View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14045_low_1 (Length: 1199)

Name: NF14045_low_1
Description: NF14045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14045_low_1
NF14045_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (269-1180)||(15920988-15921900)
chr8 (254-1180)||(15873182-15874109)
chr8 (269-1180)||(15899960-15900850)
chr8 (223-774)||(15879969-15880511)
chr8 (234-845)||(14048203-14048815)
chr8 (269-848)||(14059610-14060189)
chr8 (495-605)||(15880509-15880619)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (502-601)||(44137215-44137314)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 269 - 1180
Target Start/End: Complemental strand, 15921900 - 15920988
Alignment:
Q  269 accaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaa 368  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || || ||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  15921900 accaggtttggatgaaagtaagaactaaagccagtactgcggctgaaaaagcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtgttgtaagcttgagctaa 15921801  T
Q  369 tcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaatatactccttgctataggctactgcatttgtgtaggaattattgtca 468  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| | | | |  |    
T  15921800 ccatgtcttccatttatttttgtaatgcttttcaatttcatgcttgatgagaatatatttcttgctataggctactgcttttgtgtaggcaatgtggcaa 15921701  T
Q  469 tagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaact 568  Q
    || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||    
T  15921700 tacatttttgttggcaaatcatcacccaaatcattgaagagttttgccatatcttcatcgctcccaagcaagttttgaaatacaccagctggtctaagct 15921601  T
Q  569 cctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagctgtaatgaacatctggacacatctcatatgctat 668  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15921600 cttttacatcctctgcattgtcaatcaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagttgtaatgaacatctggacacatctcatatgctat 15921501  T
Q  669 tagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagccttaattctccactaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccag 768  Q
    || |||| |        |||   || ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15921500 taaatttcgaaaaaaataaggtgtgacgtcattaaacaaaaacataggaagccttaattctccactaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccag 15921401  T
Q  769 ttccactcatccgtcttatttgctaccactcgaattcctgctgtctttagatcccgtatgctcttataagtattccaattcgaattaatttcttccttat 868  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||    
T  15921400 ttccactcatctgtcttatttgctaccactcgaattcctactgtttttagatcccgtatgctcttataagtattccaattaaaattaatatcttcctcat 15921301  T
Q  869 ccctgtcttcttggtcttgatttgta-tttttccgcatcgaattatgttcacctccttcaaactgtgtttccatttggccatgttcttcgatgttggaaa 967  Q
    | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  15921300 cactgtcttcttggtcttgagttgtattttttccgcattgaactatgttcacctccttccaactgtgtttccatttggccatgtccttcgacgttggaaa 15921201  T
Q  968 acttattgcgtgacaagtactctgagcgagcaaaatcgagtagatgaaagggcttaggattttccaattgaaccacttccattccttctcgtttatattc 1067  Q
     ||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||   |||||||  |      
T  15921200 cctttttgggtgacaagtacaatgaacgagcaaaatcgagtagatgacagggcttagtattttccaattgaaccattaccattccgcatcgtttacctcg 15921101  T
Q  1068 acccaaactatcataattgttaattaaaaatcccaaatcaaaacccgcttcttcgcatagaatctcaagcattattcttggaagttgattctccaacaat 1167  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||| |||||     
T  15921100 acccaaattatcataattgttaattaaaaatcccaaatcataacccgcttctttgcatagaatctcaagcattttgtttggaagctggttctctaacaaa 15921001  T
Q  1168 aaagtatctctcc 1180  Q
      |||||||||||    
T  15921000 ttagtatctctcc 15920988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 254 - 1180
Target Start/End: Original strand, 15873182 - 15874109
Alignment:
Q  254 taggatgtatggcataccaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtatt 353  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15873182 taggatttatggcaaaccatgtttggatgaaagtaagaactaatgccagtaatgcagctaaaaaggcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtgtt 15873281  T
Q  354 gtaagcttgagccaatcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaatatactccttgctataggctactgcatttgtg 453  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||   | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  15873282 gtaagcttgagccaaccatgtcttccatttatttgtgtaatgcttttcaatttgaagcttgatgagaatatatttcttgctataggctactgcatttgtg 15873381  T
Q  454 taggaattattgtcatagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacac 553  Q
    |||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  15873382 taggaattgttgcaatacatttttgttggcaaatcatcacccaaatcattgaagagttttgccaattctttgtcgcttccaagcaagttttgaaatacac 15873481  T
Q  554 cagctaatctaaactcctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagctgtaatgaacatctggaca 653  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  15873482 cagctgatctaagctcttttacatcgtcagcattgtcaaccaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagttgtaatgaacatctgaaca 15873581  T
Q  654 catctcatatgctattagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagccttaattctccactaaaccatttagacttgaac 753  Q
    |||||||||||||| ||  ||| |        |||   || ||||| |   ||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  15873582 catctcatatgctactaagtttcgaaaaaaataaggtgtgacgtcattgaacaaaaaaataggaagccttagttctccattaaaccatttagacgtgaac 15873681  T
Q  754 gaaatgttactccagttccactcatccgtcttatttgctaccactcgaattcctgctgtctttagatcccgtatgctcttataagtattccaattcgaat 853  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15873682 gaaatgttactccagttccactcatctgtcttatttgctaccacttgaattcctactgtctttagatcccgtatgctcttataagtattccaattcaaat 15873781  T
Q  854 taatttcttccttatccctgtcttcttggtcttgatttgtatttttccgcatcgaattatgttcacctccttcaaactgtgtttccatttggccatgttc 953  Q
    |||||||||||| |||  | ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||||    
T  15873782 taatttcttcctcatcaatatcttcttggtcttgagttttatttttcctcatcgaattgtgttcacttccttcagattgtgtttccattttaccatgttc 15873881  T
Q  954 ttcgatgttggaaaacttattgcgtgacaagtactctgagcgagcaaaatcgagtagatgaaagggcttaggattttccaattgaaccacttccattcct 1053  Q
    ||| |||||||||| | ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  || | | |||||||     
T  15873882 ttcaatgttggaaaccatattgggtggcaagtacactgaacgagcaaaatcaagtatatgaaagggcttaggattttccaatttgactattaccattcca 15873981  T
Q  1054 tctcgtttatattcacccaaactatcataattgttaattaaaaatcccaaatcaaaacccgcttcttcgcatagaatctcaagcattattctt-ggaagt 1152  Q
      ||||||  ||||||||| |  |  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15873982 agtcgtttggattcacccatatcaaaagaattgttaattaaaaattccaaatcaatacccatttcttcgcatagaatctcaagcattattcttgggaagt 15874081  T
Q  1153 tgattctccaacaataaagtatctctcc 1180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15874082 tgattctccaacaataaagtatctctcc 15874109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 269 - 1180
Target Start/End: Complemental strand, 15900850 - 15899960
Alignment:
Q  269 accaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaa 368  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || || ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15900850 accaggtttggatgaaagtaagaactaaagccagtactgcggctaaaaaagcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtgttgtaagcttgagccaa 15900751  T
Q  369 tcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaatatactccttgctataggctactgcatttgtgtaggaattattgtca 468  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||  |   | |  |    
T  15900750 ccatgtcttccatttatttttgtaatgcttttcaatttcatgcttgatgaaaatatatttcttgctataggctactgcttttgtgtagtcaaagtggcaa 15900651  T
Q  469 tagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaact 568  Q
    || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  15900650 tacatttttgttggcaaatcatcacccaaatcattgaagagttttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaaatacaccagctgatctaagct 15900551  T
Q  569 cctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagctgtaatgaacatctggacacatctcatatgctat 668  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15900550 cttttacatcctctgcattgtcaatcaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagttgtaatgaacatctggacacatctcatatgctat 15900451  T
Q  669 tagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagccttaattctccactaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccag 768  Q
    ||  ||| |        ||| | |  ||||| |   ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15900450 taagtttcgaaaaacataaggagttacgtcattgaacaaaaaaataggaagccttagttcgccactaaaccatttagacttgaaagaaatgttactccag 15900351  T
Q  769 ttccactcatccgtcttatttgctaccactcgaattcctgctgtctttagatcccgtatgctcttataagtattccaattcgaattaatttcttccttat 868  Q
     |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||    
T  15900350 gtccacttatctgtcttatttgctaccacttgaattcctactgtttttagatcccgtatgctcttataagtattccaattgaaatcaatttctggcttat 15900251  T
Q  869 ccctgtcttcttggtcttgatttgtatttttccgcatcgaattatgttcacctccttcaaactgtgtttccatttggccatgttcttcgatgttggaaaa 968  Q
    | || |||| ||||||||| ||||||||||      | | ||| ||||||| | ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| | ||||| |      
T  15900250 cactatctttttggtcttgctttgtatttt------ttggattgtgttcactttcttcatattgtttttccatttgggcatgttcttcaaagttggga-- 15900159  T
Q  969 cttattgcgtgacaagtactctgagcgagcaaaatcgagtagatgaaagggcttaggattttccaattgaaccacttccattccttctcgtttatattca 1068  Q
                 | |||| |||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | || | |||||||   ||||||  || ||    
T  15900158 -------------acgtacactgaacgaccaaaatcaagtaaatgaaagggcttatgattttccaattggagcattgccattccaagtcgtttgcatgca 15900072  T
Q  1069 cccaaactatcataattgttaattaaaaatcccaaatcaaaacccgcttcttcgcatagaatctcaagcattattcttggaagttgattctccaacaata 1168  Q
    ||||    |  | ||||||||||||||||  ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  15900071 cccattgcaaaagaattgttaattaaaaaatccaaatcaacactcgtttcttcgcatagaatctcaagcattatttttggaagttgattctccaacaaaa 15899972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 223 - 774
Target Start/End: Original strand, 15879969 - 15880511
Alignment:
Q  223 acagttatttt-ttagaatcttgatgttcatttaggatgtatggcataccaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgca 321  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15879969 acagttattttattagaatcttgatattcatttaggacgtatggcataccaagtttggatgaaagtaagaatcaatgctagtaaagcggctaaaaatgca 15880068  T
Q  322 atcatagcccatggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaatcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaa 421  Q
            ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||| || ||||||||||    
T  15880069 --------ccatggtgtattgaaatgagtattgcaagcttgagccaatcatatcttccatttatttgtgtaatttttttcaatttcatgtttgatgagaa 15880160  T
Q  422 tatactccttgctataggctactgcatttgtgtaggaattattgtcatagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattc 521  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||  | | | |  ||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  15880161 tatatttcttgctataggctactgcttttgtgtagtcaatgtggcaatacatttttattggcaaatcatcacccaaatcattgaagagttttgccaattc 15880260  T
Q  522 ttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaactcctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgag 621  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15880261 tttgtcgcttccaagcaagttttgaaatacaccagctgatctaagctcttttacatcgtcagcattgtcaaccaatgaatccatgaagctaaagaacgag 15880360  T
Q  622 caacattcatagctgtaatgaacatctggacacatctcatatgctattagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagcc 721  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |        |||   || ||||| |   ||||||  |||||||||    
T  15880361 caacattcatagttgtaatgaacatctggacacatctcatatgctactaagtttcgaaaaaaataag--gtgacgtcattgaacaaaaaaataggaagcc 15880458  T
Q  722 ttaattctccactaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccagttccac 774  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15880459 ttagttctccattaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccagttccac 15880511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 234 - 845
Target Start/End: Original strand, 14048203 - 14048815
Alignment:
Q  234 ttagaatcttgatgttc-atttaggatgtatggcataccaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgcaatcatagccca 332  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||  || ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||    
T  14048203 ttagaatcttgatgttttacttaggatagatagcacaccaagtttggataaaagtaagaaccaatgctagcattgcagctaaaaaggcaatcatagccca 14048302  T
Q  333 tggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaatcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaatatactccttg 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||     |||||||||| ||| | | ||    
T  14048303 tggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaaccatgtcttccatttgtttgtgtaatgtttttcaatttgaatcttgatgagaagatatttcctg 14048402  T
Q  433 ctataggctactgcatttgtgtaggaattattgtcatagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttc 532  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  14048403 ctataagccactgcatttgtgtaggaattgttgcaatacatttttgttggcaaatcgtcacccaaatcattgaagagctttgccaattcttcgtcacttc 14048502  T
Q  533 caagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaactcctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcata 632  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14048503 caagcaagttttgaaatacaccagctaatctaagctccttcacatcctcggcgttgtcaaccaatgaatccatgaaggtaaagaatgagcaacattcata 14048602  T
Q  633 gctgtaatgaacatctggacacatctcatatgctattagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagccttaattctcca 732  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |        |||   || | ||| |   ||||||  ||||||| | || |||||||    
T  14048603 gttgtagcgaacatccggacacatctcatatgctattaagtttcgaaaaaaataaggcgtgacatcattgaacaaaaaaataggaagtcgtagttctcca 14048702  T
Q  733 ctaaaccatttagacttgaacgaaatgttactccagttccactcatccgtcttatttgctaccactcgaattcctgctgtctttagatcccgtatgctct 832  Q
    || ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  ||||  |||| |||||||||| |  ||||||||||||| |  | |||||||||| |||||| |    
T  14048703 ctcaaccacttagacttgaaggaaacgttactccatgtccatgcatctgtcttatttggtttcactcgaattcctaccatttttagatcccttatgcttt 14048802  T
Q  833 tataagtattcca 845  Q
    |||||||||||||    
T  14048803 tataagtattcca 14048815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 269 - 848
Target Start/End: Original strand, 14059610 - 14060189
Alignment:
Q  269 accaagtttggatgaaagtaagaaacaatgctagtaaagcggctaaaaatgcaatcatagcccatggtgtattgaaatgagtattgtaagcttgagccaa 368  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14059610 accaagtttggataaaagtaagaaccaatgctagcattgcagctaagaaggcaatcatagcccacggtgtattgaaatgggtattgtaagcttgagccaa 14059709  T
Q  369 tcatgtcttccatttatttttgtaatgttttccaatttcctgattgatgagaatata-ctccttgctataggctactgcatttgtgtaggaattattgtc 467  Q
     |||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||     |||||||||| ||| ||||| |||||| || || |||| |||||||||||| |||      
T  14059710 ccatgtcttccatttgtttgtataatgtttttcaatttgaaccttgatgagaagatatctcct-gctataagccaccgcatctgtgtaggaattgttgca 14059808  T
Q  468 atagatttttgttggcaaatcatcactcacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaac 567  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14059809 atacatttttgttggcaaatcgtcacccaaatcattgaagagttttgccaattcttcgtcacttccaagcaagttttgaaatacaccagctaatctaagc 14059908  T
Q  568 tcctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaatccatgaagctaaagaacgagcaacattcatagctgtaatgaacatctggacacatctcatatgcta 667  Q
    ||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14059909 tccttcacatcctcggcgttgtcaaccaatgaatccatgaaggtaaagaacgagcaacattcgtagttgtagcgaacatctggacacatctcatatgcta 14060008  T
Q  668 ttagatttagnnnnnnncaagcattgtcgtcagtacccaaaaacgtaggaagccttaattctccactaaaccatttagacttgaacgaaatgttactcca 767  Q
    |||  ||| |        |||   || | ||| |   ||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  14060009 ttaagtttcgaaaaaaataaggtgtgacatcattgaacaaaaaaataggaagtcttagttctccactcaaccacttagacttgaaagaaacgttactcca 14060108  T
Q  768 gttccactcatccgtcttatttgctaccactcgaattcctgctgtctttagatcccgtatgctcttataagtattccaatt 848  Q
      ||||  |||| |||||||||| |  |||||||||||||  | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  14060109 tgtccatgcatctgtcttatttggtttcactcgaattcctattatttttagatcccttatgcttttataagtattccaatt 14060189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 495 - 605
Target Start/End: Original strand, 15880509 - 15880619
Alignment:
Q  495 cacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaactcctttacatcctctgcagtgtcaaca 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  15880509 cacatcattgaagagatttgccaattcttcatcgctcccaagcaagttttgaagtacatcggctaatctaagttcctttacatcctctgcagtgtcaacc 15880608  T
Q  595 aatgaatccat 605  Q
    |||||||||||    
T  15880609 aatgaatccat 15880619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 502 - 601
Target Start/End: Original strand, 44137215 - 44137314
Alignment:
Q  502 ttgaagagatttgccaattcttcatcgcttccaagcaagttttgaagtacaccagctaatctaaactcctttacatcctctgcagtgtcaacaaatgaat 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || |||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||  |||||||    
T  44137215 ttgaagagatttgccaattcttcattgctttcaggcaagttttaaaatacaccagctgatctaagctcttttacatcccctgcattgtcaaacaatgaat 44137314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University