View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14081_low_2 (Length: 915)

Name: NF14081_low_2
Description: NF14081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14081_low_2
NF14081_low_2
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-893)||(13715210-13716100)
chr2 (2-326)||(4848480-4848802)
chr2 (415-571)||(11511160-11511316)
chr2 (414-556)||(7068492-7068635)
chr2 (175-326)||(14659002-14659154)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-326)||(45907975-45908296)
chr3 (400-570)||(54103189-54103359)
chr3 (468-541)||(40283671-40283744)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-152)||(22917219-22917351)
chr8 (166-319)||(4784994-4785148)
chr8 (1-120)||(4784152-4784274)
chr8 (166-327)||(22917026-22917186)
chr8 (17-52)||(5320150-5320185)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (166-323)||(39773695-39773853)
chr5 (3-97)||(39773556-39773650)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (401-572)||(26353346-26353504)
chr6 (468-517)||(19138395-19138444)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (175-326)||(6127068-6127220)
chr4 (177-271)||(44398274-44398368)
chr4 (186-321)||(43810833-43810969)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (469-563)||(36686618-36686712)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (468-541)||(23015165-23015238)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 893
Target Start/End: Original strand, 13715210 - 13716100
Alignment:
Q  1 taaaaaagttcttatgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaacc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13715210 taaaaaagttcttgtgtatgtacttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttaaaacc 13715309  T
Q  101 atcaccatttcaatggaactactgtaggggagttgttgaatagtattgatatnnnnnnnnnnnnngtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatag 200  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715310 atcaccatttcaatggaact---gtaggggagttgttgaatagtattgatataaaaatgaaaaaagtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatag 13715406  T
Q  201 agttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnnnnnnttggtccatcatgg-ccaattc 299  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |||||||| ||| |||    
T  13715407 agttggtgatggcttagatagggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattaaaaaaattggtgcatcatggaccatttc 13715506  T
Q  300 ttcaactcgtccaagctaaatgccacccaaaaagatatataaagatttgttcaatttgatgtgtgctgaataatatttacaatgaggtttttatagactt 399  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13715507 ttctactcgtccaagctaaatgccacccaaaaagatatataaagatttgttcaatttgatgtgtgttgaataatatttacaatgaggtttttataaactt 13715606  T
Q  400 atagcatgtttgtcattgcctttgacaaaccacgttctatagaaaactacggtaatgtatcacgtttacacaaaagctccaaatggtagcttaataaagt 499  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715607 atagcatgtttgccattgcgtttgacaaaccacgttctatagaaaaccacggtaatgtatcgcgtttacacaaaagctccaaatggtagcttaataaagt 13715706  T
Q  500 cacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatcccaaaaacatgcttagaataactaagaacagtacaccaaca 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13715707 cacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatgccaaaaacatgcttagaataactaagaaccgtacactaaca 13715806  T
Q  600 ttgtttgcaacgtttttgcctcactttctaccatattacttcatatcaagtaatgattaaaatcactaatgtaagtaagcacccgtaaacacagttatag 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13715807 ttgtttgcaacgtttttgcctcactttctaccatattacatcatatcaagtaatgattaaaatcactaatgtaagtaagcacccgtaaacagagttatag 13715906  T
Q  700 cctaaaaccactttgttgtcggggtgtataatctttccatgtcctccatcacctttagttctggacttagtcggctgatatcttactcatacagctgagt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715907 cctaaaaccactttgttgtcggggtgtataatctttccatgtcttccatcacctttagttctggacttagtcggctgatatcttactcatacagctgagt 13716006  T
Q  800 tgagggcaaacttgtacttgtacgactgagtgcttggctagcatttactcatgttgtccacattcctatttttgagcaagtggatgttcaacca 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13716007 tgagggcaaacttgtacttgtacgactgagtgcttggctagcatttactcatgttgtccacattcctatttttgagcaagtggatgttcgacca 13716100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 4848802 - 4848480
Alignment:
Q  2 aaaaaagttcttatgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaacca 101  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4848802 aaaaaagttcttgtgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactgcttatttgaaacca 4848703  T
Q  102 tcaccatttcaatggaactactgtaggggagttgttgaatagtattgatatnnnnnnnnnnnnngtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagataga 201  Q
    ||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||| |||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4848702 tcaccatttcaatg---caactgcaggggagttgttgaataatattgatataaaaataaaaaaagtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagataga 4848606  T
Q  202 gttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnnnnnnttggtccatcat-ggccaattct 300  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||||   ||||||||    
T  4848605 gttggtgatggcttagatagagtctgggtagagtatgataagatttgatggattgcctaatctaaacattaaaaaaattgatccatcatacaccaattct 4848506  T
Q  301 tcaactcgtccaagctaaatgccacc 326  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||    
T  4848505 tcaactagtccaaactaaatgccacc 4848480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 415 - 571
Target Start/End: Original strand, 11511160 - 11511316
Alignment:
Q  415 ttgcctttgacaaaccacgttctatagaaaactacggtaatgtatcacgtttacacaaaagctccaaatggtagcttaataaagtcacggcagatttgct 514  Q
    |||| |||| |||||||| || ||| |||||| |||| ||| |||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  11511160 ttgcgtttgtcaaaccacattttatggaaaaccacggcaatttatcacgttggcgcaaaagctccaaatgctagcttaataaaatcacggcagttttgct 11511259  T
Q  515 ttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatcccaaaaacatgct 571  Q
    ||| ||| || ||||||| |||||||||| || |||||||||  ||||| |||||||    
T  11511260 ttgataatcatgccagccgtgcttttggtgttgtaaactctacaccaaacacatgct 11511316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 414 - 556
Target Start/End: Original strand, 7068492 - 7068635
Alignment:
Q  414 attgcctttgacaaaccacgttctatagaaaactacggtaatgtatcacgtttacacaaaagctccaaatggt-agcttaataaagtcacggcagatttg 512  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||  ||| ||||    
T  7068492 attgcgtttgtcaaaccacgttttatagaaaactacggtaattcatcacgttggcacaaaagctctaaatgttaagcttaataaagtcacaacagttttg 7068591  T
Q  513 ctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactcta 556  Q
    ||||| ||| |||  || || |||||||||| || |||||||||    
T  7068592 ctttgataatcacatcaaccgtgcttttggtgttgtaaactcta 7068635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 14659154 - 14659002
Alignment:
Q  175 gagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnn 274  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||       
T  14659154 gagagagagaacaatgaaagagatagagttgatgatggctaagatttagtgtggatagagtatgataagatttcatggatagtctaatctaaacattaaa 14659055  T
Q  275 nnnnttggtccatcatgg-ccaattcttcaactcgtccaagctaaatgccacc 326  Q
        ||| |||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| ||||    
T  14659054 aaaattgatccatcatggaccaattcttcaattgatccaagctaaatggcacc 14659002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Original strand, 45907975 - 45908296
Alignment:
Q  1 taaaaaagttcttatgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaacc 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45907975 taaaaaagttcttgtgaatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaacc 45908074  T
Q  101 atcaccatttcaatggaactactgtaggggagttgttgaatagtattgatatnnnnnnnnnnnnngtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatag 200  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  45908075 atcaccatttcaatgga---actgcaggggagttgttgaatagtattgatataaaaatgaaaaaagtaccaagagagagaaagagcaatgaag--gatag 45908169  T
Q  201 agttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnnnnnnttggtccatcatgg-ccaattc 299  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| | ||||     
T  45908170 agttggtgatggcttagatagggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattaaaaaaattggtccatcatggacaaattt 45908269  T
Q  300 ttcaactcgtccaagctaaatgccacc 326  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  45908270 ttcaactggtccaagctaaataccacc 45908296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 400 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 54103359 - 54103189
Alignment:
Q  400 atagcatgtttgtcattgcctttgacaaaccacgttctatagaaaactacggtaatgtatcacgtttacacaaaagctccaaatggtagcttaataaagt 499  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54103359 atagcatgtttgccattgcgtttgtcaaaccacgttttatagaaaacaacggcaatgtatcacgttggcgcaaaagctccaaatggtagcttaataaagt 54103260  T
Q  500 cacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatcccaaaaacatgc 570  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||    
T  54103259 cacggcagttttgctttgataaccacgtcagccgtgcttttggtgttgtaaactctataccaaacacatgc 54103189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 468 - 541
Target Start/End: Original strand, 40283671 - 40283744
Alignment:
Q  468 cacaaaagctccaaatggtagcttaataaagtcacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttg 541  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  || ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||    
T  40283671 cacaaaagctccaaaggctagcttcataaagtcacgatagttttgctttgataatcacgcaagccgtgcttttg 40283744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 22917351 - 22917219
Alignment:
Q  17 tatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaaccatcaccatttcaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22917351 tatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaaaccatcaccctttcaatgg 22917252  T
Q  117 aactactgtaggggagttgttgaatagtattgatat 152  Q
    ||||||   | |||||||||||||||||||||||||    
T  22917251 aactac---atgggagttgttgaatagtattgatat 22917219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 166 - 319
Target Start/End: Original strand, 4784994 - 4785148
Alignment:
Q  166 gtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatcta 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784994 gtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagatagagtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatcta 4785093  T
Q  266 aacattnnnnnnnttggtccatcatgg-ccaattcttcaactcgtccaagctaaa 319  Q
     |||||       |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  4785094 cacattaaaaaaattggtccatcatggaccaattcttcaactggtccaagctaaa 4785148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 4784152 - 4784274
Alignment:
Q  1 taaaaaagttcttatgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgac---tacttatttgaa 97  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  4784152 taaaaaagttctcgtgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactagtacttgtttgaa 4784251  T
Q  98 accatcaccatttcaatggaact 120  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4784252 accatcaccatttcaatggaact 4784274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 166 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 22917186 - 22917026
Alignment:
Q  166 gtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatg-------ataagatttggtggattgtc 258  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  22917186 gtaccaagagagagaaagagcaaggaaggagatagagttggtgatggcttagatagggtgtgggtagagtatgataactgataagatttggtggattgtc 22917087  T
Q  259 taatctaaacattnnnnnnnttggtccatcatggccaattcttcaactcgtccaagctaaatgccaccc 327  Q
    |||||||||||||       ||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22917086 taatctaaacattaaaaaaattggtc--------ccaattcttcaactggtccaagctaaatgccaccc 22917026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 52
Target Start/End: Original strand, 5320150 - 5320185
Alignment:
Q  17 tatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataa 52  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5320150 tatgtgcttgagatcagtttcaatcaatgaccataa 5320185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 6e-55; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 166 - 323
Target Start/End: Original strand, 39773695 - 39773853
Alignment:
Q  166 gtaccaagagagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatcta 265  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39773695 gtaccaagagagaaaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagatagggtgtgggtagagtatgatatgatttggtggattgtctaatcta 39773794  T
Q  266 aacattnnnnnnnttggtccatcatgg-ccaattcttcaactcgtccaagctaaatgcc 323  Q
    ||||||       |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39773795 aacattaaaaaaattggcccatcatggaccaattcttcaactggtccaagctaaatgcc 39773853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 97
Target Start/End: Original strand, 39773556 - 39773650
Alignment:
Q  3 aaaaagttcttatgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaa 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39773556 aaaaagttcttgtgtatgtgcttaagatcagtttcaatcaatgaccataataattatgtgatttagctatatattggtatgactacttatttgaa 39773650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 401 - 572
Target Start/End: Original strand, 26353346 - 26353504
Alignment:
Q  401 tagcatgtttgtcattgcctttgacaaaccacgttctatagaaaactacggtaatgtatcacgtttacacaaaagctccaaatggtagcttaataaagtc 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||              |||||||||||||||    
T  26353346 tagcatgtttgtcattgcgtttgacaaaccacgttctatagaaaaccacggtaatatatcaggtttagacat-------------tagcttaataaagtc 26353432  T
Q  501 acggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatcccaaaaacatgctt 572  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26353433 acgacagatttgctttggtaaccacgccagccgtgcttttggtattctaaactctatgccaaacacatgctt 26353504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 468 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 19138444 - 19138395
Alignment:
Q  468 cacaaaagctccaaatggtagcttaataaagtcacggcagatttgctttg 517  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  19138444 cacaaaagcttcaaatgctagcttaataaaatcacggcagttttgctttg 19138395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 1e-22; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 6127220 - 6127068
Alignment:
Q  175 gagagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnn 274  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||   |||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||       
T  6127220 gagagagagaacaatgaaagagatagagttgatgatggctaagatttagtgtggatagaatatgataagatttgatggatagtctaatctaaacattaaa 6127121  T
Q  275 nnnnttggtccatcatgg-ccaattcttcaactcgtccaagctaaatgccacc 326  Q
        |||||||||||||| |||||||||||| |  || |||||||||| ||||    
T  6127120 aaaattggtccatcatggaccaattcttcaattgatctaagctaaatgacacc 6127068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 44398368 - 44398274
Alignment:
Q  177 gagaaagagcaatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacatt 271  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  44398368 gagagagaacaatgaaagagatagagttggtaatggctaagatttagtgtggatagagtatgataagatttgatggatagtctaatctaaacatt 44398274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 43810969 - 43810833
Alignment:
Q  186 caatgaaggagatagagttggtgatggcttagataaggtgtgggtagagtatgataagatttggtggattgtctaatctaaacattnnnnnnnttggtcc 285  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   |||||| ||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||       |||||||    
T  43810969 caatgaaagagatagagttggtgatggctaagatttagtgtggatagagttcgataagatttgatggatagtctaatctaaatattaaaaaaattggtcc 43810870  T
Q  286 atcat-ggccaattcttcaactcgtccaagctaaatg 321  Q
    |||||   |||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  43810869 atcataaaccaattattcaattggtccaagctaaatg 43810833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 469 - 563
Target Start/End: Original strand, 36686618 - 36686712
Alignment:
Q  469 acaaaagctccaaatggtagcttaataaagtcacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttggtattctaaactctatcccaaa 563  Q
    |||||||||| ||| | |||||| |||||||||  | || ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  36686618 acaaaagctctaaaggttagcttcataaagtcattgtagttttgctttgataatcacgccaaccatgcttttgggattgtaaactctataccaaa 36686712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 468 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 23015238 - 23015165
Alignment:
Q  468 cacaaaagctccaaatggtagcttaataaagtcacggcagatttgctttggtaaccacgccagccatgcttttg 541  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||  | || ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||    
T  23015238 cacaaaagctccaaaggctagcttcataaagtcattgtagttttgctttgataatcacgccagccgtacttttg 23015165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University