View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14042_low_1 (Length: 681)

Name: NF14042_low_1
Description: NF14042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14042_low_1
NF14042_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-654)||(76797-77433)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 654
Target Start/End: Original strand, 76797 - 77433
Alignment:
Q  18 aggcaatgccagctataatcaatccagtaacaagagaatttgatgattttccttccttttcctcggaatggtgcttgataggaggtgtaccgggaggagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  76797 aggcaatgccagctataatcaatccagtaacaagagaatttgatgattttccttccttttcctcggaatgatgcttgataggaggtgtaccgggaggagg 76896  T
Q  118 aggtggtgctggcccagttttccaagagtttcctccagttctttgtaattaacaacaaaaatttagagatacaacccaagtacggtatccttcaaaaaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76897 aggtggtgctggcccagttttccaagagtttcctccagttctttgtaattaacaacaaaaatttagagatacaacccaagtacggtatccttcaaaaaat 76996  T
Q  218 aagtgtaacataatacttactgcaaactatttatatcctttaactcctcaggaatccaaccagtaaatttgttgttctcaacattcctgtcaaaaatcat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76997 aagtgtaacataatacttactgcaaactatttatatcctttaactcctcaggaatccaaccagtaaatttgttgttctcaacattcctgtcaaaaatcat 77096  T
Q  318 aatagtgattaaattgtttatgctcagcccctaggataagcaaatcaaacccactatataagttcaggtttatcaaacatgccttcaatagattgcattg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  77097 aatagtgattaaattgtttatgctcagcccctaggataagcaaatccaacccactatataagttcaggtttatcaaacattccttcaatagattgcattg 77196  T
Q  418 ctattcacattttgaaaatttaattgactcgtcgttaaattaaaatatatggaggtacttgaacatttcataaaggaggaagtgggagggatggaaagtc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  77197 ctattcacattttgaaaatttaattgactcgtcgttaaattaaaatatatggaggtacttgaacatttcataaaggaggaagtgggagggatggaaagtc 77296  T
Q  518 attctacggtgggtaaagataaacttacacatcgtcaagtggagggtaggcaaggacatttattgaaccagataattgattgttttgcagatatctgtac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  77297 attctacggtgggtaaagataaacttacacatcgtcaagtggagggtaggcaaggacatttattgaaccagataattgattgttttgcagatatctgtac 77396  T
Q  618 aaagacaaatagaagttatcagtgcagttgtcaacta 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  77397 aaagacaaatagaagttatcagtgcagttgtcaacta 77433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University