View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14104_low_2 (Length: 698)

Name: NF14104_low_2
Description: NF14104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14104_low_2
NF14104_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-679)||(46465666-46466327)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Original strand, 46465666 - 46466327
Alignment:
Q  18 atgtgcaagagttgttcgttggcgatgcaacaaaggcattaataagtgcaacactgttttaaacgaacggtgtatactcgttaaatagttctgtagaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46465666 atgtgcaagagttgttcgttggcgatgcaacaaaggcattaataagtacaacactgttttaaacgaacggtgtatactcgttaaatagttctgtagaacc 46465765  T
Q  118 ttttccacttttaaacatacggtgtatatgaattcaattcaatttattgttgttgcacaaatcaagtatctgcgtaattagagatgaaacaatcatgctc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46465766 ttttccacttttaaacatacggtgtatatgaattcaattcaattttttgttgttgcacaaatcaagtatctgcgtaattagagatgaaacaatcatgctc 46465865  T
Q  218 gcgtaggattgaaatagttggaaagctctcaacaaaatttagcagttctagaatttgatttttgaatttgagatcactggttaaattaaaagagactagt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46465866 gcgtaggattgaaatagttggaaagctctcaacaaaatttagcagttctagaatttgatttttgaatttgagatcactggttaaattaaaagagactagt 46465965  T
Q  318 actttatctttgaagtattcttgcataaagcgctgaaatgtgtggaacaaagaaaataatggagtgtagttttaacaaatcttaagcttatattacacga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46465966 actttatctttgaagtattcttgcataaagcgctgaaatgtgtggaacaaagaaaataatggagtgtagttttaacaaatcttaagcttatattacccga 46466065  T
Q  418 ggttatatatattagagtaatctaacaaatcttaacctcgttctctaagcttatggcatatggataaattgtggggcttcaaaaacttcagataataata 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46466066 ggttatatatattagagtaatctaacaaatcttaacctcgttctctaagcttatggcatatggataaattgtggggcttcaagaacttcagataataata 46466165  T
Q  518 taatataacttcatagttactaagaaggaattagttgataaattgatagagtcttcttgacacaattgttgtaactgaatatcactagttgaagtggttg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466166 taatataacttcatagttactaagaaggaattagttgatacattgatagagtcttcttgacacaattgttgtaactgaatatcactagttgaagtggttg 46466265  T
Q  618 aaccacaatgcaagacaagactaataattataatagaaccacaatggattcgaccgttcatt 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466266 aaccacaatgcaagacaagactaataattataatagaaccacaatggattcgaccgttcatt 46466327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University