View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14052_low_1 (Length: 1555)

Name: NF14052_low_1
Description: NF14052
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14052_low_1
NF14052_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (71-1536)||(24926006-24927476)
chr7 (16-70)||(24928792-24928846)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 1536
Target Start/End: Complemental strand, 24927476 - 24926006
Alignment:
Q  71 acaagagttttttgttatcaggcttcttacaccacctgatacaccgctttttcctactttagacaaggagtcacaaatgccattgaagagtgaaacggag 170  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24927476 acaagagtttttcgttatcaggcttcttacaccacctgatacaccactttttcctactttagacaaggagtcacaaatgccattgaagagtgaaacggag 24927377  T
Q  171 actcgcagttctcgtccaactgctttaaagctaagggtaagaactatttaatacttcctctgtctcatattacatgtctcttaaggttacacacgcatag 270  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24927376 actcacagttctcgtccaactgctttaaagctaagggtaagaactatttaatacttcctctgtctcatattacatgtcttttaaggttacacacgcatag 24927277  T
Q  271 gaaaattatcgagtttactaatttctatgctaaaatgtgtttgtttcatttactaaagtaccctatcaatagcagttaggtgaattaagattcagttaat 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24927276 gaaaattatcgagtttactaatttctatgctaaaatgtgtttgtttcatttactaaagtaccctatcaatagcagttaggtgaattaagattctgttaat 24927177  T
Q  371 gagtttatatgcagcatagcaattttcctctttgatt------cttctaccttactcaaaaccttatactttcatttcttttatattccaactagtagta 464  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24927176 gagtgtatatgcagcatagcaattttcctctttgaattaagatcttctaccttactcaaaaccttgtactttcatttcttttatattccaactagtagta 24927077  T
Q  465 atgcattatgtgttttttagttgatttaattcattcgacacatacacctttcttgtgttgcaggtagataatatccaaatagaacctagttcaagaagca 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24927076 atgcattatgtgttttttagttgatttaattcattcgacacatacacctt-cttgtgttgcaggtagataatatccaaatagaacctagttcaagaagca 24926978  T
Q  565 atgtagtttctaagcatcatgcatcaatgtcaagttttggttcttccactaatggcagtaagaggatttcttcgtcaaggggtccatctccagctacttc 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926977 atgtagtttctaagcatcatgcatcaatgtcaagttttggttcttccactaatggcagtaagaggatttcttcgtcaaggggtccatctccagctacttc 24926878  T
Q  665 aagatcttcaactccatctggaaggccaacattaccttcaacaaagaaatcctcgaggccctctacgcctacctcgcgggccacattaacttctacgaag 764  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926877 aagatcttcaactccatctggaaggccaacattaccttcaacaacgaaatcctcgaggccctctacgcctacctcgcgggccacattaacttctacgaag 24926778  T
Q  765 tctacagctccaccagtgagatcatcaactcccactagacccgcttcgagggcctcaacacctacttcaaggccttccttgacagctcctaagacatctc 864  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926777 tctacagctccaccagtgagatcatcaactcccactagacccacttcgagggcctcaacacctacttcaaggccttccttgacagctcctaagacatctc 24926678  T
Q  865 aaagatcagcaactcctaatattcgatcatcaacaccttcgaggacatttggagtatctgctcctcctactcgaccttcatcaacatcaaaagcacggcc 964  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24926677 aaagatcagcaactcctaatattcgatcatcaacaccttcgaggacatttggagtatctgctcctcctactcgaccttcatcaacatcaaaagcacgccc 24926578  T
Q  965 tgttgttgctaagaatccggtgcagtcacgtggcatctctccatcagtaaaatctagaccttgggaaccctcacaaatgcctggatttactcatgacgct 1064  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926577 tgttgttgctaagaatccggtgcagtcacgtggcatctctccatcagtaaaatctagaccttgggaaccctcacaaatgcctggatttactcatgacgct 24926478  T
Q  1065 cctccaaatttgaagaaatcattgccagaaagactggcttcagtcactagaaataggcctggagttccgagttcgagatcagcttctgttgaggcgacta 1164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926477 cctccaaatttgaagaaatcattgccagaaagaccggcttcagtcactagaaataggcctggagttccgagttcgagatcagcttctgttgaggcgacta 24926378  T
Q  1165 gcaatactaaatctagaaggcagtctaacacaccttcgaaaggacgtgcttcaaccgggttcactcacaataatcacagctcattgcatgctttgattag 1264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  24926377 gcaatactaaatctagaaggcagtctaatacaccttcgaaaggacgtgcttcaaccgggttcactcacaataatcatagctcattgcatgctttgagtag 24926278  T
Q  1265 agctcgtttcaccgatggtgacgaagatagccctgttgtaattgggacaaagatggtcgaaagagtagtaaacatgagaaaacttgcaccaccaaagcat 1364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926277 agctcgtttcaccgatggtgacgaagatagccctgttgtaattggtacaaagatggtcgaaagagtagtaaacatgagaaaacttgcaccaccaaagcat 24926178  T
Q  1365 gacggcccttgcgccaacaacaattcttatggcaaatcttcatctggcagctctggattcggaagtacgctttcaaagaagtctttagatatggcaatga 1464  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926177 gacgacccttgcgccaacaacaattcatatggcaaatcttcatctggcagctctggattcggaagtacgctttcaaagaagtctttagatatggcaatga 24926078  T
Q  1465 ggcatatggtatgttcataactccattgcttatatgttctgctactgattttgtagttttcattaatgagta 1536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24926077 ggcatatggtatgttcataactccattgcttatatgttctgctactgattttgtagttttcattaatgagta 24926006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 24928846 - 24928792
Alignment:
Q  16 tctacttcttcaaaactctgaggaacttgatttgtccaacttgggtatgtttttt 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24928846 tctacttcttcaaaactctgaggaacttgatttgtccaacttgggtatgtttttt 24928792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University