View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14083_low_1 (Length: 826)

Name: NF14083_low_1
Description: NF14083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14083_low_1
NF14083_low_1
[»] chr6 (63 HSPs)
chr6 (20-813)||(26950313-26951106)
chr6 (20-813)||(26636216-26637009)
chr6 (20-813)||(26742182-26742975)
chr6 (20-813)||(26959696-26960488)
chr6 (20-813)||(25074440-25075230)
chr6 (204-813)||(26975521-26976130)
chr6 (22-813)||(26849282-26850073)
chr6 (20-793)||(27664033-27664797)
chr6 (30-638)||(26812273-26812881)
chr6 (277-665)||(31288986-31289375)
chr6 (20-623)||(28140295-28140898)
chr6 (429-638)||(26724313-26724522)
chr6 (20-151)||(26978612-26978743)
chr6 (22-172)||(27591842-27591992)
chr6 (22-172)||(27676441-27676591)
chr6 (45-355)||(26938057-26938367)
chr6 (702-812)||(31288876-31288986)
chr6 (427-638)||(29843213-29843424)
chr6 (275-638)||(29826731-29827094)
chr6 (506-622)||(28097748-28097864)
chr6 (20-215)||(26624439-26624634)
chr6 (20-215)||(26730416-26730611)
chr6 (516-638)||(26618385-26618506)
chr6 (429-531)||(26618509-26618611)
chr6 (20-151)||(28240589-28240720)
chr6 (48-151)||(28326710-28326813)
chr6 (48-151)||(28504346-28504449)
chr6 (21-172)||(27680161-27680312)
chr6 (88-151)||(28186626-28186689)
chr6 (86-237)||(31285705-31285856)
chr6 (89-151)||(28296628-28296690)
chr6 (89-151)||(28515383-28515445)
chr6 (425-634)||(28296964-28297173)
chr6 (425-634)||(28514900-28515109)
chr6 (84-171)||(26647691-26647778)
chr6 (84-171)||(26753659-26753746)
chr6 (318-468)||(27576082-27576232)
chr6 (93-237)||(26824965-26825109)
chr6 (431-562)||(26892820-26892951)
chr6 (84-171)||(27603587-27603674)
chr6 (487-634)||(28243544-28243691)
chr6 (84-171)||(28793571-28793658)
chr6 (86-172)||(26885278-26885364)
chr6 (22-172)||(27705075-27705225)
chr6 (22-151)||(27697407-27697536)
chr6 (18-191)||(29827178-29827351)
chr6 (20-172)||(27609939-27610091)
chr6 (84-191)||(28097326-28097433)
chr6 (96-151)||(28244027-28244082)
chr6 (84-151)||(28787470-28787537)
chr6 (95-145)||(2186064-2186114)
chr6 (94-140)||(28182361-28182407)
chr6 (510-628)||(28227707-28227825)
chr6 (18-191)||(29842809-29842982)
chr6 (297-562)||(31285380-31285645)
chr6 (84-237)||(26803592-26803745)
chr6 (20-172)||(27717318-27717470)
chr6 (297-332)||(26824870-26824905)
chr6 (22-151)||(25492140-25492269)
chr6 (533-639)||(26143612-26143718)
chr6 (532-634)||(27604035-27604137)
chr6 (533-634)||(27610452-27610553)
chr6 (533-634)||(27717831-27717932)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-813)||(17992032-17992827)
chr2 (20-628)||(3280414-3281022)
chr2 (53-174)||(17713506-17713627)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-622)||(26136649-26137249)
chr1 (84-215)||(28126558-28126689)
chr1 (84-151)||(267223-267290)
chr1 (276-337)||(28163451-28163512)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (20-215)||(18678375-18678570)
chr4 (20-215)||(18654292-18654487)
chr4 (20-215)||(18722900-18723095)
chr4 (20-215)||(18698215-18698410)
chr4 (20-215)||(18730319-18730514)
chr4 (20-215)||(18688441-18688636)
chr4 (22-634)||(5089771-5090386)
chr4 (532-625)||(18698727-18698820)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (84-643)||(16691607-16692166)
[»] scaffold0038 (4 HSPs)
scaffold0038 (20-151)||(40751-40882)
scaffold0038 (487-634)||(43706-43853)
scaffold0038 (96-151)||(44189-44244)
scaffold0038 (510-628)||(28205-28323)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (84-151)||(29272721-29272788)
chr8 (276-334)||(29272913-29272971)
chr8 (533-643)||(31905791-31905901)
chr8 (291-344)||(35984338-35984391)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (84-151)||(1-68)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (84-151)||(8719-8786)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (84-151)||(3595-3662)
scaffold0277 (84-151)||(12558-12625)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (88-151)||(57181-57244)
[»] scaffold0349 (2 HSPs)
scaffold0349 (20-172)||(2358-2510)
scaffold0349 (532-634)||(2870-2972)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 63)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26951106 - 26950313
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| |||    
T  26951106 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacattctgctatagtctttccaaacaagttagaacccact 26951007  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26951006 acttctaaagctaatggaaggccagcagcatatttaactgcacggtttaaaatactatcataccttgaatcatttttgttacttttaaaagccatcattc 26950907  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26950906 ttaacaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatatttttttaatcccatgacatgataacaaatgtttgtcacgagtggtaatgat 26950807  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  26950806 gactctgctgccacgaccaagccaaccaggctctccaatcaaaacctgcaattgctttattttgtcaacatcatcgagaatcaacaaaactttcttctga 26950707  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
     | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950706 tatagccttcgttttatgattggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 26950607  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950606 agccatgttttactgaattttctctcacattgtgaagaaaacatttgcattcaaattgattagcaatcaagttataaactgcttgagcaagtgttgtctt 26950507  T
Q  620 acccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 719  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | || ||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950506 tcccattcccccagttccaaggattcctatcatgcagactccatcgtttgatcccaactctgaaagtgaattcacttctgatattcgagatttgagtcca 26950407  T
Q  720 actaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950406 acaaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 26950313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26637009 - 26636216
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  26637009 tttaagaatcttttggatatcttcatgtggaattctgtcatacttatctaataaagactcacattctgctatactctttccaaacaagttggaacccact 26636910  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||    
T  26636909 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatatttaactgcacggtttaaaatgtaatcatagcttgaatcatttttcttacttttaaaagcctttgttc 26636810  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  26636809 ttaacaattcaagagcttgttccttatttaaaccatatgcttcgtaaaaaaatttaatcccatgagatgataacaattgtttgtctcgagtggtgatgat 26636710  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |    
T  26636709 tactctgctgccacgaccaagccaaccagcctgtccgatcaaaacctgcaattgctttattttgtcaacgtcatcgagaatcaacaaatctttcttctaa 26636610  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
     | | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26636609 tatagccttcgttttatgactggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttggagaggatctgctcttggagatactcta 26636510  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  26636509 agccatgtttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacaaacattcaaattgattagaaatcaaattataaattgcttgagcaagttttgtctt 26636410  T
Q  620 acccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 719  Q
     ||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26636409 gcccattccttcggttccaaggattcctattatgcagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 26636310  T
Q  720 actaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26636309 acaaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcacgttcatattcatttc 26636216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26742975 - 26742182
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  26742975 tttaagaatcttttggatatcttcatgtggaattctgtcatacttatctaataaagactcacattctgctatactctttccaaacaagttggaacccact 26742876  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||    
T  26742875 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatatttaactgcacggtttaaaatgtaatcatagcttgaatcatttttcttacttttaaaagcctttgttc 26742776  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  26742775 ttaacaattcaagagcttgttccttatttaaaccatatgcttcgtaaaaaaatttaatcccatgagatgataacaattgtttgtctcgagtggtgatgat 26742676  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |    
T  26742675 tactctgctgccacgaccaagccaaccagcctgtccgatcaaaacctgcaattgctttattttgtcaacgtcatcgagaatcaacaaatctttcttctaa 26742576  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
     | | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26742575 tatagccttcgttttatgactggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttggagaggatctgctcttggagatactcta 26742476  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  26742475 agccatgtttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacaaacattcaaattgattagaaatcaaattataaattgcttgagcaagttttgtctt 26742376  T
Q  620 acccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 719  Q
     ||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26742375 gcccattccttcggttccaaggattcctattatgcagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 26742276  T
Q  720 actaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26742275 acaaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcacgttcatattcatttc 26742182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26960488 - 26959696
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||    
T  26960488 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctgtcatacttatctaataaagactcacattctgctatactcttgccaaacaagttggaacccact 26960389  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||    
T  26960388 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatatttaactgcacggtttaaaatgtaatcatagcttgaatcatttttcttacttttaaaagcctttgttc 26960289  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnn-aatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatga 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||        |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  26960288 ttaacaattcaagagcttgttccttatttaaaccatatgcttcgtatattttttttaatcccatgagatgataacaattgtttgtctctagtggtaatga 26960189  T
Q  319 tgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctg 418  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  26960188 ttactctgctgtcacgaccaagccaactagcctctccgatcaaaacctgcacttgctttattttgtcaacgtcatcgacaatcaacaaaactttcttctg 26960089  T
Q  419 acacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactct 518  Q
    | | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  26960088 atatagccttcgttttatgattggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttggagaggatc--ctcttggagatactct 26959991  T
Q  519 aagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtct 618  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26959990 aagccatgtttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttaaattcaaattgatgaacaatcgaattataaactgcttgagaaagtgttgtct 26959891  T
Q  619 tacccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcc 718  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | || ||||| |||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26959890 ttcccattcctccagttccaaggattcctatcatgcagactccatcgtttgatcccaactctgaaagtgaattcacttttgatattcgagatttgagacc 26959791  T
Q  719 aactaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  26959790 aacaaggtaatcagcaacatgtaaaggaacatggttaatcttgttggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcacgttcatactcatttc 26959696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 25075230 - 25074440
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||  | ||||| ||||| ||||||||||||| ||     
T  25075230 tttaagtattttttggatatcttcaggtggaattctttcatacttatctaatgtagactcgcattctgttgtactcattccaaacaagttggaacccaca 25075131  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||    
T  25075130 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatatttaattgcacggtttaaaatgtaatcatagcttgaatcattttttttacttttaaaagcctttgttc 25075031  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25075030 ttaacaattcaagagcttgttccttatttaaaccatatgcttcgtatatttttgtaatcccatgagatgataacaaatgtttgtctcgagtggtaatgat 25074931  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  25074930 gactctgctgccacgaccgagccagctaggctctccgaccaaaacctgcaattgctttagtttgtcaatgtcatcgagaatcaacaaaactttcttttga 25074831  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
    || | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25074830 catagccttcgctttatgattggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttaaagagaagctgctcttgaagatactcta 25074731  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25074730 agccatgttgaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcaaattataaattgcttgagcaagagttgtctt 25074631  T
Q  620 acccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 719  Q
     |||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||   || | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   || |||    
T  25074630 gcccattccaccagttccaacgattcctattatgcatactccat---tatatcccaagtctagaagtgaattcacttctgaaattcgagatcgaagacca 25074534  T
Q  720 actaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    || |||||||||| |||||||| |||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25074533 acaaggtaatcagtaacatgtaaaggaatttggttaatcttgttggagacgtctctaactattttttcaataaaatcacgttcatattcatttc 25074440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 204 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26976130 - 26975521
Alignment:
Q  204 ttaaaagccatctttcttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgt 303  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||       ||||| ||||| ||||| ||| |||||||    
T  26976130 ttaaaagccacctttcttaacaattcaagagcttcttctttatttaaaccacctgcttcgtatatcttttcaatccgatgacctgatagcaattgtttgt 26976031  T
Q  304 ctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaa 403  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26976030 ctcgagtggtaatgatgactctgctgccatgaccaagccaaccaggctctccgatcaaaacctgcaattgctttattttgtcaatgtcatcgagaatcaa 26975931  T
Q  404 caaaacttttttctgacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgc 503  Q
    ||||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  26975930 caaaactttcttctgatatagccttcgttttatgattggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatccgattgatttggagaggagttgc 26975831  T
Q  504 tcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgctt 603  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26975830 tcttggagatactctaagccatgtttaactgaattttctctcacatcgtgaaggaaacagttacattcaaattgattagcaatcaaattataaactgctt 26975731  T
Q  604 gagcaagtgttgtcttacccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatat 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  26975730 gagcaagtgttgtcttacccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagtagtgagttcacttttaatat 26975631  T
Q  704 tcgagatttgagtccaactaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttca 803  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26975630 tcgagatttgagtccaacaaggtaatcagcaacatgtaaaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcacgttca 26975531  T
Q  804 tattcatttc 813  Q
    ||||||||||    
T  26975530 tattcatttc 26975521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 26850073 - 26849282
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  26850073 taagtatcttttgaatatctgcatgtggaattctttcatacttatctaatgtagactcgcattcttctatactctttccaaacaagttggaacccactac 26849974  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttctt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| | || |||||    
T  26849973 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatatttaactgcacgatttaaaatgtaatcatagcttgcatcagttttgttacatttaaaagtcttcgttctt 26849874  T
Q  222 atcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatga 321  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||       ||| |||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  26849873 accaattcaagagcttgttccttgtttaaaccatatgcttcgtatatttttttaattccatgagatgataacaaacatttgtctcgagtggtaatgatga 26849774  T
Q  322 ctctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgaca 421  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  26849773 ctctgctaccatgaccaagccaaccaggctctccgaccaaattctccaactgatttagtttgtcaacatcattgagaatcaacaaaactttcttctgaga 26849674  T
Q  422 catcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaag 521  Q
     | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26849673 tagccttcgttttatgactggaattccttcattaacatgtccaaacttagtttcaaatctgattgatttggagaggagctgctcttggagaaactctaag 26849574  T
Q  522 ccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttac 621  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  26849573 ccatgtttaagtgaattttctctcacatcgtgaaggaaacacttacattcaaattgatcagcaatcgaattataaactgcttgagcaagtgttgtttttc 26849474  T
Q  622 ccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtccaac 721  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26849473 ccattcctccagttccaaggattcctattttccagactccatcattagattccaattctagaagtgaattcacttctgatattcgagatttaagtccaac 26849374  T
Q  722 taggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
     ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||    
T  26849373 aaggtaatcagcaacatgcaaaggaacatggttgatcttgttggagacatccttaactattttcccaataaaatggtgttcatattcatttc 26849282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 793
Target Start/End: Original strand, 27664033 - 27664797
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  27664033 tttaagtatcttttggatatcttcaggtggaattctttcatacttatctaaggttgactcacaatctgctatactctttccaaacaagttggaacccact 27664132  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||         ||||| ||||||||    
T  27664133 acttttaaagctaatggaaggccagaagcatattcaactgcacggtttaaaatataatcatagctggaatcattttt---------aaaagtcatctttc 27664223  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||| ||||        |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27664224 ttaacaattcaagagattcttccttatttaaactgtctgcttcgtatatttttgttatcccatggcatgataacaaatatctgtctcgagtggtaatgat 27664323  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
    ||||||||| ||  |||| | ||||| ||||||||||| |||    | ||| || |||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||    
T  27664324 gactctgcttccttgaccgaaccaaccaggctctccgaccaatttctccaactgatttggtttgtcaacgtcatcaagaatcaacaaaactttcttccga 27664423  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
    || | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| | | || |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27664424 catagcctttgttttatgatttcaattccttcattatcatgttctagcggggtgtcatatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatacttta 27664523  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    ||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27664524 agctatgtttaaatgaattttctctaacattgtaaaggaaacacctacattcaaattgattaacaattgaattataaactgcttcagcaagtgttgtctt 27664623  T
Q  620 acccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtcca 719  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27664624 acccagacctccagttccaaggattcctattatgtagactccatcggtacatcccaagtctagaagtgaattcacttctgatattcgagattcgagtcca 27664723  T
Q  720 actaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaa 793  Q
    || ||||| ||||||||||||| | ||    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27664724 acaaggtactcagcaacatgtaaatgacaacggttgatcttgttggagacgtctgtaactatttcttcaataaa 27664797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 30 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 26812881 - 26812273
Alignment:
Q  30 ttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaag 129  Q
    ||||||||||||| | ||||  | ||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  26812881 ttttggatatcttcaggtggcgtcctttcatacttatctaatgtagattcccactcttcaatactctttccaaacaagttggaacccactacttctatag 26812782  T
Q  130 ctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattc 229  Q
    |||||||||||||||||| |||  |  |||| || |||||||| | |||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| | | ||||||    
T  26812781 ctaatggaaggccagaagtatattttactgcgcgatttaaaatgtaatcataacttgaatcaattatgttacttttaaatgccatctttataaacaattc 26812682  T
Q  230 aagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctg 329  Q
    |||||||| ||  | |||||| ||||||   ||||| |        |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||     
T  26812681 aagagcttctttgtcatttaatccatctaagtcataaattctagttatcccatgacatgatagcaaatgtctgtctcgagtggtaatgatgactctactt 26812582  T
Q  330 ccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgacacatccttt 429  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||  || ||| |    
T  26812581 ccaggaccgagccaaccaggctctccaaccaaaaccttcaattgctttggtttgtcaacatcatcgagaatcaacaaaactttcttttgatgcagcctat 26812482  T
Q  430 gttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatattt 529  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||| || | |  || |  ||||| || |||||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||||||    
T  26812481 cttttatgattggaattccttcactaacatgtccaaaattaaattcctctccgagtgttttggagaggagttgcttctggagatgttctaagccatattt 26812382  T
Q  530 aactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccc 629  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||  |||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||| || ||||||| |||     
T  26812381 aattgaattttctcgcacactgtgaaggaaacacaaaccatcaaattgatcagcaatcaaattataaagtgcacgagtaagtgtcgttttacccaatcct 26812282  T
Q  630 ccagttcca 638  Q
    ||| |||||    
T  26812281 ccacttcca 26812273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 277 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 31289375 - 31288986
Alignment:
Q  277 tcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctt 376  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||| ||||  || ||||| ||     
T  31289375 tcccatgacctgatagcaattgtttgtctcaagtggtaatgatgactctgcttccaggaccaagccgaccaggctctccgaccaaattgttcaatttctc 31289276  T
Q  377 tattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgacacatcctttg-ttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagtttt 475  Q
    |  |||||| | ||||| |||||||||||| ||||| |||||| | | || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  31289275 tcgtttgtctatgtcatcgagaatcaacaacactttcttctgagatagcccttcattttatgattgaaattccttcattaacatgtccaaactgtctttc 31289176  T
Q  476 caatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaat 575  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31289175 aaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatgtttaacagcattttctctcacaatgtgaaggaaacacttacattcaaat 31289076  T
Q  576 tgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatca 665  Q
    |||| |  ||||  |||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  31289075 tgatcaataatcgaattataaattgcttgagaaagtgttgttttaccccttcctccagttccaagtattcctattatgcagactccatca 31288986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 28140898 - 28140295
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||  |||  |||| ||| ||||| |||||||||  |||||||  ||| |  ||||| ||| ||  ||||||| ||||| | |||||||||    
T  28140898 tttaagtatcttcaggacctctttatgaggaatcctttcataccgatctaatgtagatttccactcatctttatgctttccaaacaagctagaaccaact 28140799  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||  || |||||||||||||||| || ||||| |||||||||  ||| ||| ||||||| ||| ||  |     
T  28140798 acttctaaagccaatggaaggccagaggcataagtaactgcacggtttaaaatgtgctcataacttgaatcaactttattatttttaaatgccttccatt 28140699  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    | | ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||         |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||     
T  28140698 tcagcaactctagagcttcttccttatttaacccatctagttcataagttctctcaatcccatgacatgctagcaaatgtttgtctcgagttgtaacgac 28140599  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
     || |  || ||| ||||||||||| |||| |||||   |||||| | ||| || |||| ||  |||||||||| ||||||||| | ||| || ||  |     
T  28140598 aacccgactaccatgaccaagccaattagggtctccagccaaaaccttcaactgttttagttcatcaacgtcatcgagaatcaaaagaaccttctttagt 28140499  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
    |  | |||||  ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||| |    |||| || | || ||| || ||||| |  ||||||||||  ||||    
T  28140498 cgtagcctttcctttattattggtattccttcacttacatgtccaaacttaacgctcaaaccaactgttttagaaaggagtttttcttggagatcttcta 28140399  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||| | |||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  28140398 agccatgtttagctgaaatttctctcacattatgaagaaaacacaaacattcaaattgatcggcaataaaattataaattgcttgtgcaagtgttgtttt 28140299  T
Q  620 accc 623  Q
    ||||    
T  28140298 accc 28140295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 429 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 26724522 - 26724313
Alignment:
Q  429 tgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatt 528  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| |||| |  || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26724522 tgttttatgattgaaatcccttcactaacatctccgaacttaaattccaatccgattaatttggagaggagcttctcttggagatattctaagccatatt 26724423  T
Q  529 taactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcc 628  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||| || ||||||| |||    
T  26724422 taattgaattttctctcacattgtgaaggaaacacaacccttcaaattgatcagcaatcaaatcataaactgctcgagtaagtgtcgttttacccaatcc 26724323  T
Q  629 cccagttcca 638  Q
     ||| |||||    
T  26724322 tccacttcca 26724313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 26978743 - 26978612
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| |||    
T  26978743 tttaagtatcttttggatatgttcaggtggaattcttccatacttatctaatatagactcacactctgctatactctttccaaacaagcttgaacccact 26978644  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26978643 acttctaaagctaatggaagaccagaagcata 26978612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 172
Target Start/End: Original strand, 27591842 - 27591992
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  27591842 taagtatcttttggatatctttatgtggaattcttccatacttatctaatgtagactcacattctgcaatactctttccaaacaagttagaacccactac 27591941  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||    
T  27591942 ttctatcgctaatggaaggccagaagcatatacaactgcacgctttaaaat 27591992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 172
Target Start/End: Original strand, 27676441 - 27676591
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  27676441 taagtatcttttggatatctttatgtggaattcttccatacttatctaatgtagactcacattctgcaatactctttccaaacaagttagaacccactac 27676540  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||    
T  27676541 ttctatcgctaatggaaggccagaagcatatacaactgcacgctttaaaat 27676591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 26938367 - 26938057
Alignment:
Q  45 tgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccag 144  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||  ||| || || ||| |||||| ||||||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  26938367 tgtggaatcctttcatacttagctaatgtagattcccattctgctatacactttccaaacaaatgggaacctacaacttctaaagctaatggaaggccag 26938268  T
Q  145 aagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattcaagagcttgttcctt 244  Q
    |||| ||  ||  |||||||||||  |||| ||  || ||||  ||| ||||||| ||||| |||||||||   || |  | ||||||||||| |||||     
T  26938267 aagcgtatttaattgcacggtttattatatcatactaacttggttcaattttgttgcttttgaaagccatccacctaaatagttcaagagcttcttcctc 26938168  T
Q  245 atttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaa 344  Q
     ||||| |||||| || ||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  26938167 ctttaagccatctactacatatattctttcaatcccatgacatgatagcaaatgtttgtctcgagtggtaacaatgactttgcttccatgaccaagccaa 26938068  T
Q  345 ctaggctctcc 355  Q
     |||| |||||    
T  26938067 ttaggttctcc 26938057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 702 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 31288986 - 31288876
Alignment:
Q  702 attcgagatttgagtccaactaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgtt 801  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31288986 attcgagatttgagaccaacaaggtaatcagcaacatgtaaaggaacatggttaatcttgttggagacatctgtaactattttttcaataaaatctcgtt 31288887  T
Q  802 catattcattt 812  Q
    |||||||||||    
T  31288886 catattcattt 31288876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 427 - 638
Target Start/End: Original strand, 29843213 - 29843424
Alignment:
Q  427 tttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccata 526  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || | | | |||  | | || |||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||     
T  29843213 tttgctttattattggaattccttcattaacatctcctagcttaatgtccaaatcaactgttttggaaagaagcttctcttggagatgctctaagccatg 29843312  T
Q  527 tttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccatt 626  Q
    |||| ||||| |||||||| | | |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  29843313 tttagctgaactttctctcccgtcgtgaagaaaacacaaacattcaaatttatcagcaatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttacccaat 29843412  T
Q  627 cccccagttcca 638  Q
    || ||| |||||    
T  29843413 ccaccaattcca 29843424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 275 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 29827094 - 29826731
Alignment:
Q  275 aatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgc 374  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||| ||||  | |  ||||   || ||| |||||||||    
T  29827094 aatcccatgacttgttagcaaatgttggtctcgagtggtaatgatcactatgctgccaggaccaaaccaatcaagtcctcccgccataacttgcaattgc 29826995  T
Q  375 tttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttt 474  Q
     | || ||||||||||| |  |||||||| |  ||||| ||  | |  | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||| |    
T  29826994 ctcatgttgtcaacgtcgtcaagaatcaaaagtactttctttcgtcctagcctttgctttattattggaattccttcgttaacatctcctagcttagtgt 29826895  T
Q  475 tcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaa 574  Q
     |||| | | || |||||| || |||| || ||||||||  |||||||||| |||| ||||| |||||||||  |  ||||| ||||||   ||||||||    
T  29826894 ccaattcaactgttttggaaagaagcttctgttggagatgttctaagccatgtttagctgaactttctctcaagtcatgaagaaaacacaagcattcaaa 29826795  T
Q  575 ttgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcccccagttcca 638  Q
    || || | |||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||    
T  29826794 tttatcaccaatcatattataaattgctcgagcaagtgttgttttacccaatccgccaattcca 29826731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 506 - 622
Target Start/End: Original strand, 28097748 - 28097864
Alignment:
Q  506 ttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttga 605  Q
    |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||      
T  28097748 ttggagatgctctaagccatgttttgctgaattttctctcacattgtgaaggaaacagacacattcaaattgaccagcaatgaaattataaaccgctttt 28097847  T
Q  606 gcaagtgttgtcttacc 622  Q
    |||||||||||||||||    
T  28097848 gcaagtgttgtcttacc 28097864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26624634 - 26624439
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  | |||  || |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||     
T  26624634 tttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtatacttccattcttctatgctctttccaaacaagttggaacccaca 26624535  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |  ||||| | ||||  |  ||||| ||||||||||||||||    
T  26624534 atttctaaaactaacggaaggccagaagcatatgcaactgcacggtttaaaatgtcttcataacctgaaggaactttgtcacttttaaaagccatc 26624439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26730611 - 26730416
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  | |||  || |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||     
T  26730611 tttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtatacttccattcttctatgctctttccaaacaagttggaacccaca 26730512  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |  ||||| | ||||  |  ||||| ||||||||||||||||    
T  26730511 atttctaaaactaacggaaggccagaagcatatgcaactgcacggtttaaaatgtcttcataacctgaaggaactttgtcacttttaaaagccatc 26730416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 516 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 26618506 - 26618385
Alignment:
Q  516 tctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttg 615  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||| |    
T  26618506 tctaagccatatttaattgaattt-ctctcacattgtgaaggaaacacaacccttcaaattgatcagcaatcaaatcataaactgctcgagtaagtgtcg 26618408  T
Q  616 tcttacccattcccccagttcca 638  Q
    | ||||||| ||| ||| |||||    
T  26618407 ttttacccaatcctccacttcca 26618385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 429 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 26618611 - 26618509
Alignment:
Q  429 tgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatt 528  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| |||| |  || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26618611 tgttttatgattgaaatcccttcactaacatctccgaacttaaattccaatccgattaatttggagaggagcttctcttggagatattctaagccatatt 26618512  T
Q  529 taa 531  Q
    |||    
T  26618511 taa 26618509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28240720 - 28240589
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctt-tccatacaagttggaaccaac 118  Q
    |||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||  ||||||   || || || ||| ||||| |||  |||| ||||||||||||||||    
T  28240720 tttaagtatcttttggatctctttatttggaatcctttcatactggtctaatgtggattcccattctcctata-tctaatccaaacaagttggaaccaac 28240622  T
Q  119 tacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28240621 tacttctaaagctaatggtaggccagaagcata 28240589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28326813 - 28326710
Alignment:
Q  48 ggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaag 147  Q
    ||||| |||||||||| || ||||  ||| | ||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28326813 ggaatcctttcatactgatataatgcagatttacattctactatattctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaag 28326714  T
Q  148 cata 151  Q
    ||||    
T  28326713 cata 28326710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28504449 - 28504346
Alignment:
Q  48 ggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaag 147  Q
    ||||| |||||||||| || ||||  ||| | ||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28504449 ggaatcctttcatactgatataatgcagatttacattctactatattctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaag 28504350  T
Q  148 cata 151  Q
    ||||    
T  28504349 cata 28504346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 27680312 - 27680161
Alignment:
Q  21 ttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaacta 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  |  ||  || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  27680312 ttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtatgcttccaatcttctatgctctttccaaacaagttagaacccacta 27680213  T
Q  121 cttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||||||   | ||||||||||||||||    
T  27680212 cttctaaaactaacggaaggccaaaagcatatgcaactgcacggtttaaaat 27680161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28186689 - 28186626
Alignment:
Q  88 ctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28186689 ctatattctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaagcata 28186626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 86 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31285856 - 31285705
Alignment:
Q  86 ttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagctt 185  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||   | |||||||||||||||| |  || || | |    
T  31285856 ttctatgctctttccaaacaagtttgaacccactacttctataactaatggaaggccagaagaatatgcaactgcacggtttaaaatgtcttcgtaacct 31285757  T
Q  186 gaatcatttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattcaagagctt 237  Q
    |||  |  ||||| ||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  31285756 gaaggaactttgtcacttttaaaagccatccaccttaacaattcaagagctt 31285705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 151
Target Start/End: Original strand, 28296628 - 28296690
Alignment:
Q  89 tatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28296628 tatattctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaagcata 28296690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28515445 - 28515383
Alignment:
Q  89 tatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28515445 tatattctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaagcata 28515383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 425 - 634
Target Start/End: Original strand, 28296964 - 28297173
Alignment:
Q  425 cctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagcca 524  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || || |||| |||||||| |   | |||| | | | ||||||| |||||||  || || |||| |||||| |||    
T  28296964 cctttgctttatgattggaattccctcgttgacatctcctaacttaacgtccaattcaactaatttggaaaggagcttttcctgtagatgctctaaacca 28297063  T
Q  525 tatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttaccca 624  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||  ||  ||||||||||  || ||   |||||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  28297064 tatttagctgaattttcccttacattgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctctggcaagtgttgtctttccca 28297163  T
Q  625 ttcccccagt 634  Q
    | || |||||    
T  28297164 tccctccagt 28297173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 425 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 28515109 - 28514900
Alignment:
Q  425 cctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagcca 524  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || || |||| |||||||| |   | |||| | | | ||||||| |||||||  || || |||| |||||| |||    
T  28515109 cctttgctttatgattggaattccctcgttgacatctcctaacttaacgtccaattcaactaatttggaaaggagcttttcctgtagatgctctaaacca 28515010  T
Q  525 tatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttaccca 624  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||  ||  ||||||||||  || ||   |||||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  28515009 tatttagctgaattttcccttacattgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctctggcaagtgttgtctttccca 28514910  T
Q  625 ttcccccagt 634  Q
    | || |||||    
T  28514909 tccctccagt 28514900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 26647778 - 26647691
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaa 171  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||   | |||||||||||||||    
T  26647778 tcttctatgctctttccatataagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcctgaagcatatgaaactgcacggtttaaaa 26647691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 26753746 - 26753659
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaa 171  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||   | |||||||||||||||    
T  26753746 tcttctatgctctttccatataagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcctgaagcatatgaaactgcacggtttaaaa 26753659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 468
Target Start/End: Original strand, 27576082 - 27576232
Alignment:
Q  318 atgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttct 417  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||||| | ||||||| | ||||    |||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||      
T  27576082 atgactctactaccaggaccgagccaaccaagctctccaaccaaagttcgcaactgctttagtttgtcaacatcatcgagaatcaacaaaactttctttg 27576181  T
Q  418 gacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaact 468  Q
     |   | |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  27576182 tatgtagcctttgttttatgattggaattccttcagttatatgtcctaact 27576232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26825109 - 26824965
Alignment:
Q  93 ctctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcat 192  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||   | |||||||||||||||| || ||||| |||||         
T  26825109 ctctttccaaacaaattggaacccactatttctaatactaagggaaggcccgaagcatatgaaactgcacggtttaaaatgtgttcataacttgacggta 26825010  T
Q  193 ttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattcaagagctt 237  Q
     ||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  26825009 ctttgttatttttaaaagccatccaccttaacaattcaagagctt 26824965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 431 - 562
Target Start/End: Original strand, 26892820 - 26892951
Alignment:
Q  431 ttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatattta 530  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||  | | |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||| |  ||||| ||||  ||     
T  26892820 ttttatgattgaaattccttcatccacatctcctaacctaatattcaatccaattgtttttgagaggagcttctcttggaggttttctaaaccatgcttt 26892919  T
Q  531 actgaattttctctcacattgtgaaggaaaca 562  Q
     | |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  26892920 gcggaattttctctcacgttgtgaagaaaaca 26892951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 171
Target Start/End: Original strand, 27603587 - 27603674
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaa 171  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||   | |||||||||||||||    
T  27603587 tcttctatcctctttccaaacaagttggaacccactacttccaaaactaagggaagtcctgaagcatatgaaactgcacggtttaaaa 27603674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 487 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 28243691 - 28243544
Alignment:
Q  487 atttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaat 586  Q
    ||||||| |||||||  || || |||| |||||| |||||||||  ||||||||| || |||| |||||| |||||   ||| |||||||||| ||| ||    
T  28243691 atttggaaaggagcttttcctgtagatgctctaaaccatatttagttgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctat 28243592  T
Q  587 cagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcccccagt 634  Q
       |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  28243591 ggaattataaactgctcttgcaagtgttgtctttcccattccaccagt 28243544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 28793658 - 28793571
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaa 171  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||  | ||||||| |||||||    
T  28793658 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcatacgaaactgcacgatttaaaa 28793571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 26885364 - 26885278
Alignment:
Q  86 ttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| | |||| |||||||| ||||||||   | ||||||||||||||||    
T  26885364 ttctatgctctttccaaacaagttggaacccactatttctataactaaaggaaggcccgaagcatatgaaactgcacggtttaaaat 26885278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 172
Target Start/End: Original strand, 27705075 - 27705225
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  |  ||  || ||||||||  |||| ||| ||||||| ||||| | |||    
T  27705075 taagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtattcttccattcttctatgttcttgccaaacaagttagaacccattac 27705174  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  27705175 ttctaaaactaacggaaggccagaagcatatgcaactgcacggtttaaaat 27705225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 151
Target Start/End: Original strand, 27697407 - 27697536
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||| | |||  || ||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||     
T  27697407 taagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatatatacttccattcttctatgttctttccaaacaagttagaacccactat 27697506  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||| | |||| |||||||||||| ||||    
T  27697507 ttctataactaacggaaggccagaaacata 27697536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 29827351 - 29827178
Alignment:
Q  18 attttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaa 117  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||  ||||| ||||||||  ||||||||| ||| |  || ||||||||| |||||||| ||||   || ||| |    
T  29827351 attttaagtatattttggatctctttattaggaatcctttcatatctatctaatatagatttccattcttctatattctttccaaacaacgcgggaccta 29827252  T
Q  118 ctacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatca 191  Q
    ||| ||||||| | || |||||||||||||||||      |||||||| |||||| | |||||| |||||||||    
T  29827251 ctaattctaaaaccaacggaaggccagaagcataagctattgcacggtctaaaatgtcatcatatcttgaatca 29827178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 172
Target Start/End: Original strand, 27609939 - 27610091
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  | |||  || || |||||  |||||||| ||||||| ||||| |||    
T  27609939 tttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtatacttccattcctctatgttctttccaaacaagttagaacccact 27610038  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    | ||||| | |||| |||||||||||||||||   | | ||||||||||||||    
T  27610039 atttctataactaacggaaggccagaagcatatgcaacagcacggtttaaaat 27610091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 191
Target Start/End: Original strand, 28097326 - 28097433
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagc 183  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| | || ||| || || ||||||||||||| ||||||  |   ||||||||||||||||   ||||| |    
T  28097326 tcttctatatgctttccatacaagttggaacctaatatttccaaggccaatggaaggccagcagcataatttattgcacggtttaaaatacactcataac 28097425  T
Q  184 ttgaatca 191  Q
    ||||||||    
T  28097426 ttgaatca 28097433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 96 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28244082 - 28244027
Alignment:
Q  96 tttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28244082 tttccaaataagtttgaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaagcata 28244027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28787537 - 28787470
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  28787537 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 28787470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 2186114 - 2186064
Alignment:
Q  95 ctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccaga 145  Q
    ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2186114 ctttccagacaagtcagaacccactacttctaaagctaatggaaggccaga 2186064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 28182407 - 28182361
Alignment:
Q  94 tctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaagg 140  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28182407 tctttccaaacaagttggaacccactacttctaaagccaatggaagg 28182361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 510 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 28227825 - 28227707
Alignment:
Q  510 agatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaa 609  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||||||| || |||| |||||| ||||||  ||  ||||||||||  || || | ||||||||||||    ||||    
T  28227825 agatgctctaaaccatatttagctgaattttcccttacatcgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaa 28227726  T
Q  610 gtgttgtcttacccattcc 628  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  28227725 gtgttgtctttcccattcc 28227707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Original strand, 29842809 - 29842982
Alignment:
Q  18 attttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatac-aagttggaacca 116  Q
    ||||||||||| || ||||| |||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||  ||| |  || ||||||||| |||||||| || ||| ||| |||     
T  29842809 attttaagtatattgtggatctctttattaggaatcctttcatacctatctaatgtagatttccattcttctatattctttccaaacaaagctgg-acct 29842907  T
Q  117 actacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatca 191  Q
    |||| ||||||| | || |||||||||||||||||      |||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  29842908 actaattctaaaaccaacggaaggccagaagcataagctattgcacggtctaaaatgtcatcatagcttgaatca 29842982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 31285645 - 31285380
Alignment:
Q  297 tgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattga 396  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||||  | |  ||||   |||| | |||| ||| || || |||||||| |||| ||    
T  31285645 tgtttgtctcgagtggtaatgatgactctgcttccacggccgaaccaatcaagtcctccagccaaagcatgcagttgattcatattgtcaacatcatcga 31285546  T
Q  397 gaatcaaca-aaacttttttctgacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggaga 495  Q
    ||||||| | || ||| ||||| ||| | |||||  || |||||||||||||| ||| |||||||  |||||| | ||| |||||| |||| |||  | |    
T  31285545 gaatcaaaagaatcttctttct-acatagcctttccttaatgattggaattccctcactaacatggtctaacttaatttccaatccaattgttttcaaaa 31285447  T
Q  496 ggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaaca 562  Q
    |||||| |||||||||||  |  |||  || |||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||    
T  31285446 ggagcttctcttggagatgtttcaagttatttttagctgaattctctctcacatcatgaagaaaaca 31285380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #56
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26803745 - 26803592
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagc 183  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||| ||||| || ||||||||   | ||||||| |||||||| |  ||||| |    
T  26803745 tcttttatgctctttccaaacaagttggaacccactatctctaaaactaagggaagacctgaagcatatgaaactgcacgatttaaaatgtcttcataac 26803646  T
Q  184 ttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattcaagagctt 237  Q
    |||||     ||||||| ||||||||||||||   || | ||||||||||||||    
T  26803645 ttgaaggtactttgttatttttaaaagccatccacctcaacaattcaagagctt 26803592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #57
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 172
Target Start/End: Original strand, 27717318 - 27717470
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  |  ||  || || |||||  |||||||| | ||||| ||||| |||    
T  27717318 tttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtattcttccattcctctatgttctttccagataagttagaacccact 27717417  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    | ||||| | |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  27717418 atttctataactaacggaaggccagaagcatatgcaactgcacggtttaaaat 27717470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #58
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 26824905 - 26824870
Alignment:
Q  297 tgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgcca 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26824905 tgtttgtctcgagttgtaatgatgactctgctgcca 26824870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #59
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 151
Target Start/End: Original strand, 25492140 - 25492269
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattcttt-catacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaacta 120  Q
    |||||||||||||||| |||| || || || ||||| |||||| |||||||  | |||  || |||||||| || |||||| |||| || || || | ||    
T  25492140 taagtatcttttggatctctttat-tgaaaatcttttcatactcatctaatgtacacttccattcttctatgctatttccaaacaaatttgaccctatta 25492238  T
Q  121 cttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25492239 ttactaaagctaatggaaggccagaagcata 25492269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #60
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 533 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 26143718 - 26143612
Alignment:
Q  533 tgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccca 632  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| |||||   || ||||||||||| |||||  | ||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| || |||    
T  26143718 tgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctcca 26143619  T
Q  633 gttccaa 639  Q
    || ||||    
T  26143618 gtaccaa 26143612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #61
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 532 - 634
Target Start/End: Original strand, 27604035 - 27604137
Alignment:
Q  532 ctgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccc 631  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||| |||||    ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| ||| ||    
T  27604035 ctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctcc 27604134  T
Q  632 agt 634  Q
    |||    
T  27604135 agt 27604137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #62
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 533 - 634
Target Start/End: Original strand, 27610452 - 27610553
Alignment:
Q  533 tgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccca 632  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||    ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  27610452 tgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctcca 27610551  T
Q  633 gt 634  Q
    ||    
T  27610552 gt 27610553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #63
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 533 - 634
Target Start/End: Original strand, 27717831 - 27717932
Alignment:
Q  533 tgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccca 632  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||    ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  27717831 tgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctcca 27717930  T
Q  633 gt 634  Q
    ||    
T  27717931 gt 27717932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 813
Target Start/End: Original strand, 17992032 - 17992827
Alignment:
Q  18 attttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaa 117  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||| || |||||||||||||| |||  | | |  || ||| ||| || ||||||| ||||||||||||| |    
T  17992032 atttttagtatattttggatatcttcaggtggtatcctttcatacttatccaatgcacatttccaatctgctaaacactttccaaacaagttggaaccca 17992131  T
Q  118 ctacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctt 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  || || |||||||||||||||  | ||| || |||||| ||| ||| | |||||| ||| ||      
T  17992132 ctacttctaaagctaatgggaggccagcagcatatttaactacacggtttaaaatatagttataactagaatcaatttcgttgcctttaaatgccttcca 17992231  T
Q  218 tcttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatg 317  Q
     |||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17992232 ccttaacagttcaagagcttcttcctcatttaatccatctacttcatatattgttttaatcccatgacatgttaacaaatgtttgtctcgagtggtaatg 17992331  T
Q  318 atgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttct 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||| | |||||| || |    
T  17992332 atgactctgctgccacgaccaagccaaccaggctctccaaccaaaacctgcaattgctttagtttgtcgatgtcatcgagaatcaagagaactttctttt 17992431  T
Q  418 gacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactc 517  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  17992432 gacatagcctttgctttatgattggaataccttcattaacatgtccaaatttagttacaaatccgattgatttggagagaagctgctcttgaagatactc 17992531  T
Q  518 taagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtc 617  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17992532 taagccatgtttgactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattgaaattgattagcaaccaaattataaactgcttgagcaagagttgtc 17992631  T
Q  618 ttacccattcccccagttccaaggattcctattatgaagactccatcagtagaccccaagtctagaagtgagttcacttctgatattcgagatttgagtc 717  Q
    || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  17992632 ttgcccattccaccagtaccaaggattcctattatgcagacaccatcattatattccaagtctagaagtgaattcacttctgatattcgagatttgagac 17992731  T
Q  718 caactaggtaatcagcaacatgtagaggaacgtggttgatcttgtaggagacgtctgtaactattttttcaataaaatcgcgttcatattcatttc 813  Q
    |||  |||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17992732 caataaggtaatcggcaacatgtaatggaacgtggttaatcttgttggaagtgtctgtaactattttttcaataaaatcacgttcatattcatttc 17992827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 3281022 - 3280414
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||| || || |||| ||  ||||| ||||||||   ||| || ||||| |  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| | |    
T  3281022 tttaagtatcttctgaatctctttattaggaatcctttcatatcgatccaacaaagaattccactcttttatattctttccaaacaagttggaacctaat 3280923  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttc 219  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||  |  |||| ||||||| ||  || ||||| ||||||| |  ||  ||||||||||||||| ||  |     
T  3280922 acttctaatgccaatggaaggccagaagcataatttactgcgcggtttagaacgtgctcataacttgaattaacttgcttacttttaaaagccttccatg 3280823  T
Q  220 ttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgat 319  Q
    | | ||||||||| |||| ||||||||||||  |||||  |||||||        ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3280822 taagcaattcaagtgcttcttccttatttaactcatctatttcatatgttagttcaatcccatgacttgataacaagtgtttgtctcgagtggtaatgat 3280723  T
Q  320 gactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctga 419  Q
     || || || |||  || || ||||  | || ||||    || || ||||  ||||| | || || ||||||||  |||| ||| | ||| |||||| |     
T  3280722 caccctactaccaacactaaaccaatcaagccctccagctaagacttgcacctgcttcaattcgttaacgtcatcaagaaccaatagaacctttttccgg 3280623  T
Q  420 cacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactcta 519  Q
       | |||||| ||||||||||||||||| ||| ||  || |||||||| | | | |||||| |  | |||||| || |  | || |||||||| |||||    
T  3280622 tgtagcctttgctttatgattggaattccctcactactatctcctaacttaatgtccaatccaacagttttggaaagaaaatccttttggagatgctcta 3280523  T
Q  520 agccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtctt 619  Q
      |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||||| ||||||||    
T  3280522 gaccatgttttgctgaattttctctcacattgtgaagaaaacatacacattcaaattgattagcaatgaaattataaactgctcttgcaagagttgtctt 3280423  T
Q  620 acccattcc 628  Q
    |||||||||    
T  3280422 acccattcc 3280414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 17713627 - 17713506
Alignment:
Q  53 tctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatac 152  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |  ||  | |||| ||| || ||| ||||||  ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  17713627 tctttcatatttatctaatgaagatttccatacatctaaacttttgccaaacaagtgagaacctattacttccaaagccaatggaaggccagaagcataa 17713528  T
Q  153 atagctgcacggtttaaaatat 174  Q
      | ||||||||||| ||||||    
T  17713527 gaaactgcacggtttgaaatat 17713506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 22 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 26137249 - 26136649
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||  ||| || || |||  | ||| ||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  26137249 taagtatgttttggatatcttcatgtggaatcctttcatacttctgtaatgtagattcccattctgttgtacactttccaaacaagctggaacccactac 26137150  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttctt 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||   ||     
T  26137149 ttctaaagctaacggaaggccagaagcatatttaactgcactgtttaaaatataatcataacttgagtcattgtggttacttttaaaagccatccaccta 26137050  T
Q  222 atcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatga 321  Q
    | ||||||||||||||  |||||||||||   |||  |||||||||       ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  26137049 aacaattcaagagcttcatccttatttaagaaatcgacttcatatattcttttaatcccatgacatgatagcaaatgtttgtctcgggtggtaatgatga 26136950  T
Q  322 ctctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgaca 421  Q
    |||| || ||| |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||      
T  26136949 ctctactcccaggaccaagccaactaggctctccaaccaaaacctgcaactgctttagcttgtcaacgtcatcgagaatcaacaaaattttcttttgatg 26136850  T
Q  422 catcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatactctaag 521  Q
     | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26136849 tagcctttcttttatgattggaattcctttactaacatgtcctaacttaatctccaatccgattgatttggagaggagctgctcttggagatattctaag 26136750  T
Q  522 ccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttac 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   | |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  26136749 ccatatttaactgaattttctcgcacattgtgaaggaagcacaatccttcaaattgatccgcaatcaaattataaactgctcgagtaagtgttgttttac 26136650  T
Q  622 c 622  Q
    |    
T  26136649 c 26136649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 215
Target Start/End: Original strand, 28126558 - 28126689
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagc 183  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| | |||| |||||||| ||||||||   | |||| |||||||||| || |||||| |    
T  28126558 tcttctatgctctttccaaataagttggaacccactatttctataactaagggaaggcctgaagcatatgaaactgcccggtttaaaacatcatcataac 28126657  T
Q  184 ttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    |||||  |  |||||||  |||||||||||||    
T  28126658 ttgaaggaactttgttatgtttaaaagccatc 28126689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Original strand, 267223 - 267290
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  267223 tcttctatgctctttccaaacaagttagaacccacaatttctaaaactaacggaaggccagaagcata 267290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 337
Target Start/End: Original strand, 28163451 - 28163512
Alignment:
Q  276 atcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgacc 337  Q
    ||||||||||| | ||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28163451 atcccatgacaggttagtaagtgtttgtctcgagtggtaatgatgaccctgcttccacgacc 28163512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18678375 - 18678570
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||   ||| |||||||| ||||||||||||| |||    
T  18678375 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctttcatacttatctaatgtagactcacattctgaaatattctttccaaacaagttggaacccact 18678474  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |  ||||| ||||||  |  ||||| ||||||||||||||||    
T  18678475 acttctatagctaatggaaggccagaagcatacacaactgcacgttttaaaatctcttcataacttgaaggaactttgtaacttttaaaagccatc 18678570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18654292 - 18654487
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  18654292 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctttcatacttatctaatgtagattcacattctgcaatactctttccaaacaagttggaacccacg 18654391  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |  ||||| ||||||  |  ||||| | ||||||||||||||    
T  18654392 acttctatagctaatggaaggccagaagcatacgcaactgcacggtttaaaatctcttcataacttgaaggaactttgtaaattttaaaagccatc 18654487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18722900 - 18723095
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  18722900 tttaagtatcttttggatatcttcatctggaattctttcatacatatctaatgtagactcacattctgcaatactctttccaaacaagttggaacccact 18722999  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||| |  ||||| ||||||  |  ||||| ||||||||||||||||    
T  18723000 acttctatagctaatggaaggccagaagcatacgcaactgctcggtttaaaatctcttcataacttgaaggaactttgtaacttttaaaagccatc 18723095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18698215 - 18698410
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||    
T  18698215 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctttcatacttatctaatgtagagtcacattctgcaaaactctttccaaacaagttggaacccact 18698314  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||| |  ||||| ||||||  |  ||||| | ||||||||||||||    
T  18698315 acttctagagctaatggaaggccagaagcatacacaactgcatggttaaaaatctcttcataacttgaaggaactttgtaatttttaaaagccatc 18698410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18730319 - 18730514
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||    
T  18730319 tttaagtatcttttggatatcttcatgtggaattctttcatacttatctaatgtagaatcacattctgcaaaactctttccaaacaagttggaacccact 18730418  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||| |  ||||| ||||||  |  ||||| | ||||||||||||||    
T  18730419 acttctagagctaatggaaggccagaagcatacacaactgcatggttaaaaatctcttcataacttgaaggaactttgtaatttttaaaagccatc 18730514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 18688441 - 18688636
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||   |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  18688441 tttaagtatcttttggatatcttcgtttggaattctttgatacttatctaatgtagactcacattctgaaatactctttccaaacaagttggaacccact 18688540  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatc 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |  ||||| ||||||  |  ||| | ||||||||||||||||    
T  18688541 acttctatagctaatggaaggccagaagcatacacgactgcacggtttaaaatctcttcataacttgaaggaactttataacttttaaaagccatc 18688636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 22 - 634
Target Start/End: Original strand, 5089771 - 5090386
Alignment:
Q  22 taagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaactac 121  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||||| ||||| |||||| |  || | |||||||  ||||||| |||| |||||||| || ||    
T  5089771 taagtatcttttggatttctttattaggaatcctttcatactcatctagtaaagatttccatttttctatatcctttccaaacaaattggaacccacaac 5089870  T
Q  122 ttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagcttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttctt 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |  |  |||||||||||||    ||||| |||| || |    |  || ||||||||||| ||   |||    
T  5089871 ttctaaagccaatggaaggccagaagcataagttaccacacggtttaaaattccttcataacttggattaacagtactatttttaaaagccttccacctt 5089970  T
Q  222 atcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatga 321  Q
    |  |||| ||||||||  | || ||||||||||||| |||| |||        |||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  5089971 aataattgaagagcttcgttctcatttaaaccatctacttcgtatgttatatcaatcccatgacattttagcaagtgtttgtctcgagtggtaatgatga 5090070  T
Q  322 ctctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttgtcaacgtcattgagaatcaacaaaacttt-tttctgac 420  Q
    ||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||||  |||||| || | ||| || | ||||||||  |||| ||||||||| | |||||| |||||       
T  5090071 ctctgctgccaagaccaaaccaatcaggttctccggccaaaacctgtagttgtttcagtttgtcaatatcatcgagaatcaaaagaactttctttct-tt 5090169  T
Q  421 acatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccgattgatttggagaggagc-tgctcttggagatactcta 519  Q
      | |||||  ||||||||||||||||| ||| | | || ||| |||  | ||| |||||| |||| |||  | |||| | | ||| || ||||||||||    
T  5090170 gtagccttttctttatgattggaattccctcactgatatctccaaacctaatttccaatccaattgttttaaaaaggaccttactc-tgaagatactcta 5090268  T
Q  520 agccat---atttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgt 616  Q
    | ||||    ||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||   |||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||   ||||||| ||    
T  5090269 aaccatccactttagttgaattttctctcacattgggaagaaaacaaagacattcaaattgatgagcaatgaaattgtaaattgcttttccaagtgtggt 5090368  T
Q  617 cttacccattcccccagt 634  Q
     ||||||||||| |||||    
T  5090369 tttacccattcctccagt 5090386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 532 - 625
Target Start/End: Original strand, 18698727 - 18698820
Alignment:
Q  532 ctgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccat 625  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||| |||||    ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||||    
T  18698727 ctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgctttcgcaagtgttgatttacccat 18698820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 84 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 16692166 - 16691607
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaatatgatcatagc 183  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |  ||   |||||||| |  ||  | |    
T  16692166 tcttctatattctttccaaacaagttagatcctactacttctaaagctaatggaaggccagaagcataagttacaacatattttaaaatgtactcgaaac 16692067  T
Q  184 ttgaatcatttttgttacttttaaaagccatctttcttatcaattcaagagcttgttccttatttaaaccatctgcttcatatannnnnnnaatcccatg 283  Q
    |||||||   ||||||| ||||||||| | ||   || |  | ||| ||||||| |||   ||||||||||||  |||||||||       ||| |||||    
T  16692066 ttgaatcgactttgttatttttaaaagtcttccacctcaatagttctagagcttcttctccatttaaaccatccacttcatatattctatcaataccatg 16691967  T
Q  284 acatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaactaggctctccgatcaaaacgtgcaattgctttattttg 383  Q
    || || ||  || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||| ||||   |||||||| | || ||| ||||||||||||   |      
T  16691966 acttgttagtaagtgtttgtctcgagtggtaatgatgactctacttccaggaccaaaccaatcgggctctccaaccataacttgcaattgcttttgctca 16691867  T
Q  384 tcaacgtcattgagaatcaacaaaacttttttctgacacatcctttgttttatgattggaattccttcattaacatgtcctaactgagttttcaatccga 483  Q
    ||||| |||| ||||||||| | ||| ||||| ||    | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |  ||||| |    
T  16691866 tcaacatcatcgagaatcaaaagaacctttttttgttgtagcctttgttttattattggaattccttcactaacatgtcctaacttaatgtctaatccaa 16691767  T
Q  484 ttgatttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagc 583  Q
    | | |||||| ||||||   ||||| ||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||| |  ||||| ||||||  |||||||||||||| |||    
T  16691766 tggttttggaaaggagcctttcttgaagatgttctaagccatgtttagatgaattttctctcacgtcatgaagaaaacacaaacattcaaattgatcagc 16691667  T
Q  584 aatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcccccagttccaaggat 643  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  16691666 aatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttaccgattcctccaattccatggat 16691607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 4)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 40882 - 40751
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctt-tccatacaagttggaaccaac 118  Q
    |||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||  ||||||   || || || ||| ||||| |||  |||| ||||||||||||||||    
T  40882 tttaagtatcttttggatctctttatttggaatcctttcatactggtctaatgtggattcccattctcctata-tctaatccaaacaagttggaaccaac 40784  T
Q  119 tacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40783 tacttctaaagctaatggtaggccagaagcata 40751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 487 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 43853 - 43706
Alignment:
Q  487 atttggagaggagctgctcttggagatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaat 586  Q
    ||||||| |||||||  || || |||| |||||| |||||||||  ||||||||| || |||| |||||| |||||   ||| |||||||||| ||| ||    
T  43853 atttggaaaggagcttttcctgtagatgctctaaaccatatttagttgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctat 43754  T
Q  587 cagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattcccccagt 634  Q
       |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  43753 ggaattataaactgctcttgcaagtgttgtctttcccattccaccagt 43706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 96 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 44244 - 44189
Alignment:
Q  96 tttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44244 tttccaaataagtttgaacccactacttctaaagccaatggaaggccagaagcata 44189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 510 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 28323 - 28205
Alignment:
Q  510 agatactctaagccatatttaactgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaa 609  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||||||| || |||| |||||| ||||||  ||  ||||||||||  || || | ||||||||||||    ||||    
T  28323 agatgctctaaaccatatttagctgaattttcccttacatcgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaa 28224  T
Q  610 gtgttgtcttacccattcc 628  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  28223 gtgttgtctttcccattcc 28205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Original strand, 29272721 - 29272788
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  29272721 tcttctatcctctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 29272788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 334
Target Start/End: Original strand, 29272913 - 29272971
Alignment:
Q  276 atcccatgacatgataacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacg 334  Q
    ||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  29272913 atcccatgacaagttagcaagtgtttgtctcgagtagtaatgatgactttgcttccacg 29272971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 533 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 31905901 - 31905791
Alignment:
Q  533 tgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccca 632  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||  |  |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| || || |||    
T  31905901 tgaattttctctcacattttcaagaaaacacaaagcttcaaagtgatcggcaatcagattataaacagccagagcaagtgttgttttacctatccctcca 31905802  T
Q  633 gttccaaggat 643  Q
     ||||| ||||    
T  31905801 cttccatggat 31905791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 35984391 - 35984338
Alignment:
Q  291 aacaaatgtttgtctcgagtagtaatgatgactctgctgccacgaccaagccaa 344  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  35984391 aacaaatgtttgtcccgagttgtaatgataactctgctgccagaaccaagccaa 35984338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 68 - 1
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  68 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 8786 - 8719
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  8786 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 8719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Original strand, 3595 - 3662
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  3595 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 3662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 151
Target Start/End: Original strand, 12558 - 12625
Alignment:
Q  84 tcttctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  12558 tcttctatcgtctttccaaacaagttggaacccactatttctaaaactaagggaaggcccgaagcata 12625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 88 - 151
Target Start/End: Original strand, 57181 - 57244
Alignment:
Q  88 ctatactctttccatacaagttggaaccaactacttctaaagctaatggaaggccagaagcata 151  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  57181 ctatattctttccaaacaagttcgaacccactacttctaaggccaatggaaggcctgaagcata 57244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 172
Target Start/End: Original strand, 2358 - 2510
Alignment:
Q  20 tttaagtatcttttggatatcttgatgtggaattctttcatacttatctaataaagactcacactcttctatactctttccatacaagttggaaccaact 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||| || ||||||  |||||||  |  ||  || || |||||  |||||||| | ||||| ||||| |||    
T  2358 tttaagtatcttttggatctctttattgggaatcctgtcatacccatctaatgtattcttccattcctctatgttctttccagataagttagaacccact 2457  T
Q  120 acttctaaagctaatggaaggccagaagcatacatagctgcacggtttaaaat 172  Q
    | ||||| | |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  2458 atttctataactaacggaaggccagaagcatatgcaactgcacggtttaaaat 2510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 532 - 634
Target Start/End: Original strand, 2870 - 2972
Alignment:
Q  532 ctgaattttctctcacattgtgaaggaaacacttacattcaaattgattagcaatcagattataaactgcttgagcaagtgttgtcttacccattccccc 631  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||| |||||    ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| ||| ||    
T  2870 ctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctcc 2969  T
Q  632 agt 634  Q
    |||    
T  2970 agt 2972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University