View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14097_low_2 (Length: 698)

Name: NF14097_low_2
Description: NF14097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14097_low_2
NF14097_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-682)||(10670275-10670941)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 10670941 - 10670275
Alignment:
Q  15 aatatggtttaatacatgagtcacatgagttttcaactagaggtttgtaaaagttgatggaggtgatattcatcttttgcttctttgattttatttatct 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10670941 aatatggtttaatacatgagtcacatgagttttcaactagaggtttgtaaaagttgatggagatgatattcatcttttgcttctttggttttatttatct 10670842  T
Q  115 tctaacacctcaaatgtttgagacatggtttaattttattcaaattttaatctctggnnnnnnnnggttagaggttttatgcatcatgtttgaagagttc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10670841 tctaacacctcaaatgtttgagacatggttta-ttttattcaaattttaatctctggttttgtttggttagaggttttatgcatcatgtttgaagaattc 10670743  T
Q  215 ataataaatgtctttggagaggcaatcaaacttaaggtataatcattgtttttaatcatgacttgaaatttattgttaaactatattagtttcttaattg 314  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10670742 aaaataaatgtctttggagaggcaatcaaacttaaggtataatcattgtttttaatcatgacttgaaatttattgttaaactatattagtttcttaattg 10670643  T
Q  315 aaacaattatggtttggatgattttccactaaaaacaaatctgattcagaaattagtggtaactttttaacctattagcgactttctattggaacaaaat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10670642 aaacaattatggtttggatgattttcctctaaaaacaaatctgattcagaaattagtgggaactttttaacctattagtgactttctcttggaacaaaat 10670543  T
Q  415 aggtacgattctaattcaatttatctacttttcttccttatctattaccaattggatccatgtttttggagttcttcgactgcttaggttgataagtaca 514  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10670542 aggtacaattctaattcaatttatctacttttctcccttatctattaccaattggatccatgtttttggagttcttcgactgcttaggttgataaataca 10670443  T
Q  515 atgtatgcatttgttgttaactttattctctacataatatgtttggtatccataacttgcatctgatttactttgtttcagatgtcacttttttaatact 614  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10670442 atgtatgcatttgttgttaactttcttctctacataatatgtttggtatccataacttgcatctgatttactttgtttcagatgtcacttttttaatact 10670343  T
Q  615 catttttgaaatttaaagcaaattgcttgtcatataaattcttctatcttaacagttctgatgtttat 682  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10670342 catttttgaaatttaatgcaaattgcttgtcatataaattcttctatcttaacagttctgatgtttat 10670275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University