View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14039_low_10 (Length: 433)

Name: NF14039_low_10
Description: NF14039
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14039_low_10
NF14039_low_10
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-416)||(2691770-2692170)
chr7 (16-391)||(2125790-2126165)
chr7 (16-390)||(2098509-2098883)
chr7 (16-416)||(2138393-2138793)
chr7 (16-414)||(2072805-2073202)
chr7 (16-391)||(2245620-2245996)
chr7 (85-394)||(2056473-2056779)
chr7 (68-390)||(2065749-2066071)
chr7 (16-245)||(2113969-2114198)
chr7 (84-300)||(2135237-2135453)
chr7 (322-416)||(2135450-2135544)
chr7 (16-168)||(1696958-1697110)
chr7 (203-250)||(1696804-1696851)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 2692170 - 2691770
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2692170 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcataagggaagaactttgtccagtgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 2692071  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2692070 aaaactagctttttgagcttcaaaaatgtgtctaggtttatcttttcatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 2691971  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 315  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2691970 tccaagaaggaatttctccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtgagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 2691871  T
316 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattcaaacctacattcaagaggcttagc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2691870 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattcaaacctacattcaagaggcttagc 2691771  T
416 t 416  Q
    |    
2691770 t 2691770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 391
Target Start/End: Original strand, 2125790 - 2126165
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||  |||    
2125790 attgcatgaagccaattgtaagactcgaatttgagaatcggtcctatgggaagaactttttccactatacaatgacaatttgttgaatgataaatctaga 2125889  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || | || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||| ||| |||||||    
2125890 aaaactagctttttgaggttcagaaatgtgtcaagctctagctttccatgcaaaaaattagagcgtaggctcaagtaagctaaatttgctagattcatta 2125989  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 315  Q
    |||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||  | ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2125990 tccatgatggaatttcaccctttatattgctatttgttgcacctagaagttctagttgggtgagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 2126089  T
316 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattc 391  Q
    |||||||||||||||||||  |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
2126090 gactgaggatatatccaaggaagttaatgatgagagcttaccgacccatgagatggtctcaatagtaaattcattc 2126165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 390
Target Start/End: Original strand, 2098509 - 2098883
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    |||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2098509 attgcatgaatccaattctaagctttgaattcgagaatcggtcatatgggaagacctttttccactgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 2098608  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    | | |||| |||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |    
2098609 acagctagctttttgagtttcagaaacgtgtcaagctctagctttccatgcaaagaattaaagggtaggtccaagacaactaaatttgttaggttcataa 2098708  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 315  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||  |||| |||| | | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
2098709 tccaagatggtatttcaccctttatattgctattttctgcacttaaaagtactagctgagtgagatttgcaaaagataatgggatctcactgccaatatt 2098808  T
316 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcatt 390  Q
    |||||||||||| ||||||  || || |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
2098809 gactgaggatatctccaaggaaattaatgatgaaagcttacctacccatgagaatgtctcaatagtaaattcatt 2098883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 416
Target Start/End: Original strand, 2138393 - 2138793
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| |||||| |||    
2138393 attgcatgaatccaattgtaagatttgaatttgagaatcagtcctatgggaagaactttttccgctatacaatgacagtttgttgaatgctaaatttaga 2138492  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| || | || ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
2138493 aaaagtagctttttaagcttcagaaatgtgtcaagctctagctttccatgcaaagaattaaagcctaggttcaagacaactaaatttgttaggttcatta 2138592  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 315  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| | || ||| |  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
2138593 tccaagacggaatttcacccttaatattgctattttttgcacttaaaaattgtagctgggtgagatttgcaaaagataatggaatgtcactgccaatttt 2138692  T
316 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattcaaacctacattcaagaggcttagc 415  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || |||||| ||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | ||| |||||| | |||||    
2138693 gactgatgatatgtccaagccaattaatgatgaaagcctacctacccacgagatggtttcgatagtaaattcattcaaagcaacactcaagatggttagc 2138792  T
416 t 416  Q
    |    
2138793 t 2138793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 414
Target Start/End: Original strand, 2072805 - 2073202
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||| || | || ||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
2072805 attgcatgaagccaatcgtaaatcttgaattagagaatcagtcatacgagatgaactttttccactatacaatgacagtttgttaaatgataaatcaaga 2072904  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||| ||||||  | || ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
2072905 aagactagctttttgaggttcagaaacttgtctaactctagctttccatgcaaagaattaaagggtaggttcaagacaactaaatttgttaggttcataa 2073004  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatatt 315  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||| | | |||| | ||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||    
2073005 tccaagatggaatttcaccctttatattgctatttgctgcacttaaaagtactagctgagtgagatttgcaaaagataat-ggatgttactgtcaatttt 2073103  T
316 gactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattcaaacctacattcaagaggcttag 414  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||    
2073104 gactgaggatatatccaaggcaattaatgacgagagcttacctacccatgagaaggtctcaatagtaaattcattcaaagcaacatccaagacgcttag 2073202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 2245996 - 2245620
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatggga-agaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaag 114  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| | |||  | |||  ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
2245996 attgcatgaatccaattctaagacttgaaattgagaaccagtcaaaaggggtagaacttttcccactgtacaatgacagtttgttgaatgctaaattcag 2245897  T
115 aaaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaatta-gagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcat 213  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| |||| || | |  ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||    
2245896 aacaactagctttttgagcttcagaaacatgtcaagctcttgctttccatgcaaagaattatgag-gtaggttcaaaatgactaaatttgttaggttcat 2245798  T
214 tatccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaata 313  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
2245797 tatccaagatggaatttcacccttcatattgctatttgctgcacttaatacttctagttgggtgagatttgcaaaaggtaatgggatgtcactgccaata 2245698  T
314 ttgactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattc 391  Q
    |||||||||||||| |||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||    
2245697 ttgactgaggatatttccaagacatttaatgatgagagcttacctacccatgagaaggtttcgatagtaaatttattc 2245620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 85 - 394
Target Start/End: Original strand, 2056473 - 2056779
Alignment:
85 caatgacagtttgttgaatgataaattaagaaaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtagg 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| ||||||| ||||| ||| ||||| || | || ||||||||||||| ||||| ||  ||||    
2056473 caatgacagtttgttgaatgataaatttagaattattagatttttgaacttcaaaaaagtgtcaagctctagctttccatgcaaaaaattataggctagg 2056572  T
185 ttcaagccaactaaatttgttaggttcattatccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagatttg 284  Q
    ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    || |||||||    
2056573 ttcaagatacctaaatttgtttggttcattatccaagatggaatttcacccattatactgctatttcttgcaataaatacttctag---cgtgagatttg 2056669  T
285 caaaagataatgggatgtcactgccaatattgactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaa 384  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  || |||||| ||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||    
2056670 caaaagataatgggattccactgccaatattgactgatgatatatccaatccagttaatgatgaaagcctacctacccatgaaaaggtttcaatagtaaa 2056769  T
385 ttcattcaaa 394  Q
    ||||||||||    
2056770 ttcattcaaa 2056779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 68 - 390
Target Start/End: Original strand, 2065749 - 2066071
Alignment:
68 gaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaagaaaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgca 167  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||||||  |||||||||  |||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || | || ||| |||||||    
2065749 gaactttttccactatacaatgacagtttgttatatgataaatctagaaaacctaggtttttgaggttcagaaatgtgtcaagctctaccttcccatgca 2065848  T
168 aacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcattatccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttc 267  Q
    || ||||||||  ||||||||||  ||||||||| |  || ||||||||||| |   ||| || |||||||||||||| ||   |||||  ||| | ||     
2065849 aaaaattagaggctaggttcaagtaaactaaattggcaagattcattatccatggtagaatttgaccctttatattgcaatcggttgcacctaaaaattg 2065948  T
268 tagtttagtaagatttgcaaaagataatgggatgtcactgccaatattgactgaggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgag 367  Q
    ||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||    
2065949 tagctgggtgagatttgcaaaagataatgagatgtcactgccaatattgactgaggatatgtccaagacatttaatgatgagagcttacctacccatgag 2066048  T
368 atggtctcaatagtaaattcatt 390  Q
    | |||||||||||||||||||||    
2066049 aaggtctcaatagtaaattcatt 2066071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Original strand, 2113969 - 2114198
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||  ||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||    
2113969 attgcatgaatccaattgtaagatttgaatacgagaatcggtcatatttgaagaacttttcccactatacaatgacagtttgttgaatgataaatctaga 2114068  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtaggttcaagccaactaaatttgttaggttcatta 215  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||| |   | |||||||    
2114069 aaaactagctttctgagcttcagaaacgtgtcaagctctagctttccatgcaaaaaattagagcgtaggttcaagcatgctaaattggaatgattcatta 2114168  T
216 tccaagaaggaacttcaccctttatattgc 245  Q
    |||| || |||| || ||||||||||||||    
2114169 tccatgatggaatttgaccctttatattgc 2114198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 84 - 300
Target Start/End: Original strand, 2135237 - 2135453
Alignment:
84 acaatgacagtttgttgaatgataaattaagaaaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaaacaattagagcgtag 183  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  | ||||||||||| | |||||||| ||||    
2135237 acaatgacagtttgttaaatgataaatctaaaaaaactagctttttgagattcagaaacgtgtcaagctcaagctttccatgcagaaaattagagtgtag 2135336  T
184 gttcaagccaactaaatttgttaggttcattatccaagaaggaacttcaccctttatattgctatttcttgcaattaatacttctagtttagtaagattt 283  Q
    |||||||  | ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  || ||||||    
2135337 gttcaagtaagctaaattggttagattcattaaccaagatggaatttgaccctttatatagctatttgttgcacttaatacttctagttgcgtgagattt 2135436  T
284 gcaaaagataatgggat 300  Q
    || ||||||||||||||    
2135437 gcgaaagataatgggat 2135453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 322 - 416
Target Start/End: Original strand, 2135450 - 2135544
Alignment:
322 ggatatatccaagccaactattgatgagagcttacctacccatgagatggtctcaatagtaaattcattcaaacctacattcaagaggcttagct 416  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
2135450 ggatatatccaaggcaaataatgatgaaagcttatctacccatgagaaggtttcaatagtaaattcattgaaaccaacattcaagaggcttagct 2135544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 1697110 - 1696958
Alignment:
16 attgcatgaagccaattgtaagacttgaattcgagaatcggtcgtatgggaagaactttgtccaatgtacaatgacagtttgttgaatgataaattaaga 115  Q
    |||||||||||||| |||||| || || ||||||||||| ||    | ||||||||||| ||||  |  ||| |||| ||||||||| |||||||| |||    
1697110 attgcatgaagccagttgtaaaacatggattcgagaatcagttacgttggaagaactttttccaccgagcaaggacaatttgttgaacgataaatttaga 1697011  T
116 aaaactagttttttgagcttcagaaacgtgtctaggtttatctttccatgcaa 168  Q
    |||| ||  ||||||| ||| |||||| |||| |  | || ||||||||||||    
1697010 aaaattaactttttgaacttgagaaacatgtcaaactctagctttccatgcaa 1696958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 203 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 1696851 - 1696804
Alignment:
203 gttaggttcattatccaagaaggaacttcaccctttatattgctattt 250  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||    
1696851 gttaggttcattatccaagatggaatttcaccccttaaattgctattt 1696804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University