View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14117_high_15 (Length: 531)
Name: NF14117_high_15
Description: NF14117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14117_high_15 |
 | |
|
| [»] scaffold0110 (3 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0110 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0110
Description:
Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 521
Target Start/End: Original strand, 12336 - 12845
Alignment:
| Q |
19 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagtatgaac---acatttaacttgccaaataacatatt |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12336 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcagaagcaatccaaaatccttagtatgaaccttacatttaacttgccaaataacatatt |
12435 |
T |
|
| Q |
116 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagcta |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12436 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagcta |
12534 |
T |
|
| Q |
216 |
aattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaa |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12535 |
aattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaa |
12634 |
T |
|
| Q |
316 |
tccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgattact |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12635 |
tccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgattact |
12734 |
T |
|
| Q |
416 |
tactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttcc |
510 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12735 |
tactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttcc |
12834 |
T |
|
| Q |
511 |
ttaaacctatg |
521 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
12835 |
ttaaacctatg |
12845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #2
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 521
Target Start/End: Original strand, 20073 - 20582
Alignment:
| Q |
19 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagtatgaac---acatttaacttgccaaataacatatt |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20073 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcagaagcaatccaaaatccttagtatgaaccttacatttaacttgccaaataacatatt |
20172 |
T |
|
| Q |
116 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagcta |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20173 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagcta |
20271 |
T |
|
| Q |
216 |
aattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaa |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20272 |
aattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaa |
20371 |
T |
|
| Q |
316 |
tccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgattact |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20372 |
tccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgattact |
20471 |
T |
|
| Q |
416 |
tactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttcc |
510 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20472 |
tactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttcc |
20571 |
T |
|
| Q |
511 |
ttaaacctatg |
521 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
20572 |
ttaaacctatg |
20582 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #3
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 19 - 517
Target Start/End: Original strand, 29198 - 29701
Alignment:
| Q |
19 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagtatgaac---acatttaacttgccaaataacatatt |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29198 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaattaatccaaaatccttagtatgaaccttacatttaacttgccaaataacatatt |
29297 |
T |
|
| Q |
116 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcg--cgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagc |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29298 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtgtgtggccgcgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagc |
29397 |
T |
|
| Q |
214 |
taaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc--tatatacatatttgatcaaaactagatgaaa |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
29398 |
taaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatatttctatatatacatatttgatcaaaacaagatgtag |
29497 |
T |
|
| Q |
312 |
caaatccatagctcccttaataattga--ttaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcg |
409 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29498 |
aaaatcca--------ttaataatcaattttaaactattgatgcagatggaactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcgtactacaacagattgatcg |
29589 |
T |
|
| Q |
410 |
attacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaata-----gtagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttt |
504 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
29590 |
attacttgctagaaaagggtaattttttatgtatccctagtcgaaatactaacatagttttggaaatgtaatgtt-aattttaatcgctcgttgtgtttt |
29688 |
T |
|
| Q |
505 |
tgttccttaaacc |
517 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
29689 |
tgttccttaaacc |
29701 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University