View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14084_low_6 (Length: 500)

Name: NF14084_low_6
Description: NF14084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14084_low_6
NF14084_low_6
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-486)||(7623187-7623656)
chr1 (38-487)||(7629517-7629966)
chr1 (38-450)||(7636300-7636712)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 486
Target Start/End: Original strand, 7623187 - 7623656
Alignment:
Q  17 aatatatcgatgatatctgcaacttcttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaact 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623187 aatatatcaatgatatctgcaacttcttgctccttggttttaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaact 7623286  T
Q  117 ccttgaactttttatcaagcctcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623287 ccttgaactttttatcaagcctcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaacaatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagc 7623386  T
Q  217 ctgtgcttcattaagcaaaacttgcaatctacttcttctttctctacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623387 ctgtgcttcattaagcaaaacttgcaatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagct 7623486  T
Q  317 atcttacatataattgcatttgtgaaagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcattctgtgacagcttttgaatcaattcag 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7623487 atcttacatataattgcatttgtgaaagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcatactgtgacagcttttgaatcaattcag 7623586  T
Q  417 ccacttcattttctctaataggcctaaaagaatgtagacttttagggctaaaaaggtgaagagcacaaag 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7623587 ccacttcattttctctaataggcctaaaagaatgtagacttttagggctaaagaggtgaagagcacaaag 7623656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 38 - 487
Target Start/End: Original strand, 7629517 - 7629966
Alignment:
Q  38 acttcttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcc 137  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7629517 acttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcc 7629616  T
Q  138 tcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaac 237  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    
T  7629617 tcccaagtgttcctttgactctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaac 7629716  T
Q  238 ttgcaatctacttcttctttctctacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcattt 337  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7629717 ttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaactccttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtattt 7629816  T
Q  338 gtgaaagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcattctgtgacagcttttgaatcaattcagccacttcattttctctaatag 437  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  || |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |    
T  7629817 gtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattttctctaacgg 7629916  T
Q  438 gcctaaaagaatgtagacttttagggctaaaaaggtgaagagcacaaagt 487  Q
    |||||||||||||   || || || |||||| |||||| || ||||||||    
T  7629917 gcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagaggtgatgaacacaaagt 7629966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 38 - 450
Target Start/End: Original strand, 7636300 - 7636712
Alignment:
Q  38 acttcttgttccttggttgtaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcc 137  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  7636300 acttcttgttccttagttttaggccttgctgaattatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaatgttttatcaagcc 7636399  T
Q  138 tcccaagagttcctttgattctatcaacccaacctaataatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaac 237  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    
T  7636400 tcccaagagttcctttgactctatcaatccaacccaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaac 7636499  T
Q  238 ttgcaatctacttcttctttctctacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcattt 337  Q
    |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7636500 ttgcaatctacttctcttttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgtttttccaaaagctatcttacatataattgtattt 7636599  T
Q  338 gtgaaagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcattctgtgacagcttttgaatcaattcagccacttcattttctctaatag 437  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  || |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |    
T  7636600 gtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattttctctaacgg 7636699  T
Q  438 gcctaaaagaatg 450  Q
    |||||||||||||    
T  7636700 gcctaaaagaatg 7636712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University