View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14061_low_2 (Length: 813)
Name: NF14061_low_2
Description: NF14061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14061_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 2801359 - 2800672
Alignment:
| Q |
119 |
taggaagcatataatgaatcatatacagtaaaagagagaaatctataaacaatgggaacaacaaaacttaagttcttaggcatcaagtcagcaatttaat |
218 |
Q |
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| T |
2801359 |
taggaagcatataatgaatcatatacagtaaaaaagagaaatctataaacaatgggaacaacaaaaattaagttcttaggcatcaagtcagcaatttaat |
2801260 |
T |
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| Q |
219 |
actatctataaaagagcttatttacaacagtgtttcaacacaaaagatctgtcttaagtctatgtgtcgtttttaaaagcacttctacttagaaagcatt |
318 |
Q |
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| T |
2801259 |
actatctataaaagagcttatttacaacagtgtttcaacacaaaagatctgtcttaagtctatgtgtcgtttttaaaagcacttctacttagaaagcatt |
2801160 |
T |
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| Q |
319 |
gttaaagttacggtacttattcccaattctagcaaggctgcacctttccaacattctgatagtggttatttggttactggttgtgagataaacagttaat |
418 |
Q |
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| T |
2801159 |
gttaaagttacggtatttattcccaattctagcaaggctgcacctttccaacattcttatagtggttatttggttactggttgtgacataaacagttaat |
2801060 |
T |
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| Q |
419 |
gaaatctagatgtagaaacagatggggtagaaacaataacaaacattcagcttataaattgtaagaaaggatgctacattagaatatcataaaatttctc |
518 |
Q |
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| T |
2801059 |
gaaatctagatgtagaaacagatggggtagaaacaataacaaacattcagcttataaattgtaagaaaggatgctacattagaatatcataaaatttctc |
2800960 |
T |
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| Q |
519 |
ttggaacatactaccaaataactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatttactaataaaatttagcaaattcgataaacataaacaga |
618 |
Q |
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| T |
2800959 |
ttggaacatactaccacataactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatttactaatacaatttagcaaattcgataaacataaacaga |
2800860 |
T |
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| Q |
619 |
atacacacagattgaacatattaatatatgttatcaaaattcctaaccagtaggccttaatctattgttacagatctagccagagcaaattatcctaaaa |
718 |
Q |
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| T |
2800859 |
atacacacagattgaacatattaatatatgttatcaaaattcctaaccagtaggccttaatctattgttacagatctagccagagcaaattatcctaaaa |
2800760 |
T |
|
| Q |
719 |
atatcagaaaattacctcttcattctttgctgctatctttatcgccaccatctgcttccttaacatcaaccgtgaaactatattcttg |
806 |
Q |
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| T |
2800759 |
atatcagaaaattacctcttcattctttgctgctatctttatcgccaccatctgcttccttaacatcaaccgtgaaactatattcttg |
2800672 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 806
Target Start/End: Original strand, 1679369 - 1680056
Alignment:
| Q |
119 |
taggaagcatataatgaatcatatacagtaaaagagagaaatctataaacaatgggaacaacaaaacttaagttcttaggcatcaagtcagcaatttaat |
218 |
Q |
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| T |
1679369 |
taggaagcatataatgaatcatatacagtaaaaaagagaaatctataaacaatgggaacaacaaaatttaagttcttaggcatcaagtcagcaatttaat |
1679468 |
T |
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| Q |
219 |
actatctataaaagagcttatttacaacagtgtttcaacacaaaagatctgtcttaagtctatgtgtcgtttttaaaagcacttctacttagaaagcatt |
318 |
Q |
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| T |
1679469 |
actatctataaaagagcttatttacaacagtgtttcaacacaaaagatctgtcttaagtctatgtgtcgtttttaaaagcacttctacttagaaagcgtt |
1679568 |
T |
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| Q |
319 |
gttaaagttacggtacttattcccaattctagcaaggctgcacctttccaacattctgatagtggttatttggttactggttgtgagataaacagttaat |
418 |
Q |
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| T |
1679569 |
gttaaagttacggtacttattcccaattctagcaaggctgcacctttccaacattcttatagtggttatttggttactggttgtgatataaacagttaat |
1679668 |
T |
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| Q |
419 |
gaaatctagatgtagaaacagatggggtagaaacaataacaaacattcagcttataaattgtaagaaaggatgctacattagaatatcataaaatttctc |
518 |
Q |
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| T |
1679669 |
gaaatctagatgtagaaacagatggggtagaaacaataacaaacattcagcttataaattgtaagaaaggatgctacattagaatatcataaaatttctc |
1679768 |
T |
|
| Q |
519 |
ttggaacatactaccaaataactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatttactaataaaatttagcaaattcgataaacataaacaga |
618 |
Q |
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| T |
1679769 |
ttggaacatactaccacataactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatttacttatacaatttagcaaattcgataaacataaacaga |
1679868 |
T |
|
| Q |
619 |
atacacacagattgaacatattaatatatgttatcaaaattcctaaccagtaggccttaatctattgttacagatctagccagagcaaattatcctaaaa |
718 |
Q |
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| T |
1679869 |
atacacacagattgaacatattaatatatgttatctaaattcctaaccagtaggccttaatctattgttacagatctagccagagcaaattatcctaaaa |
1679968 |
T |
|
| Q |
719 |
atatcagaaaattacctcttcattctttgctgctatctttatcgccaccatctgcttccttaacatcaaccgtgaaactatattcttg |
806 |
Q |
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| T |
1679969 |
atatcagaaaattacctcttcattctttgctgctatctttatcgccaccatctgcttccttaacatcaaccgtgaaactatattcttg |
1680056 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 393 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 2802715 - 2802666
Alignment:
| Q |
393 |
tactggttgtgagataaacagttaatgaaatctagatgtagaaacagatg |
442 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2802715 |
tactggttgtgtgataaacagtttatgaaatcaagatgtagaaacagatg |
2802666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 538 - 579
Target Start/End: Original strand, 1659017 - 1659058
Alignment:
| Q |
538 |
aactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatt |
579 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
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|
| T |
1659017 |
aactatcatcagaaattgatttaaactattatccgtgtcatt |
1659058 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 30
Target Start/End: Original strand, 1679251 - 1679280
Alignment:
| Q |
1 |
cataatcattccatttcttctcacattagc |
30 |
Q |
| |
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| T |
1679251 |
cataatcattccatttcttctcacattagc |
1679280 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 2801477 - 2801448
Alignment:
| Q |
1 |
cataatcattccatttcttctcacattagc |
30 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2801477 |
cataatcattccatttcttctcacattagc |
2801448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 538 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 2802597 - 2802556
Alignment:
| Q |
538 |
aactatcattagaaattgatttaaattattatccatgtcatt |
579 |
Q |
| |
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| T |
2802597 |
aactatcatcagaaattgatttaaactattatccgtgtcatt |
2802556 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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