View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1411-Insertion-1 (Length: 1059)

Name: NF1411-Insertion-1
Description: NF1411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1411-Insertion-1
NF1411-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-958)||(12511815-12512788)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 958
Target Start/End: Original strand, 12511815 - 12512788
Alignment:
Q  8 atgttttggttatctagtttcaacacagttcacaagaaaaagaaagtagtttgaacacatgatatatcaattacatatctattaatcttaattaatcatt 107  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  12511815 atgttgtggttaactagtttcaacacagttcacaagaaaaagaaagtagtttgaacacatgatatatcaattacatatctattaatcgtaattaataatt 12511914  T
Q  108 ttttcaatgggatgaataatctatttaaattgctttaatcacttaagaattcatcgtaaaagnnnnnnnaaaagctaaattaacccaactaaattaatac 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12511915 tttttaatgggatgaataatctatttaaattgctttaatcacttaagaatttgtcgtaaaagtttttttaaaagctaaattaacccaactaaattgatac 12512014  T
Q  208 cggagagaatttaaaccgagtccaaggtacatacgtcaaggttccaagccaacactatcaaactaactcaagtggattttgaattcgtcgtacatgttat 307  Q
     ||||||||| | ||| |||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512015 tggagagaatatcaactgagttcaaggtgcatactttaaggtcccaagccaacactatcagaccaactcaaatggattttgaattcgtcgtacatgttat 12512114  T
Q  308 gtaaaagatcatggattaaaattacacgattctaatatgtaggagattaaaatttaaaagggaaactaattttatataagataattaaaacttcaccttc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512115 gtaaaagatcatggattaaaattacacgattctaatatgtaggagattaaaatttaaaagggaaactaattttatataagataattaaaacttcaccttc 12512214  T
Q  408 atttttgttttgttttggtcaaaataagttttactgttgttaacttccaacttacattctttcaaattgcatgccctaaagattaaactcaagttaatat 507  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512215 atttttgttttgtttcggtcaaaataagttttactgttgttaatttccaacttacattctttcaaattgcatgccctaaagattaaactcaagttaatat 12512314  T
Q  508 tctttaagccaacttgtctctttcnnnnnnnggcataagccaacttgtctctttctcttgtgtaa----------------gtaaattactgcaaaattt 591  Q
    ||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||    
T  12512315 tcttttagccaacttgtctctttctttttttggcataagccaacttgtctctttctcttgtgtaagtaaattactaatcatgtaaattactgcaaaattt 12512414  T
Q  592 atccatagctagagagcttggaagttggctaagccgtagccgaggctgttcgtttaaagtacaaagcagacaatacaacaagaagcatacaaaattaggg 691  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512415 atccatagctagagagcttgggagttggctaagccgtagccgaggctgttcgtttaaagtacaaagcagacaatacaacaagaagcatacaaaattaggg 12512514  T
Q  692 cacaaacaaagaacgggttcgcaacgttaaatcataaccctaatatacattataatatcaattgataaagtttatttatagcttctagtgacgtattgga 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512515 cacaaacaaagaacgggttcgcaacgttaaatcataaccctaatatacattataatatcaattgataaagtttatttatagcttctagtgacgtattgga 12512614  T
Q  792 atttagcagttgttgatagaatgaattaa-ggctccacttatttttgtacccttg-tttttcttctgtttccatttaccctt-aatgctttc-gctta-t 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |    
T  12512615 atttagcagttgttgatagaatgaattaagggctccacttatttttgtacccttgttttttcttctgtttccatttacccttaaatgctttcaccttatt 12512714  T
Q  887 tttatatgatatgatttaggatta-ttaatttgttgc-aattgtgtttagcgggtgaaattaagatggctattt 958  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512715 tttatatgatatgatttaggattatttaatttgttgcaaattgtgtttagcgggtgaaattaagatggctattt 12512788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University