View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14074_low_1 (Length: 932)

Name: NF14074_low_1
Description: NF14074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14074_low_1
NF14074_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-932)||(6448981-6449893)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 932
Target Start/End: Original strand, 6448981 - 6449893
Alignment:
Q  18 acatgcaacatcatgtttgttcttttcttgcttgagatgtactatagttaatataaatgataattnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgacaatattac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||    
T  6448981 acatgcaacatcatgtttgttcttttcttgcttgagatgtactatagttaatataaatgataattaaaaaaggaaagaaaaaataaaccgacaatattac 6449080  T
Q  118 aaccttgagaacaaagggtgcatattacataaattcttgatttaatagtagctatataaaattgtttgagatgtacgtattattatatagaggaaattaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449081 aaccttgagaacaaagggtgcatattacataaattcttgatttaatagtagctatataaaattgtttgagatgtacgtattattatatagaggaaattaa 6449180  T
Q  218 gggtagttaaatatatgttattataagacaaacacatggaatattaatgagatgagatatagccaaagcatttgacaacataacaattgagccatagaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449181 gggtagttaaatatatgttattataagacaaacacatggaatattaatgagatgagatatagccaaagcatttgacaacataacaattgagccatagaac 6449280  T
Q  318 gacatgttgaccggatattccctaatcacaagcttattgttgaaaaatttcacgtaaaaacacaagaagagagaattaaataacgtaaacaattagtcgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449281 gacatgttgaccggatattccctaatcacaagcttattgttgaaaaatttcacgtaaaaacacaagaagagagaattaaataacgtaaacaattagtcgt 6449380  T
Q  418 gttgttgtataataataagataataaacaaaattaaagcaaagnnnnnnncatttcccggagaatctagagcgcatcaggcgctgaccatggcttcggaa 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449381 gttgttgtataataataagataataaacaaaattaaagcaaagtttttttcatttcccggagaatctagagcgcatcaggcgctgaccatggcttcggaa 6449480  T
Q  518 tctattaacaaatggaattaacaagtctatcaaattggtaatgatatcttgctgtcacattgatcaacaagtaaaaacaaagaatgagaagtatnnnnnn 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  6449481 tctattaacaaatggaattaacaagtctatcaaattggtaatgatatcttgctgtcacattgatcaacaagtaaaaacaaagaatgagaagtataaaaaa 6449580  T
Q  618 ntgagggatcaagcatgggggtacgagcataattgaaacacacaaacagccataaatgccatatgttataataattatattaattg------tttttaaa 711  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||    
T  6449581 atgagggatcaagcatgggggtacgagcataattgaaacacacaaacagccataaatgccatatgttataataattatattaattgtttttttttttaaa 6449680  T
Q  712 acnnnnnnnttcatctccgtgcaactgttcatactaatccgttcgaagtaacttagattcatttaacgactcaagtatataacatttgtgtcctaaaatg 811  Q
    |        |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6449681 a----aaaattcatctccgcgcaactgtgcatactaatccgttcgaagtaacttagattcatttaacgactcaagtatataacatttgtgtcataaaatg 6449776  T
Q  812 ttagnnnnnnnnnnnnnnnnaaccagatacatattctatgcgcgtaactgcaaaaactaatccatcgagttaggtagaatcaaaatcgatggcaaagcac 911  Q
    ||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  6449777 ttag----ttttttttttttaaccagatacatattctatgcgcgtaactgcaaagactaatccatcgagttgggtagaatcaaaatcggtggcaaagtac 6449872  T
Q  912 tccctcaagagatttaacatt 932  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6449873 tccctcaagagatttaacatt 6449893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University