View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14107_low_1 (Length: 620)
Name: NF14107_low_1
Description: NF14107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14107_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 12751939 - 12751337
Alignment:
| Q |
2 |
gaacagatacaaatagaaatcgtggtcaaagatgttgtactataatattttaaattatagcannnnnnnnaggacgataatattttaaatgttagcattg |
101 |
Q |
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| T |
12751939 |
gaacagatacaaatagaaatcgtggtcaaggatgttgtactataatattttaaataatagcatttttttt-ggacaataatattttaaatgatagcattg |
12751841 |
T |
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| Q |
102 |
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201 |
Q |
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| T |
12751840 |
gtgatgataaatattactagtgatttaaggcatatccccatcttcccaatatttgttgtttgtttaatacatgagtagattacgatgtcaaactgtttgc |
12751741 |
T |
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| Q |
202 |
accgatgagtagattcccttcagtggattttggtgcttgagtttagttaatgtaactaattggcctgtcattacgatatttgtcaagattgattattgaa |
301 |
Q |
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| T |
12751740 |
accgatgagtagatccccttcggttgattttggtgcttgagtttagttaatgtaactaattggcctgtcattacgatatttgtcaagattgattattgaa |
12751641 |
T |
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| Q |
302 |
cattgattatatctgagggcaagaataactaaataatctttctttatttaatgcaacatttaagacat--caattactaagcaactcttgatcatgtcga |
399 |
Q |
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| T |
12751640 |
cattgattatatctgagggcaagaataactaaataatctttctttatttaatgcaacatttaagacatcccaattactaagcaactcttgatcatgtcga |
12751541 |
T |
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| Q |
400 |
gcactttgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaatgcctttcccagttccttctttagttgtta |
499 |
Q |
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| T |
12751540 |
gcacttcgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaatgcctttcccagttccttcttcagttgtta |
12751441 |
T |
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| Q |
500 |
ctattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggnnnnnnnnccttccatgggacaagaggtcatatgagaatgatcttcctgatcatg |
599 |
Q |
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| T |
12751440 |
ctattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgagg-tttttttccttccacgggacaagaggtcacatgagaatgatcttcctgatcatg |
12751342 |
T |
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| Q |
600 |
acctt |
604 |
Q |
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| T |
12751341 |
acctt |
12751337 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 12814901 - 12814299
Alignment:
| Q |
2 |
gaacagatacaaatagaaatcgtggtcaaagatgttgtactataatattttaaattatagcannnnnnnnaggacgataatattttaaatgttagcattg |
101 |
Q |
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| T |
12814901 |
gaacagatacaaatagaaatcgtggtcaaggatgttgtactataatattttaaataatagcatttttttt-ggacaataatattttaaatgatagcattg |
12814803 |
T |
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| Q |
102 |
gtgatgataaatattactagtgatttaaggcatatccccatcttcccaatatttgttgtttgtttaatacatgagtagattacgatgtcaaactgtttgc |
201 |
Q |
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| T |
12814802 |
gtgatgataaatattactagtgatttaaggcatatccccatcttcccaatatttgttgtttgtttaatacatgaggagattacgatgtcaaactgtttgc |
12814703 |
T |
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| Q |
202 |
accgatgagtagattcccttcagtggattttggtgcttgagtttagttaatgtaactaattggcctgtcattacgatatttgtcaagattgattattgaa |
301 |
Q |
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| T |
12814702 |
accgatgagtagattcccttcggtggattttggtgcttgagtttagttaatgtaactaattggcctgtcattacgatatttgtcaagattgattattgaa |
12814603 |
T |
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| Q |
302 |
cattgattatatctgagggcaagaataactaaataatctttctttatttaatgcaacatttaagacat--caattactaagcaactcttgatcatgtcga |
399 |
Q |
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| T |
12814602 |
cattgattatatccgagggcaagaataactaaataatctttctttatttaatgcaacatttaagacatcccaattactaagcaactcttgatcatgtcga |
12814503 |
T |
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| Q |
400 |
gcactttgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaatgcctttcccagttccttctttagttgtta |
499 |
Q |
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| T |
12814502 |
gcacttcgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaatgcctttcccagttccttcttcagttgtta |
12814403 |
T |
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| Q |
500 |
ctattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggnnnnnnnnccttccatgggacaagaggtcatatgagaatgatcttcctgatcatg |
599 |
Q |
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| T |
12814402 |
ctattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggtttttttt-cttccacgggacaagaggtcacatgagaatgatcttcctgatcatg |
12814304 |
T |
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| Q |
600 |
acctt |
604 |
Q |
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| T |
12814303 |
acctt |
12814299 |
T |
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