View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14111_low_1 (Length: 851)

Name: NF14111_low_1
Description: NF14111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14111_low_1
NF14111_low_1
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (1-840)||(20218-21042)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-781)||(43434793-43435562)
chr4 (1-749)||(43426320-43427057)
chr4 (417-750)||(43440691-43441025)
chr4 (1-199)||(43443558-43443756)
chr4 (10-305)||(43422175-43422470)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (527-719)||(41930402-41930602)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-248)||(40186240-40186487)
chr5 (528-625)||(40186762-40186860)


Alignment Details
Target: scaffold0252 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 21042 - 20218
Alignment:
Q  1 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 100  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21042 tcatgacagacactcttcgtctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 20943  T
Q  101 tccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20942 tccgttgataactagatttctttccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggactatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatc 20843  T
Q  201 cgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcatt 300  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20842 cgaaag---aattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagacccttaagtaatgccaaccacctttttgacaacattctgcatt 20746  T
Q  301 gcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaacttgttgaaatcg 400  Q
    |||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  20745 gcattctgc------------tcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaactccttgaaatcg 20658  T
Q  401 tcacatgtgtctcttcatctaaatagaaccctttttccttcatagccctatgaacaatccaaaactctttcatactcttattactagctagaaccctaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20657 tcacatgtgtctcttcatctaaatagaaccctttttctttcatagccctaagaacaatccaaaactctttcatactcttattactagctagaaccctaag 20558  T
Q  501 aaccaactataaaccgaagaactagccataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20557 aaccaactataaaccgaagaactagccataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttca 20458  T
Q  601 aaacataaacaagagtttcatgggtcaatgattcacgacattcttccaactctttctctaactcttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20457 aaacataaacaagagtttcatgggtcaatgattcacgacatgcttccaa--------------cttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaat 20372  T
Q  701 catgttgggttttgaagaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaacataacaaatctttgaatcgattc--------------aaaagaggaagaa 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||              |||||||||||||    
T  20371 catgttgggttttgaagaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaacataacaaatctttggatcgattccaaagagggagtgaaaaagaggaagaa 20272  T
Q  787 gaaaagtgagaaacctggttcaagttccgagctgcgagaactcgtgatgatgat 840  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  20271 gaaaagtgagaaacctggttctggttccgagctgtgagaactcgggatgatgat 20218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 43435562 - 43434793
Alignment:
Q  1 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43435562 tcatgaccgacactcttcatctcctcaataatactccaaaactcctcaattgattccatccttggaagaactctagcaactgcattataagtcactgtat 43435463  T
Q  101 tccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatc 200  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43435462 tctgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaagggactatctcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattatc 43435363  T
Q  201 cgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43435362 cgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttaacaacattctgcatt 43435263  T
Q  301 gcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaacttgttgaaatcg 400  Q
    ||||| |||            |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||  || |||||||    
T  43435262 gcattttgc------------tcaagcatccctttatagaaatgtgaaagtgcaacaatatcactcttcaaattctcccttttcaaacccgtagaaatcg 43435175  T
Q  401 tcacatgtgtctcttcatctaaatagaaccctttttccttcatagccctatgaacaatccaaaactctttcatactcttattactagctagaaccctaag 500  Q
    ||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||    
T  43435174 tcaaatacgtctcttcatctaaataaaaccctttttccttcatagccctaagaacaatccaaaactctttcatctccttattactagctaaaaccctaag 43435075  T
Q  501 aaccaa-ctataaaccgaagaactagccataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttc 599  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43435074 aaccaagctataaaccgaagaacttgccataaaccactctttctcactgacccaattgaaaaaggtaaaaactttaattgggtttttatccaatcgcttc 43434975  T
Q  600 aaaacataaacaagagtttcatgggtcaatgattcacgacattcttccaactctttctctaactcttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaa 699  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43434974 aaaacataaacaacagtttcatgagtcaatgattcacgacatgcttccaactctttctctaactcttcagaccaatcattggtaaaaacacgctccaaaa 43434875  T
Q  700 tcatgttgggttttgaagaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaacataacaaatctttgaatcgattcaaaagagg 781  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  43434874 tcatgttgggttttgaagaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaacataacaaatctttggatcggttcaaaagagg 43434793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 43427057 - 43426320
Alignment:
Q  1 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43427057 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaacttctcaattgactccattctaggaagaactctagcaactgcattataagtcactgtat 43426958  T
Q  101 tccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatc 200  Q
    || || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  43426957 tctgtagataaccagattgctttccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggactatttcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattgtc 43426858  T
Q  201 cgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcatt 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43426857 cgaaagttgaattttaaccttctcgagttcattctcaatctcattgtcccaatcagaccctgaaataataccaaccacctttttgacaacactctgcatt 43426758  T
Q  301 gcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaacttgttgaaatcg 400  Q
    |||| ||||            |||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||  ||  ||||       
T  43426757 gcatcctgc------------tcaagcatccctttatagaaacgtgaatactcaacaacatcactcttcatcttcgcctttttcaaatctgccgaaagta 43426670  T
Q  401 tcacatgtgtctcttcatctaaatagaaccctttttccttcatagccctatgaacaatccaaaactctttcatactcttattactagctagaaccctaag 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||| ||    
T  43426669 tcaaatgtgtctcttcatctaaataaaacccattttccttcatagccttaagaacaatccaaaactctttcatattcttattcctagctaaaatcctgag 43426570  T
Q  501 aaccaa-ctataaaccgaagaactagccataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttc 599  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  43426569 aaccaagctataagccgaagaactagccataaaccactctttctcactgacccaattgaaaaaggtgaaaactttaagagggttattatccaatcgcttc 43426470  T
Q  600 aaaacataaacaagagtttcatgggtcaatgattcacgacattcttccaactctttctctaactcttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaa 699  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  43426469 aaaacataaacaacagtttcatgggtcaatgattcacgacattcttcaaattctttctctaactcttcagaccaatcattggtgtaaacacgctctaaaa 43426370  T
Q  700 tcatgttgggttttgaagaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaa 749  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  43426369 ttgagttgggttttgaagaaaaatagtgttttttatgactgttgtgaaaa 43426320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 417 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 43441025 - 43440691
Alignment:
Q  417 atctaaatagaaccctttttccttcatagccctatgaacaatccaaaactctttcatactcttattactagctagaaccctaagaaccaa-ctataaacc 515  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  43441025 atctaaatagaaccctttatccatcatagccttaagaacaatccaaaactctttcatcttcttgttactagctaaaaccgtaagaactaagctataaacc 43440926  T
Q  516 gaagaactagccataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttcaaaacataaacaagag 615  Q
    ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||    
T  43440925 gaagaactttacataaaccaatctttctcactaacccaattgaaaaaggtaaaaactttaattgggtttttatccaatcgatttaaaacataaacaacag 43440826  T
Q  616 tttcatgggtcaatgattcacgacattcttccaactctttctctaactcttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaatcatgttgggttttga 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43440825 tttcatgggtcaatgattcacgacatgcttccaactctttctctaactcttcagaccaatcgttggtgtaaacacgctctaaaatcatgttgggttttga 43440726  T
Q  716 agaaaaatagtgtttttgatgattgttgtgaaaac 750  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43440725 agaaaaacagtgtttttgatgattgttgtgaaaac 43440691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 43443756 - 43443558
Alignment:
Q  1 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43443756 tcatgaccgacactcttcatctcctcaataatactccaaaactcctcaattgattccatccttggaagaactctagcaactgcattataagtcactgtat 43443657  T
Q  101 tccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 199  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43443656 tctgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaagggactatctcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattat 43443558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 43422470 - 43422175
Alignment:
Q  10 acactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtattccgttgat 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| || | |||  ||||||    
T  43422470 acactcttcatctccgcaagaatactccaaaactcctcaattgaatccatcctagcaagaactctagcaactgcattgtaagtcacagcattatgttgat 43422371  T
Q  110 aactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatccgaaagctg 209  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||  ||||| ||| |||||||||  ||    
T  43422370 aaccagattgcttcccaacccaataaaaaaagttgtaaccctttaaaggacaacttcgaagctctttcaaaacccgtatcacaaaactatccgaaaattg 43422271  T
Q  210 aattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcattgcatt 305  Q
    ||| |||| ||   | || |||||| |||||| |||| |||| ||||| ||| |||| |  | ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||    
T  43422270 aatcttaagctctacaagctcattcacaacctcatcaccccactcagatcctaaaatcacactaaccaccttgttgaaaacaacctgccttgcatt 43422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 527 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 41930602 - 41930402
Alignment:
Q  527 cataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttcaaaacataaacaagagttt-------- 618  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||            
T  41930602 cataaaccaatctttatcactaacccaattgataaaggtaaaaactttaattaggtttttatccaatcactttaaaacataaacaacagtttgccagttt 41930503  T
Q  619 catgggtcaatgattcacgacattcttccaactctttctctaactcttgagaccaatcattggtaaaaacacgctctaaaatcatgttgggttttgaaga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41930502 catgggtcaatgattcacgacatgcttccaactctttctctaactcttcagaccaatcgttggtgtaaacacgctctaaaatcatgttgggttttgaaga 41930403  T
Q  719 a 719  Q
    |    
T  41930402 a 41930402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 40186240 - 40186487
Alignment:
Q  1 tcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||||||| |||||   ||| ||||| || ||||    
T  40186240 tcatgaccgacactcttcatctcctcga---tactccaaaactcctcaattgagtccatcttagcaagaactcttgcaacataattgtaagtcacggtat 40186336  T
Q  101 tccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatc 200  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | ||||| ||| ||  ||||| ||||| |||| |||    
T  40186337 tatgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttgtaagcctttaaaggacgattttgaagcccttccaaaacccttatcacaaaatcatc 40186436  T
Q  201 cgaaa---gctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatc 248  Q
     | ||   | |||||| |||| ||  | |||| ||||||||||||||||||    
T  40186437 agtaagttgttgaattctaacatttgcaagttgattctcaaccttatcatc 40186487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 528 - 625
Target Start/End: Original strand, 40186762 - 40186860
Alignment:
Q  528 ataaaccactctttctcactgacccagttgaaaaaggtaaaaactttaagtgggtttttatccaatcgcttc-aaaacataaacaagagtttcatgggt 625  Q
    |||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||| |||| || | ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  40186762 ataaaccattgtttctgagtgacccagttgaaaaaagaaaaaactttatgtggtttatgatccaatcgcttcaaaaacgtaaacaacagtttcatgggt 40186860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University