View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14058_low_12 (Length: 332)

Name: NF14058_low_12
Description: NF14058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14058_low_12
NF14058_low_12
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (13-314)||(2798645-2798946)
chr3 (14-314)||(2808552-2808852)
chr3 (14-314)||(2837156-2837456)
chr3 (14-314)||(2854366-2854666)
chr3 (14-314)||(2770348-2770645)
chr3 (14-314)||(2791599-2791899)
chr3 (14-314)||(2750280-2750580)
chr3 (19-279)||(2819850-2820110)
chr3 (14-314)||(2760499-2760799)
chr3 (14-314)||(5414171-5414470)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (14-296)||(4723-5005)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-314)||(11116305-11116605)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 2798645 - 2798946
Alignment:
Q  13 aatattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacaga 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798645 aatattcctaaaaatttggtgagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacaga 2798744  T
Q  113 acttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798745 acttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcacaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaa 2798844  T
Q  213 ctatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggag 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2798845 ctatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaatctttattatgtggag 2798944  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  2798945 gt 2798946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 2808552 - 2808852
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||| ||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  2808552 atattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaaatacaggctcttcctaaatctgttggtgaactgcagaa 2808651  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2808652 cttagagacattggatttaagggacacacttgtgcgtgagataccaagtgaaataaacaagctcaaaaagctaaggcaccttcttgctttccaccgtaac 2808751  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    || ||||   ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2808752 tacgaagaaaagtattctcttttaggctttacaacgggtgtgttcgtggaaaaaggtattaaaaacttgacttcccttcaaaacctttattatgtggagg 2808851  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2808852 t 2808852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2837456 - 2837156
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||| || ||| ||  |||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  2837456 atattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaaggttcttcctaaatctattggtgaattacagaa 2837357  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    ||||||||||||||| || ||| | |||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2837356 cttagagacattggacttaagagaaacacatgttcatgagatgccaggtgaaataaacaagctcacaaagctacgacaccttcttgctttccatcgtaac 2837257  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  2837256 tatgatgcaaagtattctgttttgggctttacaactggtgtgcggatggttaaaggtattaaaaacttgacttcccttcaaaaactttgttatgtggagg 2837157  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2837156 t 2837156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2854666 - 2854366
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||| || ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  2854666 atattcctaataattttgggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaggaatacaaaagtaaaggttcttcctaaatctattggtgaactacagaa 2854567  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  2854566 cttagagacattggacttaagagacacatctgttcatgagatgccaagtgaaataaacaagcttacaaagctacggcaccttcttgctttccataataat 2854467  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2854466 tatgatgcaaagtattctcttttgggatttacaaccggtgtgttggtgaaaaaaggtattaaaaacttgacttcccttcaaaacctatattatgtggagg 2854367  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2854366 t 2854366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 2770348 - 2770645
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  2770348 atattcctaaaaatttgggaagtctttttcacttaaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttcctaaatctgttggtgagctaaagaa 2770447  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
     ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||  |   |||||||||  ||||||||| || |||| |||||    
T  2770448 tttagagacattagatttaagagaaacacttgtgcatgaactaccacatgaaataaacaaattggaaaagctacgaaaccttcttgtttgccatagtaac 2770547  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    || ||||   | |||||||||||||||   |||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2770548 tacgaaggaaattattctcttttgggc---acaactggtgggaggatgcaaaaaggtattaaaaacatgacttccctacaaaatctttatgatgtggagg 2770644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 2791599 - 2791899
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2791599 atattcctaaaaatctgggaagtctttttcacttgaggtacataaacctaagctatactaatgtacaaactcttcctaaatctgttggtgagctacagaa 2791698  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
     ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |   |||||||||| ||||||||| |  |||| |||||    
T  2791699 tttagagacattagatttaagagaaacacttgtgcatgaactaccacatgaaataaacaagttggaaaagctacggaaccttcttgttcgccatagtaac 2791798  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    ||  |||   | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| | |||||||    
T  2791799 tacaaaggaaattattctcttttgggctatacaactggtgtgaggatgcaaaaaggtattaaaatcttgacttcccttcaaaacctttatcacgtggagg 2791898  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2791899 t 2791899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 2750280 - 2750580
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||||| ||||||||  |||| |||||| || ||||||| |||||| |||||||  |||| ||    
T  2750280 atatccctaaaaatttggggaatctttttcacttgcggtacattaacctaaggaatacaaatgtaaaggctcttcctaaatctattggtgagttacataa 2750379  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  2750380 cttagagacattggatttaagagaaacactagtgcatgagatacctagtgaaataaacaagctgacaaagttacggcatctgcttgcttttcatcgcaac 2750479  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    ||||||    | ||||||  |||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2750480 tatgaacaaaaatattctgctttgggctctacaactggcgtgctgattgaaaaaggtattaaaaacatgatttccctaaaaaacctttattatgtggagg 2750579  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2750580 t 2750580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 279
Target Start/End: Original strand, 2819850 - 2820110
Alignment:
Q  19 cctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaacttag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||   |||| ||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819850 cctaaaaatttggggagtcttttccacttaaggtacttaaacctaaagaatacaaaaatacatgctcttcctaaatctgttggtgaactacagaacttag 2819949  T
Q  119 agacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaactatga 218  Q
    ||||| | ||| | ||| |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2819950 agacactcgatataagatacacacttgtgcgtgagataccaagtcagataaacaagctcacaaagctacgtcaccttcttgcattacatcgtaactatga 2820049  T
Q  219 agcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaac 279  Q
    ||   | |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2820050 agaaaattattctctgttgggctttacatctggtgtgaagatggaaaaaggtattaaaaac 2820110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 2760499 - 2760799
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||    ||| ||  || ||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  2760499 atattcctaaaaatttggggaatctttttcacttaaggtacttaaacctaaagagtacaaaaataaaggttcttcctaaatcagttggtgagctacagaa 2760598  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||| || |||||| | || || || ||||||    
T  2760599 cttagagatattggatataacatacacacttgtgcatgagataccaagagagataaacaagctcacaaagcttcgtcaccttttcgcattacaccgtaac 2760698  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    |||||||   ||||||| || || || |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2760699 tatgaagaaaagtattcactgtttggatttacatctggtgtgaagatggaaaaaggtattaaaaacatggcttccctacaaaagctttattatgtggagg 2760798  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  2760799 t 2760799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Original strand, 5414171 - 5414470
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||  |||| || ||| ||  |||||| |||||||| | ||| ||  | ||    
T  5414171 atatccctaaaaacttggggaatctttttcacttgaggtacattaacctaaggaatacgaaagtaaaggttcttcctaaatctgtag-tgagctgtataa 5414269  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5414270 cttagagacattggatttaagagaaacacttgtgcatgagataccaagtgaaataaacaagctgaaaaatttacggcatcttcttgctttccatcgtaac 5414369  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    | |||||   | ||||||  | | ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  5414370 tttgaagaaaaatattctgctctaggctcgacaactggtgtgctgatggaaaaaggtattaaaaacatgacttccctacaaaatttttattatgtgcagg 5414469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 5005 - 4723
Alignment:
Q  14 atattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaa 113  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| |  | || || ||| || ||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  5005 atattcccaaaaatttggggaatctttttcacttgaggtacataaacctacggaacacaaaagtagaggctcttcctaaatctgttggtgagctacaaaa 4906  T
Q  114 cttagagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||| | || | |||| || || ||||||||||||||||||    
T  4905 cttagagacgttggatttaagagaaacacttgtgcatgagttgccaattgaaataaacaagctgacaaggttacgacatctacttgctttccatcgtaac 4806  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaa 296  Q
    |||||||   | |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4805 tatgaagataaatattctattttaggctttacaactggtgtgctgatggaaaaaggtattaaaaacttgacttccctacaaaa 4723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11116605 - 11116305
Alignment:
Q  15 tattcctaaaaatttggggagtctttgtcacataaggtacataaacctaagttatactaatgtacagactcttccgaaatctgttggtgaactacagaac 114  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||| | | |||| ||||||| ||  || | || ||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  11116605 tattcctgaaaatttggggaatctttttcacttgaagtacgtaaacctgaggaatgcaaaagtacaggttcttcgtaaatctgttggtgagctacagaac 11116506  T
Q  115 tta-gagacattggatttgagaaacacacttgtgcatgaaataccaagtgaaataaacaagctcagaaagctacggcaccttcttgctttccatcgtaac 213  Q
    ||| ||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| | |||| ||||  |  ||||||||||||||||| ||    
T  11116505 ttaagaggcaatggatttaagagaaacacttgtgcatgaaataccaaatgttataaacaagctgacaaagttacgaaattttcttgctttccatcgttac 11116406  T
Q  214 tatgaagcggagtattctcttttgggctttacaactggtgtgttgatggaaaaaggtattaaaaacttgatttccctacaaaacctttattatgtggagg 313  Q
    |||||||   | |||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  | | |||||||||||    
T  11116405 tatgaagaaaaatattctgttttgggctttataactggtgtgcttatggaaaaaggtattaaaaacttgacttcccttcaaaatatgtgttatgtggagg 11116306  T
Q  314 t 314  Q
    |    
T  11116305 t 11116305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University