View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14094_high_4 (Length: 404)

Name: NF14094_high_4
Description: NF14094
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14094_high_4
NF14094_high_4
[»] scaffold0054 (3 HSPs)
scaffold0054 (1-389)||(6195-6583)
scaffold0054 (140-389)||(6616-6865)
scaffold0054 (4-116)||(6007-6119)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-389)||(22895371-22895758)
chr6 (1-389)||(22877376-22877764)
chr6 (4-116)||(22895184-22895296)
chr6 (4-114)||(22877188-22877298)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-386)||(19535820-19536205)
chr7 (4-116)||(19535633-19535745)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-376)||(17228073-17228447)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-376)||(196716-197086)
chr2 (4-91)||(196531-196618)
chr2 (3-123)||(196335-196455)


Alignment Details
Target: scaffold0054 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Original strand, 6195 - 6583
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6195 atataaaagggatacattcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 6294  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6295 tccactttttatcaaaagagtaaaccattttttttaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 6394  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 6494  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6495 tccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 6583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 140 - 389
Target Start/End: Original strand, 6616 - 6865
Alignment:
Q  140 aatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatggaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaata 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6616 aatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatggaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaata 6715  T
Q  240 gaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttttccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatg 339  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6716 gaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttttccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatctatg 6815  T
Q  340 atggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6816 atggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagaaaatt 6865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 116
Target Start/End: Original strand, 6007 - 6119
Alignment:
Q  4 taaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttttatct 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||| || |||  | ||||||  |||||||||||||| | ||||     
T  6007 taaaagggacacactcatggtatttctcttataagttttgagtaatttcaaaaatatgacagcaacatgtgaactagtcaaattgttgaagcatgtatcc 6106  T
Q  104 actttttatcaaa 116  Q
    |||||||||||||    
T  6107 actttttatcaaa 6119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Original strand, 22895371 - 22895758
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22895371 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 22895470  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22895471 tccactttttatcaaaagagtaaaccattttttt-accaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 22895569  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22895570 gaactaaaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 22895669  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22895670 tccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagataatt 22895758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Original strand, 22877376 - 22877764
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22877376 atataagagggatacattcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 22877475  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22877476 tccactttttatcaaaagagtaaaccattttttttaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 22877575  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22877576 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctgcagagggatgaacttt 22877675  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22877676 tccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagagaatt 22877764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 116
Target Start/End: Original strand, 22895184 - 22895296
Alignment:
Q  4 taaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttttatct 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||| || |||  | |||||| ||||||||||||||| | ||||     
T  22895184 taaaagggacacactcatggtatttctcttataagttttgagtaatttcaaaaatatgacagcaacatgtgaactagccaaattgttgaagcatgtatcc 22895283  T
Q  104 actttttatcaaa 116  Q
    |||||||||||||    
T  22895284 actttttatcaaa 22895296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 114
Target Start/End: Original strand, 22877188 - 22877298
Alignment:
Q  4 taaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttttatct 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||| || |||  | ||||||  |||||||||||||| | ||||     
T  22877188 taaaagggacacactcatggtatttctcttataagttttgagtaatttcaaaaatatgacagcaacatgtgaactagtcaaattgttgaagcatgtatcc 22877287  T
Q  104 actttttatca 114  Q
    |||||||||||    
T  22877288 actttttatca 22877298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 19535820 - 19536205
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  19535820 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgatagaaactcgcaaactaaccaaattgttgaagcttgta 19535919  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| |||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19535920 tccactttttatcaaaagagtaacccattttttttaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaacg 19536019  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19536020 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctacaaagggatgaacttt 19536119  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatcaatcctagaga 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19536120 tccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatatatgatggtacgtcattaggttgacttgttgataagtatcgatcctagaga 19536205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 4 - 116
Target Start/End: Original strand, 19535633 - 19535745
Alignment:
Q  4 taaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttttatct 103  Q
    ||||| || ||||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||| |  |||| ||||||| | || |||| |||||| ||||||     
T  19535633 taaaaagggcacactcatgacatttctctgataagttttgagaaattttaaaaatttgacaagaacttgcgaacttaacatattgctgaagcatttatcc 19535732  T
Q  104 actttttatcaaa 116  Q
    |||||||||||||    
T  19535733 actttttatcaaa 19535745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 17228073 - 17228447
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17228073 atataaaagggacacacttgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgacagaaactcgcaaactaaccaaattgttgaagcttgta 17228172  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17228173 tccactttttatcaaaagagtaa-ccgatttttttaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 17228271  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17228272 gaactacaacttagcatgttttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcttgcaaagggatgaacttt 17228371  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatca 376  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17228372 tccttgtgattgagttcacctcatcctgtatcatctatgatggtacgtcattaggttgacttgttgataagtatca 17228447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 196716 - 197086
Alignment:
Q  1 atataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagctttta 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  196716 atataaaagggacacacttgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgacagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttgta 196815  T
Q  101 tctactttttatcaaaagtgtaaaccannnnnnnnaccaaatttcattacatacaaaaataagttacgaacttataacaaaatgataatatcttccaatg 200  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  196816 tccactttttatcaaaagagtaa-ccgatttttttaccaaatttcattacatacaaaaataagttacaaacttataaaaaaatgataatatcttccaatg 196914  T
Q  201 gaactacaacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctgtcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196915 gaactataacttagcatgtcttgttataattttacaatagaactataactcatcaagtcctatcactaatttacaaatttcctgcaaagggatgaacttt 197014  T
Q  301 tccttgtgattgagttcacctcaacctgtatcatctatgatggcacgttattaggttgacttgttgataagtatca 376  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  197015 tccttgtgattgagtccacctcatcatgtatcgtctatgatg----gtcattaggttgacttgttgataagtatca 197086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 91
Target Start/End: Original strand, 196531 - 196618
Alignment:
Q  4 taaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttg 91  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||| ||| || |||| | |||||| |||||||||||    
T  196531 taaaagaggcacactcatggtatttctcttataaatttttagtaatttcaaaaatttgacagcaacttgtgaactagccaaattgttg 196618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 123
Target Start/End: Original strand, 196335 - 196455
Alignment:
Q  3 ataaaagggacacactcgtggtatttctatgataagtttttagaaatttcaaaaatatgaaagaaactcgcgaactaaccaaattgttgaagcttttatc 102  Q
    ||||||||| ||||||| ||  |||| | | ||||||||| | |||||| |||||| ||| |  |||| ||||||| | |||||||||||||| |||| |    
T  196335 ataaaaggggcacactcatgacatttatcttataagttttgataaattttaaaaatttgacaagaacttgcgaacttaacaaattgttgaagcatttacc 196434  T
Q  103 tactttttatcaaaagtgtaa 123  Q
     || |||||| ||||| ||||    
T  196435 cacattttattaaaagagtaa 196455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University