View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1404_low_10 (Length: 603)

Name: NF1404_low_10
Description: NF1404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1404_low_10
NF1404_low_10
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (52-590)||(38214876-38215414)
chr4 (204-583)||(38254036-38254412)
chr4 (128-474)||(38221031-38221377)
chr4 (131-582)||(38248922-38249367)
chr4 (108-590)||(38243766-38244242)
chr4 (204-582)||(38227307-38227682)
chr4 (205-449)||(38238936-38239180)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (165-582)||(17434437-17434845)
chr6 (127-583)||(17455536-17455986)
chr6 (204-334)||(18559537-18559667)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (271-512)||(15912952-15913190)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (308-425)||(47089-47206)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (315-435)||(11484993-11485113)
chr2 (305-418)||(11462136-11462249)
chr2 (304-424)||(11472319-11472439)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (305-418)||(21546417-21546530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 38215414 - 38214876
Alignment:
Q  52 aataatgtgtcgctcagtcaatcacttggttcacaagtcattcaattttatgaaatactaataaacatttttgtcacagatcaacatgtggtttgtatgt 151  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215414 aataatgtgtcactcagtcaatcacttggttcacaagtcattcaattttatgaaatactaataaacatttttgtcacagatcaacatgtggtttgtatgt 38215315  T
Q  152 ggacattttatattttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctg 251  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215314 ggacattttgtattttcactagcaatacttgtgctgttctttagcacaccatcattctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctg 38215215  T
Q  252 tatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagttt 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38215214 tatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactcaagagttt 38215115  T
Q  352 caatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgtt 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215114 caatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgtt 38215015  T
Q  452 acacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagt 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215014 acacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagt 38214915  T
Q  552 actttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacag 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214914 actttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacag 38214876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 204 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 38254412 - 38254036
Alignment:
Q  204 catgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagata 303  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38254412 catgctcaagttcttttgtgaagactgaagataagataaaatcagctgtttttttgtccccgaaatttgagctaggacctggatcagttgtcaatagata 38254313  T
Q  304 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||  |||| |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  38254312 ttattatgatattgattttccaagaggccatatagcaatcaaggatttccatgctgaagtagttgatgaatctggaaatcctatacctctccatgaaact 38254213  T
Q  404 tatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatg 503  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||    
T  38254212 tatctccatcattgggttgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacatgatgctacaaaact---ctgatcatg 38254116  T
Q  504 ttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaaca 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38254115 ttcttgtgagaaacagtggcatatgccagggaaattatcttggacaatactttggccttggatccgaaacaagaggaaca 38254036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 128 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 38221377 - 38221031
Alignment:
Q  128 cagatcaacatgtggtttgtatgtggacattttatattttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatgctcaacttcttttttgaaga 227  Q
    |||||||||||||||| ||||  | || ||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||   | |||||| |  ||||||| |||| |    
T  38221377 cagatcaacatgtggtgtgtacctagagattttgttttttcattggcaatacttgtgctgttgtttggcacagtaccatgcttaggttcttttgtgaaaa 38221278  T
Q  228 ctgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaag 327  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38221277 ctgaaaataagataaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaataaatattattatgatattgattttccaag 38221178  T
Q  328 aggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttgga 427  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  38221177 aggtcatgtagcaatcaagagtttccatgctgaagtagttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggttgttgaa 38221078  T
Q  428 agatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagcca 474  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  38221077 agatatcatcaaagtaaacatgtcacacacacaagaaatgatggcca 38221031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 131 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 38249367 - 38248922
Alignment:
Q  131 atcaacatgtggtttgtatgtggacattttatattttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatgctcaacttcttttttgaagactg 230  Q
    ||||||||||||||||||  | || |||||  ||| ||| ||||||||||| |  | |||||| |||   || |||||| || |||||||  ||||||||    
T  38249367 atcaacatgtggtttgtacctagagattttgaattgtcagtagcaatacttctattattgtttggca---caccatgcttaagttcttttgagaagactg 38249271  T
Q  231 aaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaagagg 330  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |     
T  38249270 aaaataaaataaaatcagctgtttttctgtcccctaagtttgaacttggacctggatcagttatcaatagattttattattatattgattttccaagtga 38249171  T
Q  331 tcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaaga 430  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||    
T  38249170 tcatatagcactcaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacctatctccatcattggcttgttgaatga 38249071  T
Q  431 tatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgtc 530  Q
     || ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  38249070 cattatcaaagaaaatatgtcacacacacagaagatggtagccacatgatgcttcaaaact---atgatcatgttcttgtaaggaacagtggcatatgcc 38248974  T
Q  531 aagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaac 582  Q
    | | ||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38248973 agggaaataccattccacaatactttggccttggatcagaaacacgaggaac 38248922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 108 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 38244242 - 38243766
Alignment:
Q  108 actaataaacatttttgtcacagatcaacatgtggtttgtatgtggacattttatattttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatg 207  Q
    ||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||  | || | |||   |||||| | ||||||||| |||| |||||| || | ||||   |    
T  38244242 actaataaatatttttctggcagatcaacatgtggtttgtacctagagagtttcatttttcagtggcaatacttctgctattgtttggctcaccat---g 38244146  T
Q  208 ctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattat 307  Q
    || || ||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||    
T  38244145 cttaagttcttttttgaatgctgaaaataaaataaaatcagctgtatttttgtccccaaaattcgagttaggacctggatcagttatcaataaagaatat 38244046  T
Q  308 tatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38244045 tatgatattgattttccaagaggtcatattgcactcaagagtttcaatgctgaagtagttgatgaagttggtaatcctatacctctccatgaaacttatc 38243946  T
Q  408 ttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttct 507  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||| || | |||||||||||||    | || ||  |||       
T  38243945 tccatcattggggtgttggaagatatcatcaaagtaaacatgtcacacacacaagaaatgatggcaaaaggatgcttcaaa---gttctaatattgtgaa 38243849  T
Q  508 tgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacag 590  Q
     ||||| ||||||||||||||||| | ||||    ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243848 agtgaggaacagtggcatatgtcagggaaatactcttggacaatactttggcattggatccgaaacacgaggaacagcaacag 38243766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 204 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 38227682 - 38227307
Alignment:
Q  204 catgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagata 303  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||| || || || || |||||||||||||||||||||| | |    
T  38227682 catgctcaagttcctttgtgaaggccgaagataaaatcaaatcagctgtttttctgtcccctaagtttgaacttggacctggatcagttatcaataaaca 38227583  T
Q  304 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||     
T  38227582 ttattatgatattgattttccaagagggcatatagcactaaagagtttcaatgctgaagtagttgatgatgctggtaatcctatacctctccatgaaacc 38227483  T
Q  404 tatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatg 503  Q
    ||||| |||||||||  ||||  |||| || ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||||    
T  38227482 tatctccatcattggcttgttcaaagacattatcaaagaaaatatgtcacacacacagaagatgttagccacatgatgcttcaaaact---ctgatcatg 38227386  T
Q  504 ttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaac 582  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || | |||||  ||| |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  38227385 ttcttgtaaggaacagtggcatatgccagggaaatgctatttcacaatactttggacttgggtcagaaacacgaggaac 38227307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 205 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 38239180 - 38238936
Alignment:
Q  205 atgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatat 304  Q
    |||||||  ||||| | |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  38239180 atgctcaggttcttctatgaagactgaagctaagataaaatcagctgtatttttgtccccgaaatttgagctaggacctggatcagttgtcaatggatat 38239081  T
Q  305 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 404  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||   || |||||| |||| |||||||||||||    
T  38239080 tattatgatattggttttccaagaggtcatgtagcactcaagagtttcaatgctgaagtagttgacgaatcagggaatcctgtacctctccatgaaactt 38238981  T
Q  405 atcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatg 449  Q
    |||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38238980 atctccatcattggcttgttgtaagatatcatcaaagtaaacatg 38238936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 165 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 17434845 - 17434437
Alignment:
Q  165 tttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtcccc 264  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| || ||||| ||||   |||||| ||| |||  |||||||||| | || || ||||||||| | |||||||||||    
T  17434845 tttcacttgcaatacttgtgttgttattaagcacaccat---gctcaagttcatttgagaagactgaagaaaaaataaaatcagctatgtttttgtcccc 17434749  T
Q  265 gaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagtt 364  Q
     ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||||||    
T  17434748 aaaatttgagttaggaccaggatcagttataaataaattttattatgatattgattttccaaaaggtcatgtagcaatcaagagttttgatgcagaagtt 17434649  T
Q  365 gttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaa 464  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||  | || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||   |||||| ||| |||||||||    
T  17434648 gttgatgaagctgggaattcgataccgttgcacgaaacttatcttcatcattgggttgttgcaagatatcatctaag---acatgtcacatacacagaaa 17434552  T
Q  465 atgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttgg 564  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||||| || |||| ||||||||| || | | || |  |||||||||| || ||||||||    
T  17434551 atgatagccataggatgcttcaaaact---ctgattatgttcttgtaaggaacaatggcatatgccaggcagatattcttccacagtatttcggccttgg 17434455  T
Q  565 atccgaaacacgaggaac 582  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17434454 atccgaaacacgaggaac 17434437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 127 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 17455986 - 17455536
Alignment:
Q  127 acagatcaacatgtggtttgtatgtggacattttatattttcactagcaatacttgtgctgttgtttagcaccccatcatgctcaacttcttttttgaag 226  Q
    |||||||| ||||| |||||||  | || ||||| || ||||||| || ||||||||| |||| || ||||| ||||   |||||| |||||    ||||    
T  17455986 acagatcagcatgttgtttgtacctagagattttgtactttcacttgccatacttgtggtgttattaagcacaccat---gctcaagttcttacgagaag 17455890  T
Q  227 actgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaa 326  Q
    || ||| | | ||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  17455889 accgaagaaaggataaaatcagcagtgtttttgtccccaaaatttgagctaagacctggatcagttataaataaattttatgatgatattgattttccaa 17455790  T
Q  327 gaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttgg 426  Q
     ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||  | || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  17455789 aaggtcatgtagcaatcaagagttttgatgctgaagttgttgatgaagctgggaattcgataccgttgcacgaaacttatctccatcattgggttgttgg 17455690  T
Q  427 aagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcata 526  Q
    ||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    ||| |||  | ||| ||||| |||||||||||     
T  17455689 aagatatcatcaaagtaatcatgccacacacacagaaaatgatagtcacaagatgcttcaaaa---agcttatccaggtctcgtgaggaacagtggcatt 17455593  T
Q  527 tgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaaca 583  Q
    || |||| |||| |  |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  17455592 tgccaaggaaatattcttccacagtatttcggccttggatcagaaacacgaggaaca 17455536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 204 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 18559667 - 18559537
Alignment:
Q  204 catgctcaacttcttttttgaagactgaaaataagatcaaatcagctgtatttttgtccccgaaattcgagctaggacctggatcagttatcaatagata 303  Q
    |||||| || ||||||| ||||  || ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18559667 catgcttaagttcttttgtgaatgctaaaaataaaataaaatcagctgtatttttgtcccctaaatttgagttaggacctggatcagttatcaatagata 18559568  T
Q  304 ttattatgatattgattttccaagaggtcat 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18559567 ttattatgatattgattttccaagaggtcat 18559537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 271 - 512
Target Start/End: Original strand, 15912952 - 15913190
Alignment:
Q  271 cgagctaggacctggatcagttatcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgat 370  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |  || || | ||||    
T  15912952 cgagctaggacctggatcagttataaaaagatattaatataatattgattttccaagaggtcacatagcactcaagagtttcaacgacgaggtagctgat 15913051  T
Q  371 gaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgata 470  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||| || ||| || ||||| ||||| |  |||||||||||||||||||    
T  15913052 gaagttggtaatcctatacctctccatgaaacctatttccatcattgggctgttgtaaaataacaacaaagcaaacacgccacacacacagaaaatgata 15913151  T
Q  471 gccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgttcttgtga 512  Q
    |||||| ||||||||||| ||    |||||||||||||||||    
T  15913152 gccacatgatgcttcaaagct---ttgatcatgttcttgtga 15913190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 308 - 425
Target Start/End: Original strand, 47089 - 47206
Alignment:
Q  308 tatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatc 407  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| |  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||| || |||| || ||| |||||||||    
T  47089 tatgatgttgagtttccaagaggccatatttcactcaagagtttcaatgctgaactagttgatgaagcaggaaattctgtacctcttcatcaaacttatc 47188  T
Q  408 ttcatcattgggctgttg 425  Q
    | || || ||||||||||    
T  47189 tacaccactgggctgttg 47206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 435
Target Start/End: Original strand, 11484993 - 11485113
Alignment:
Q  315 ttgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatca 414  Q
    |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||   || ||| |  |||| |||||| |||||||||| |||||    
T  11484993 ttgattttccaagaggtcatatttcactcaagagtttctttgctgaagtagttaatgaatcagggaattcagtacctctccatcaaacttatctacatca 11485092  T
Q  415 ttgggctgttggaagatatca 435  Q
    ||||  ||||| |||||||||    
T  11485093 ttggattgttgtaagatatca 11485113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 305 - 418
Target Start/End: Original strand, 11462136 - 11462249
Alignment:
Q  305 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 404  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||||||| | || ||||||   || ||| || |||| ||||| |||||||    
T  11462136 tattatgatgttgaatttccaaggggtcatattgcactcaaaagttttaatgctgaactagtagatgaatcagggaattctgtacctctccaagaaactt 11462235  T
Q  405 atcttcatcattgg 418  Q
    ||||||| ||||||    
T  11462236 atcttcaccattgg 11462249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 424
Target Start/End: Original strand, 11472319 - 11472439
Alignment:
Q  304 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 403  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||   || ||| |  |||| |||||| |||||    
T  11472319 ttattatgatgctgattttccaagaggtcatatttcacttaagagtttctttgctgaagtagttaatgaatcagggaattcagtacctctccatcaaact 11472418  T
Q  404 tatcttcatcattgggctgtt 424  Q
    ||||| || |||||| |||||    
T  11472419 tatctacaccattggactgtt 11472439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 305 - 418
Target Start/End: Original strand, 21546417 - 21546530
Alignment:
Q  305 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 404  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||  | |||||||| |  || ||| ||||||| ||  || ||||||    
T  21546417 tattatgatgttgagtttccaagaggtcatatttcactcaagagtttcaatgctgagctagttgatgatgcagggaattctatacctctttatcaaactt 21546516  T
Q  405 atcttcatcattgg 418  Q
    |||| || ||||||    
T  21546517 atctacaccattgg 21546530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University