View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14060_low_20 (Length: 424)

Name: NF14060_low_20
Description: NF14060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14060_low_20
NF14060_low_20
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-413)||(29237195-29237591)
chr5 (17-413)||(29233445-29233841)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-307)||(26629719-26630009)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (130-214)||(42028068-42028152)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29237591 - 29237195
Alignment:
Q  17 actatgaagctggtgcacgtttcgctaaatggcgtgcagtgcttaaaattggccccaatgagccatctgagcactctatccacgagaatgcctatggttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29237591 actatgaagctggtgcacgtttcgctaaatggcgtgcagtgcttaaaatcggccccaatgagccatctgagcactctatccacgagaatgcctatggttt 29237492  T
Q  117 ggcccgatatgcagtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctgct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29237491 ggcccgatatgcagtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctgct 29237392  T
Q  217 gttaccgagaaggtccttgcagcatgttacaaggccttgaatgaccaccatgtcccccttgaaggcactctcttgaagcctaacatggttatccctggat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29237391 gttaccgagaaggtccttgcagcatgctacaaggccttgaatgaccaccatgtcctccttgaaggcactctcttgaagcctaacatggttacccctggat 29237292  T
Q  317 ctgatgcaccaaaggttgcacccgaggttgttgctgagcacaccgttagagctttgcagagaaccgtacctgctgcagtcccagctgttgttttctt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29237291 ctgatgcaccaaaggttgcacccgaggttgttgctgagcacaccgttagagctttgcagagaaccgtacctgctgcagtcccagctgttgttttctt 29237195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29233841 - 29233445
Alignment:
Q  17 actatgaagctggtgcacgtttcgctaaatggcgtgcagtgcttaaaattggccccaatgagccatctgagcactctatccacgagaatgcctatggttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29233841 actatgaagctggtgcacgtttcgctaaatggcgtgcagtgcttaaaatcggccccaatgagccatctgagcactctatccacgagaatgcctatggttt 29233742  T
Q  117 ggcccgatatgcagtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctgct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29233741 ggcccgatatgcagtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctgct 29233642  T
Q  217 gttaccgagaaggtccttgcagcatgttacaaggccttgaatgaccaccatgtcccccttgaaggcactctcttgaagcctaacatggttatccctggat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29233641 gttaccgagaaggtccttgcagcatgctacaaggcctagaatgaccaccatgtcctccttgaaggcactctcttgaagcctaacatggttacccctggat 29233542  T
Q  317 ctgatgcaccaaaggttgcacccgaggttgttgctgagcacaccgttagagctttgcagagaaccgtacctgctgcagtcccagctgttgttttctt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29233541 ctgatgcaccaaaggttgcacccgaggttgttgctgagcacaccgttagagctttgcagagaaccgtacctgctgcagtcccagctgttgttttctt 29233445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 26630009 - 26629719
Alignment:
Q  17 actatgaagctggtgcacgtttcgctaaatggcgtgcagtgcttaaaattggccccaatgagccatctgagcactctatccacgagaatgcctatggttt 116  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||| || ||||| || || || || ||||| ||||||      || |||||||| || |||||||||||    
T  26630009 actatgaagctggtgcaaggtttgctaaatggcgcgccgtgctaaagatcggtccaaatgaaccatctcccttgtcaatccacgaaaacgcctatggttt 26629910  T
Q  117 ggcccgatatgcagtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctgct 216  Q
     || || || || |||||||| |||||||||||  | || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||  |||||| |||| |    
T  26629909 agctcgttacgccgtcatatgtcaagagaatggtttggttccaattgtggagcctgagattctagtggatggaccccacgacattgcaaagtgcgctgat 26629810  T
Q  217 gttaccgagaaggtccttgcagcatgttacaaggccttgaatgaccaccatgtcccccttgaaggcactctcttgaagcctaacatggtta 307  Q
    || || ||    || ||||||||||||||||||||  | | |||||| ||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  26629809 gtaacagaacgcgttcttgcagcatgttacaaggctctaagtgaccatcatgttcttcttgaaggtactcttttgaagcctaatatggtta 26629719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 214
Target Start/End: Original strand, 42028068 - 42028152
Alignment:
Q  130 gtcatatgccaagagaatggacttgtaccaattgttgagcctgagatccttgttgatggacctcatgacattcaaaagtgtgctg 214  Q
    |||||||||||||||||||| || || || || || ||||| || ||||| || |||||| ||||||||||  | ||||||||||    
T  42028068 gtcatatgccaagagaatggcctagttcctatagtggagcccgaaatcctagtggatggatctcatgacatcaacaagtgtgctg 42028152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University