View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1408_low_251 (Length: 217)

Name: NF1408_low_251
Description: NF1408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1408_low_251
NF1408_low_251
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (1-146)||(21676100-21676245)
chr7 (1-125)||(45148443-45148567)
chr7 (1-125)||(28719355-28719479)
chr7 (1-125)||(4483628-4483752)
chr7 (1-141)||(16382432-16382572)
chr7 (1-146)||(39292926-39293070)
chr7 (1-125)||(46472865-46472988)
chr7 (1-101)||(8564768-8564868)
chr7 (3-141)||(16369585-16369723)
chr7 (4-145)||(44306369-44306510)
chr7 (41-125)||(16369660-16369744)
chr7 (42-125)||(16382411-16382494)
chr7 (42-125)||(44306444-44306527)
chr7 (79-141)||(28719376-28719438)
chr7 (77-146)||(16382464-16382533)
chr7 (42-125)||(39293003-39293086)
chr7 (67-146)||(44306395-44306474)
chr7 (1-55)||(21539381-21539435)
chr7 (62-124)||(21676235-21676297)
chr7 (42-141)||(21676178-21676277)
chr7 (42-123)||(28719320-28719401)
chr7 (79-125)||(8564809-8564855)
chr7 (67-146)||(16369612-16369691)
chr7 (79-146)||(45148459-45148526)
chr7 (1-59)||(13617699-13617757)
chr7 (66-124)||(9641790-9641850)
chr7 (41-89)||(16369697-16369745)
chr7 (22-55)||(15979303-15979336)
[»] scaffold0079 (3 HSPs)
scaffold0079 (3-146)||(5268-5411)
scaffold0079 (38-125)||(5377-5464)
scaffold0079 (62-141)||(5364-5443)
[»] scaffold1204 (3 HSPs)
scaffold1204 (1-143)||(1365-1507)
scaffold1204 (62-125)||(1463-1526)
scaffold1204 (79-146)||(1406-1473)
[»] chr8 (37 HSPs)
chr8 (1-141)||(25756873-25757013)
chr8 (1-121)||(25294873-25294993)
chr8 (1-125)||(11543414-11543538)
chr8 (1-125)||(22312569-22312693)
chr8 (1-125)||(45560360-45560484)
chr8 (4-141)||(25608941-25609067)
chr8 (1-124)||(3845288-3845409)
chr8 (62-141)||(19332802-19332881)
chr8 (4-145)||(20177130-20177271)
chr8 (4-145)||(20221857-20221998)
chr8 (42-141)||(19332819-19332918)
chr8 (62-125)||(19332876-19332939)
chr8 (42-125)||(20177205-20177288)
chr8 (42-125)||(20221932-20222015)
chr8 (62-125)||(24238445-24238508)
chr8 (62-125)||(25608920-25608983)
chr8 (42-124)||(16000904-16000986)
chr8 (72-125)||(16000940-16000993)
chr8 (67-146)||(20177156-20177235)
chr8 (67-146)||(20221883-20221962)
chr8 (42-121)||(25756856-25756935)
chr8 (79-146)||(25294885-25294952)
chr8 (79-146)||(25756905-25756972)
chr8 (79-141)||(11543435-11543497)
chr8 (83-141)||(24238466-24238524)
chr8 (84-146)||(19332787-19332849)
chr8 (79-141)||(22312590-22312652)
chr8 (79-141)||(45560401-45560463)
chr8 (42-123)||(11543379-11543460)
chr8 (42-125)||(22312532-22312615)
chr8 (1-35)||(19332759-19332793)
chr8 (1-48)||(22498530-22498577)
chr8 (1-51)||(7469137-7469187)
chr8 (75-125)||(17265756-17265806)
chr8 (1-57)||(18042773-18042830)
chr8 (105-146)||(25608973-25609014)
chr8 (38-86)||(11543379-11543427)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (2-141)||(11374005-11374144)
chr6 (1-125)||(29161589-29161713)
chr6 (2-125)||(23220601-23220724)
chr6 (1-125)||(16135183-16135307)
chr6 (15-104)||(25650019-25650108)
chr6 (37-125)||(22594749-22594837)
chr6 (75-146)||(22594750-22594821)
chr6 (42-139)||(29161667-29161764)
chr6 (63-125)||(21930797-21930859)
chr6 (62-125)||(29161761-29161824)
chr6 (1-85)||(17084500-17084584)
chr6 (42-125)||(11374082-11374165)
chr6 (62-141)||(29161724-29161803)
chr6 (79-141)||(16135204-16135266)
chr6 (79-141)||(23220622-23220684)
chr6 (64-121)||(4172874-4172931)
chr6 (64-121)||(4228483-4228540)
chr6 (42-123)||(23220566-23220647)
chr6 (79-146)||(29161630-29161697)
chr6 (42-123)||(21930762-21930843)
chr6 (79-146)||(11374045-11374112)
chr6 (90-125)||(18104732-18104767)
chr6 (38-84)||(4172885-4172931)
chr6 (38-84)||(4228494-4228540)
chr6 (79-141)||(25650019-25650081)
chr6 (100-141)||(21930818-21930859)
chr6 (66-124)||(22594642-22594702)
chr6 (40-88)||(26505689-26505737)
[»] scaffold0317 (3 HSPs)
scaffold0317 (1-139)||(14993-15131)
scaffold0317 (79-146)||(15034-15101)
scaffold0317 (42-125)||(15071-15154)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (1-139)||(14342909-14343046)
chr5 (1-125)||(20455239-20455363)
chr5 (1-125)||(21108409-21108533)
chr5 (3-125)||(11964850-11964972)
chr5 (1-59)||(20833251-20833309)
chr5 (79-146)||(20455280-20455347)
chr5 (77-141)||(21108430-21108494)
chr5 (69-130)||(11764773-11764833)
chr5 (79-140)||(11964872-11964933)
chr5 (62-97)||(11764802-11764837)
chr5 (79-146)||(14342950-14343017)
chr5 (1-59)||(23414099-23414157)
chr5 (42-123)||(20455317-20455397)
chr5 (1-37)||(24226728-24226764)
chr5 (1-40)||(33627647-33627686)
chr5 (70-104)||(14343051-14343085)
chr5 (42-123)||(11964816-11964896)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (3-125)||(11401475-11401597)
chr3 (1-141)||(17759585-17759729)
chr3 (1-141)||(19060905-19061049)
chr3 (4-104)||(8603542-8603642)
chr3 (1-122)||(5229256-5229376)
chr3 (44-125)||(38376997-38377078)
chr3 (62-122)||(17759687-17759747)
chr3 (62-122)||(19061007-19061067)
chr3 (67-141)||(38376983-38377057)
chr3 (69-130)||(11516772-11516833)
chr3 (67-130)||(17392274-17392337)
chr3 (79-125)||(5229297-5229343)
chr3 (79-141)||(11401496-11401558)
chr3 (6-122)||(11516746-11516864)
chr3 (76-125)||(14181293-14181342)
chr3 (79-146)||(17759630-17759697)
chr3 (79-146)||(19060950-19061017)
chr3 (72-125)||(40040403-40040456)
chr3 (66-124)||(17392241-17392301)
chr3 (69-125)||(37917651-37917707)
chr3 (1-51)||(25105217-25105267)
chr3 (1-51)||(43428793-43428843)
chr3 (46-123)||(38377036-38377113)
chr3 (76-124)||(31413599-31413647)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (1-145)||(22331599-22331742)
chr2 (1-125)||(18534727-18534851)
chr2 (4-125)||(24562016-24562137)
chr2 (1-141)||(6093725-6093857)
chr2 (53-123)||(6093706-6093776)
chr2 (67-123)||(20272298-20272354)
chr2 (37-125)||(22331582-22331670)
chr2 (69-125)||(29113144-29113200)
chr2 (20-83)||(45618691-45618754)
chr2 (79-141)||(24562054-24562116)
chr2 (62-139)||(24840690-24840767)
chr2 (79-141)||(18534748-18534810)
chr2 (8-125)||(20272259-20272376)
chr2 (42-123)||(24562091-24562172)
chr2 (38-102)||(24840690-24840754)
chr2 (87-146)||(24840720-24840779)
chr2 (79-120)||(45618713-45618754)
chr2 (1-37)||(43641704-43641740)
chr2 (1-37)||(19434720-19434756)
chr2 (8-88)||(29113144-29113224)
chr2 (22-54)||(45619298-45619330)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (4-125)||(33396200-33396321)
chr1 (1-125)||(77185-77309)
chr1 (42-125)||(20821855-20821938)
chr1 (4-141)||(20821876-20822009)
chr1 (79-141)||(77226-77288)
chr1 (42-123)||(20821820-20821901)
chr1 (1-51)||(46144659-46144709)
[»] scaffold0183 (3 HSPs)
scaffold0183 (1-141)||(9695-9835)
scaffold0183 (45-125)||(9674-9754)
scaffold0183 (79-146)||(9727-9794)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (1-125)||(5371841-5371964)
chr4 (1-139)||(12134894-12135029)
chr4 (4-150)||(17376705-17376848)
chr4 (2-125)||(19558232-19558355)
chr4 (4-125)||(54364717-54364838)
chr4 (67-141)||(54364743-54364817)
chr4 (4-125)||(14570156-14570277)
chr4 (69-141)||(14570177-14570249)
chr4 (79-146)||(5371881-5371948)
chr4 (72-125)||(12134999-12135052)
chr4 (42-123)||(5371918-5371998)
chr4 (66-124)||(13595395-13595455)
chr4 (42-123)||(14570122-14570202)
chr4 (67-123)||(19082354-19082410)
chr4 (3-86)||(19082327-19082410)
chr4 (1-59)||(49070703-49070761)
chr4 (3-51)||(38763665-38763713)
[»] scaffold0090 (7 HSPs)
scaffold0090 (1-122)||(5786-5907)
scaffold0090 (1-106)||(1406-1511)
scaffold0090 (79-141)||(1447-1509)
scaffold0090 (79-141)||(5827-5889)
scaffold0090 (43-114)||(35993-36063)
scaffold0090 (69-146)||(35982-36058)
scaffold0090 (62-121)||(36048-36102)
[»] scaffold0231 (3 HSPs)
scaffold0231 (4-140)||(14112-14248)
scaffold0231 (67-146)||(14138-14217)
scaffold0231 (62-125)||(14207-14270)
[»] scaffold0174 (2 HSPs)
scaffold0174 (4-146)||(21232-21374)
scaffold0174 (42-140)||(21307-21405)
[»] scaffold0009 (6 HSPs)
scaffold0009 (62-139)||(255643-255720)
scaffold0009 (44-146)||(255551-255653)
scaffold0009 (62-146)||(255606-255690)
scaffold0009 (62-124)||(98348-98412)
scaffold0009 (42-102)||(255660-255720)
scaffold0009 (75-125)||(98324-98374)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (4-125)||(247099-247220)
scaffold0005 (69-141)||(247127-247199)
scaffold0005 (42-123)||(247174-247254)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (3-118)||(11488-11604)
scaffold0017 (79-125)||(11518-11564)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (43-125)||(8429-8511)
scaffold0013 (80-136)||(8429-8485)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (5-50)||(12239-12284)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (72-125)||(75912-75965)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 21676100 - 21676245
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  21676100 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcaa 21676199  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21676200 tattgttggtgaatgcatatatgtttgttggttgtgatattgttgg 21676245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 45148567 - 45148443
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45148567 ggagttgttgaactataagatataattgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatattgctggtgaatacatatatgttgattggttgtga 45148468  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  45148467 tattgttggtgaatacatatatgtt 45148443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 28719479 - 28719355
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28719479 ggagttgttgaactatatgatagagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 28719380  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  28719379 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 28719355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 4483752 - 4483628
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |    
T  4483752 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttgttgaatacatatatgttaatggattgtaa 4483653  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  4483652 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 4483628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 16382572 - 16382432
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16382572 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgatatattgtgatattgttggtgaatacatatatgtttattgattgtga 16382473  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||    
T  16382472 tattgttggtggatacatatatgttaattgagtgtgatatt 16382432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 39292926 - 39293070
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39292926 ggagttgttgaaccatatgatctagtt-atgttgattaatgcatgtatgctaattgatggtgatattgttggtaaatacatatatgttgattgattgtga 39293024  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||| ||| |||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  39293025 tatttttgatgaataaatatatgttgattgattgtgatattattgg 39293070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 46472988 - 46472865
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||    
T  46472988 ggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatattttaattgatggtgatattgtt-gaaaatacatatatgttgattgattatga 46472890  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| |||||||||  |||||||||    
T  46472889 tattattggtgaatagatatatgtt 46472865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 8564768 - 8564868
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||    
T  8564768 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtga 8564867  T
Q  101 t 101  Q
    |    
T  8564868 t 8564868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 141
Target Start/End: Original strand, 16369585 - 16369723
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||   || |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||    
T  16369585 agttgttgaattatatgacttagttgatgttggtgaacgcatatatattaattgatggttatattgttggtgaaggcatatatgttaattgatggtgata 16369684  T
Q  103 ttgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||    
T  16369685 ttgttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgatatt 16369723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 145
Target Start/End: Original strand, 44306369 - 44306510
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| ||| ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306369 gttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatat 44306468  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattg 145  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  44306469 tgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattg 44306510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 41 - 125
Target Start/End: Original strand, 16369660 - 16369744
Alignment:
Q  41 gcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16369660 gcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16369744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16382494 - 16382411
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16382494 catatatgtttattgattgtgatattgttggtggatacatatatgttaattgagtgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16382411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 44306444 - 44306527
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  44306444 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 44306527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 28719438 - 28719376
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  28719438 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 28719376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 16382533 - 16382464
Alignment:
Q  77 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  16382533 tacatatatgttgatatattgtgatattgttggtgaatacatatatgtttattgattgtgatattgttgg 16382464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 39293003 - 39293086
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  39293003 catatatgttgattgattgtgatatttttgatgaataaatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 39293086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Original strand, 44306395 - 44306474
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  44306395 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 44306474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 55
Target Start/End: Original strand, 21539381 - 21539435
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 55  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21539381 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatacatgttaatt 21539435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 124
Target Start/End: Original strand, 21676235 - 21676297
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21676235 gatattgttggtggatacatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgt 21676297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 42 - 141
Target Start/End: Original strand, 21676178 - 21676277
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| ||||||    ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| || |||||||||  |||| ||||||||||    
T  21676178 catatatgttgattgattgcaatattgttggtgaatgcatatatgtttgttggttgtgatattgttggtggatacatatatgtcaattgattgtgatatt 21676277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 28719401 - 28719320
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  28719401 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 28719320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 125
Target Start/End: Original strand, 8564809 - 8564855
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8564809 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 8564855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Original strand, 16369612 - 16369691
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||| ||||    
T  16369612 tgttggtgaacgcatatatattaattgatggttatattgttggtgaaggcatatatgttaattgatggtgatattgttgg 16369691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 45148526 - 45148459
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  45148526 catatatgttaattgatgaggatattgctggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 45148459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 13617757 - 13617699
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 59  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||    
T  13617757 ggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatatatatcaattgatg 13617699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 9641850 - 9641790
Alignment:
Q  66 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  9641850 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 9641790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 89
Target Start/End: Original strand, 16369697 - 16369745
Alignment:
Q  41 gcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttg 89  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  16369697 gcatatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgttg 16369745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 55
Target Start/End: Original strand, 15979303 - 15979336
Alignment:
Q  22 atagttgatgttgaataatgcatatatgttaatt 55  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15979303 atagttgatgttgagtaatgcatatatgttaatt 15979336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 124; Significance: 6e-64; HSPs: 3)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 146
Target Start/End: Original strand, 5268 - 5411
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5268 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgtatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgtggattgattgtgata 5367  T
Q  103 ttgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5368 ttgttgttgaatgcatatatgttgattggttgtgatattgttgg 5411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 125
Target Start/End: Original strand, 5377 - 5464
Alignment:
Q  38 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5377 aatgcatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaataaatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 5464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 141
Target Start/End: Original strand, 5364 - 5443
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||||||||||    
T  5364 gatattgttgttgaatgcatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaataaatatatgtcaattgattgtgatatt 5443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 3)
Name: scaffold1204
Description:

Target: scaffold1204; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 1365 - 1507
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1365 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgagaatattgttggtgaatacatatatgttgattggttgtga 1464  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattat 143  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  1465 tattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattat 1507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Original strand, 1463 - 1526
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  1463 gatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattatcggtgaatgcgtatatgtt 1526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 1406 - 1473
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1406 catatatgttaattgatgagaatattgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 1473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 37)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 25757013 - 25756873
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25757013 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 25756914  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  25756913 tatttttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 25756873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 25294993 - 25294873
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25294993 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 25294894  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatata 121  Q
    |||| ||||||||| ||||||    
T  25294893 tatttttggtgaattcatata 25294873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11543538 - 11543414
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11543538 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgttatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 11543439  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  11543438 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 11543414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 22312693 - 22312569
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  22312693 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtcaattgattgtaa 22312594  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  22312593 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 22312569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 45560360 - 45560484
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  45560360 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgtttgattgtgatattgtttgtgaatacatatattttaattgattgtga 45560459  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||    
T  45560460 tattgtcggtgaatgcatatttgtt 45560484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 25609067 - 25608941
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||           |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25609067 gttgttgaactatatgatatagttgatgtggattaatacatatatgttgattg-----------gttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatat 25608979  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  25608978 tgttggtgaatacatatgtgttgattggttgtgatatt 25608941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Original strand, 3845288 - 3845409
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||  |||||||  ||||||| |||||||||  ||||||  |||    
T  3845288 ggagttgttgaactatatgatatagttgataatgattagtgcatatatgttaagtgatggtgatattg--ggtgaatgcatatatgtcaattgatgttga 3845385  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3845386 tattgttggtgaatgcatatatgt 3845409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 62 - 141
Target Start/End: Original strand, 19332802 - 19332881
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19332802 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgagatattgttggtaaatacatatatgttgattggttgtgatatt 19332881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 145
Target Start/End: Original strand, 20177130 - 20177271
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| ||| ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20177130 gttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatat 20177229  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattg 145  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20177230 tgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattg 20177271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 145
Target Start/End: Original strand, 20221857 - 20221998
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||   ||| |||||||||| ||| ||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20221857 gttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatat 20221956  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattg 145  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20221957 tgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattg 20221998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 42 - 141
Target Start/End: Original strand, 19332819 - 19332918
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  19332819 catatatgttgattgattgagatattgttggtaaatacatatatgttgattggttgtgatattgtgggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 19332918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Original strand, 19332876 - 19332939
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19332876 gatattgtgggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 19332939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 20177205 - 20177288
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  20177205 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20177288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 20221932 - 20222015
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  20221932 catatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20222015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24238508 - 24238445
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24238508 gatattgttggtgaatacatataagttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 24238445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 25608983 - 25608920
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25608983 gatattgttggtgaatacatatgtgttgattggttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 25608920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 16000986 - 16000904
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  16000986 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgagtgattgagatgttgttggtgattgcatatatgt 16000904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16000993 - 16000940
Alignment:
Q  72 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16000993 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 16000940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Original strand, 20177156 - 20177235
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20177156 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 20177235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Original strand, 20221883 - 20221962
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20221883 tgttggtgaatacatatatgttgattaattgttatattattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 20221962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 25756935 - 25756856
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 121  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  25756935 catatatgttgattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgccggtgaatgcatata 25756856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 25294952 - 25294885
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  25294952 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttgg 25294885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 25756972 - 25756905
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  25756972 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttgg 25756905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 11543497 - 11543435
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  11543497 catatatgttggttgattgttatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 11543435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 24238524 - 24238466
Alignment:
Q  83 tatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||    
T  24238524 tatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatataagttaattgattgtgatatt 24238466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 146
Target Start/End: Original strand, 19332787 - 19332849
Alignment:
Q  84 atgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  19332787 atgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgagatattgttgg 19332849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 22312652 - 22312590
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||| |||||    
T  22312652 catatatgttggttgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtcaattgattgtaatatt 22312590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 45560401 - 45560463
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||| ||||||||||    
T  45560401 catatatgttgtttgattgtgatattgtttgtgaatacatatattttaattgattgtgatatt 45560463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 11543460 - 11543379
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| | ||||||||    
T  11543460 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattacatatatg 11543379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 22312615 - 22312532
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||| |||||||    ||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  22312615 catatatgtcaattgattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgtt 22312532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Original strand, 19332759 - 19332793
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttga 35  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19332759 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttga 19332793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 22498530 - 22498577
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatat 48  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22498530 ggagtggttgaactatattatatagttgatgttgattaatgtatatat 22498577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 7469187 - 7469137
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||||    
T  7469187 ggagttgttgaactatatgatatagttgaagctgattaatgaatacatgtt 7469137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 17265806 - 17265756
Alignment:
Q  75 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17265806 aatatatatatgttaattgagtgtgatattttcggtgaatgcatatatgtt 17265756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Original strand, 18042773 - 18042830
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaa-taatgcatatatgttaattga 57  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||    
T  18042773 ggagtggttgaactatattatatagttgatgttgaattaatgtatatatatcaattga 18042830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 105 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 25609014 - 25608973
Alignment:
Q  105 gttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  25609014 gttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 25608973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 11543427 - 11543379
Alignment:
Q  38 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatg 86  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  11543427 aatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattacatatatg 11543379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 8e-57; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 141
Target Start/End: Original strand, 11374005 - 11374144
Alignment:
Q  2 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11374005 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 11374104  T
Q  102 attgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  11374105 attgttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgatatt 11374144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 29161589 - 29161713
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29161589 ggagttgtcgaactatatgatatagttgatgttgaatattgcatatatgttaattgatgatgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 29161688  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  29161689 tattgttggtgaatacatatatgtt 29161713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 23220724 - 23220601
Alignment:
Q  2 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23220724 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattatgat 23220625  T
Q  102 attgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  23220624 attgtcggtgaatgcatatatgtt 23220601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16135307 - 16135183
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16135307 ggagttattgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgactgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 16135208  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  16135207 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 16135183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 25650108 - 25650019
Alignment:
Q  15 atatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 104  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25650108 atatgatgtagttgatgttgaatagtgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcgatatt 25650019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 125
Target Start/End: Original strand, 22594749 - 22594837
Alignment:
Q  37 taatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22594749 taatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 22594837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 146
Target Start/End: Original strand, 22594750 - 22594821
Alignment:
Q  75 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  22594750 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattgg 22594821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 139
Target Start/End: Original strand, 29161667 - 29161764
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  29161667 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgatggattgagatattgtcggtgaatatatatatgttgattggttgtgata 29161764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 21930859 - 21930797
Alignment:
Q  63 atattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21930859 atattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 21930797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Original strand, 29161761 - 29161824
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  29161761 gatactgttggtgaatacatatatgttgattgattgggatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29161824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Original strand, 17084500 - 17084584
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatat 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||| | |||||||||| ||||||    
T  17084500 ggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatactattggtgaatatatatat 17084584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 11374082 - 11374165
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11374082 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11374165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 141
Target Start/End: Original strand, 29161724 - 29161803
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  29161724 gatattgtcggtgaatatatatatgttgattggttgtgatactgttggtgaatacatatatgttgattgattgggatatt 29161803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 16135266 - 16135204
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  16135266 catatatgttgattgactgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 16135204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 23220684 - 23220622
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||    
T  23220684 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattatgatatt 23220622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 121
Target Start/End: Original strand, 4172874 - 4172931
Alignment:
Q  64 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 121  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4172874 tattgttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4172931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 121
Target Start/End: Original strand, 4228483 - 4228540
Alignment:
Q  64 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 121  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4228483 tattgttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4228540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 23220647 - 23220566
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  23220647 catatatgttaattgattatgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatg 23220566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 29161630 - 29161697
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  29161630 catatatgttaattgatgatgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 29161697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 21930843 - 21930762
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| | ||| |||||||||| ||||||||||    
T  21930843 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaactgatggcgattttgttggtgattgcatatatg 21930762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 11374045 - 11374112
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  11374045 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 11374112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 125
Target Start/End: Original strand, 18104732 - 18104767
Alignment:
Q  90 attgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18104732 attgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 18104767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 84
Target Start/End: Original strand, 4172885 - 4172931
Alignment:
Q  38 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatata 84  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  4172885 aatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4172931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 84
Target Start/End: Original strand, 4228494 - 4228540
Alignment:
Q  38 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatata 84  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  4228494 aatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatata 4228540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 25650081 - 25650019
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  25650081 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgcgatatt 25650019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 100 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 21930859 - 21930818
Alignment:
Q  100 atattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  21930859 atattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 21930818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 66 - 124
Target Start/End: Original strand, 22594642 - 22594702
Alignment:
Q  66 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||| |||||||||||    
T  22594642 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattatggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 22594702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 26505737 - 26505689
Alignment:
Q  40 tgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgtt 88  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26505737 tgcatatatgttaattaatggtgatattgttggtgaatccacatatgtt 26505689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 3)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 14993 - 15131
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14993 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 15092  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  15093 tattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgata 15131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 15034 - 15101
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  15034 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 15101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Original strand, 15071 - 15154
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||  ||||||||    
T  15071 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgataatttcggtgaatgtgtatatgtt 15154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 14342909 - 14343046
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342909 ggagttgttgaacaatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 14343008  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    ||||||||||||| || |||| ||| ||| |||||||||    
T  14343009 tattgttggtgaacgcgtatacgttgatt-gttgtgata 14343046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 20455239 - 20455363
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20455239 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 20455338  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  20455339 tattgttggtgaatgcatatatgtt 20455363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 21108533 - 21108409
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21108533 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgagtgtga 21108434  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  21108433 tattgtcggtgaatacatatatgtt 21108409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11964972 - 11964850
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11964972 agttgttgaactaaataatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgagtgtgatattgtcggtgaatacatatatgttaattgattgtgata 11964873  T
Q  103 ttgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    | || ||||||||||||||||||    
T  11964872 tcgtcggtgaatgcatatatgtt 11964850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 20833251 - 20833309
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 59  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20833251 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaagtgatg 20833309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 20455280 - 20455347
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  20455280 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttgg 20455347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 77 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 21108494 - 21108430
Alignment:
Q  77 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||    
T  21108494 tacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgagtgtgatatt 21108430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 69 - 130
Target Start/End: Original strand, 11764773 - 11764833
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11764773 ttggtgaatacatatatattgat-gattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgattg 11764833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11964933 - 11964872
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 140  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  11964933 catatatgttgattgagtgtgatattgtcggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 11964872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 97
Target Start/End: Original strand, 11764802 - 11764837
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11764802 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattg 11764837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 14342950 - 14343017
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  14342950 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 14343017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 23414157 - 23414099
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 59  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||    
T  23414157 ggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatatatatcaattgatg 23414099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Original strand, 20455317 - 20455397
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| | ||||||||    
T  20455317 catatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgatttcatatatg 20455397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 24226728 - 24226764
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 37  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24226728 ggagttgttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 24226764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 40
Target Start/End: Original strand, 33627647 - 33627686
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataat 40  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  33627647 ggagttgttgaactatatgatatagttgaagttgattaat 33627686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 104
Target Start/End: Original strand, 14343051 - 14343085
Alignment:
Q  70 tggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 104  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14343051 tggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 14343085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 11964896 - 11964816
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   ||||| || ||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| ||||||||||    
T  11964896 catatatgttaattgattgtgatatcgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgattgcatatatg 11964816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11401597 - 11401475
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11401597 agttgttgaactatatgataaagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 11401498  T
Q  103 ttgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  11401497 ttgtcggtgaatgcatatatgtt 11401475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 17759585 - 17759729
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatg----ttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgatt 96  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17759585 ggagttgttaaattatatgatatagttgatgcatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggtt 17759684  T
Q  97 gtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  17759685 gtgatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatatt 17759729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 19060905 - 19061049
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatg----ttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgatt 96  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19060905 ggagttgttaaattatatgatatagttgatgcatgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggtt 19061004  T
Q  97 gtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  19061005 gtgatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatatt 19061049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 8603642 - 8603542
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  8603642 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatgtgttaattgataaggatattgttggtgaatacatatatatcaattgattgtgatat 8603543  T
Q  104 t 104  Q
    |    
T  8603542 t 8603542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 5229256 - 5229376
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||    
T  5229256 ggagttgttgaacaatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtga 5229355  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatat 122  Q
    |  ||||||||| |||||||||    
T  5229356 t-gtgttggtgattgcatatat 5229376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 125
Target Start/End: Original strand, 38376997 - 38377078
Alignment:
Q  44 tatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  38376997 tatatgttgattgattatgatattgttggtgaatacatgtatgttaattgattgtgatattgtcagtgaatgcatatatgtt 38377078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 122
Target Start/End: Original strand, 17759687 - 17759747
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  17759687 gatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 17759747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 122
Target Start/End: Original strand, 19061007 - 19061067
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19061007 gatattgttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 19061067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 141
Target Start/End: Original strand, 38376983 - 38377057
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  38376983 tgttggtgaatatgtatatgttgattgattatgatattgttggtgaatacatgtatgttaattgattgtgatatt 38377057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 69 - 130
Target Start/End: Original strand, 11516772 - 11516833
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11516772 ttggtgaatacatatatgttgattgattgagatgttgttggtgaatacatatatgttaattg 11516833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 17392337 - 17392274
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattg 130  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17392337 tgttagtgaatacatatatgttgatttattgtgatgttgttggtgaatacatatatgttaattg 17392274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 125
Target Start/End: Original strand, 5229297 - 5229343
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5229297 catatatgttgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 5229343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 11401558 - 11401496
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  11401558 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatt 11401496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 122
Target Start/End: Original strand, 11516746 - 11516864
Alignment:
Q  6 tgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattg-attgtg-atat 103  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |    
T  11516746 tgttgaactatgtgaaaaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgattgagatgttgttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgt 11516845  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatat 122  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  11516846 tgttggtgattgcatatat 11516864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Original strand, 14181293 - 14181342
Alignment:
Q  76 atacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14181293 atacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 14181342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 17759630 - 17759697
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  17759630 catatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 17759697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 19060950 - 19061017
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||| ||||||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  19060950 catatatgttaattgatgaggatcttgttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttgg 19061017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 125
Target Start/End: Original strand, 40040403 - 40040456
Alignment:
Q  72 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  40040403 gtgaataaatatatgctaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 40040456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 17392301 - 17392241
Alignment:
Q  66 ttgttggtgaatacatatatgttgattg-attgtg-atattgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  17392301 ttgttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgttgttggtgattgcatatatgt 17392241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 125
Target Start/End: Original strand, 37917651 - 37917707
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37917651 ttggtgaataaatatatgctaattgattctgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 37917707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 25105217 - 25105267
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 51  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||    
T  25105217 ggagttgttgaactaaatgatatagttgaagttgattaatgaatacatgtt 25105267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 43428793 - 43428843
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||    
T  43428793 ggagttgttgaactatatgatatagtggaagttgattaatgaatacatgtt 43428843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 123
Target Start/End: Original strand, 38377036 - 38377113
Alignment:
Q  46 tatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||   ||||||||  |||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  38377036 tatgttaattgattgtgatattgtcagtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatg 38377113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 124
Target Start/End: Original strand, 31413599 - 31413647
Alignment:
Q  76 atacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  31413599 atacatatatattgattaattatgatgttgttggtgagtgcatatatgt 31413647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 22331742 - 22331599
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  22331742 ggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatatattaattgatggtgatattgttggt-aatacatatatgttgattgattgtaa 22331644  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattg 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  22331643 tattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattg 22331599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 18534851 - 18534727
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  18534851 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattcttgatgaatacatatatgttaattgattgtga 18534752  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  18534751 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 18534727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Original strand, 24562016 - 24562137
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  24562016 gttgttgaattatatgataaagtcgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattttgatat 24562115  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  24562116 tgtcggtgaatgcatatatgtt 24562137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 6093857 - 6093725
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||   ||    
T  6093857 ggagttgttgaactatatgatatagttattgttgaatattgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacat--------attgatgagga 6093766  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  6093765 tattgttggtgaatacatatatgctgattgattgtgatatt 6093725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 53 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 6093776 - 6093706
Alignment:
Q  53 attgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  6093776 attgatgaggatattgttggtgaatacatatatgctgattgattgtgatattgtcgacgaatgcatatatg 6093706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20272354 - 20272298
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20272354 tgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatg 20272298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 22331670 - 22331582
Alignment:
Q  37 taatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||| |||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  22331670 taatacatatatgttgattgattgtaatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatgtgtt 22331582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 29113200 - 29113144
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29113200 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29113144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 83
Target Start/End: Original strand, 45618691 - 45618754
Alignment:
Q  20 atatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatat 83  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  45618691 atatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatgcatat 45618754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 24562054 - 24562116
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||    
T  24562054 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattttgatatt 24562116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 24840767 - 24840690
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  24840767 gatatggtttgtgaatgcatatatgttgattgattgagatattgttggtgaaaacatatatgttaattgattgtgata 24840690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 18534810 - 18534748
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  18534810 catatatgttgattgattgtgatattcttgatgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 18534748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 20272376 - 20272259
Alignment:
Q  8 ttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgtt 107  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||||||   ||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||| | | || | ||||| |||||    
T  20272376 ttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgctaagtgttggtgattttgtt 20272277  T
Q  108 ggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  20272276 ggtgattgcatatatgtt 20272259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Original strand, 24562091 - 24562172
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  24562091 catatatgttaattgattttgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 24562172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 24840754 - 24840690
Alignment:
Q  38 aatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  24840754 aatgcatatatgttgattgattgagatattgttggtgaaaacatatatgttaattgattgtgata 24840690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 24840779 - 24840720
Alignment:
Q  87 ttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  24840779 ttgattgattgtgatatggtttgtgaatgcatatatgttgattgattgagatattgttgg 24840720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 120
Target Start/End: Original strand, 45618713 - 45618754
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatat 120  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45618713 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatgcatat 45618754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Complemental strand, 43641740 - 43641704
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 37  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43641740 ggagttgttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 43641704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 19434720 - 19434756
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaat 37  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19434720 ggagtttttgaactatatgatgtagttgatgttgaat 19434756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 29113224 - 29113144
Alignment:
Q  8 ttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgtt 88  Q
    ||||| ||||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29113224 ttgaattatatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 29113144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 54
Target Start/End: Original strand, 45619298 - 45619330
Alignment:
Q  22 atagttgatgttgaataatgcatatatgttaat 54  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45619298 atagttgatgttgagtaatgcatatatgttaat 45619330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 33396321 - 33396200
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33396321 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatgttgcatatatgttaattgattaggatattgtcggtgaatacatatatgttgaatgattgtgatat 33396222  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  33396221 tgtcggtgaatgcatatatgtt 33396200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 77185 - 77309
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  77185 ggagttgttaaactatatgatatagttgatggtgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacacatatgttaattgattgtga 77284  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  77285 tattgtgggtgaatgcatatatgtt 77309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 42 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 20821938 - 20821855
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20821938 catatatgttgattgattatgataatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 20821855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 20822009 - 20821876
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||| |     || ||||||||| ||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  20822009 gttgttgaattatatgataaagttgatgtagg----tgaatatatgttgattgattgtgatatggttggtgagtacatatatgttgattgattatgataa 20821914  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  20821913 tgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 20821876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 77226 - 77288
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||    
T  77226 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacacatatgttaattgattgtgatatt 77288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20821901 - 20821820
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  20821901 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 20821820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 46144709 - 46144659
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  46144709 ggagttgttgaactatatgatatagttgaagtggattaatgaatacatgtt 46144659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 3)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 9835 - 9695
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9835 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgataattgatggtgatattgttggtgaatatagatatgttgattgattgtga 9736  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| |||||    
T  9735 tattgttggtcaatacatatatgttaattgattgtcatatt 9695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 9754 - 9674
Alignment:
Q  45 atatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  9754 atatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttaattgattgtcatattgtcggtgagtgcatatatgtt 9674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 9794 - 9727
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  9794 catatatgataattgatggtgatattgttggtgaatatagatatgttgattgattgtgatattgttgg 9727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 5371841 - 5371964
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5371841 ggagttgttga-ctatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 5371939  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  5371940 tattgttggtgaatgcatatatgtt 5371964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 12134894 - 12135029
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  12134894 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatctatgttaattgatgaagatattattggtgaatacatatatgttgattggttatga 12134993  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    ||   || |||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  12134994 ta---tttgtgaatacatatatgttaattgattgtgata 12135029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 150
Target Start/End: Original strand, 17376705 - 17376848
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  17376705 gttgttaaattatatgatttagttgatgttggttaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatata---tgattgattgtgatat 17376801  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattggagat 150  Q
    ||| |||||||||||||||||| | || | ||||| || ||||||||    
T  17376802 tgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggagat 17376848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19558355 - 19558232
Alignment:
Q  2 gagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  19558355 gagttgttgaaccatatgatatagttgatgttgattaatacatatctgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaatggattgttat 19558256  T
Q  102 attgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||| | |||||||| |||||||    
T  19558255 attgtcgatgaatgcagatatgtt 19558232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Original strand, 54364717 - 54364838
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||||   ||| |||||||||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54364717 gttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgatttattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 54364816  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  54364817 tgtcggtgaatgcatatatgtt 54364838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 141
Target Start/End: Original strand, 54364743 - 54364817
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  54364743 tgttggtgaatacatatatgttgatttattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 54364817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 14570277 - 14570156
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14570277 gttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 14570178  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  14570177 tgtcggtgaatgcatatatgtt 14570156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 14570249 - 14570177
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  14570249 ttggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 14570177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 146
Target Start/End: Original strand, 5371881 - 5371948
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  5371881 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttgg 5371948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 125
Target Start/End: Original strand, 12134999 - 12135052
Alignment:
Q  72 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  12134999 gtgaatacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgtt 12135052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Original strand, 5371918 - 5371998
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||| | ||||||||    
T  5371918 catatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-gtgttggtgatttcatatatg 5371998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 124
Target Start/End: Original strand, 13595395 - 13595455
Alignment:
Q  66 ttgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  13595395 ttgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgt 13595455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 14570202 - 14570122
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  14570202 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-ttgtcggtgagtgcatatatg 14570122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 123
Target Start/End: Original strand, 19082354 - 19082410
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||  |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19082354 tgttggtgaatgtatatatattaattgatggtgatattgttggtgaatgtatatatg 19082410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 86
Target Start/End: Original strand, 19082327 - 19082410
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatg 86  Q
    |||| ||||| |||||||| |||| |||||||   |||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||    
T  19082327 agttattgaattatatgatgtagtcgatgttggtgaatgtatatatattaattgatggtgatattgttggtgaatgtatatatg 19082410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 49070761 - 49070703
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatg 59  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||||||    
T  49070761 ggagttgttgagctatattatatagttgatgttgattaatgtatgtatatcaattgatg 49070703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 38763713 - 38763665
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgtt 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  38763713 agttgttgaactatatgatatagttgaagtggattaatgaatacatgtt 38763665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 7)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 5786 - 5907
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  5786 ggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtga 5885  T
Q  101 tattgttggtgaatgcatatat 122  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  5886 tattgtcggtgaatgcatatat 5907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 1406 - 1511
Alignment:
Q  1 ggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  1406 ggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtga 1505  T
Q  101 tattgt 106  Q
    ||||||    
T  1506 tattgt 1511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 1447 - 1509
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  1447 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatatt 1509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 5827 - 5889
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  5827 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatatt 5889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 114
Target Start/End: Original strand, 35993 - 36063
Alignment:
Q  43 atatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaat 114  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35993 atatatgttgattgattgagatattgttagtgaatacatatatgttga-tgattgtgatattgttggtgaat 36063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 146
Target Start/End: Original strand, 35982 - 36058
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| | || |||||||||| ||||    
T  35982 ttggtgaaaatatatatgttgattgattgagatattgttagtgaatacatatatgttga-tgattgtgatattgttgg 36058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 121
Target Start/End: Original strand, 36048 - 36102
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatata 121  Q
    |||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36048 gatattgttggtgaata-----atgttcattgattgtgatattgttggtgaatacatata 36102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 3)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 140
Target Start/End: Original strand, 14112 - 14248
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14112 gttgttgaattatatgatatagttgatgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatggttggtgaatacatatatgttgatcgattgtgatat 14211  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 140  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  14212 tgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 14248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 67 - 146
Target Start/End: Original strand, 14138 - 14217
Alignment:
Q  67 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || | |||||||||| ||||    
T  14138 tgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatggttggtgaatacatatatgttgatcgattgtgatattgttgg 14217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 125
Target Start/End: Original strand, 14207 - 14270
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||| |||||||||||||    
T  14207 gatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatattcggtgcatgcatatatgtt 14270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174 (Bit Score: 63; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0174
Description:

Target: scaffold0174; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 146
Target Start/End: Original strand, 21232 - 21374
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||||   ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21232 gttgtggaattatatgataaagtcgatgttgatgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttagtaaatacatatatgttgattgattgtgatat 21331  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    ||||| ||| | |||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  21332 tgttgatgagtacatatatgttgattgattgcgatattgttgg 21374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 140
Target Start/End: Original strand, 21307 - 21405
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatat 140  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||    
T  21307 catatatgttgattgattgtgatattgttgatgagtacatatatgttgattgattgcgatattgttggtgagtacatatatgttgattgattgtaatat 21405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 6)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 62 - 139
Target Start/End: Original strand, 255643 - 255720
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgata 139  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  255643 gatatttttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatcttaattggttgtgata 255720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 146
Target Start/End: Original strand, 255551 - 255653
Alignment:
Q  44 tatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattat 143  Q
    |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||  ||||||||  |||| |||||||||| |    
T  255551 tatatgttgattgattttgatattgttggtgaatacatatatgtggattgattgtgatattgttagtaaataaatatatgtggattgattgtgatatttt 255650  T
Q  144 tgg 146  Q
    |||    
T  255651 tgg 255653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 146
Target Start/End: Original strand, 255606 - 255690
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatattattgg 146  Q
    ||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  255606 gatattgttagtaaataaatatatgtggattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttgg 255690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 124
Target Start/End: Original strand, 98348 - 98412
Alignment:
Q  62 gatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat--attgttggtgaatgcatatatgt 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| | |||||||||    
T  98348 gatattgttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagttcatatatgt 98412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 102
Target Start/End: Original strand, 255660 - 255720
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgata 102  Q
    |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  255660 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatcttaattggttgtgata 255720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 125
Target Start/End: Original strand, 98324 - 98374
Alignment:
Q  75 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  98324 aatacatatatattgattaattatgatattgttggtgaatatatatatgtt 98374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 58; Significance: 1e-24; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Original strand, 247099 - 247220
Alignment:
Q  4 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 103  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||| |||   ||| |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  247099 gttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatat 247198  T
Q  104 tgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  247199 tgtcggtgaatgcatatatgtt 247220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 141
Target Start/End: Original strand, 247127 - 247199
Alignment:
Q  69 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtgatatt 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  247127 ttggtgaatacatatatgttgattgatagtgatatggttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 247199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 123
Target Start/End: Original strand, 247174 - 247254
Alignment:
Q  42 catatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatg 123  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  247174 catatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat-ttgtcggtgagtgcatatatg 247254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 49; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 11604 - 11488
Alignment:
Q  3 agttgttgaactatatgatatagttga-tgttgaataatgcatatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgat 101  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||  |||||||| ||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  11604 agttgttgagttatattatatagttgaatgttgattaatgcatatatgttgactgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgat 11505  T
Q  102 attgttggtgaatgcat 118  Q
     |||||||||| |||||    
T  11504 tttgttggtgattgcat 11488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11564 - 11518
Alignment:
Q  79 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11564 catatatgttgactgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 11518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 125
Target Start/End: Original strand, 8429 - 8511
Alignment:
Q  43 atatatgttaattgatgaggatattgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    ||||||||| ||||||   |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  8429 atatatgtttattgattgtgatattgttgatggatacatatatgttaattgattgtggcattgtcggtgaatgcatatatgtt 8511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 136
Target Start/End: Original strand, 8429 - 8485
Alignment:
Q  80 atatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtttattggttgtg 136  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||| |||||    
T  8429 atatatgtttattgattgtgatattgttgatggatacatatatgttaattgattgtg 8485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 50
Target Start/End: Original strand, 12239 - 12284
Alignment:
Q  5 ttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12239 ttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgt 12284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 75965 - 75912
Alignment:
Q  72 gtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgtt 125  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  75965 gtgaatacatatgtgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 75912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University