View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1411R-Insertion-2 (Length: 956)

Name: NF1411R-Insertion-2
Description: NF1411R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1411R-Insertion-2
NF1411R-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-956)||(38719575-38720530)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 38720530 - 38719575
Alignment:
Q  9 gcatgacccaagtcgcgcagccatgtgaatagggtatacattggtttcttcagtagtttgcactactagttctgtatccacaccattacttaaaagtata 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38720530 gcatgacccaagtcgcgcagccatgtgaatagggtgtacattggtttcttcagtagtttgcactactagttctgtatccacaccattacttaaaagtata 38720431  T
Q  109 ttcaatgctctttcattgttgcacatgatggtgtggtgcaagagagttctttcaatgtggaaactattaggtgagaggtgatagagaagcatattgagta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38720430 ttcaatgctctttcattgttgcacatgatggtgtggtgcaagagagttcttccaatgtggaaactattaggtgagaggtgatagagaagcatattgagta 38720331  T
Q  209 tagtaccagttgattcaaaatactctacagcgcaccatgtgattgaataaggctcagctagtccaacacctacacgaaattcttctcctgtatctgtttc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38720330 tagtaccagttgattcaaaatactctacagcacaccatgtgattggataaggctcagctagtccaacacctacacgaaattcttctcctgtatctctttc 38720231  T
Q  309 ccaagaccaagctcctaatttgaccttggtatctagccttacaccaacctgtttgcaaaaatcagaaaataagttcctcttttagagattggtcaatatt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38720230 ccaagaccaagctcctaatttgaccttggtatctagccttacaccaacctgtttgcaaaaatcagaaaattagttcctctttcagagattggtcaatatt 38720131  T
Q  409 atgcaaaataactgcacacaatgtagaaacttgacaggccaatattggattttagtaaattttgataatattgagc-aagtgttttgagaaaaactcaag 507  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38720130 atgcaaaataactgtacacaatgtagaaacttgacaggctaatattggattttagtaaattttgataatattgagcaaagtgttttgagaaaaactcaag 38720031  T
Q  508 ccccatgttaaaaagagataacgtttgaaaattgtttttaaagagaaaaagaatcattttacatacagttctgtatgaatgaattaaaactaatattaat 607  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38720030 ccccatattaaaaagatataatgtttgaaaattgtttataaaga-aaaaagaatcattttacaaacagttttgtatgaatgaattaaaactaatattaat 38719932  T
Q  608 ctaatatggtttcatagtctgtcgatcagggccaccaaccaaattatccacgcaccaagccgaacagtgttgggtgtaagagggtgtgttgaaaaaaggg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38719931 ctaatatggtttcatagtctgttaatcagggccaccaaccaaattatccacgcaccaagccgaacagtattgggtgtaagagggtgtgttgaaaaaaggg 38719832  T
Q  708 cttataaagagtaacattctcacctaacaaatcaattttgtaaggatgaataccagacaatatgttaaaggctaaggtataatatcaaagg------agt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |      | |    
T  38719831 cttataaagagtaacattctcaccttataaatcaattttgtaaggatgaataccagacaatatgttaaaggttaaggtatactatcaaaagaagtatact 38719732  T
Q  802 attttcgatgatgatattgacatgcccaaaagttnnnnnnnttaaaataaagttgacttgttgtgccgtatgaaccaacacaattaatcaattatcactt 901  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38719731 attttcgatgatgataatgacatgcccaaaagttaaaaaaattaaaataaagttgacttggtgtgccttattaaccaacacaattaatcaattatcactt 38719632  T
Q  902 t-aaacctagacatgtttattatcccatgtgaag-ttattacttatcaaagttagaa 956  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38719631 taaaacctagacatgtttattatcccatgtgaagtttattacttatcaaagttagaa 38719575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University