View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14109_low_2 (Length: 648)

Name: NF14109_low_2
Description: NF14109
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14109_low_2
NF14109_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-648)||(4386666-4387298)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 648
Target Start/End: Original strand, 4386666 - 4387298
Alignment:
Q  13 cataggtcaggtaatgtaactttatatcaaacctcaacaacacttcactttctaccaatctctagttaggactttacatcttataacatgctttacactt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4386666 cataggtcaggtaatgtaactttatatcaaacctcaacaacacttcactttccaccactctctagttaggactttacatcttataacatgatttacactt 4386765  T
Q  113 ggtagtaatctaaacttgaccaatttaagtttggtttaggccacataagtatgattatgtttggctggtgataaggatgaagaaaagctaagaatatatc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4386766 ggtagtaatctaaacttgaccaatttaagtttggttaaggccacataagtatgattatgtttgg----tgataaggatgaagaaaagctaagaatatatc 4386861  T
Q  213 acatggaaatggtgatatgccaagtggatcaaatttaaaacaaagatataaaaataattcaccaatatatatataattaagtttgctaagacatatagct 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4386862 acatggaaatggtgatatgccaagtggatcaaatttaaaacaaagatataaaaataattcaccaatatatatataattaactttgctaagacatatagct 4386961  T
Q  313 gtgattcagtagagagcatcannnnnnnnn-gggtatggtttggcttatatattcgtctttttaaaaggaaactcacatgtgtgtgcagccaagaatcat 411  Q
    |||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4386962 gtgattcagtagagagcatcattttttttttgggtatggtttggcttatatattcgtctttttaaaaggaaactcacatgtgtgtgcagccaagaatcat 4387061  T
Q  412 ggggacatggttatgtgtatcacggtacgtttctctataattgtgactaattggtaccttatattatggctgtgattcatgccattccgatgccattggt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387062 ggggacatggttatgtgtatcacggtacgtttctctataattgtgactaattggtaccttatattatggctgtgattcatgccattccgatgccattggt 4387161  T
Q  512 atttggttaaaacaattccaatgaaaggtttcaactattgctnnnnnnngggctaggaaaaacgcaaatataatcacctttacatgccatgtgcgtgcca 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387162 atttggttaaaacaattccaatgaaaggtttcaactattgctaaaaaaagggctaggaaaaacgcaaatataatcacctttacatgccatgtgcgtgcca 4387261  T
Q  612 aaaggccacatggtttagcttatcattcttctgatga 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387262 aaaggccacatggtttagcttatcattcttctgatga 4387298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University