View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14046_high_1 (Length: 862)

Name: NF14046_high_1
Description: NF14046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14046_high_1
NF14046_high_1
[»] chr6 (37 HSPs)
chr6 (1-850)||(31262162-31263010)
chr6 (278-522)||(34502062-34502305)
chr6 (281-514)||(2330357-2330589)
chr6 (278-494)||(9313941-9314156)
chr6 (278-494)||(28117587-28117802)
chr6 (278-479)||(12746568-12746768)
chr6 (281-522)||(17696308-17696549)
chr6 (278-479)||(28894637-28894837)
chr6 (278-522)||(13095854-13096096)
chr6 (278-479)||(35027289-35027489)
chr6 (280-479)||(33679347-33679544)
chr6 (293-471)||(5618480-5618656)
chr6 (278-522)||(17231576-17231818)
chr6 (278-522)||(22920249-22920491)
chr6 (293-522)||(14969388-14969615)
chr6 (297-619)||(11410379-11410708)
chr6 (278-474)||(2331049-2331244)
chr6 (285-520)||(7560338-7560572)
chr6 (327-514)||(31123158-31123343)
chr6 (338-522)||(3827019-3827215)
chr6 (280-397)||(15579073-15579189)
chr6 (293-365)||(5618385-5618457)
chr6 (278-359)||(11296294-11296375)
chr6 (547-688)||(1126150-1126289)
chr6 (537-622)||(5738495-5738578)
chr6 (6-90)||(19845504-19845589)
chr6 (417-483)||(22464173-22464239)
chr6 (537-620)||(28848473-28848554)
chr6 (537-624)||(23388510-23388595)
chr6 (520-561)||(20189841-20189882)
chr6 (520-561)||(22146109-22146150)
chr6 (278-323)||(3826974-3827019)
chr6 (10-90)||(15342386-15342467)
chr6 (520-561)||(16731042-16731083)
chr6 (535-586)||(23007828-23007879)
chr6 (535-586)||(23780485-23780536)
chr6 (537-583)||(9953634-9953680)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (278-595)||(1503589-1503912)
chr2 (278-595)||(1506793-1507116)
chr2 (278-595)||(38326427-38326754)
chr2 (278-494)||(30719524-30719737)
chr2 (297-638)||(4577447-4577795)
chr2 (341-595)||(38326005-38326269)
chr2 (278-514)||(18011677-18011913)
chr2 (278-479)||(40677928-40678128)
chr2 (278-479)||(38316203-38316403)
chr2 (278-522)||(18938615-18938857)
chr2 (278-619)||(29435365-29435713)
chr2 (278-619)||(15704126-15704475)
chr2 (293-522)||(13518023-13518252)
chr2 (293-521)||(11059516-11059747)
chr2 (278-522)||(22592235-22592476)
chr2 (368-619)||(15719470-15719729)
chr2 (547-688)||(38005604-38005743)
chr2 (595-688)||(30275124-30275217)
chr2 (537-688)||(38070224-38070371)
chr2 (542-619)||(26365546-26365621)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (278-595)||(11702743-11703067)
chr4 (278-623)||(10385575-10385903)
chr4 (278-479)||(56089470-56089670)
chr4 (283-595)||(33400487-33400800)
chr4 (281-522)||(10247522-10247780)
chr4 (293-522)||(18859497-18859726)
chr4 (278-479)||(13978896-13979096)
chr4 (280-479)||(26703649-26703847)
chr4 (278-479)||(15850935-15851135)
chr4 (278-522)||(3734034-3734276)
chr4 (278-522)||(49639972-49640214)
chr4 (278-522)||(49636679-49636921)
chr4 (278-522)||(14701626-14701868)
chr4 (278-522)||(3719652-3719894)
chr4 (304-514)||(23653009-23653220)
chr4 (285-514)||(11560541-11560769)
chr4 (342-479)||(19928666-19928802)
chr4 (350-522)||(17670123-17670308)
chr4 (554-688)||(19864914-19865046)
chr4 (537-612)||(5670200-5670273)
chr4 (547-688)||(19859943-19860082)
chr4 (537-621)||(27013892-27013974)
chr4 (537-612)||(5672519-5672592)
chr4 (520-578)||(24605620-24605678)
chr4 (537-611)||(49270362-49270435)
chr4 (555-621)||(5681058-5681122)
chr4 (10-90)||(55042433-55042514)
chr4 (542-626)||(37103631-37103713)
[»] chr5 (29 HSPs)
chr5 (278-595)||(34652911-34653235)
chr5 (278-522)||(19689270-19689515)
chr5 (278-522)||(19685887-19686132)
chr5 (278-494)||(17944398-17944613)
chr5 (278-479)||(33920904-33921104)
chr5 (293-626)||(26547698-26548041)
chr5 (293-626)||(26551257-26551600)
chr5 (278-479)||(1810564-1810765)
chr5 (278-479)||(26337745-26337945)
chr5 (278-522)||(25185105-25185349)
chr5 (278-475)||(33321080-33321276)
chr5 (278-477)||(2500164-2500362)
chr5 (284-522)||(4731993-4732231)
chr5 (288-479)||(9690525-9690715)
chr5 (293-522)||(28562530-28562759)
chr5 (293-522)||(28566098-28566327)
chr5 (388-623)||(2452949-2453186)
chr5 (278-522)||(26726667-26726908)
chr5 (332-455)||(3194945-3195067)
chr5 (293-433)||(40800087-40800226)
chr5 (537-623)||(28441545-28441629)
chr5 (672-726)||(40885369-40885423)
chr5 (537-622)||(22937348-22937431)
chr5 (537-631)||(43491367-43491468)
chr5 (520-595)||(3194835-3194911)
chr5 (547-626)||(21333102-21333179)
chr5 (547-626)||(21336118-21336195)
chr5 (547-595)||(32837674-32837722)
chr5 (284-321)||(2453202-2453239)
[»] chr3 (42 HSPs)
chr3 (278-610)||(42354567-42354904)
chr3 (278-522)||(9157709-9157951)
chr3 (278-595)||(44508446-44508771)
chr3 (278-595)||(9154453-9154778)
chr3 (278-522)||(18882933-18883176)
chr3 (278-479)||(4250148-4250348)
chr3 (293-522)||(10963127-10963355)
chr3 (293-522)||(10966636-10966864)
chr3 (278-479)||(19868744-19868945)
chr3 (278-479)||(28327206-28327406)
chr3 (278-479)||(28330531-28330731)
chr3 (293-522)||(10959620-10959848)
chr3 (278-479)||(3305612-3305812)
chr3 (294-624)||(2279790-2280125)
chr3 (278-522)||(5887138-5887380)
chr3 (278-522)||(29233742-29233984)
chr3 (304-619)||(30158213-30158543)
chr3 (278-479)||(27054633-27054833)
chr3 (278-522)||(5897122-5897364)
chr3 (278-522)||(23374884-23375126)
chr3 (293-522)||(2783840-2784069)
chr3 (278-522)||(6173507-6173749)
chr3 (303-501)||(20536758-20536954)
chr3 (278-522)||(16314744-16314985)
chr3 (278-522)||(18495738-18495979)
chr3 (278-522)||(16414910-16415151)
chr3 (278-522)||(18515884-18516125)
chr3 (278-397)||(4226007-4226125)
chr3 (278-403)||(54736286-54736410)
chr3 (444-586)||(25888734-25888885)
chr3 (280-505)||(18551405-18551629)
chr3 (537-626)||(10884568-10884655)
chr3 (278-375)||(25888624-25888727)
chr3 (520-595)||(36037370-36037445)
chr3 (537-626)||(10106995-10107082)
chr3 (10-90)||(13819041-13819122)
chr3 (537-595)||(17532031-17532089)
chr3 (537-592)||(26551234-26551289)
chr3 (10-90)||(4267597-4267678)
chr3 (43-90)||(12211238-12211285)
chr3 (548-595)||(55032259-55032306)
chr3 (537-586)||(17529147-17529196)
[»] scaffold0214 (3 HSPs)
scaffold0214 (278-638)||(19653-20018)
scaffold0214 (278-626)||(13215-13569)
scaffold0214 (278-626)||(27231-27585)
[»] chr8 (30 HSPs)
chr8 (278-586)||(30645119-30645436)
chr8 (284-522)||(27863716-27863954)
chr8 (293-626)||(5963861-5964204)
chr8 (278-474)||(31981116-31981311)
chr8 (278-479)||(5827789-5827989)
chr8 (278-464)||(31984767-31984952)
chr8 (278-522)||(22653981-22654225)
chr8 (280-480)||(9466889-9467088)
chr8 (278-522)||(20262276-20262518)
chr8 (278-522)||(21048906-21049148)
chr8 (278-522)||(14187720-14187964)
chr8 (278-479)||(13331851-13332051)
chr8 (278-479)||(39660113-39660313)
chr8 (294-522)||(24434752-24434978)
chr8 (294-522)||(24444798-24445024)
chr8 (278-522)||(17543771-17544013)
chr8 (278-485)||(24903640-24903845)
chr8 (278-522)||(17013188-17013430)
chr8 (368-619)||(18696171-18696431)
chr8 (547-626)||(45155691-45155768)
chr8 (10-90)||(24921069-24921150)
chr8 (537-624)||(18721692-18721777)
chr8 (10-90)||(1083397-1083478)
chr8 (543-619)||(25591890-25591964)
chr8 (10-90)||(31390889-31390970)
chr8 (10-90)||(40502704-40502785)
chr8 (537-624)||(25595068-25595153)
chr8 (537-619)||(23613169-23613249)
chr8 (445-485)||(452901-452941)
chr8 (537-583)||(10663562-10663608)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (278-494)||(6985-7200)
[»] chr7 (31 HSPs)
chr7 (278-494)||(22083599-22083813)
chr7 (278-479)||(3541324-3541524)
chr7 (278-595)||(22256894-22257220)
chr7 (278-479)||(38431155-38431355)
chr7 (278-477)||(44017948-44018146)
chr7 (278-479)||(6964049-6964249)
chr7 (278-522)||(20100363-20100606)
chr7 (278-522)||(26182022-26182264)
chr7 (294-626)||(11825527-11825869)
chr7 (278-522)||(26460186-26460428)
chr7 (285-479)||(12803428-12803620)
chr7 (286-522)||(748205-748441)
chr7 (293-522)||(5826879-5827107)
chr7 (278-513)||(22232783-22233018)
chr7 (278-513)||(22253721-22253956)
chr7 (278-479)||(43548955-43549155)
chr7 (278-522)||(710173-710415)
chr7 (293-626)||(8397464-8397792)
chr7 (278-479)||(26152913-26153113)
chr7 (278-522)||(23598919-23599160)
chr7 (278-522)||(2251592-2251833)
chr7 (278-514)||(2349202-2349421)
chr7 (340-431)||(23467349-23467440)
chr7 (537-622)||(10431933-10432016)
chr7 (479-638)||(23467442-23467608)
chr7 (278-336)||(8257792-8257850)
chr7 (545-626)||(26557111-26557191)
chr7 (556-626)||(8276614-8276682)
chr7 (10-90)||(41549133-41549214)
chr7 (278-328)||(8257743-8257793)
chr7 (525-616)||(22233044-22233134)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (293-626)||(37641472-37641815)
chr1 (278-479)||(18392155-18392355)
chr1 (293-522)||(28918093-28918322)
chr1 (278-479)||(23441440-23441640)
chr1 (286-479)||(33898088-33898280)
chr1 (294-522)||(17902959-17903185)
chr1 (278-522)||(16839089-16839331)
chr1 (278-522)||(16849019-16849261)
chr1 (278-479)||(6195580-6195780)
chr1 (278-479)||(34552840-34553040)
chr1 (278-522)||(20964177-20964419)
chr1 (278-619)||(49719468-49719817)
chr1 (278-619)||(49715985-49716335)
chr1 (278-522)||(20981080-20981322)
chr1 (278-522)||(24200400-24200641)
chr1 (280-439)||(3087883-3088041)
chr1 (302-393)||(50197140-50197230)
chr1 (537-626)||(1950865-1950952)
chr1 (10-90)||(29496742-29496823)
chr1 (10-90)||(24707721-24707802)
chr1 (10-90)||(19148840-19148921)
chr1 (10-90)||(23675894-23675975)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (278-479)||(4021-4221)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (278-479)||(52881-53081)
scaffold0083 (278-479)||(29084-29284)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (278-479)||(13354-13554)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (278-464)||(227125-227310)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (297-479)||(4327-4506)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (295-522)||(27082-27307)
[»] scaffold0062 (2 HSPs)
scaffold0062 (278-619)||(53038-53387)
scaffold0062 (368-619)||(68027-68286)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (278-522)||(27035-27277)
scaffold0012 (405-522)||(31347-31463)
[»] scaffold0175 (1 HSPs)
scaffold0175 (278-522)||(28816-29058)
[»] scaffold0360 (2 HSPs)
scaffold0360 (297-622)||(2092-2392)
scaffold0360 (281-622)||(5922-6245)
[»] scaffold1048 (1 HSPs)
scaffold1048 (278-452)||(1192-1364)
[»] scaffold0637 (1 HSPs)
scaffold0637 (311-410)||(2022-2120)
[»] scaffold0381 (1 HSPs)
scaffold0381 (537-622)||(5810-5893)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (537-622)||(62145-62228)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (10-90)||(27627-27708)
[»] scaffold0273 (2 HSPs)
scaffold0273 (278-333)||(19912-19967)
scaffold0273 (409-479)||(19971-20041)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (537-583)||(26854-26900)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 37)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 31263010 - 31262162
Alignment:
Q  1 cgattgttgaacaaagttagtaactagcaacatattatgtttcattaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcatnnnnnnnttt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  31263010 cgattgttcaacaaagttagtaactagcaacatattatgtttcattaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcataaaaattttt 31262911  T
Q  101 tacattacaattttatcaagccacttcattaatttaaatcttctttctcgtatcaccattcatccacggcaaacgcagaaccccacttcatgtcaaaacg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262910 tacattacaattttatcaagccacttcattaatttaaatcttctttctcgtatcaccattcatccacggcaaacgcagaaccccacttcatgtcaaaacg 31262811  T
Q  201 tatcttgggataaaactatttttctcgcaaaatctaatggaagtttcgataggtgttttcactacattattttttggttcatatgtcataaccctcaatt 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262810 tatcttgggataaaaatatttttctcgcaaaatctaatggaagtttcgataggtgttttcactacattattttttggttcatatgtcataaccctcaatt 31262711  T
Q  301 ttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31262710 ttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaattcct-aagatcaatttatgtg 31262612  T
Q  401 attgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaaga 500  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31262611 attgcaagaagttagagttaataatcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaagaccgaataaaattgataataaaga 31262512  T
Q  501 gagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaac 600  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262511 gagtttcaaatactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattagttagatatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaac 31262412  T
Q  601 caatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttctttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctctagccatgcgtg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262411 caatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttctttgcgctattgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctctagccatgcgtg 31262312  T
Q  701 aatgaatcctctttatttccaaaatcgtccaatcgtaatcatgtactgttcggctctctaaaacgtgaatgaatgctctccttttatatttttccaagcg 800  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262311 aatgaatcctctttgtttccaaaatcgtccaatcgtaatcatgtactgttcggctctctaaaacgtgaatgaatgctctccttttatatttttccaagcg 31262212  T
Q  801 acctagttcctgattgttttctttctccacaagcatgtcatgcttttctt 850  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262211 acctagttcctgattgttttctttctccacaagcatgtcatgcttttctt 31262162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 34502305 - 34502062
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34502305 ttcatatgccataatcctcaatttcatatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactacttcaagattaaaagctagggttagtagtcattca 34502206  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34502205 attcct-aagatcaatttatgtgattgtaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 34502107  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34502106 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactactgattcata 34502062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 281 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 2330589 - 2330357
Alignment:
Q  281 atatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2330589 atatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaatagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaatt 2330490  T
Q  381 ccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactg 480  Q
     || ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2330489 tct-aagatcaatttatgttattgaaagaatctagagttaatagtcatgcaaataatcatatgaaaaacaatgaacacaaataattatgaataaagactg 2330391  T
Q  481 aataaaattgataataaagagagtttcaactact 514  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2330390 aataatattgataataaagagagcttcaactact 2330357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Original strand, 9313941 - 9314156
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  9313941 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaagagctatggttagtagtcattca 9314040  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9314041 attcc-taagatcaatttatgtgattgcaataagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaga 9314139  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    |||||| | ||||||||    
T  9314140 ctgaattatattgataa 9314156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 28117802 - 28117587
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28117802 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacaaaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 28117703  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  28117702 attcc-taaaatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaataatcatgaaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaga 28117604  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    |||||| | ||||||||    
T  28117603 ctgaattatattgataa 28117587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 12746768 - 12746568
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12746768 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcatatgttgaattaaacagaattactatttcacgattaaaagctagggttagtagtcattca 12746669  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12746668 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 12746570  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  12746569 ct 12746568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 281 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17696549 - 17696308
Alignment:
Q  281 atatgtcataaccctcaattttctatctctaggttccta-tgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||    
T  17696549 atatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctagtgttgagttaaacagaattacaatttcaggattaagagccagggctagtagtcattcaat 17696450  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  17696449 ttct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttaatagtcatacaaacagtcatatgaaaagcgatgaacacaaataattctaaataaagact 17696351  T
Q  480 gaataa-aattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  17696350 gaataatcattgataataaagagag-ttcaactactgattcata 17696308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 28894637 - 28894837
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28894637 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggtttctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 28894736  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  28894737 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 28894835  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  28894836 ct 28894837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 13095854 - 13096096
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13095854 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcatgattaaaagttagggttagtagtcattca 13095953  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13095954 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagttagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaatcaatgaatacaagtaattctgaataaaga 13096051  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13096052 ctgaataacattattaataaagagagtatcaactactaattcata 13096096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 35027289 - 35027489
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35027289 ttcataagtcataatcgtcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 35027388  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||  ||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  35027389 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatataaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 35027487  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  35027488 ct 35027489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 280 - 479
Target Start/End: Original strand, 33679347 - 33679544
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33679347 catatgtcataaccttcaattttctatatctaggttcctaggttgaattaa-cataattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaat 33679445  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  33679446 tcct-aagataaatttatgtgattgaaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctaaataaagact 33679544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 293 - 471
Target Start/End: Original strand, 5618480 - 5618656
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  5618480 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagaagtcattcaatt-cttaa-atcaa 5618577  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaa 471  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  5618578 tttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaataaacacaaataattatgaa 5618656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17231818 - 17231576
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17231818 ttcatatgtcatgattctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattacaatttcagaattaaaagatagggttaatagtcattca 17231719  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17231718 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagatagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaaga 17231621  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  17231620 ctgaataacattaataataaagagagtatcgactactaattcata 17231576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 22920491 - 22920249
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22920491 ttcatatgtcataattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggataaaaagctagggttaatagtcattca 22920392  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  22920391 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataactctgaataaaga 22920294  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  22920293 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 22920249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 14969615 - 14969388
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  14969615 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 14969517  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  14969516 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatga--acaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 14969419  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  14969418 taataaagagagtatcaactactgattcata 14969388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 297 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 11410708 - 11410379
Alignment:
Q  297 aattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaattta 396  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |    
T  11410708 aatttcctatctctaggatcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcaatcaattcc-taatatcaattca 11410610  T
Q  397 tgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataata 496  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||     
T  11410609 tgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatggacacaagtaattctgaataaagactgaataacattattaat- 11410512  T
Q  497 aagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatag 584  Q
    |||||||| ||||||||||||||||         || |||||| ||||| ||||||   | ||  ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11410511 aagagagtatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatcaaactaagagtttagctagacatgatcaaataaataaacaacatag 11410412  T
Q  585 tagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    || |||||  ||||||| |||||||||| ||||||    
T  11410411 taaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttg 11410379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 2331244 - 2331049
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||    
T  2331244 ttcataggtcataaccctcaatttcttatctctaggttcctacgttgaattaaacagaattgatatttcatgattaaaagctggtgttagtagtcattca 2331145  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataa 474  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2331144 attcc-taagatcaatttatgttattgaaagaagctaggatcaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattatgaataa 2331049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 285 - 520
Target Start/End: Original strand, 7560338 - 7560572
Alignment:
Q  285 gtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcctt 384  Q
    |||||||| | ||| || |||||||||| ||| |||||  | |||| ||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||| | ||   ||     
T  7560338 gtcataactcgcaacttcctatctctagtttcatatgtaaagttaatcagaattattatttcagaattaatagtcagggttaggagtcaattaacaact- 7560436  T
Q  385 aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaata 484  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| ||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  7560437 aagatcaattaatatgattgaaagaagctagggttaattgtcatacaaacaatcataagaaaaacactgaacataaataattctgaataaagactgaata 7560536  T
Q  485 aaattgataataaagagagtttcaactactaattca 520  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7560537 atattgataataaagagagtttcaactactgattca 7560572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 327 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 31123343 - 31123158
Alignment:
Q  327 ttaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtc 426  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||| | ||| ||| |||||||||| |  |||||| |||||||||| |||| |||||    
T  31123343 ttaaacacaattactatttcaggattaaaagctagggaaagtagtcaattaatacct-aagatcaattaacatgattgaaagaagctagggttaatagtc 31123245  T
Q  427 atgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactact 514  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  31123244 atgcaaacaatcataataaaagcaatgaaaacaaataattctgaataaagactacatatcatttataataaagagag-ttcaactact 31123158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 338 - 522
Target Start/End: Original strand, 3827019 - 3827215
Alignment:
Q  338 tactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcct------------taagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagt 425  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||            ||| ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||    
T  3827019 tactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcctaatatcaattcctaatatcaattcatgtaattgcaagaagttagggttaatagt 3827118  T
Q  426 catgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||| |||| |||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  3827119 catacaaagcaattatataaaaaacaataaatacaaataattctgaataaagactgaataacattaataataaa-agagtatcaactactaattcata 3827215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 280 - 397
Target Start/End: Original strand, 15579073 - 15579189
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||| |||||||  ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  15579073 cataagtcataattctcaatttcttatctctaggttcatatgttgaattaaatagatttactatttcatgattaaaatatagggttagtagtcattcaat 15579172  T
Q  380 tccttaagatcaatttat 397  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  15579173 tcc-taagatcaatttat 15579189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 293 - 365
Target Start/End: Original strand, 5618385 - 5618457
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggtt 365  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5618385 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggtt 5618457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 278 - 359
Target Start/End: Original strand, 11296294 - 11296375
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagtt 359  Q
    |||||| ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11296294 ttcataagtcataatcttcaatttcccatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcatgattaaaagtt 11296375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 547 - 688
Target Start/End: Original strand, 1126150 - 1126289
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttct 646  Q
    |||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||| | | ||||  |||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||     
T  1126150 aaattagctagacatagtaaaaggaataaacaacatagtaaaaacaata--aaccgatagagttccgtcgttgccggctttactcctcaatttctcttcc 1126247  T
Q  647 ttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||    
T  1126248 tcgtgctactgttgatgttgtttttctataactatgtgcctc 1126289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 537 - 622
Target Start/End: Original strand, 5738495 - 5738578
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  5738495 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaaataataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgccg 5738578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 6 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 19845589 - 19845504
Alignment:
Q  6 gttgaacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  19845589 gttgaacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcaacatggtcctattaaataaaaaatagcat 19845504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 417 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 22464239 - 22464173
Alignment:
Q  417 gttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaat 483  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  22464239 gttaatagtcatgcaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaaactgaat 22464173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 537 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 28848554 - 28848473
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgc 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||  ||||| | || |||||||||||||||    
T  28848554 taatcaaaggaaattaactagacatgatcaaatacataaacaacatagtaaagaaa--ataaatcgatggagttccatcgttgc 28848473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 624
Target Start/End: Original strand, 23388510 - 23388595
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggc 624  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  23388510 taatcaaaggaaattagctagacatggttaaatacataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttgtcggc 23388595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 520 - 561
Target Start/End: Original strand, 20189841 - 20189882
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacat 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20189841 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattagctagacat 20189882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 520 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 22146150 - 22146109
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacat 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22146150 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattagctagacat 22146109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 323
Target Start/End: Original strand, 3826974 - 3827019
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgtt 323  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3826974 ttcatgtgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgtt 3827019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 15342386 - 15342467
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  15342386 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattacagatgcgacatggtcctactaattaaaaaatagcat 15342467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 520 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 16731083 - 16731042
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacat 561  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16731083 atagattcaccttggcttaatcaaaggaaattagctagacat 16731042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 535 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 23007879 - 23007828
Alignment:
Q  535 cttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagta 586  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  23007879 cttaatcaaaggagattagttagacatgattaaaggaataaacaacgtagta 23007828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 535 - 586
Target Start/End: Original strand, 23780485 - 23780536
Alignment:
Q  535 cttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagta 586  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  23780485 cttaatcaaaggagattagttagacatgattaaaggaataaacaacgtagta 23780536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 9953680 - 9953634
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacata 583  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  9953680 taatcaaaggaaattagctagacatggttaaatacataaacaacata 9953634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Original strand, 1503589 - 1503912
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1503589 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 1503688  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1503689 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaagcaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 1503787  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactac-------taattc-atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaag 569  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||       || | | |||| |||||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||     
T  1503788 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactacattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagagaattagctagacatgattaaat 1503887  T
Q  570 aaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1503888 aaataaacaacatagta-agaaaata 1503912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Original strand, 1506793 - 1507116
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1506793 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 1506892  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1506893 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaagcaatcatatgaaaaacaatgaacacaaataattctgaataaaga 1506991  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactac-------taattc-atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaag 569  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||       || | | |||| |||||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||     
T  1506992 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactacattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagagaattagctagacatgattaaat 1507091  T
Q  570 aaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1507092 aaataaacaacatagta-agaaaata 1507116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Original strand, 38326427 - 38326754
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  38326427 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattattatttcaggattaaaagctagggttggtagtcattca 38326526  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  38326527 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatcaaaagtaatgaacacaaataattctgaataaaga 38326625  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
    | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  38326626 cggaataatattgataataaagaaagtttcaactactgattcatatattccaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacatgattaa 38326725  T
Q  568 aga-aataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    | | |||||||||| ||||| ||||||||    
T  38326726 aaagaataaacaacgtagtaaagaaaata 38326754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 30719737 - 30719524
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30719737 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactattttaggattaaaagttagagttagtagtcattca 30719638  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |    
T  30719637 attcc-taagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttaatagtcatgcaa--aatcatataaaaagcaatgaacttaaataattctgaataaaaa 30719541  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    |||||| | ||||||||    
T  30719540 ctgaattatattgataa 30719524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 297 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 4577795 - 4577447
Alignment:
Q  297 aattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaattta 396  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4577795 aatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagg-ttagtagtcattcaattcct-aagatcaattta 4577698  T
Q  397 tgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataata 496  Q
    |||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  4577697 tgtgattgtaagaagatagggttaatagtcatgcaaacaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaata---actgaataatattgataata 4577601  T
Q  497 aagagagtttcaac----------tac------taattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaac 580  Q
    || ||||| |||||          |||      ||||  |||| |||||| || || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  4577600 aaaagagtgtcaacatttatatattacaataggtaat--ataggttcatcatgactcaatcaaagggaattagctagacataattaaagaaataaacaac 4577503  T
Q  581 atagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatt 638  Q
    |||||| |||||  ||||| | |||||| | | ||||||||||||| |||| ||||||    
T  4577502 atagtaaagaaa--ataaatcgatagagcttcgtcgttgccggctttactcctcaatt 4577447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 341 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 38326269 - 38326005
Alignment:
Q  341 tatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcat 440  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38326269 tatttcaggattaaaagctagggttggtagtcattcaattcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcat 38326171  T
Q  441 atgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatc 530  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||          |||| ||||||    
T  38326170 atcaaaagtaatgaacacaaataattctgaataaagacggaataatattgataataaagaaagtttcaactactgattcatatattccaataggttcatc 38326071  T
Q  531 ttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaaga-aataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
     ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||    
T  38326070 atggctcaatcaaagggaattagctagacatgattaaaaagaataaacaacgtagtaaagaaaata 38326005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 18011913 - 18011677
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18011913 ttcatgtgtcataatcctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattca 18011814  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||  |||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||||    
T  18011813 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaagcaactatataaaaagcaatgaacacaagtaattataaataaag 18011715  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactact 514  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  18011714 actgaataacattaataataaagagagtatcaactact 18011677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 40677928 - 40678128
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40677928 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 40678027  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  40678028 attcc-tagcatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 40678126  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  40678127 ct 40678128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 38316203 - 38316403
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38316203 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaagttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 38316302  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||| || | |  |||||||||||||||||||||    
T  38316303 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctacggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaaacattaagcacaaataattctgaataaaga 38316401  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  38316402 ct 38316403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18938857 - 18938615
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  18938857 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 18938758  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| || ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18938757 attcct-aatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 18938660  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  18938659 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 18938615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 278 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 29435713 - 29435365
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  29435713 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaaacaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcaatca 29435614  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  29435613 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaaga 29435516  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatgatt 565  Q
    |||||||  |||  |||| |||||| | ||||||||||||||||         || |||||| ||||| ||||||   | ||  ||| |||||||||||     
T  29435515 ctgaatagcattattaat-aagagaatatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatcaaactaagagtttagctagacatgatc 29435417  T
Q  566 aaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||    
T  29435416 aaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttg 29435365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 278 - 619
Target Start/End: Original strand, 15704126 - 15704475
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||  | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  15704126 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcccatattgaatcaaacactattactatttcaagattaaaagctagggttaatagtcattca 15704225  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||| ||| |||| ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  15704226 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaggaagttagggttaatagtcatacaagcaattatat-aaaaacaatgaacacaaataattctaaataaaga 15704323  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatgatt 565  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||         || |||||| ||||| ||| ||   | ||| |||||||||||||||     
T  15704324 ctgaataacattaataataaagagagtatcaacttctaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatgaaactaagaatttaactagacatgatc 15704423  T
Q  566 aaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  15704424 aaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 15704475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 13518252 - 13518023
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  13518252 cctcaatttcctatctctaggttcttatgttgaatcaaacaggattactatttcatgattaaaagctagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 13518154  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  13518153 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaatcaattatttgaaaagctatgaacacaagtaattttgaataaagactgaataacattaa 13518054  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||  | ||||||| |||||||    
T  13518053 taataaagagaggataaactactgattcata 13518023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 293 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 11059747 - 11059516
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  11059747 cctcaatttcctatctctaggttcttatgttgaatcaaacaggattactatttcatgattaaaagttagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 11059649  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactg---aataaaat 488  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||   ||||| ||    
T  11059648 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaaacaatgaacacaagtaactctgaataaagactgaataataacat 11059549  T
Q  489 tgataataaagagagtttcaactactaattcat 521  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  11059548 taataataaagagagtatcaactactgattcat 11059516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 22592476 - 22592235
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22592476 ttcatatgtcatgattctcaattc-ctatctctaagttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcatgattaaaagctagggttaatagtcattca 22592378  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||  |||||| || | | | ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||  | ||||||||||||||    
T  22592377 attcc-taatctcaattcatataaattcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacatgtgattctgaataaaga 22592280  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  22592279 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 22592235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 368 - 619
Target Start/End: Original strand, 15719470 - 15719729
Alignment:
Q  368 tagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattc 467  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||| |||| |||||||  || |||| |||| |||| ||||||| |||| ||||||    
T  15719470 tagtcattcaactcct-aatatcaattcatgtgatttcaagaagttagggttaatagtcatataagcaattatataaaaa-caatgaacacaagtaattc 15719567  T
Q  468 tgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagatt---------catcttggcttaatcaaaggaaa---ttaact 555  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||         |||| ||||| ||| |||  ||    ||||||    
T  15719568 tgaataaagactgaataacattaataataaagagagtatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatgaaactaataatttaact 15719667  T
Q  556 agacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  15719668 agacatgatcaaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 15719729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 547 - 688
Target Start/End: Original strand, 38005604 - 38005743
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttct 646  Q
    |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||     
T  38005604 aaattagctagacatagttaaaggaataaacaacatagtaaagaaaata--aaccgatagagttccgtcgttgccggctttactcctcaatttctcttcc 38005701  T
Q  647 ttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  38005702 tcgtgctactgttgatgttgtttttctataaccatgtgcctc 38005743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 595 - 688
Target Start/End: Original strand, 30275124 - 30275217
Alignment:
Q  595 ataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttctttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  30275124 ataaaccgatagagttccgtcgttgccgtctttactcctcaatttctcttcctcgtgctactgttgatgttgtttttctataaccatgtgcctc 30275217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 537 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 38070371 - 38070224
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaa 636  Q
    |||||||  ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||| | |||| ||   || || ||||||||||||||  ||||| |||| ||||    
T  38070371 taatcaagagaaattagctagatatgatcaaaggaataaacaacatcgtaaaaaaaaaat---ccgatggagttccatcgttgtgggctttactcctcaa 38070275  T
Q  637 tttatcttctttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    ||| | |||  | ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  38070274 tttcttttcaat-cgctattgttgatgttgtttttccatatccatgtgcctc 38070224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 542 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 26365621 - 26365546
Alignment:
Q  542 aaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  | | |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  26365621 aaagaaaattagctagacatgataaaaggaataaacaacata--ataaaaaaaataaaccgatagagtttcatcgttg 26365546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Original strand, 11702743 - 11703067
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11702743 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 11702842  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  11702843 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaattattctgaataaaga 11702941  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactac-------taattc-atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaag 569  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||       || | | |||| || ||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||     
T  11702942 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactacattcatatattacaataggtttatcatggctcaatcaaagagaattagctagacatgattaaat 11703041  T
Q  570 aaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  11703042 aaataaacaacatagtaaagaaaata 11703067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 278 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 10385903 - 10385575
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10385903 ttcatatgtcataac----aatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaa------tactatatcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 10385814  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10385813 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaagcaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 10385715  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaac 577  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10385714 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactactaattcata----tatcatggctcaatcaaagagaattaactagacatgaataaagaaacaaac 10385619  T
Q  578 aacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccgg 623  Q
    ||||||||  | |||| |||||   |||||||||| ||||||||||    
T  10385618 aacatagt--aaaaaaaataaattcatagagttccgtcgttgccgg 10385575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 56089470 - 56089670
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  56089470 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaagattaaaagctagggttagtggtcattca 56089569  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  56089570 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 56089668  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  56089669 ct 56089670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 283 - 595
Target Start/End: Original strand, 33400487 - 33400800
Alignment:
Q  283 atgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaac------tactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattc 376  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33400487 atgtcataaccatcaatttcctatccctaggttcctatgttgaattaaacaaaaacaaaattactatttcagaattaaaagttagggttagtagtcattc 33400586  T
Q  377 aattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  33400587 aattact-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcaagcaaacaatcatatgaaaagcaattaacataaataattctgaataaag 33400685  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaa 576  Q
    || |||||| |||||||| |||||||||| ||| |  ||  | |||| |||||  ||| | ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  33400686 accgaataatattgataacaaagagagttccaa-tttta--taataggttcattatggttcaatcaaagggaattagatagacatgattaaag-aataaa 33400781  T
Q  577 caacatagtagagaaaata 595  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  33400782 caacatagtaaagaaaata 33400800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 281 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10247780 - 10247522
Alignment:
Q  281 atatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaatt 380  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10247780 atatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattattatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaatt 10247681  T
Q  381 ccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtc------------------atgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaat 462  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||                  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  10247680 cc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatgcaaacaatgcaaacaatcatatgaaaggcaatgaacacagat 10247582  T
Q  463 aattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  10247581 aattctgaataaagactgaataatattgataataaaaagagttttaactactgattcata 10247522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18859726 - 18859497
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  18859726 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 18859628  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  || |    
T  18859627 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaatcaattatttgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataattttaa 18859528  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18859527 taataaagagagtatcaactactaattcata 18859497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 13979096 - 13978896
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  13979096 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtggtcattca 13978997  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| | |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  13978996 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcagaagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 13978898  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  13978897 ct 13978896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 280 - 479
Target Start/End: Original strand, 26703649 - 26703847
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26703649 cataagtcataactctcaatttcttatctctaggttcctatgttgaattaaacataattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaat 26703748  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  26703749 tcc-taagatcaatttatatgattgaaagaagctagagttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaagact 26703847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 15851135 - 15850935
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15851135 ttcataagtcataatcctcaatttcctatcactaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 15851036  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||||||||||    
T  15851035 attcc-taagataaatttatgtgattgaaagaagttagggttattagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattttgaataaaga 15850937  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  15850936 ct 15850935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 3734276 - 3734034
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  3734276 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 3734177  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| |||| || | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3734176 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagttatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 3734079  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  3734078 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 3734034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 49639972 - 49640214
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  49639972 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 49640071  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49640072 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 49640169  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  49640170 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 49640214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 49636679 - 49636921
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  49636679 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 49636778  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| |||| || | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49636779 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagttatacgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 49636876  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  49636877 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 49636921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 14701868 - 14701626
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14701868 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 14701769  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | | | ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  14701768 attcc-taatatcaattcatataaattcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 14701671  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| | ||||||||| |||||    
T  14701670 ctgaataatattattaaataagagagtattaactactaaatcata 14701626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 3719652 - 3719894
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  3719652 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 3719751  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | | | ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||| |||| || |||| | ||||||||||||||    
T  3719752 attcc-taatatcaattcatataaattcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaatcaataaacacaagtgattctgaataaaga 3719849  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  3719850 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 3719894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 304 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 23653220 - 23653009
Alignment:
Q  304 tatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat--tccttaagatcaatttatgtga 401  Q
    ||||||||| ||| |||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||  | | | ||||||||| |  |||    
T  23653220 tatctctagtttcatatgtaaagttaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcaattaataatacctgagatcaattaacatga 23653121  T
Q  402 ttgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagag 501  Q
    ||| |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23653120 ttgaaagaagttaggtttaatagtcatgcaaacaatcataataaaagcaatgaacacaaataattctgaataaagattgaataacattgataataaagag 23653021  T
Q  502 agtttcaactact 514  Q
    || ||||||||||    
T  23653020 ag-ttcaactact 23653009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 285 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 11560769 - 11560541
Alignment:
Q  285 gtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcctt 384  Q
    |||||||| | ||| || |||||||||| ||| |||||  | ||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | ||| |||     
T  11560769 gtcataactcgcaacttcctatctctagtttcatatgtaaagttaaacataattactattttaggattaaaagatagggttactagtcaattaatacct- 11560671  T
Q  385 aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaata 484  Q
    ||| |||||| |  ||| |  |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||    
T  11560670 aaggtcaattaacatgactaaaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcataataaaagcaatgaacacaaataattttgaataaagattgtata 11560571  T
Q  485 aaattgataataaagagagtttcaactact 514  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11560570 acattgataataaagagagtttcaactact 11560541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 342 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 19928802 - 19928666
Alignment:
Q  342 atttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcata 441  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |    
T  19928802 atttcatgattaaaagctagggttagtagtcattcaattcct-aagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcaga 19928704  T
Q  442 tgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
     |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  19928703 agaaaagcattaagcacaaataattctgaataaagact 19928666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 350 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17670308 - 17670123
Alignment:
Q  350 attaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaag 448  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||| || | |||||    
T  17670308 attaaaaggtagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaattcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaaacaattatttaaaaag 17670210  T
Q  449 caatgaatacaaata-------------attctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||| |||| ||             |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17670209 caatgaacacaagtaattttgaataaagattctgaataaagactgaataacattaataataaagagagtatcaactactaattcata 17670123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 554 - 688
Target Start/End: Original strand, 19864914 - 19865046
Alignment:
Q  554 ctagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttctttgcgct 653  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||| |||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||| ||||| | | |||    
T  19864914 ctagacatagttaaaggaataaacaagatagtaaagaaaata--aaccgatagagttccgtcgttgctggctttactccttaatttctcttcctcgtgct 19865011  T
Q  654 actgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  19865012 actgttgatgttgtttttctataaccatgtgcctc 19865046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 537 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 5670273 - 5670200
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttcc 612  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||||    
T  5670273 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaagaaataaacaacatagcaaagaaa--ataaaccgatagagttcc 5670200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 547 - 688
Target Start/End: Original strand, 19859943 - 19860082
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatttatcttct 646  Q
    |||||| ||||||||  |||||| | ||||||| |||||| ||||||||  |||| ||  |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||     
T  19859943 aaattagctagacatagttaaaggactaaacaatatagtaaagaaaata--aaccgatgaagttccgtcgttgccggctttactcctcaatttctcttcc 19860040  T
Q  647 ttgcgctactgttgatgttgtttctctaaatccatgtgcctc 688  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||    
T  19860041 tcgtgctactgttgatgttgtttttctataaccacgtgcctc 19860082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 537 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 27013974 - 27013892
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgcc 621  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  ||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27013974 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaaataataaacaacatagtaaagaaa--ataaatcgatagagttccgtcgttgcc 27013892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 537 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 5672592 - 5672519
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttcc 612  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||||    
T  5672592 taatcaaagaaaattagctagacatgattaaagaaataaacaacatagcaaagaaa--ataaaccgatagagttcc 5672519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 520 - 578
Target Start/End: Original strand, 24605620 - 24605678
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaaca 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||    
T  24605620 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattagctacgcatgattaaagaaattaaca 24605678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 537 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 49270435 - 49270362
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttc 611  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  49270435 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaaataataaacaatatagta-aaaaaaaataaaccaatagagttc 49270362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 555 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 5681122 - 5681058
Alignment:
Q  555 tagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgcc 621  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  5681122 tagacatgaataaagaaataaacaatatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgcc 5681058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 55042514 - 55042433
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  55042514 aacaatgttaataactaacaacatacggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 55042433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 542 - 626
Target Start/End: Original strand, 37103631 - 37103713
Alignment:
Q  542 aaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||||  ||||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  37103631 aaagaaaattagctagacatgataaaaagaataaacaacataataaagaaa--ataaaccgatagagtttcgccgttgccggctt 37103713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 29)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Original strand, 34652911 - 34653235
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34652911 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacaaaattattatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 34653010  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34653011 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 34653109  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagatt-ca------tcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaaga 570  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||      || ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||| |    
T  34653110 ctgaataatattgataataaagagagtttcaactactaattcatatattacaatagattcatggctcaatcaaatggaattagctagacatgattaaaaa 34653209  T
Q  571 -aataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
     |||||||||||||||| ||||||||    
T  34653210 gaataaacaacatagtaaagaaaata 34653235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19689515 - 19689270
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19689515 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 19689416  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatc--atatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaa 475  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19689415 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaa 19689317  T
Q  476 gactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19689316 gactgaataatattgataataaagagagtttcaactactgattcata 19689270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19686132 - 19685887
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  19686132 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttattagtcattca 19686033  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatc--atatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaa 475  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19686032 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaa 19685934  T
Q  476 gactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19685933 gactgaataatattgataataaagagagtttcaactactgattcata 19685887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 17944613 - 17944398
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17944613 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 17944514  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17944513 attcc-taagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaga 17944415  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    |||||| | ||||||||    
T  17944414 ctgaattatattgataa 17944398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33921104 - 33920904
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33921104 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 33921005  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33921004 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 33920906  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  33920905 ct 33920904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 293 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 26548041 - 26547698
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| || |||||    
T  26548041 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatatcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcct-aatatcaa 26547943  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  26547942 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaaacaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 26547843  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaa 579  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||          |||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  26547842 taataaagagagtatcaactactgattcatatattaaaataggttcatcatggcttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaa 26547743  T
Q  580 catagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    ||||  | | |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26547742 cata--ataaaaacaataaaccgatagagttccgtcgttgccggctt 26547698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 293 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 26551600 - 26551257
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| || |||||    
T  26551600 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatatcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcct-aatatcaa 26551502  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  26551501 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaaacaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 26551402  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaa 579  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||          |||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  26551401 taataaagagagtatcaactactgattcatatattaaaataggttcatcatggcttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaa 26551302  T
Q  580 catagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    ||||  | | |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26551301 cata--ataaaaacaataaaccgatagagttccgtcgttgccggctt 26551257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 1810564 - 1810765
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1810564 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattacaatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattca 1810663  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  1810664 atttc-taagatcaatttatgtaattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaaacaatcatatgaaaaacaatgaacacaaataattctcaataaag 1810762  T
Q  477 act 479  Q
    |||    
T  1810763 act 1810765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 26337945 - 26337745
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26337945 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcttatgttgaattaaacagaattactatttcatgattaaaagctagggttagtagtcattca 26337846  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  26337845 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaaactagggttaatagtcattcatacaatcatacgaaaagcaataaacacaaataattctgaataaaga 26337747  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  26337746 ct 26337745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 25185349 - 25185105
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  25185349 ttcatatatcataagcctcattttcctatctctaggttcctatgatgaattaaacagagctagtattttaggattaaaagctagggttaatagtcattca 25185250  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcat-gcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |||||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||    
T  25185249 attcc-taaaatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttattagtcatataaaacaatcatataaaaagcaatgaacacaagtatttctaaataaag 25185151  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    | ||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  25185150 attgaataatattaataacaaagagagtatcaactactgattcata 25185105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 475
Target Start/End: Original strand, 33321080 - 33321276
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33321080 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagttagggctagtagtcattca 33321179  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaa 475  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||||||||    
T  33321180 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattttgaataaa 33321276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 477
Target Start/End: Original strand, 2500164 - 2500362
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2500164 ttcataagtcataatcctcaatttcctatcactaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 2500263  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  ||||||| |||||||||||||    
T  2500264 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaatatttctgaataaaga 2500362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 284 - 522
Target Start/End: Original strand, 4731993 - 4732231
Alignment:
Q  284 tgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcct 383  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||     
T  4731993 tgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacatgattactatttcatgattaaaagctagggttaatagtcatccaattcc- 4732091  T
Q  384 taagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaa 482  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  4732092 taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaa 4732191  T
Q  483 taaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||| ||| ||||||||||||   ||||||||| |||||||    
T  4732192 taagattaataataaagagaagatcaactactgattcata 4732231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 288 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9690715 - 9690525
Alignment:
Q  288 ataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaag 387  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||    
T  9690715 ataactctcaatttcacatctctaggttcctatgttgaattaaacataattactatttcaggattaaaaactagggttagtagtcgttcaattcct-aag 9690617  T
Q  388 atcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9690616 atcaatttatgtgattgaaataagctagggttaatagtcatgcaaacaatcgtacgaaaagcaatgaacacaaataattatgaataaagact 9690525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Original strand, 28562530 - 28562759
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  28562530 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatatcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 28562628  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || ||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  28562629 ttcatgtagttgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 28562728  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  28562729 taataaagagaggatcaactactgattcata 28562759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Original strand, 28566098 - 28566327
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  28566098 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatatcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 28566196  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || ||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  28566197 ttcatgtagttgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 28566296  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  28566297 taataaagagaggatcaactactgattcata 28566327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 388 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 2453186 - 2452949
Alignment:
Q  388 atcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaa 487  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2453186 atcaatttatgtggttgcaagaagttagggttaatagtcatgcaa----tcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataata 2453091  T
Q  488 ttgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaac 577  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||  |||    
T  2453090 ttgataataaa-agagtttcaactactaattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacattaataaagaaa-caac 2452993  T
Q  578 aacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccgg 623  Q
    ||||||||| |||||  ||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  2452992 aacatagtaaagaaa--ataaatccatagagttccgtcgttgccgg 2452949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 26726908 - 26726667
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  26726908 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagatttactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 26726809  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||  |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  26726808 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctatggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 26726712  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    || ||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  26726711 cttaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 26726667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 332 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3195067 - 3194945
Alignment:
Q  332 cagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgca 431  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  3195067 cagaattattatttcaggattaaaagctaaggttagtagtcattcaattcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttaatagtcatgca 3194969  T
Q  432 aacaatcatatgaaaagcaatgaa 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3194968 aacaatcatatgaaaagcaatgaa 3194945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 293 - 433
Target Start/End: Original strand, 40800087 - 40800226
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  40800087 cctcaattttctatttctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaaggtagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 40800185  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa 433  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||    
T  40800186 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaa 40800226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 537 - 623
Target Start/End: Original strand, 28441545 - 28441629
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccgg 623  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  28441545 taatccaaggaaattagctagacatgaataaagaaataaacaacgtagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgccgg 28441629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 672 - 726
Target Start/End: Original strand, 40885369 - 40885423
Alignment:
Q  672 ctaaatccatgtgcctctagccatgcgtgaatgaatcctctttatttccaaaatc 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  40885369 ctaaatccatgtgcctctagccatgcgtgaatgaatcctctttctttctaaaatc 40885423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 537 - 622
Target Start/End: Original strand, 22937348 - 22937431
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22937348 taatcaagagaaattagctagacatgattaaaataataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgccg 22937431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 537 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 43491468 - 43491367
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaat-------ataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcac 629  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  43491468 taatccaaggaaattagctagacatggttaaatacataaacaacatagtaaagaaaataaagaaaataaaccgatagagttccgtcgttgccggctttac 43491369  T
Q  630 tc 631  Q
    ||    
T  43491368 tc 43491367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 3194911 - 3194835
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaaga-aataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  3194911 ataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctatacatgattaaaaagaataaacaacatagtaaagaaaata 3194835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 626
Target Start/End: Original strand, 21333102 - 21333179
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  21333102 aaattagctagacataataaaaggaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgctgccggctt 21333179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 626
Target Start/End: Original strand, 21336118 - 21336195
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  21336118 aaattagctagacataataaaaggaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgctgccggctt 21336195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 32837722 - 32837674
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32837722 aaattagctagacatgataaaagaaataaacaacatagtaaagaaaata 32837674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 2453239 - 2453202
Alignment:
Q  284 tgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatg 321  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2453239 tgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatg 2453202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 42)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 278 - 610
Target Start/End: Original strand, 42354567 - 42354904
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42354567 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 42354666  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  42354667 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaatgattctgaataaaga 42354765  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactac-------taattc-atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaag 569  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||       || | | |||| |||||| || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  42354766 ctgaataatattgataataaagacaatttcaactacattcatatattacaataggttcatcatgactcaatcaaagg-aattagctagacatgattaaat 42354864  T
Q  570 aaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagtt 610  Q
    ||| ||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||    
T  42354865 aaagaaacaacatagta-aaaaaaaataaaccgatagagtt 42354904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 9157951 - 9157709
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9157951 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaatagaattactatttcatgattaaaagctagggttagtagtcattca 9157852  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9157851 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 9157753  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  9157752 ctgaataatattgataataaagagag-ttcaactactgattcata 9157709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 44508771 - 44508446
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  44508771 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctgtgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctcgggttagtagtcattca 44508672  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44508671 attc-ttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaaacaatgaacacaaataattctgaataaaga 44508573  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||          |||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||  ||||||    
T  44508572 ttgaataatattgataataaagagagttttaactactgattcatatattacaataggttcatcatggctcaattaaagggaattaactagac--gattaa 44508475  T
Q  568 aga-aataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    | | |||||||||||||||| ||||||||    
T  44508474 aaagaataaacaacatagtaaagaaaata 44508446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 9154778 - 9154453
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9154778 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaatataattactatttcatgattaaaagctagggttagtagtcattca 9154679  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9154678 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttaggattactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 9154580  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
    | || ||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  9154579 ccgagtaatatcgataataaagaga-tttcaactactgattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacatgattaa 9154481  T
Q  568 agaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    | | ||||||||||||||| | ||||||    
T  9154480 atacataaacaacatagtaaaaaaaata 9154453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18883176 - 18882933
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  18883176 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattta 18883077  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18883076 atccct-aagatcaatttatgtgattgtaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 18882978  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18882977 ctgaataatattgataataaagagattttcaactactgattcata 18882933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4250348 - 4250148
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4250348 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaagattaaaagctagggttagtagtcattca 4250249  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4250248 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 4250150  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  4250149 ct 4250148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10963355 - 10963127
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  10963355 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcct-aatatcaa 10963257  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgat 492  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  10963256 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaacaattatatgaaaagcaatgaacacacgtaattctgaataaagactgaataacattaat 10963157  T
Q  493 aataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  10963156 aataaagagagtatcaactactgattcata 10963127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10966864 - 10966636
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  10966864 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcct-aatatcaa 10966766  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgat 492  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  10966765 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaacaattatatgaaaagcaatgaacacacgtaattctgaataaagactgaataacattaat 10966666  T
Q  493 aataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  10966665 aataaagagagtatcaactactgattcata 10966636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 19868945 - 19868744
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  19868945 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacataattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 19868846  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  19868845 attcc-taagatcaatttatgtaattggaagaagctagggttaatagtcatgcaaagcaatcatatgaaaagcaacaaacacaaataattctgaataaag 19868747  T
Q  477 act 479  Q
    |||    
T  19868746 act 19868744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28327406 - 28327206
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28327406 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 28327307  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  28327306 attcc-tagcatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 28327208  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  28327207 ct 28327206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28330731 - 28330531
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28330731 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 28330632  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  28330631 attcc-tagcatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 28330533  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  28330532 ct 28330531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10959848 - 10959620
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  10959848 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcagaattaaaagctagggttaatagtcattcaattcct-aatatcaa 10959750  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgat 492  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||  ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  10959749 ttcatgtaattgcacgaagctagggttgatagtcatacaagcaattatatgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaaggctgaataacattaat 10959650  T
Q  493 aataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  10959649 aataaagagagtatcaactactgattcata 10959620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 3305812 - 3305612
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3305812 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcattattaaaagttagggttagtagtcattca 3305713  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  3305712 atttc-tattatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 3305614  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  3305613 ct 3305612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 294 - 624
Target Start/End: Original strand, 2279790 - 2280125
Alignment:
Q  294 ctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2279790 ctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaaaattactaattcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcc-taatatcaat 2279888  T
Q  394 ttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgata 493  Q
    | |||| ||| ||||||||||  |||| ||||||| ||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||    
T  2279889 tcatgtaatttcaagaagctaaggttaatagtcatacaggcaattaaatg-aaagcaatgaacacaaataattctgaataaaaactgaataacattatta 2279987  T
Q  494 ataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatag 584  Q
    |  |||||||| ||| ||||||| ||||         || |||||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  2279988 aataagagagtatcagctactaaatcatatattataaaggttcatcatggctcaatcatatgaaattagctagacatgaataaagaaacaaacaacattg 2280087  T
Q  585 tagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggc 624  Q
    || |||||  ||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  2280088 taaagaaa--ataaaccgatagaattccgtcgttgccggc 2280125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 5887138 - 5887380
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  5887138 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 5887237  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5887238 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 5887335  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  5887336 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 5887380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 29233742 - 29233984
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  29233742 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 29233841  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29233842 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatgaaaaacaatgaacacaaataattctgaataaaga 29233939  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  | |||||| |||||||||||||||||    
T  29233940 ctgaataatattattaaatacgagagtatcaactactaattcata 29233984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 304 - 619
Target Start/End: Original strand, 30158213 - 30158543
Alignment:
Q  304 tatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgatt 403  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| |||| |||    
T  30158213 tatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaatt-cataatatcaattcatgtaatt 30158311  T
Q  404 gcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatg-----aatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataa 497  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || ||||||||||||     || |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  30158312 gcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaataataa 30158411  T
Q  498 agagagtttcaactactaattcatagat----------tcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagt 585  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||          ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| |    
T  30158412 agagagtatcaactactgattcatatattacaatagggtcatcatggcttaatcaataaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaacataat 30158511  T
Q  586 agagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    | |||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  30158512 aaagaaa--ataaaccgatagagttccatcgttg 30158543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 27054833 - 27054633
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  27054833 ttcataagtcataatcatcaatttcctatctctaggttcctatattgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattta 27054734  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||| ||    
T  27054733 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataatga 27054635  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  27054634 ct 27054633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 5897122 - 5897364
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  5897122 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 5897221  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | |||  |||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5897222 attcc-taatatcaattcatataatt-taagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 5897319  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  5897320 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 5897364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 23374884 - 23375126
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  23374884 ttcatatgtcatgattctcaaattcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagatagggttaaaagtcattca 23374983  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  23374984 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaaa 23375081  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  23375082 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 23375126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2784069 - 2783840
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  2784069 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatatcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 2783971  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || ||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  2783970 ttcatgtagttgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 2783871  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    || |||||||||  ||||||||| |||||||    
T  2783870 tactaaagagaggatcaactactcattcata 2783840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 6173507 - 6173749
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  6173507 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacatgattactaattcaggattaaaatctagggttagtggtcattca 6173606  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  6173607 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaaacaattaaatg-aaagcaatgaacacaagtgattctgaataaaga 6173704  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  6173705 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 6173749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 303 - 501
Target Start/End: Original strand, 20536758 - 20536954
Alignment:
Q  303 ctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgat 402  Q
    |||||||||| ||| |||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||| |||||||||| || ||||    
T  20536758 ctatctctagtttcatatgtaaagttaaacagaattactatttcaggattaaaagatagggttaatagtcaattaattcct-aagatcaattaatatgat 20536856  T
Q  403 tgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagag 501  Q
    || |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  20536857 tg-aagaagttagggttaatagtcatacaaacaatcataagaaaagcaatgaacacaaataattttgaataaagactgcataatattgataataaagag 20536954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 16314744 - 16314985
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  16314744 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcgaacagaattactaattcaggattaaaatctagggttaatagtcattca 16314843  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || | || | ||||||||||||||    
T  16314844 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacataagtgattctgaataaaga 16314940  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  16314941 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 16314985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 18495738 - 18495979
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  18495738 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcgaacagaattactaattcaggattaaaatctagggttaatagtcattca 18495837  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || | || | ||||||||||||||    
T  18495838 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacataagtgattctgaataaaga 18495934  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  18495935 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 18495979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 16414910 - 16415151
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  16414910 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaagattaaaagctagggttaatagtcattta 16415009  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || ||||   ||||||||||||||    
T  16415010 att-cataatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagcgattctgaataaaga 16415106  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  16415107 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 16415151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 18515884 - 18516125
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  18515884 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaagattaaaagctagggttaatagtcattta 18515983  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || ||||   ||||||||||||||    
T  18515984 att-cataatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagcgattctgaataaaga 18516080  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  18516081 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 18516125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 278 - 397
Target Start/End: Original strand, 4226007 - 4226125
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  4226007 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacaaaattactatttcaggattaaaagctagggttagcaatcattca 4226106  T
Q  378 attccttaagatcaatttat 397  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  4226107 atttc-taagatcaatttat 4226125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 278 - 403
Target Start/End: Original strand, 54736286 - 54736410
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||    
T  54736286 ttcatatgtcataatccttaatttcctatctctaggttcctatattgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctaggattagtagcgattca 54736385  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgatt 403  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  54736386 att-cttaagatcaatttatgtgatt 54736410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 444 - 586
Target Start/End: Original strand, 25888734 - 25888885
Alignment:
Q  444 aaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttg 533  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||          ||||||||||| ||    
T  25888734 aaaaacaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaataataaagagagtatcaactactgattcatatattacaatagattcatcatg 25888833  T
Q  534 gcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagta 586  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25888834 gcttaatcaaaag-aattagctagacatgattaaaggaataaacaacatagta 25888885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 280 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 18551629 - 18551405
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||| |||||||| | ||| || |||||||||| ||| |||||  | | ||||||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | ||     
T  18551629 cataagtcataactcgcaacttcctatctctagtttcatatgtaaagtcaaacagaatcactatttcaggtttaatagctagggttagtagtcaattaac 18551530  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    ||| ||||||||||| ||   |||| |||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |  |   |||||||||||||||||||    
T  18551529 tcc-taagatcaattaatacaattgaaagaagctagggttagtagccatacaaacaatcataagaaaatcaataagcatgtataattctgaataaagact 18551431  T
Q  480 gaataaaattgataataaagagagtt 505  Q
    ||||   |||||||||||||||||||    
T  18551430 gaatgttattgataataaagagagtt 18551405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 537 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 10884655 - 10884568
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  10884655 taatcaaaggaaattaactaaacataatcaaagaattaaacaacatagtaaagaaa--ataaaccaataaagttccgtcgttgccggctt 10884568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 278 - 375
Target Start/End: Original strand, 25888624 - 25888727
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaacta------ctatttcaggattaaaagttagggttagtagt 371  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||      |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25888624 ttcatgtgtcacaatcctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttctatttcaggattaaaaggtagggttaatagt 25888723  T
Q  372 catt 375  Q
    ||||    
T  25888724 catt 25888727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 520 - 595
Target Start/End: Original strand, 36037370 - 36037445
Alignment:
Q  520 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  36037370 atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattagctacacatgattcaatgaataaacaacataataaagaaaata 36037445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 537 - 626
Target Start/End: Original strand, 10106995 - 10107082
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  10106995 taatcaaaggaaattagctagacataatcaaagaattaaacaacatagtaaagaaa--ataaaccaataggattccgtcgttgccggctt 10107082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 13819041 - 13819122
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  13819041 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 13819122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 537 - 595
Target Start/End: Original strand, 17532031 - 17532089
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  17532031 taatcaaagaaaattagctagacatgattaaagcaataagcaacatagtaaagaaaata 17532089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 26551289 - 26551234
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaa 592  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  26551289 taatcaaagaaaaatagctagacatgatgaaagaaataaacaacatagtaaagaaa 26551234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 4267678 - 4267597
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  4267678 aacaatgttaataactaacaacatacggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 4267597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 12211285 - 12211238
Alignment:
Q  43 cattaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  12211285 cattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 12211238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 548 - 595
Target Start/End: Original strand, 55032259 - 55032306
Alignment:
Q  548 aattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  55032259 aattagctagacatgataaaaggaataaacaacatagtaaagaaaata 55032306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 537 - 586
Target Start/End: Original strand, 17529147 - 17529196
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagta 586  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  17529147 taatcaaagaaaattaggtagacataattaaagcaataaacaacatagta 17529196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 278 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 20018 - 19653
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20018 ttcatatgtcataaccctcaatttcctacctctaggttcctatgttgaattaaacataattactatttcatgattaaaagctagggttagtagtcattca 19919  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  19918 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaataatatgaaaag--atgaacacaaataattctggataaaga 19822  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  19821 gtgaataatattgataataaagagagtttcaactactgattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacataattaa 19722  T
Q  568 agaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatt 638  Q
    |||| |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||| | | ||||||||||||| |||| ||||||    
T  19721 agaattaaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagcttcgtcgttgccggctttactcatcaatt 19653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 278 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 13569 - 13215
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13569 ttcatatctcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacataattcctatttgaggattaaaagctagggttagtagtcattca 13470  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| | || |||||||||| || |||||||    
T  13469 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaaaaatcatatgaaaagcagttaacacaaataattttggataaaga 13371  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  13370 ctgaataatattgataataaa-agagtttcaattactgattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacataattaa 13272  T
Q  568 agaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||| | | |||||||||||||    
T  13271 aaaaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagcttcgtcgttgccggctt 13215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 278 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 27585 - 27231
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27585 ttcatatctcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacataatttttattttatgattaaaagctagggttagtagtcattca 27486  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| | || |||||||||| || |||||||    
T  27485 attcct-aagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaaaaatcatatgaaaagcagttaacacaaataattttggataaaga 27387  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||          |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  27386 ctgaataatattgataataaa-agagtttcaattactgattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacataattaa 27288  T
Q  568 agaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||| | | |||||||||||||    
T  27287 aaaaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagcttcgtcgttgccggctt 27231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 30)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 278 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 30645436 - 30645119
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30645436 ttcatatgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcttatgttgaattaaacagaattactatttcaaaattaaaagttagggttagtagtcattca 30645337  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30645336 attcct-aagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcatatcaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 30645238  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaa 567  Q
    ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||          |||| |||||| |  || ||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  30645237 ctggataatattaataataaagagagtttcaactattaattcatatattacaataggttcatcataactcaatcaaagggaattagttagacatgattaa 30645138  T
Q  568 agaaataaacaacatagta 586  Q
    || ||||||||||||||||    
T  30645137 aggaataaacaacatagta 30645119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 284 - 522
Target Start/End: Original strand, 27863716 - 27863954
Alignment:
Q  284 tgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcct 383  Q
    |||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  27863716 tgtcctaatcctcaatttcatatccctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattcaattcc- 27863814  T
Q  384 taagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaa 482  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  27863815 taagatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaaacaatcatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaa 27863914  T
Q  483 taaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  27863915 taacattaataataaagagagtatcaactactgattcata 27863954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 293 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 5964204 - 5963861
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  5964204 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagtgttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 5964106  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||| |    
T  5964105 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaatcgcattaa 5964006  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcatagat----------tcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaa 579  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||          ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  5964005 taatacagagagtatcaactactgattcatatattacaataggatcatcatggcttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaa 5963906  T
Q  580 catagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||| || |||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5963905 cataataaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgccggctt 5963861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 278 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 31981311 - 31981116
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31981311 ttcatatgtcacaaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 31981212  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataa 474  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  31981211 attcc-taatatcaatttatgtgattgtaagaagctatggttaatagtcattgaaacaatcatatgaaaatcaatgaacacaaataattctgaataa 31981116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 5827989 - 5827789
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  5827989 ttcataagtcataactctcaatttcctatctcgaggttcctatgttgaattaaacagaattactctttcagaattaaaagctagggttagtagtcattca 5827890  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5827889 attcc-taagattaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcaagcaaacaatcataagaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 5827791  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  5827790 ct 5827789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 31984952 - 31984767
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  31984952 ttcatatgtcacaaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattattatttcaggattaaaagctatgattagtagtcattca 31984853  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataa 464  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31984852 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagctatggttaatagtcatgcaaccaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataa 31984767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 22654225 - 22653981
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  22654225 ttcatgtgtcaaaatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaagattactatttcaggattaaaagttggggttaatagtcattca 22654126  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  22654125 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaagcaataatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 22654027  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  22654026 actgaataacattaataataaagagagtatcaactattgattcata 22653981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 280 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 9467088 - 9466889
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9467088 cataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaat 9466989  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||||||||||||    
T  9466988 tcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattatgaataaagact 9466890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 20262518 - 20262276
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  20262518 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttctggattaaaagctagggttaatagtcattca 20262419  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  20262418 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagttagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaaga 20262321  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20262320 ctgaataacattaataataaagagagtatcaactactaattcata 20262276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 21049148 - 21048906
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  21049148 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttctggattaaaagctagggttaatagtcattca 21049049  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  21049048 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagttagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaaga 21048951  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21048950 ctgaataacattaataataaagagagtatcaactactaattcata 21048906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 14187964 - 14187720
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  14187964 ttcatgtgtcatgatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactacttcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 14187865  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||  ||||||| |||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  14187864 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagttagggtttatagtcatacaaagcaattatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 14187766  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  14187765 actgaataacattaataataaagagagtatcaactactgattcata 14187720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 13332051 - 13331851
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  13332051 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgatgaattaaacagaattactatttcagaattaaaagctagggttagtagtcattca 13331952  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||||||||||    
T  13331951 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacgaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattatgaataaaga 13331853  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  13331852 ct 13331851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 39660113 - 39660313
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39660113 ttcataagtcataatcctcaatttcctatttgtaggttcctatgttgaattaaacaaaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 39660212  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  39660213 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 39660311  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  39660312 ct 39660313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 294 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 24434978 - 24434752
Alignment:
Q  294 ctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  24434978 ctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaaccaaacagaattattaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcct-aatatcaat 24434880  T
Q  394 ttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgata 493  Q
    | || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | |  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||    
T  24434879 tcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacgagtaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaagactgaataatattatta 24434781  T
Q  494 ataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  24434780 aataagagagtatcaactactaattcata 24434752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 294 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 24445024 - 24444798
Alignment:
Q  294 ctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  24445024 ctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaaccaaacagaattattaattcaggattaaaagctaggattaatagtcattcaattcct-aatatcaat 24444926  T
Q  394 ttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgata 493  Q
    | || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | |  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||    
T  24444925 tcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacgagtaattatatgaaaagaaatgaacacaaataattctgaataaagactgaataatattatta 24444827  T
Q  494 ataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  24444826 aataagagagtatcaactactaattcata 24444798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17544013 - 17543771
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17544013 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 17543914  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||| ||||||| || | | | ||| ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  17543913 att-cataatatcaattcatataaattcaataagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 17543816  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  17543815 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 17543771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 278 - 485
Target Start/End: Original strand, 24903640 - 24903845
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24903640 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctagcttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 24903739  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | | | ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  24903740 attcc-taatatcaattcatataaattcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 24903837  T
Q  478 ctgaataa 485  Q
    ||||||||    
T  24903838 ctgaataa 24903845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 17013188 - 17013430
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17013188 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 17013287  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||| ||||||| || | | | ||| ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  17013288 att-cataatatcaattcatataaattcaataagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 17013385  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||  |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  17013386 ctgaatattattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 17013430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 368 - 619
Target Start/End: Original strand, 18696171 - 18696431
Alignment:
Q  368 tagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaag-aagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataatt 466  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||| ||| ||| |||| ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  18696171 tagtcattcaattcct-aatatcaattcatgtaatttcaaggaagttagggttaatagtcatacaagcaattatataaaaa-caatgaacacaaataatt 18696268  T
Q  467 ctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaac 554  Q
    || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||         || |||||| ||||| ||| ||   | ||| |||||    
T  18696269 ctaaataaagactgaataacattaataataaagagagtatcaacttctaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatgaaactaagaatttaac 18696368  T
Q  555 tagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  18696369 tagacatgatcaaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 18696431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 547 - 626
Target Start/End: Original strand, 45155691 - 45155768
Alignment:
Q  547 aaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  45155691 aaattagctagacatgattaaagaaataaacaacatagtaaagaaa--ataaacatatagagttccgtcgttgccggctt 45155768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 24921069 - 24921150
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  24921069 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 24921150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 624
Target Start/End: Original strand, 18721692 - 18721777
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggc 624  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  18721692 taatcaaaggaaattagctagacatggttaaatacataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttgtcggc 18721777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 1083397 - 1083478
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  1083397 aacaatgttaataactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 1083478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 543 - 619
Target Start/End: Original strand, 25591890 - 25591964
Alignment:
Q  543 aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  25591890 aaggaaattagctagacatgattaaatacataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 25591964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 31390970 - 31390889
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  31390970 aacaatgttaataactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 31390889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 40502704 - 40502785
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  40502704 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattacagatgcaacatggtcctactaattaaaaaatagcat 40502785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 537 - 624
Target Start/End: Original strand, 25595068 - 25595153
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggc 624  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||  | |||| ||||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  25595068 taatcaatggaaattagctagacatgattaaatacataaacaacatagt--aaaaaaaataaaccgatagagtttcgtcgttgtcggc 25595153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 23613249 - 23613169
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  23613249 taatcaaaggaaattagctagacatggttaaatacataaataacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 23613169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 452941 - 452901
Alignment:
Q  445 aaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataa 485  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  452941 aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataa 452901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 10663608 - 10663562
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacata 583  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  10663608 taatcaaaggaatttagctagacatgatcaaaggaataaacaacata 10663562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 165; Significance: 8e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 7200 - 6985
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7200 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 7101  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  7100 atttc-taagatcaatttatgtgattgcaagaagctagggttaatagtcatgcaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaga 7002  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    |||||| | ||||||||    
T  7001 ctgaattatattgataa 6985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 31)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 278 - 494
Target Start/End: Original strand, 22083599 - 22083813
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  22083599 ttcatatgtcataaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctaga-ttagtagtcattca 22083697  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  22083698 attcct-aagatcaatttatgtgattgcaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaatcatataaaaagcaatgaacataaataattctgaataaaga 22083796  T
Q  478 ctgaataaaattgataa 494  Q
    || ||| | ||||||||    
T  22083797 ctaaattatattgataa 22083813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 3541324 - 3541524
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  3541324 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattta 3541423  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  3541424 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcattcaaacaatcatacgaaaagcaatgaacacaaataattctgaatgaaga 3541522  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  3541523 ct 3541524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 278 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 22257220 - 22256894
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  22257220 ttcatgtgtcatgatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattgaaagctagggttaatagtcattca 22257121  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  22257120 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 22257022  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactac-------taattc-atagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaa 568  Q
    |||||||||  || |||||||||||||| ||||||||       || | | |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22257021 actgaataacgttaataataaagagagtatcaactacattcatatattacaataggttcatcatggctcaatcaaaggaaattaactagacatgattaaa 22256922  T
Q  569 -gaaataaacaacatagtagagaaaata 595  Q
      ||| |||||||||| || ||||||||    
T  22256921 taaaaaaaacaacataataaagaaaata 22256894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 38431355 - 38431155
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  38431355 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttggtagtcattca 38431256  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  38431255 atttc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcagtaagcacaaataattctgaataaaga 38431157  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  38431156 ct 38431155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 278 - 477
Target Start/End: Original strand, 44017948 - 44018146
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44017948 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 44018047  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  44018048 attcc-tagcatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 44018146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6964249 - 6964049
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6964249 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacaaaattactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 6964150  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||| || | |  || ||||||||||||||||||    
T  6964149 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaaggtagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaaacattaagcaccaataattctgaataaaga 6964051  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  6964050 ct 6964049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 20100606 - 20100363
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  20100606 ttcatgtgtcacaatcttcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 20100507  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  20100506 atttc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatat-aaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 20100409  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  20100408 actgaataacattaataataaagagagtatcaactactgattcata 20100363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 26182264 - 26182022
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  26182264 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaaaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 26182165  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||| |||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26182164 attc-ttaatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 26182067  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  26182066 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 26182022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 294 - 626
Target Start/End: Original strand, 11825527 - 11825869
Alignment:
Q  294 ctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||| |     
T  11825527 ctcaatttcctatctctaggtttctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattcaattcc-tgatatcgag 11825625  T
Q  394 ttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcat-gcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgat 492  Q
      |||| |||||| |||||||| |||| |||||||   ||||||| || ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  11825626 acatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatataaaacaattatgtgaaaagtaatgaacacaagtaattctgaataaagattgaataacattaat 11825725  T
Q  493 aataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaac 580  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||          |||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  11825726 aataaagagagtatcaactactgattcatatattacaataggttcatcatggcttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaac 11825825  T
Q  581 atagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    ||| || |||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11825826 ataataaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttgccggctt 11825869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 26460428 - 26460186
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  26460428 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 26460329  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    |||||| || ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26460328 attcct-aatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 26460231  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  26460230 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 26460186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 285 - 479
Target Start/End: Original strand, 12803428 - 12803620
Alignment:
Q  285 gtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcctt 384  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  12803428 gtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacaaaattactatttcaggattaaaagctaggg-tagtagtcattcaattcc-t 12803525  T
Q  385 aagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||  ||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  12803526 aagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatataaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaagact 12803620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 286 - 522
Target Start/End: Original strand, 748205 - 748441
Alignment:
Q  286 tcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcctta 385  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  748205 tcataatcctcaatttcctatctctaggtatctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcc-ta 748303  T
Q  386 agatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaata 484  Q
    | ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||| |||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  748304 atatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaaaagtcatacaaagcagtcatataaaaaacaatgaacacaagtaattctgaataaagacagaata 748403  T
Q  485 aaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  748404 acattaataataaagagagtatcaactactgattcata 748441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Original strand, 5826879 - 5827107
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||    
T  5826879 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagttagggttaacagtcattcaatt-cataatatcaa 5826977  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||  |||| ||||||| |||| |||| || |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  5826978 ttcatgtaattgcacgaagctatggttaatagtcatacaaagcaattatttgaaaa-caatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 5827076  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  5827077 taataaagagagtatcaactactgattcata 5827107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 513
Target Start/End: Original strand, 22232783 - 22233018
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||| | |||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |    
T  22232783 ttcatgtgtcatgatcctcaatttcttatctctaggtttctatgttgaatcaaacagaattactatttcaggattgaaagctagggttaatagtcattta 22232882  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  22232883 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaaacaattatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 22232981  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactac 513  Q
    ||| ||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  22232982 actaaataacattaatagtaaagagagtatcaactac 22233018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 22253956 - 22253721
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||| | |||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |    
T  22253956 ttcatgtgtcatgatcctcaatttcttatctctaggtttctatgttgaatcaaacagaattactatttcaggattgaaagctagggttaatagtcattta 22253857  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  22253856 attcc-taatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaaacaattatataaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 22253758  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactac 513  Q
    ||| ||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  22253757 actaaataacattaatagtaaagagagtatcaactac 22253721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 43549155 - 43548955
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  43549155 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctttagattcctatgttgaattaaacataattactatttcatgattaaaagctagggttagtagtcaatca 43549056  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||||||||||    
T  43549055 attcc-taagttcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattttgaataaaga 43548957  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  43548956 ct 43548955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 710173 - 710415
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  710173 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaatctagggttagtagtcattca 710272  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | | | ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  710273 attcc-taatatcaattcatataaattcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 710370  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  710371 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 710415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 293 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 8397792 - 8397464
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  8397792 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacatgattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 8397694  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgc-aaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| || |||| | ||||||| || |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  8397693 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaataatcatacaaaacaattatctgaaaaacaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 8397594  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagag 589  Q
    ||||  |  ||  ||||  || ||    |||| |||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||    
T  8397593 taatttactga--ttcatatatta--caataggttcatcatgacttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaaggaataaacaacataataaag 8397498  T
Q  590 aaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||  |||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  8397497 aaa--ataaacc-gtagagttccgtcgttgccggctt 8397464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 26153113 - 26152913
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26153113 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaagttcctatgttgaataaaacagaattactatttcaagattaaaagctagggttagtagtcattca 26153014  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||  ||| |||||||  ||||||  | |  |||||||||| ||||||||||    
T  26153013 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttagtagtcataaaaagaatcataaaaaaagcgttaagcacaaataattatgaataaaga 26152915  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  26152914 ct 26152913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 23598919 - 23599160
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23598919 ttcatatgtcatgattctcaaattcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 23599018  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||  |||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  23599019 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctatggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaggcaataaacacaagtgattctgaataaaga 23599115  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  23599116 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 23599160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2251833 - 2251592
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  2251833 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattagtaattcaggattaaaaactagggttaatagtcattca 2251734  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| |||||||  || |||| ||||| |||||||| || |||| | |||||||||||||     
T  2251733 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcataaaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaagg 2251637  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||| ||||| |||||    
T  2251636 ctgaataatattattaaataagagagtatcaaccactaaatcata 2251592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 278 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 2349421 - 2349202
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||              ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2349421 ttcatgtgtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaa--------------tcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 2349336  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| || || ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  |  |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  2349335 atttct-aatatcaattcatgtaattgcaagaagctagggttaatagtcatacaaaaca--atataaaaagaaatgaacacaagtaattctgaataaaga 2349239  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactact 514  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2349238 ctgaataacattaataataaagagagtatcaactact 2349202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 340 - 431
Target Start/End: Original strand, 23467349 - 23467440
Alignment:
Q  340 ctatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgca 431  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||    
T  23467349 ctatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattaaatttcctaagatcaatttatgtgattgtaagaagttagggttaatagtcatgca 23467440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 537 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 10432016 - 10431933
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  10432016 taatccaaggaaattagctagacatgaataaagaaataaacaacctagtaaagaaa--ataaaccattagagttccgtcgttgccg 10431933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 479 - 638
Target Start/End: Original strand, 23467442 - 23467608
Alignment:
Q  479 tgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata----------gattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaa 568  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  23467442 tgaataatattgataataaagagagtttcaactactgattcatatattacaatagattcatcatggctcaatcaaaggaa-ttagctagacataattaaa 23467540  T
Q  569 gaaataaac-aacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggcttcactcttcaatt 638  Q
    ||||||||| |||||||||   |||| ||||||  |||||| | | ||||||||| ||| |||| ||||||    
T  23467541 gaaataaactaacatagta---aaaaaataaactgatagagcttcgtcgttgccgactttactcatcaatt 23467608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 8257850 - 8257792
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaa 336  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  8257850 ttcatatgtcataaccctcaatctcctatctctagattcctatgttgaattaaatagaa 8257792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 26557191 - 26557111
Alignment:
Q  545 ggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  26557191 ggaaattagctagacatgataaaagaaataaacaacataata-aaaaaaaataaactgatagagttccgtcgttgccggctt 26557111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 556 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 8276682 - 8276614
Alignment:
Q  556 agacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || |||||  ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  8276682 agacatgataaaagaaataaacaacataataaagaaa--ataaactgatagagttccgtcgttgccggctt 8276614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 41549214 - 41549133
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  41549214 aacaatgttaataactaacaacatacggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 41549133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 278 - 328
Target Start/End: Original strand, 8257743 - 8257793
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaatt 328  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  8257743 ttcatgtgtcataatcctcaatctcctatctctagattcctatgttgaatt 8257793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 525 - 616
Target Start/End: Original strand, 22233044 - 22233134
Alignment:
Q  525 ttcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaa-gaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcg 616  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||  | | |||| ||||||| |||||||| |||||    
T  22233044 ttcatcatggctcaatcaaagggaattagctagacatgattaaataaaaaaaacaacata--ataaaaaaaataaaccgatagagtttcatcg 22233134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 293 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 37641815 - 37641472
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  37641815 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 37641717  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaa-caatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    || |||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  37641716 ttcatgtaattgcacgaagctagggttaatagtcatacaaagcaattatctgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 37641617  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattc----------atagattcatcttggcttaatca--aaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaa 579  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||          |||| || ||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  37641616 taataaagagagtatcaactactgattcatatattacaataggtttatcatggcttaatcaacaaggaaattagctagacatgatcaaacgaataaacaa 37641517  T
Q  580 catagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||| || |||||  ||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  37641516 cataataaagaaa--ataaaccgatagagttctgtcgttgccggctt 37641472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 18392355 - 18392155
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18392355 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 18392256  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||| || | |  |||||||||||||||||||||    
T  18392255 atttc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaaccattaagcacaaataattctgaataaaga 18392157  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  18392156 ct 18392155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 293 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 28918322 - 28918093
Alignment:
Q  293 cctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaa 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  28918322 cctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaa 28918224  T
Q  393 tttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaa-acaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattga 491  Q
    ||||| | ||| || || ||||| |||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  28918223 tttatttaatttcatgatgctagggttaatagtcatacaacacaattatatgaaaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaa 28918124  T
Q  492 taataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  28918123 taataaagagagtatcaactactgattcata 28918093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 23441440 - 23441640
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  23441440 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggataaaaagctagggttagtagtcattca 23441539  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  23441540 attcc-tagcatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaaga 23441638  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  23441639 ct 23441640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 286 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33898280 - 33898088
Alignment:
Q  286 tcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattcctta 385  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  33898280 tcataactctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactaattcaagattaaaagctagggttagtagtcattcaattcc-ta 33898182  T
Q  386 agatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  33898181 acatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaagact 33898088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 294 - 522
Target Start/End: Original strand, 17902959 - 17903185
Alignment:
Q  294 ctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17902959 ctcaatttcctatctctagattcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagttagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaat 17903057  T
Q  394 ttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgata 493  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  17903058 tcatgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagaaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaagactgaataacattaata 17903156  T
Q  494 ataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||    
T  17903157 attaagagagtatcaactactaattcata 17903185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 16839089 - 16839331
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  16839089 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 16839188  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16839189 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 16839286  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  16839287 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 16839331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 16849019 - 16849261
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  16849019 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaagagtcattca 16849118  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16849119 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatccgagcaattatatgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 16849216  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  16849217 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaattcata 16849261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6195780 - 6195580
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6195780 ttcataagtcataatcctcattttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacataattactatttcaagattaaaagttatggttggtagtcattca 6195681  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||| |||||||||||| |||||||  | |  |||||||||||||||||||||    
T  6195680 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagccagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcgttaagcacaaataattctgaataaaga 6195582  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  6195581 ct 6195580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 34552840 - 34553040
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  34552840 ttcataagtcataatcctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaataaaacagaattactatttcaggattaaaagatagggttaatagtcattca 34552939  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||  |||| || | |  |||||||||||||||||||||    
T  34552940 attac-taagatcaatttatgtgattgaaagaaactagggttagtagtcatacaaacaatcataaaaaaaacattaagcacaaataattctgaataaaga 34553038  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  34553039 ct 34553040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 20964419 - 20964177
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20964419 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatatctaggttcctatgttgaatcaaacaaaattactaattcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 20964320  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||  |||| ||| ||||||||||  |||| ||||||| ||| |||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20964319 attcc-taatatcaatacatgtaatttcaagaagctatggttaatagtcatacaagcaattaaatg-aaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 20964222  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  20964221 ctgaataacattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 20964177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 278 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 49719817 - 49719468
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactac-tatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattc 376  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  49719817 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagtattacttttttcaagattaaaagctagggttagtagtcaatc 49719718  T
Q  377 aattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaag 476  Q
    |||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  49719717 aattcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaag 49719620  T
Q  477 actgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatgat 564  Q
    ||||||||  |||  |||| |||||| | ||||||||||||||||         || |||||| ||||| ||||||   | ||  ||| |||||||||||    
T  49719619 actgaatagcattattaat-aagagaatatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatcaaactaagagtttagctagacatgat 49719521  T
Q  565 taaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||    
T  49719520 caaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttg 49719468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 278 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 49716335 - 49715985
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctat--gttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcatt 375  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  49716335 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggtttctatatgttgaatcaaacagtattactatttcaagattaaaagctagggttagtagtcaat 49716236  T
Q  376 caattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaa 475  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  49716235 caattcc-taatatcaattcatgtaatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaagtaattctgaataaa 49716138  T
Q  476 gactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatga 563  Q
    |||||||||  |||  |||| |||||| | ||||||||||||||||         || |||||| ||||| ||||||   | ||  ||| ||||||||||    
T  49716137 gactgaatagcattattaat-aagagaatatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatcaaactaagagtttagctagacatga 49716039  T
Q  564 ttaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    | ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||    
T  49716038 tcaaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagttccgtcgttg 49715985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 20981322 - 20981080
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20981322 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaaaattattaattcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 20981223  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  20981222 att-cttaatatcaattcatgtaatttcaagaagttagggttaatagtcatacatgcaattaaatg-aaagcaatgaacacaaataattctgaatataga 20981125  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||| ||| ||||||||||| |||||    
T  20981124 ctgaataacattattaaataagatagtatcaactactaaatcata 20981080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 24200400 - 24200641
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24200400 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 24200499  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||| ||||||||||    
T  24200500 attcc-taatatcaattcatataatt-caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattttgaataaaga 24200596  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  24200597 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 24200641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 280 - 439
Target Start/End: Original strand, 3087883 - 3088041
Alignment:
Q  280 catatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaat 379  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3087883 cataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagttattcaat 3087982  T
Q  380 tccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatca 439  Q
    ||| |||||||||||||| || ||| |||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  3087983 tcc-taagatcaatttatatggttgaaagaagttagggttattagtcatacaaacaatca 3088041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 302 - 393
Target Start/End: Original strand, 50197140 - 50197230
Alignment:
Q  302 tctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaat 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50197140 tctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaataactatttcaagattaaaagctagagttagtagtcattcaattcc-taagatcaat 50197230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 537 - 626
Target Start/End: Original strand, 1950865 - 1950952
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccggctt 626  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1950865 taatcaaaggaaattagctagacataatcaaagaattaaacaacatagtaaagaaa--ataaaccaatagagttccgtcgttgccggctt 1950952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 29496823 - 29496742
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  29496823 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccaataatattataggtgcaacatggtcctactaaataaaaagtagcat 29496742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 24707802 - 24707721
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||| | |||||||||||    
T  24707802 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacatgatcctactaattaaaaaatagcat 24707721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 19148840 - 19148921
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  19148840 aacaatgttaataactaacaacatacggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 19148921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Original strand, 23675894 - 23675975
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  23675894 aacaatgttaataactaacaacatacggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 23675975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4221 - 4021
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4221 ttcataagtcataactctcaatttccaatctctaggttcctatgttgaatgaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattca 4122  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4121 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctagggttaatagtcatgcaaccaatcatacgaaaaccaatgaacacaaataattctgaataaaga 4023  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  4022 ct 4021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 53081 - 52881
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53081 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattattatttcaagattaaaagatagggttagtagtcattca 52982  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  52981 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctaggattaatagtcatgcaaacaatcatacgaaaagctttgaacacaaataattctgaataaaga 52883  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  52882 ct 52881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 29284 - 29084
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  29284 ttcataagtcataattctcaatttcctatctctaggttcccaggttgaattaaacagaattactatttcaggaataaaagctagggttagtagtcattca 29185  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||    
T  29184 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagctaggtttaatagtcatgcaatcaatcatatgaaaatctttgaacacaaataattctgaataaaga 29086  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  29085 ct 29084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 13554 - 13354
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  13554 ttcataagtcataactctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaatagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattta 13455  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13454 attcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaagttagggttaatagtcatgcaaacaattatacaaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaaga 13356  T
Q  478 ct 479  Q
    ||    
T  13355 ct 13354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 131; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 278 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 227310 - 227125
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  227310 ttcatatgtcacaaccctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattattatttcaggattaaaagctatgattagtagtcattca 227211  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataa 464  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  227210 attcc-taagatcaatttatgtgattgtaagaagctatggttaatagtcatgcaaccaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataa 227125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 297 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4506 - 4327
Alignment:
Q  297 aattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaattta 396  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4506 aatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaattcc-taagatcaattta 4408  T
Q  397 tgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||  |  |||||||||||||||||||||||    
T  4407 tgtgattgaaagaagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcaa--agcacaaataattctgaataaagact 4327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 120; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 295 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 27307 - 27082
Alignment:
Q  295 tcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatt 394  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  27307 tcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagttagggttaatagtcattcaattcc-taatatcaatt 27209  T
Q  395 tatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataa 494  Q
     || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| | | |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  27208 catataatt-caagaagctagggttaatagtcatactagcaattatctgaaaagcaatgaacacaaataattctgaataaagactgaataatattattaa 27110  T
Q  495 taaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
      |||||||| |||||||||||||||||    
T  27109 ataagagagtatcaactactaattcata 27082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 2)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 278 - 619
Target Start/End: Original strand, 53038 - 53387
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||  | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  53038 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcccatattgaatcaaacactattactatttcaagattaaaagctagggttaatagtcattca 53137  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| |||| ||| || |||| ||| |||| ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  53138 attcc-taatatcaattcatgtaatttcaggaagttagggttaatagtcatacaagcaattatat-aaaaacaatgaacacaaataattctaaataaaga 53235  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcat---------agattcatcttggcttaatcaa---aggaaattaactagacatgatt 565  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||         || |||||| ||||| ||| ||   | ||| |||||||||||||||     
T  53236 ctgaataacattaataataaagagagtatcaacttctaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatgaaactaagaatttaactagacatgatc 53335  T
Q  566 aaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  53336 aaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 53387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 368 - 619
Target Start/End: Original strand, 68027 - 68286
Alignment:
Q  368 tagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattc 467  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||| |||| |||||||  || |||| |||| |||| ||||||| |||| ||||||    
T  68027 tagtcattcaactcct-aatatcaattcatgtgatttcaagaagttagggttaatagtcatataagcaattatataaaaa-caatgaacacaagtaattc 68124  T
Q  468 tgaataaagactgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagatt---------catcttggcttaatcaaaggaaa---ttaact 555  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||         |||| ||||| ||| |||  ||    ||||||    
T  68125 tgaataaagactgaataacattaataataaagagagtatcaactactaattcatatattacaaaggttcatcatggctcaatgaaactaataatttaact 68224  T
Q  556 agacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttg 619  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| | ||||||    
T  68225 agacatgatcaaataaataaacaacatagtaaagaaa--ataaaccgatagagtttcgtcgttg 68286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 27035 - 27277
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  27035 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagaattactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 27134  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | | | ||||||| ||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  27135 attcc-taatatcaattcatataaattcaagaagttagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 27232  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||| |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  27233 ctgaataatattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 27277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 405 - 522
Target Start/End: Original strand, 31347 - 31463
Alignment:
Q  405 caagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataataaagagagt 504  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||||| || |||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||||||    
T  31347 caagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatgaaa-gcaataaacacaagtgattctgaataaagactgaataatattattaaataagagagt 31445  T
Q  505 ttcaactactaattcata 522  Q
     ||||||||||| |||||    
T  31446 atcaactactaaatcata 31463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0175 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0175
Description:

Target: scaffold0175; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 278 - 522
Target Start/End: Original strand, 28816 - 29058
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28816 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctttaggttcctatgttgaatcaaacaggattactaattcaagattaaaagctagggttagtagtcattca 28915  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaaga 477  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  28916 attcc-taatatcaattcatataatttcaagaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtgattctgaataaaga 29013  T
Q  478 ctgaataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcata 522  Q
    |||||||  |||  |||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  29014 ctgaatactattattaaataagagagtatcaactactaaatcata 29058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0360 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0360
Description:

Target: scaffold0360; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 297 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 2392 - 2092
Alignment:
Q  297 aattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaattta 396  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||           
T  2392 aatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcaattcc-taatat------- 2301  T
Q  397 tgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactgaataaaattgataata 496  Q
            ||||||||||   ||| || |||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  2300 --------caagaagctatgattaataatcatacaagcaattatatg-aaagcaatgaacacaactaattctgaataaagactgaataacattattaata 2210  T
Q  497 aagagagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatat 596  Q
    |||| ||| |||||||       ||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| || |||||  ||    
T  2209 aagaaagtatcaacta------tatatattaatcatggctcaatcaaagggaattagctagacatcaataaagaaacaaacaacataataaagaaa--at 2118  T
Q  597 aaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||    
T  2117 aaaccgatagagttccgtcgttgccg 2092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0360; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 281 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 6245 - 5922
Alignment:
Q  281 atatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaatt 380  Q
    ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  6245 atatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacaggattcctatttcagaattaaaagctagagttagtagtcattcaatt 6146  T
Q  381 ccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagactg 480  Q
    || ||| ||||||| |||| |||    |||||||   ||| || |||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  6145 cc-taatatcaattcatgtaatt----gaagctatgattaataatcatacaagcaattatatg-aaagcaataaacacaagtaattctgaataaagactg 6052  T
Q  481 aataaaattgataataaagagagtttcaactactaattcatagattcatcttggcttaatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaac 580  Q
    ||||| |||  ||||||||| ||| |||||||       ||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| |   |||    
T  6051 aataacattattaataaagaaagtatcaacta------tatatattaatcatggctcaatcaaagggaattagctaaacatgaataaagaaaca---aac 5961  T
Q  581 atagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    ||||||   |||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  5960 atagta---aaaaaataaaccgatagagttccgtcgttgccg 5922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1048 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold1048
Description:

Target: scaffold1048; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 278 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 1364 - 1192
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattca 377  Q
    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1364 ttcatatgtcatgattctcaatttcctatctctaggttcctatgttgaatcaaacagatttactaattcaggattaaaagctagggttaatagtcattca 1265  T
Q  378 attccttaagatcaatttatgtgattgcaagaagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaat 452  Q
    ||||| ||| ||||||| || | ||| ||| ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  1264 attcc-taatatcaattcatataatt-caaaaagctagggttaatagtcatacaagcaattatatgaaaagcaat 1192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 311 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2120 - 2022
Alignment:
Q  311 aggttcctatgttgaattaaacagaactactatttcaggattaaaagttagggttagtagtcattcaattccttaagatcaatttatgtgattgcaagaa 410  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2120 aggttcttatgttgaattaaacagaattactatttcaggattaaaagctagggttagtagtcattcagttcc-taagatcaatttatgtgattgaaagaa 2022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0381 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0381
Description:

Target: scaffold0381; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 537 - 622
Target Start/End: Original strand, 5810 - 5893
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  ||||| | |||||||||| |||||||||    
T  5810 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaaataataaacaacatagtaaagaaa--ataaatcgatagagttccgtcgttgccg 5893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 537 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 62228 - 62145
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacatagtagagaaaatataaaccaatagagttccatcgttgccg 622  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||  |||| || |||||||||| |||||||||    
T  62228 taatcaaaggaaattagctagacatgattaaaataataaacaacatggtaaagaaa--ataacccgatagagttccgtcgttgccg 62145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 27708 - 27627
Alignment:
Q  10 aacaaagttagtaactagcaacatattatgtttc-attaatattataggtgcaacatggttctactaaattaaaaatagcat 90  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  27708 aacaatgttagtaactaacaacatatggtgtttccattaatattataggtgcgacattgtcctactaaataaaaaatagcat 27627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 278 - 333
Target Start/End: Original strand, 19912 - 19967
Alignment:
Q  278 ttcatatgtcataaccctcaattttctatctctaggttcctatgttgaattaaaca 333  Q
    |||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19912 ttcataagtcataatccccaatttcctatctctaggttcctatgttgaattaaaca 19967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 479
Target Start/End: Original strand, 19971 - 20041
Alignment:
Q  409 aagctagagttactagtcatgcaaacaatcatatgaaaagcaatgaatacaaataattctgaataaagact 479  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  19971 aagctagggttagtagtcatacaaacaatcataagaaaagcattaagcacaaataattctgaataaagact 20041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 26900 - 26854
Alignment:
Q  537 taatcaaaggaaattaactagacatgattaaagaaataaacaacata 583  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26900 taatcaaatgaaattacctagacatgatcaaagagataaacaacata 26854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University