View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14055_low_5 (Length: 448)

Name: NF14055_low_5
Description: NF14055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14055_low_5
NF14055_low_5
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (82-429)||(41366793-41367140)
chr5 (201-428)||(41286926-41287152)
chr5 (191-429)||(41332723-41332961)
chr5 (191-429)||(41328790-41329028)
chr5 (135-429)||(41316693-41316987)
chr5 (191-429)||(41324813-41325051)
chr5 (137-425)||(31177853-31178141)
chr5 (194-385)||(41337533-41337724)
chr5 (208-429)||(41310967-41311192)
chr5 (205-425)||(31187916-31188136)
chr5 (193-339)||(41431966-41432112)
chr5 (191-425)||(31225628-31225862)
chr5 (201-284)||(14235879-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (202-385)||(17248773-17248956)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 429
Target Start/End: Original strand, 41366793 - 41367140
Alignment:
Q  82 gttgaggttgtatagaagaaattcattttggtttgatattagacaaggctaccgttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatctt 181  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366793 gttgagtttgtatagaagaaattcattttggtttgatattagacaaggctaccgttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatctt 41366892  T
Q  182 cggaagctatgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggata 281  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366893 ctgaagctgtgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggata 41366992  T
Q  282 tgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaa 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366993 tgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaaatccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaa 41367092  T
Q  382 agtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367093 agtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 41367140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 201 - 428
Target Start/End: Original strand, 41286926 - 41287152
Alignment:
Q  201 gatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||    
T  41286926 gatgtctgagatggtaaagaatccaaaggtgatggaaa-agcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatagaaaggggtatgtggttgagacagagttg 41287024  T
Q  301 caccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaa 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41287025 caccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaacaatgaggttgcatcctgctataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaa 41287124  T
Q  401 taaatagatatgatatcccagctaagac 428  Q
    | ||| ||||||||||||| || |||||    
T  41287125 ttaatggatatgatatcccggccaagac 41287152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 191 - 429
Target Start/End: Original strand, 41332723 - 41332961
Alignment:
Q  191 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 290  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||| |||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41332723 tgttatgggcgatgtctgagatggtaaagaacccaaaggtattggaagaagcacagattgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtggatga 41332822  T
Q  291 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 390  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||   |  |||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  41332823 gtcagagttgcaccaattgatatacttaaagtctgtcgtcaaagaaacattgaggttacatcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaag 41332922  T
Q  391 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  41332923 ccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagaca 41332961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 191 - 429
Target Start/End: Original strand, 41328790 - 41329028
Alignment:
Q  191 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 290  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  41328790 tgttatgggcgatgtctgagatggtgaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagatgaagtaagtagagtgtttgataaaaaggagtatgtggatga 41328889  T
Q  291 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||    
T  41328890 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacattgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggag 41328989  T
Q  391 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
      ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  41328990 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagaca 41329028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 135 - 429
Target Start/End: Original strand, 41316693 - 41316987
Alignment:
Q  135 gttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttcggaagctatgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatg 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| || |||| || || ||| || | ||| ||||||||| ||||||||| ||  | |  ||||||    
T  41316693 gttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatg 41316792  T
Q  235 gaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaag 334  Q
    |||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41316793 gaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaag 41316892  T
Q  335 aaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
    ||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||    
T  41316893 aaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaagaca 41316987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 191 - 429
Target Start/End: Original strand, 41324813 - 41325051
Alignment:
Q  191 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 290  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||| | |||| ||||    
T  41324813 tgttatgggcgatatctgagatggtaaagaatccaaaggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtttttgataggaaggggtttgtggatga 41324912  T
Q  291 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||| | |||||  |  |||| || ||  ||||||||||||||| | ||    
T  41324913 gacagagttgcaccaattgatatacttaaaatctgtgatcaaggaaacaatgaggctacatccaaccgtaccgttgttacttccaagagaaagtagggag 41325012  T
Q  391 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
      ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  41325013 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagaca 41325051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 137 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 31178141 - 31177853
Alignment:
Q  137 taatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttcggaagctatgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatgga 236  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||  || |||| || | || | ||||||||  ||| ||||||||| ||||||| || | | ||||| |    
T  31178141 taatccatttgtaggatatgtttgttggtggtaccgaaacatcatcaggagttgtgttatgggggatatctgagatgataaagaacccaaagataatgaa 31178042  T
Q  237 agcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaa 336  Q
     | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  31178041 ggaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggcatgtcgatgaaacagagttgcaccatttgatatacttaaagtctataatcaaagaa 31177942  T
Q  337 acaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 425  Q
    ||| | ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||   ||  ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  31177941 acattaaggttgcatccttctttacctttgttgattccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaa 31177853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 194 - 385
Target Start/End: Original strand, 41337533 - 41337724
Alignment:
Q  194 tatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagac 293  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  41337533 tatgggcgatgtcggagatgataaagaacccaatagtaatggaagaagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtagacgagac 41337632  T
Q  294 agagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagta 385  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||  ||||||||||||||| | ||| | |||||| || |||| || ||| |||||||||||||||    
T  41337633 agagttgcaacagttgacatacttaaagtgtgtcatcaaagaaacatttaggctacatcctactgtacctttgttggttccaagagaaagta 41337724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 208 - 429
Target Start/End: Original strand, 41310967 - 41311192
Alignment:
Q  208 gagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggg----atatgtgaatgagacagagttgcac 303  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||  |||||||||    
T  41310967 gagatggtaaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagttgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatatatgtggatgagatggagttgcac 41311066  T
Q  304 caattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataa 403  Q
    |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| |    
T  41311067 ctgttgatatacttaaagtttgtcatcaaagaaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatta 41311166  T
Q  404 atagatatgatatcccagctaagaca 429  Q
    ||||  |||| ||||||  |||||||    
T  41311167 ataggcatgagatcccaattaagaca 41311192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 205 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 31188136 - 31187916
Alignment:
Q  205 tctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcacc 304  Q
    ||||||||||||||||| || | | |||||||   |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||    
T  31188136 tctgagatggtaaagaacccaaagataatggagaaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggtatgtcgatgaaacagagttgcacc 31188037  T
Q  305 aattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaa 404  Q
    |||||||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||| | ||||||||| | || || ||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||    
T  31188036 aattgatatacttaaagtctataatcagagaaacattgaggctacatccttctgtgcctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaa 31187937  T
Q  405 tagatatgatatcccagctaa 425  Q
    | | ||||| |||||||||||    
T  31187936 tgggtatgaaatcccagctaa 31187916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 339
Target Start/End: Original strand, 41431966 - 41432112
Alignment:
Q  193 ttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgaga 292  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||| ||||  || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||| ||||||    
T  41431966 ttatgggcgatgtctgagatggcgaagaacccgaatgtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatatgaaagggtatgtggatgaga 41432065  T
Q  293 cagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaaca 339  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  41432066 ctgagttgcactaattgatatacttgaagtctatcatcaaagaaaca 41432112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 425
Target Start/End: Original strand, 31225628 - 31225862
Alignment:
Q  191 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 290  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||| || | | ||||||| | |||||||| ||| |||||||   ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  31225628 tgttatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaagataatggaggaagcacaagctgaagtaagaaacatgtttgataaaaagggacatgtcgatga 31225727  T
Q  291 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 390  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || | ||||||| |||| || ||||| |||  ||| || ||| |||||||||||||||   ||    
T  31225728 aacagagttgcaccaattaatatacttaaagtctataattagagaaacattgagattacatccatctgcacctttgttggttccaagagaaagtagagag 31225827  T
Q  391 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 425  Q
      ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  31225828 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaa 31225862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 284
Target Start/End: Original strand, 14235879 - 14235962
Alignment:
Q  201 gatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgt 284  Q
    |||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||| |||||    
T  14235879 gatgtctgagattgtaaagaaccctagggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagggagtttgatagaaaggggtatgt 14235962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 202 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 17248956 - 17248773
Alignment:
Q  202 atgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgc 301  Q
    |||||||||||  |||| || || | ||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||  |||| || ||||||     
T  17248956 atgtctgagataataaaaaacccaaaggtgatggaagcagcacaagctgaggtaagaagtgtttttgatagaaaggggtatgtagatgaaacggagttgg 17248857  T
Q  302 accaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagta 385  Q
    | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  17248856 atcaattaatatacttaaattctgtcatcaaagaaacactgaggctgcatcctattgtaccattgttgattcctagacaaagta 17248773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University