |
|
| Q |
405 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaa-atcctcaaccaaaccagttataacacataaaccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaac |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
15046159 |
atatcaaccaaagcattcccaacaaaaacatcctcaaccaacccacttctgacacaaaaaccatgaacttgtctcccacataaccccaaaccaagataac |
15046258 |
T |
|
| Q |
504 |
cactaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccatacccaaccgtcatttccctaaaaagaaaaacagcatcattcggaacaaa |
603 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
15046259 |
cacaaacaggaagtatattaacaacaccaacagtatccggcaaaatcccataccccaccgtcatttccctaaaaagcgaaacagcaacattcggaacaaa |
15046358 |
T |
|
| Q |
604 |
ac |
605 |
Q |
| |
|
|| |
|
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| T |
15046359 |
ac |
15046360 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 421
Target Start/End: Original strand, 377389 - 377426
Alignment:
| Q |
384 |
attttcccacattttgcatacatatcaaccaaagcatt |
421 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
377389 |
atttccccacattttgcatacatatcaaccaaggcatt |
377426 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 393 - 421
Target Start/End: Original strand, 44071687 - 44071715
Alignment:
| Q |
393 |
cattttgcatacatatcaaccaaagcatt |
421 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
44071687 |
cattttgcatacatatcaaccaaagcatt |
44071715 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 464 - 516
Target Start/End: Original strand, 35185156 - 35185208
Alignment:
| Q |
464 |
ccatgaacttgtttcccacataaccccaaaccaagaaaaccactaacaggaag |
516 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |
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|
| T |
35185156 |
ccatgaacctgtttcccatgtaactccaaaccaagaaaaccacaaacgggaag |
35185208 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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