View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14047_low_1 (Length: 560)

Name: NF14047_low_1
Description: NF14047
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14047_low_1
NF14047_low_1
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (17-554)||(3067668-3068205)
chr8 (55-544)||(3034280-3034787)
chr8 (55-547)||(3055142-3055652)
chr8 (58-547)||(3042325-3042832)
chr8 (61-548)||(3071313-3071839)
chr8 (17-255)||(3063952-3064187)
chr8 (55-263)||(3040111-3040316)
chr8 (269-548)||(3063638-3063917)
chr8 (351-548)||(3040447-3040644)
chr8 (87-267)||(3066232-3066410)
chr8 (305-464)||(3065838-3065997)
chr8 (275-339)||(3040349-3040413)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 3068205 - 3067668
Alignment:
17 gcaactttgtgcttgaggatggtgaattcaaaagtcggtgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3068205 gcaactttgtgcttgaggatggtgaattcaaaagtcggtgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtgg 3068106  T
117 aagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaattta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3068105 aagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaattta 3068006  T
217 ccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagtgaaactgtgggaactcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagaga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3068005 ccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagtgaaactgtgggaactcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagaga 3067906  T
317 acaatgagaaatactatgtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttct 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3067905 acaatgagaaatactatgtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttct 3067806  T
417 taagcatccaaagagttcaactgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3067805 taagcatccaaagagttcaactgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtt 3067706  T
517 tgtggatataatagctactgcactttgggagagaataa 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3067705 tgtggatataatagctactgcactttgggagagaataa 3067668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 55 - 544
Target Start/End: Original strand, 3034280 - 3034787
Alignment:
55 tgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagta 154  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
3034280 tgggagactttcaagtatcctagtgacaccttgttgccttctcagtttcttcaaaaaggtggaagcctttcttcaaggcttaaggagtcaaatttcagta 3034379  T
155 aaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaag 254  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||   |||||||||||||||||    
3034380 aaggaaggtttgagcttgttttacaaaatgatggtaatcttgttattcattctattaatttaccatctggtagtgctaat---gaaaactactatgaaag 3034476  T
255 tgaaactgtg---------------------ggaactcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactat 333  Q
    || |||||||                     ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
3034477 tggaactgtggaatccaatacttcaagtgctggaactcaattggtctttgacagatcagggtacttgtatgtcttgggagagaacaatgagaaatacaat 3034576  T
334 gtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagcatccaaagagtt 433  Q
    |||||| |  || ||  ||||||||| || |||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||   |||||||| |||| ||    
3034577 gtgtcagagcaagagagtaaagtctctaccactctttattatcttagagcaactcttaattttgatggtgtgttcgcagtttacaagcatccgaagaatt 3034676  T
434 caactgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagcta 533  Q
    ||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||| ||  ||    |||||||||||||||||||||||||||||     
3034677 caattgatggtgaaggttggaccacagtgtggtctaagcctgataatatatgtacttatattgttagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagctt 3034776  T
534 ctgcactttgg 544  Q
     ||||||||||    
3034777 atgcactttgg 3034787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 55 - 547
Target Start/End: Original strand, 3055142 - 3055652
Alignment:
55 tgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagta 154  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||    
3055142 tgggagactttcaagtatcctagtgacaccttgttgccatctcaatttcttcaaaaaggtggaaagctttcttcaaggcttaagcagtcaaattttagta 3055241  T
155 aaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaag 254  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||||||||||    
3055242 aaggaaggtttgagcttcttttacaagaaaatggtgatcttgttatgcattctattaatttaccatctggtaatgctaatg---aaaactactatgaaag 3055338  T
255 tgaaactgtgg---------------------gaactcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactat 333  Q
    || ||||||||                     |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
3055339 tggaactgtggaatccaatacttcaagtgctggaactcaattggtctttgacagatcagggtacttgtatgtcttgggagagaacaatgagaaatacaat 3055438  T
334 gtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagcatccaaagagtt 433  Q
    |||||| |  || ||  ||||||||| || ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| |||| ||    
3055439 gtgtcagagcaagagagtaaagtctctaccactgaattttatgttagggcaactcttaattttgatggagtgttcacactttacaagtatcccaagaatt 3055538  T
434 caactgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagcta 533  Q
    ||||||| ||||  | |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||   ||| |||||||||||||||||||||||||     
3055539 caactgagagtgatgtttggaccatagtgtggtctaaacctgataatatatgtaattatattgctaatgaagggagtggtgtttgtggatataatagctt 3055638  T
534 ctgcactttgggag 547  Q
    ||||||||||||||    
3055639 ctgcactttgggag 3055652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 58 - 547
Target Start/End: Original strand, 3042325 - 3042832
Alignment:
58 gaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaag 157  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
3042325 gaaactttcaagtttcctagggaaaccttgttgccttctcagtttcttcaaaaaggtcaaaagctttcttcaaggcttaaggagtcaaatttcagtaaag 3042424  T
158 gaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagtga 257  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||||||||||||||    
3042425 gaaggtttgagcttcttttacaagatgatggtaatcttgttatgcattctattaatttaccatctggttttgctaat---gaaaactactatgaaagtga 3042521  T
258 aactgtgggaac---------------------tcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactatgtg 336  Q
    ||||| ||||||                     || | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||    
3042522 aactgcgggaacagatacatcaagtgccggaattcgactggtctttgacagatcaggggacctgtatgtcttgagagagaacaatacgaaatacaatgtg 3042621  T
337 tcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagcatccaaagagttcaa 436  Q
    ||| ||||| ||  ||||||||| || ||   || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||   |||||||| |||| |||||    
3042622 tcagaagaagagagtaaagtctctaccacgctttattatcttagagcaactcttaattttgatggtgtgttcgcagtttacaagcatccgaagaattcaa 3042721  T
437 ctgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactg 536  Q
     |||| ||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||||||  ||||  |   |    ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
3042722 ttgatggtgaaggttggaccactgtgtggtctaagcctgataatatatgtacttatactgtcagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagcttctg 3042821  T
537 cactttgggag 547  Q
    |||||||||||    
3042822 cactttgggag 3042832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 61 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 3071839 - 3071313
Alignment:
61 actttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaaggaa 160  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
3071839 actttcgactttccctgtgacaccttgttgccttctcaggttattctaaaagatggaaagctttcttcaaggcttaaggagtcaaatttcagtaaaggaa 3071740  T
161 ggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagtgaaac 260  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
3071739 ggtttgagcttgttttaaaaaatgatagtaatcttgttattcattctattatcttaccatctggtaatgctaatgaagaaaactactatgaaagtggaac 3071640  T
261 tgtgg---------------------gaactcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactatgtgtca 339  Q
    |||||                     || |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||    
3071639 tgtggaatccaatacttcaagtcctggagctcaattggtctttgacaaatcaggagacttgtatctcttgagagagaacagtgagaaattctatatctca 3071540  T
340 aaagaa----------aaggt--------taaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagc 421  Q
      ||||          ||| |        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | | ||||    
3071539 ggagaagatggagtacaagatgaggagagtaaagtctcccctactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttttcacctttcaagc 3071440  T
422 atccaaagagttcaactgatagtggaggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtgg 521  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||  | ||||||||||||||||||    
3071439 atccaaagaactcaactgatagtggaaattggactacagtgtggtctcatcctaaaaatatatgtcaatatattgttagttcaggtagtggtgtttgtgg 3071340  T
522 atataatagctactgcactttgggaga 548  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||    
3071339 atataataccatctgcactttgggaga 3071313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 3064187 - 3063952
Alignment:
17 gcaactttgtgcttgaggatggtgaattcaaaagtcggtgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtgg 116  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |   ||||||  |    
3064187 gcaactttgtgcttcaggatggtaaattcaacagtctgtgggagactttcaagtttcctagtgacacgttattgccttctcaggttgtggataaaggaag 3064088  T
117 aagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaattta 216  Q
    ||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
3064087 aaagctttcttcaaggcttaaggagacagatttcagtaaaggaaggtttgaactcattttacaaagtgatggtaatcttgttatgcattctattaattta 3063988  T
217 ccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagt 255  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||    
3063987 ccatctggttatgttaat---gaaaactactttgaaagt 3063952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 55 - 263
Target Start/End: Original strand, 3040111 - 3040316
Alignment:
55 tgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagta 154  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||||||| || | |||| |||||||||||     
3040111 tgggagactttcaagtttcctagtgacaccttgttgccttctcaggttcttcaaaaagatggaaagctttcttcaaggctaagggagtcaaatttcagtg 3040210  T
155 aaggaaggtttgagctccttttacaaaataatggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaag 254  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||  ||||||||||||    
3040211 aaggaaggtttgagcttcttttagaagatactggtgatcttgttatgtattctattaatttaccatctgattatgctaat---gaagtctactatgaaag 3040307  T
255 tgaaactgt 263  Q
    | |||||||    
3040308 taaaactgt 3040316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 269 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 3063917 - 3063638
Alignment:
269 ctcaattggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactatgtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaa 368  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||  ||| ||||| || ||  |    
3063917 ctcaactggtctttgacaaatcagggtacttgtatgttttgggagagaacaatgagaaatacaatgtgttcgaagaagagagtaacgtctcgaccacaca 3063818  T
369 tttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagcatccaaagagttcaactgatagtggaggttggactatagtgtggtct 468  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||| | ||| ||||||    
3063817 attttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacactttacaagcatcctaagagttcaactaagagtgaaggttggaccacagtatggtct 3063718  T
469 cagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggaga 548  Q
     ||||    |||||||||  ||||  |  ||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
3063717 aagccctttaatatatgtacttatactgttagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggaga 3063638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 351 - 548
Target Start/End: Original strand, 3040447 - 3040644
Alignment:
351 taaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagtgttcacacttcttaagcatccaaagagttcaactgatagtggaggt 450  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||| | |||||||| |||| ||||||||||| ||||  |    
3040447 taaagtctccacaactgatttttatcttagagcaacaattaattttgatggagtgttttcacttttcaagcatccgaagaattcaactgatattggaaat 3040546  T
451 tggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggaga 548  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
3040547 tggactacagtgtggtctcatcctcgaaatatatgtcattattttgttactgaaggtagtggtgtttgtggatataatagcatatgcactttgggaga 3040644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 87 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3066410 - 3066232
Alignment:
87 gttgccttctcaggttcttcgtaaaggtggaagcctttcttcaagacttaaggagacaaatttcagtaaaggaaggtttgagctccttttacaaaataat 186  Q
    |||||||||||||||||||   | |||||||||  | |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
3066410 gttgccttctcaggttcttgaaataggtggaagt-tctcttcaaggcttatggagaaaaatttcagtaaaggaaggtttgaactccttctacaaaatgat 3066312  T
187 ggtagtcttgttatgcattctattaatttaccatctggttatgttaatgtagaaaactactatgaaagtg--aaactgtggga 267  Q
     ||| |||||||||  ||| | |||||||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||||||  |||||||||||    
3066311 tgtaatcttgttataaattttgttaatttaccatttggttatgttaat---gaaaactgctatgaaagtgtaaaactgtggga 3066232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 305 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3065997 - 3065838
Alignment:
305 tcttgagagagaacaatgagaaatactatgtgtcaaaagaaaaggttaaagtctccactactaatttttatcttagagcaactcttaattttgatggagt 404  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||||| | || || ||  |||||| || |  ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||    
3065997 tcttcagagagaacagtgagaaatacaatgtgtaagaaaaagagagtaaagtttcaaacacacatttttaacttagagcaactcttaattttgacggggt 3065898  T
405 gttcacacttcttaagcatccaaagagttcaactgatagtggaggttggactatagtgtg 464  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||||||||    
3065897 gtttacactttacaagcatccaaagagttcgactgagagtgaaggttggatcatagtgtg 3065838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 275 - 339
Target Start/End: Original strand, 3040349 - 3040413
Alignment:
275 tggtctttgacggatcaggggacttgtatctcttgagagagaacaatgagaaatactatgtgtca 339  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||    
3040349 tggtctttgacagatcaggagacttgtatctcttgagagagaacaatggtaaattctatatgtca 3040413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University