View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1411_low_5 (Length: 417)

Name: NF1411_low_5
Description: NF1411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1411_low_5
NF1411_low_5
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (40-368)||(33972613-33972929)
chr6 (40-174)||(32785787-32785922)
chr6 (41-166)||(8853639-8853767)
chr6 (47-174)||(31767801-31767928)
chr6 (40-170)||(3213668-3213795)
chr6 (115-179)||(34396210-34396274)
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (17-172)||(37238764-37238921)
chr3 (17-174)||(972429-972588)
chr3 (17-174)||(28945839-28945997)
chr3 (44-174)||(50360660-50360792)
chr3 (40-174)||(12568629-12568765)
chr3 (40-174)||(13545093-13545229)
chr3 (17-174)||(13863587-13863748)
chr3 (40-174)||(21490388-21490523)
chr3 (40-174)||(36923529-36923664)
chr3 (40-165)||(50524261-50524388)
chr3 (40-174)||(28963384-28963521)
chr3 (44-161)||(35982288-35982407)
chr3 (100-174)||(28451800-28451874)
chr3 (19-170)||(52378594-52378748)
chr3 (52-172)||(51981673-51981794)
chr3 (40-123)||(43310520-43310606)
chr3 (17-174)||(38773528-38773687)
chr3 (40-167)||(52915478-52915606)
chr3 (111-174)||(50699810-50699873)
chr3 (95-175)||(42709901-42709982)
chr3 (102-175)||(43310359-43310432)
chr3 (40-170)||(21290152-21290283)
chr3 (17-79)||(8701995-8702058)
chr3 (17-79)||(9053882-9053945)
chr3 (95-173)||(13433736-13433814)
chr3 (58-143)||(43343698-43343785)
chr3 (51-142)||(7681575-7681667)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (17-176)||(38652635-38652790)
chr7 (17-174)||(39854084-39854247)
chr7 (17-174)||(38073570-38073729)
chr7 (45-170)||(6647536-6647663)
chr7 (17-174)||(20884454-20884616)
chr7 (40-168)||(21148414-21148542)
chr7 (51-170)||(37391058-37391179)
chr7 (40-143)||(40211755-40211858)
chr7 (95-174)||(41888871-41888950)
chr7 (34-167)||(33955915-33956051)
chr7 (40-174)||(14761764-14761900)
chr7 (16-89)||(45513088-45513162)
chr7 (103-165)||(46718519-46718581)
chr7 (40-123)||(8073556-8073640)
chr7 (66-145)||(11731508-11731587)
chr7 (63-143)||(11667045-11667126)
chr7 (114-169)||(6727150-6727205)
chr7 (126-174)||(17874715-17874763)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (17-172)||(260292-260449)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (17-174)||(3491411-3491569)
chr1 (17-170)||(52141474-52141630)
chr1 (20-168)||(5198817-5198969)
chr1 (17-174)||(298217-298378)
chr1 (16-165)||(48022740-48022891)
chr1 (40-147)||(48722699-48722808)
chr1 (17-174)||(21276538-21276697)
chr1 (40-143)||(12521336-12521440)
chr1 (40-165)||(8550316-8550440)
chr1 (19-118)||(15881101-15881202)
chr1 (40-138)||(47370314-47370409)
chr1 (61-182)||(26700891-26701012)
chr1 (54-167)||(42596925-42597039)
chr1 (95-174)||(13352301-13352381)
chr1 (17-79)||(943200-943263)
chr1 (95-169)||(47588466-47588540)
chr1 (40-89)||(13351543-13351592)
chr1 (40-174)||(2614818-2614953)
chr1 (40-165)||(51672741-51672867)
chr1 (95-168)||(5467175-5467248)
chr1 (17-171)||(13132102-13132258)
chr1 (40-109)||(38942725-38942796)
chr1 (40-168)||(4051614-4051749)
chr1 (17-79)||(38788843-38788906)
chr1 (64-155)||(25409612-25409705)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (18-170)||(31410890-31411047)
chr8 (17-174)||(11257873-11258031)
chr8 (40-172)||(8072461-8072594)
chr8 (36-172)||(41128146-41128285)
chr8 (17-167)||(26014843-26014995)
chr8 (17-167)||(38869781-38869934)
chr8 (41-170)||(5896020-5896151)
chr8 (40-174)||(6393558-6393693)
chr8 (17-163)||(36660611-36660759)
chr8 (43-170)||(17867464-17867592)
chr8 (20-175)||(40651624-40651783)
chr8 (17-170)||(30069699-30069855)
chr8 (95-170)||(7107509-7107584)
chr8 (95-166)||(16037306-16037377)
chr8 (17-123)||(9402867-9402976)
chr8 (40-123)||(36068372-36068457)
chr8 (103-174)||(37456100-37456171)
chr8 (42-165)||(1042730-1042854)
chr8 (40-96)||(40037556-40037612)
chr8 (40-122)||(24991798-24991881)
chr8 (40-123)||(35507081-35507167)
chr8 (104-162)||(31451294-31451352)
chr8 (63-122)||(38730242-38730302)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (17-174)||(35310212-35310371)
chr2 (40-174)||(32227453-32227590)
chr2 (17-172)||(10500328-10500485)
chr2 (41-139)||(43305547-43305646)
chr2 (17-168)||(27414049-27414202)
chr2 (17-165)||(33830217-33830368)
chr2 (40-143)||(41766333-41766437)
chr2 (95-175)||(9374045-9374125)
chr2 (41-174)||(12497289-12497424)
chr2 (41-174)||(32656262-32656397)
chr2 (17-175)||(40534237-40534396)
chr2 (58-167)||(45075678-45075789)
chr2 (40-142)||(14776322-14776425)
chr2 (17-172)||(44721349-44721506)
chr2 (73-165)||(30326086-30326180)
chr2 (40-122)||(11941557-11941641)
chr2 (103-146)||(43521042-43521085)
chr2 (116-174)||(25904847-25904905)
chr2 (17-89)||(41465384-41465457)
chr2 (17-161)||(35327749-35327896)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (17-174)||(20574854-20575016)
chr4 (40-174)||(22409351-22409486)
chr4 (19-168)||(32318539-32318690)
chr4 (17-167)||(30537923-30538076)
chr4 (40-174)||(4960375-4960515)
chr4 (17-174)||(10109237-10109396)
chr4 (40-165)||(14136584-14136709)
chr4 (17-175)||(17268774-17268933)
chr4 (16-169)||(30255183-30255341)
chr4 (95-167)||(24010266-24010338)
chr4 (17-167)||(53039377-53039531)
chr4 (17-79)||(38794110-38794173)
chr4 (43-168)||(11873094-11873220)
chr4 (113-170)||(26533186-26533243)
chr4 (95-162)||(20789228-20789295)
chr4 (95-174)||(45850177-45850256)
chr4 (56-123)||(42899520-42899589)
chr4 (40-123)||(52278993-52279078)
chr4 (95-168)||(18995246-18995318)
chr4 (52-89)||(20788417-20788454)
chr4 (104-169)||(32055091-32055156)
chr4 (58-165)||(10305187-10305297)
chr4 (44-143)||(41069024-41069124)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (17-165)||(10044147-10044298)
chr5 (40-174)||(17566708-17566844)
chr5 (40-170)||(5402715-5402847)
chr5 (104-175)||(2903367-2903438)
chr5 (40-138)||(21369167-21369268)
chr5 (40-146)||(24876110-24876221)
chr5 (95-168)||(25836936-25837009)
chr5 (40-79)||(25837435-25837474)
chr5 (111-168)||(16285931-16285988)
chr5 (17-89)||(28085272-28085345)
chr5 (40-96)||(40886511-40886567)
[»] scaffold0154 (1 HSPs)
scaffold0154 (39-169)||(36352-36484)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (20-175)||(21250-21407)
[»] scaffold0524 (1 HSPs)
scaffold0524 (45-162)||(1433-1552)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (40-169)||(9098-9228)
scaffold0061 (50-174)||(3475-3600)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (50-174)||(130452-130577)
[»] scaffold0129 (1 HSPs)
scaffold0129 (41-165)||(37553-37679)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (40-175)||(6694-6831)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 40 - 368
Target Start/End: Original strand, 33972613 - 33972929
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33972613 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 33972712  T
Q  140 attt-ttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaaaacataatttctaaggacacaagttaacatttctcttaaaacaattatgaaataggtgatggg 238  Q
    ||||  ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||             |||||||| |    
T  33972713 atttcctattagtagaattcttaacatgtgccctaaaaacataatttataagggcacaaattaacatttcccttaaa-------------aggtgatgtg 33972799  T
Q  239 tgtctaccaaactttaaaccggtcaagttttgatgtgggcccctcatcttttttgtaatatgtgaaccatcactccagaaatcttgttctataataaact 338  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33972800 tgtccaccaaactttaaacccgtcaagttttgatgtgggcccctcatctattttgtaatatgtgaaccatcactccagaaatctttttctataataaact 33972899  T
Q  339 catcggtgttaataagtttattcgcattta 368  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  33972900 catcagtgttaataaatttatttgcattta 33972929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 32785787 - 32785922
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaa--aataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  32785787 catgttaagcattgatgtaattctattaatggtaagaatttattgaaagaaatcaat-attaaatattttgagcaataaattaaaataatttccaataca 32785885  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  32785886 taatttctattagtggaattcttaacatgtgccctaa 32785922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 8853767 - 8853639
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaa--ttattaaaca-ttttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||| | ||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||||    
T  8853767 atgttaatcattaatgtcatttcattaatggtaagaatttattgaaaaaaaaaaattataacacaattttgagcaataaattaacacaattttcaataca 8853668  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatg 166  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  8853667 ttgtttttattaatggaattcttaacatg 8853639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 31767928 - 31767801
Alignment:
Q  47 agcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataattttta 146  Q
    |||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||   | ||||||||||||| | |||||||||||||  |||| |||| |||||||| ||    
T  31767928 agcattaatttcattctaataatagtaaaaatttaatgaaaaaattaatattaaacatttttaccaataaattaacacaattttcaatgcataatttcta 31767829  T
Q  147 tcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  31767828 tttatggaattcttaacatgtgctctaa 31767801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 170
Target Start/End: Original strand, 3213668 - 3213795
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | |||| |||||||  ||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||| | ||| |||    
T  3213668 catgttaaacattaatttcattccattaattgtaaaaaattattg-aaaataa--tattaaatattttgagcaataaattagcataattttccatatata 3213764  T
Q  140 atttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||| ||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  3213765 atttctattaatagaatgcttaacatatgcc 3213795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 115 - 179
Target Start/End: Original strand, 34396210 - 34396274
Alignment:
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaaaaca 179  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |  |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  34396210 aaattaacacaattttcaatacataatttctattagcggaattattaacatgtgccctaagaaca 34396274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Original strand, 37238764 - 37238921
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||  | ||||||||||||| ||||||    
T  37238764 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcattaatttcattccattaatggtaataatttaatgaaaaatatcaatattaaacattttaaacaat 37238863  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37238864 aaattaacacaatttccaaaaaataatttctattaatggaattcttaacatgtgccct 37238921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 972588 - 972429
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||||||||||||| ||||||    
T  972588 atgttaacttgtgcttttagggcacatgttaagcattaatttcatttcattaatggtaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaacattttaaacaat 972489  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||| |   |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  972488 aaattaatacagtttccaatacctaatttttattagtggaattcttaacatgtgccctaa 972429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 28945997 - 28945839
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaata 115  Q
    ||||||||||||||| ||| ||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||   | ||||||||||||| | |||||    
T  28945997 atgttaacttgtgcccttaaggcatatgttaaacattaatttcattccattaatggtaaaaatttaatgaaaaaattaatattaaacattttaagcaata 28945898  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  28945897 aattaacacaatttccaatacatgatttttattagtggaattcttaacatgtgccctaa 28945839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 44 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 50360792 - 50360660
Alignment:
Q  44 ttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataat 141  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  50360792 ttaagcattaatttcatttcattaatggtaagaattaattgaaaaaataataatattaaacattttgagcaataaattaacaccattttcaatatataat 50360693  T
Q  142 ttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    || ||| | | |||||||||| |||||||||||    
T  50360692 ttatattagtagaattcttaatatgtgccctaa 50360660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 12568629 - 12568765
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||| ||||| |    
T  12568629 catgttaaacactaatttcattttattaatggtaagaatttattgaaaaattaatagtattaaatattttgagcaataaattaagacaatttacaataaa 12568728  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12568729 taatttttattaatgaaattcttaacatgtgccctaa 12568765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 13545093 - 13545229
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||| ||||| |    
T  13545093 catgttaaacactaatttcattttattaatggtaagaatttattgaaaaattaatagtattaaatattttgagcaataaattaagacaatttacaataaa 13545192  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  13545193 taatttttattaatgaaattcttaacatgtgccctaa 13545229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 13863587 - 13863748
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || |||| ||||||   |||||||  ||||  |    
T  13863587 atgttaacttgtgcccttaggacacatgttaagcattaatttcatttcattaatagtaagaatttaatggaaaaaaaattagtattaaacaacttgagta 13863686  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13863687 ataaattaacacaatttccaatacacaattactattagtggaattcttaacatgtgccctaa 13863748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 21490523 - 21490388
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaa-ataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||| | | |||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||    
T  21490523 catgttaaacattaatttcattatattaatggtaaaaatttaataaaaatatttaatattaaacattttgaacaataaattaacacaatttccaatatat 21490424  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  21490423 aatttatattagtggaattcttaacatgtgctctaa 21490388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 36923529 - 36923664
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattg--aaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||| |  |||||||| ||||  |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  36923529 catgttaaacattaatgtcatttcattactactaagaatttattggaaaaaattaat-attaaacattttgagcaataaattaacacaatttccaataca 36923627  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  36923628 taatttctattagtggaattcttaatatgtgccctaa 36923664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 165
Target Start/End: Original strand, 50524261 - 50524388
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||  |||| |||||| |||||  ||||||||||||  ||||||||||||    
T  50524261 catgttaaatattaatttcattctattaatggtaaaaatttattgaaaaaaaatgattaataaacaatttgagtaataaattaacacaatttccaataca 50524360  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||    
T  50524361 taatttttgttaatagaattcttaacat 50524388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 28963384 - 28963521
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||   ||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||||||| |    
T  28963384 catgtttagcattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaaaaaaaattaatattaaacaatttaagcaataaattaacttaatttccaatgc 28963483  T
Q  137 ataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    || |||| ||| | || |||| |||||||||| |||||    
T  28963484 atcatttctattagtgaaatttttaacatgtgtcctaa 28963521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 35982407 - 35982288
Alignment:
Q  44 ttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattg--aaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataat 141  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  35982407 ttaagcattaatttcattccactaatgttaagaatttattgaaaaaaattaatatttaaacattttaaacaataaattaacacaatttctaataaataat 35982308  T
Q  142 ttttatcaatggaattctta 161  Q
    |||||| | | |||||||||    
T  35982307 ttttattagtcgaattctta 35982288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 100 - 174
Target Start/End: Original strand, 28451800 - 28451874
Alignment:
Q  100 aacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  28451800 aacattttgaataataaattaacacaatttccaatatataatttttattagtggaattcttaacatgtgccctaa 28451874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 52378748 - 52378594
Alignment:
Q  19 gttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaa-ta 115  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||| ||| | |||||||| |||||| ||||||||| | || ||||||||||||| | ||| ||    
T  52378748 gttaacttgtgcctttagggcacatgttaaacattaattttatttctttaatggtgagaatttattgaaaaaaataaatattaaacattttaagcaaata 52378649  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||||| || |||| ||||| ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  52378648 aattaatataattttcaataaataattgctattaatagaattcttaacatgtgcc 52378594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 172
Target Start/End: Original strand, 51981673 - 51981794
Alignment:
Q  52 taatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaa 150  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||  || |     
T  51981673 taatttcattcctctaatgataagaatttaatgaaaaaaattaatattaaacattttgaacaataaattaacacaatttccaatgcataatttccattat 51981772  T
Q  151 tggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  51981773 tggaattcttatcatgtgccct 51981794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 43310606 - 43310520
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaa-ataaat--tattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43310606 catgttaagcattaatgtcattccattaatggaaagaatttattgaaaagaaaaataatattaaacattttgagcaataaattaaca 43310520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 38773687 - 38773528
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||  | ||||| | ||||||||||     
T  38773687 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcattaaattcttaccactaatggtaagtattaattg-aaaataattaatattagatattttgaacat 38773589  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||   |||| ||| ||| |||||  || | || ||||||||| |||||||||||    
T  38773588 taaattaacgcaattttcaagacaaaatttccattagtgaaattcttaatatgtgccctaa 38773528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 167
Target Start/End: Original strand, 52915478 - 52915606
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  || ||||| |  | ||||||| |||||  ||||||||||||||  |||| |||| |||    
T  52915478 catgttaagcattaatgtcatttcattagtggtaagaattttttaaaaaaaattaatattaaatatttttcacaataaattaacacaattttcaatgcat 52915577  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    || || ||| |||| ||||||||||||||    
T  52915578 aacttctattaatgaaattcttaacatgt 52915606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 174
Target Start/End: Original strand, 50699810 - 50699873
Alignment:
Q  111 caataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  50699810 caataaattaacacaatttccaatacatgatttctattagtggaattcttaacatgtgccctaa 50699873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 175
Target Start/End: Original strand, 42709901 - 42709982
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaaca-tcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||| |||||    
T  42709901 tattaaatattttgatcaataaattaacactaatttccgatacataatttttattagtggaatttttaatatgtgctctaaa 42709982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 43310432 - 43310359
Alignment:
Q  102 cattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| | | ||||||||||||||||| |||||    
T  43310432 cattttgagcaataaattaacacaatttccaatacaaaatttctattagtagaattcttaacatgtgctctaaa 43310359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 170
Target Start/End: Original strand, 21290152 - 21290283
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaa-tttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||| |  |||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  21290152 catgttaagcattaaatttcttgccactaatggtaa-aattaaatgaaaaaaattaatattatattttttaagcaataaattaacataatttccgataca 21290250  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||||| ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  21290251 taatttctattaatggaatatttaacatgtgcc 21290283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Original strand, 8701995 - 8702058
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattaggg-tcatgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    |||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8701995 atgttatcttgtgcctttagggctaatgttaaacattaatttcattccattaattgtaaaaatt 8702058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Original strand, 9053882 - 9053945
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattaggg-tcatgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    |||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  9053882 atgttatcttgtgcctttagggctaatgttaaacattaatttcattccattaattgtaaaaatt 9053945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 173
Target Start/End: Original strand, 13433736 - 13433814
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcccta 173  Q
    ||||||||| |||||  |||||||| |||| |||| ||||||| |||| |||| | |||||||||||| || |||||||    
T  13433736 tattaaacaatttgagtaataaattcacataattttcaatacaaaattattattagtggaattcttaatatatgcccta 13433814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 43343785 - 43343698
Alignment:
Q  58 cattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataattt 143  Q
    ||||||| ||||  |||||||| ||||||||| |||    |||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  43343785 cattccactaatcataagaatttattgaaaaaaaaaacgatattcaacattttgagcaataaattaaca-caattccaatacataattt 43343698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 142
Target Start/End: Original strand, 7681575 - 7681667
Alignment:
Q  51 ttaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatt 142  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||   | ||||||||   ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  7681575 ttaattttattccattaatagtaagaatttaatggaaaaaattaatattaaactacttgaataataaattaacacaatttccaatacacaatt 7681667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 176
Target Start/End: Original strand, 38652635 - 38652790
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaata 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||    ||||||||||||    
T  38652635 atgttaacttgtgcccttagggtacatgttaaacattaatgtcattccattagtggtaagaatttattgaaaaa-aaattaata----ttttgaacaata 38652729  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaaa 176  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  38652730 aattaacacactttccaatacataatttctattagtggaattcttaacatgtgccctaaaa 38652790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 39854084 - 39854247
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataaatt----attaaacattttgaa 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |    |||||| ||||||||    
T  39854084 atgttaacttgtgcccttagggcatatgttaagcattaatttcattccattaatggtaaaaatttaattgaaaaaaaaaattaatattaaatattttgaa 39854183  T
Q  111 caataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  39854184 caataaattaacacaattttcaatacataatttatattagtagaattcttaacatgtgccctaa 39854247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 38073570 - 38073729
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaa--aaataaattattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| || || |||| ||||||| |||    
T  38073570 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaataaattaa-tactaaatattttgagcaa 38073668  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |  | ||| |||||||||||||||||    
T  38073669 taaattaacacaatttctaatacataatttctattagagaaatgcttaacatgtgccctaa 38073729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 6647663 - 6647536
Alignment:
Q  45 taagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatt 142  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||    
T  6647663 taagcattattttcattccaataatggtaagaatttaatgaaaaaaaattaatattaaatattttgaacaataaattaacacaattttctatacataatt 6647564  T
Q  143 tttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    ||||| | || |||||||||||| ||||    
T  6647563 tttattagtgaaattcttaacatatgcc 6647536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 20884454 - 20884616
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttga-ac 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||  ||| ||||   ||||||||| |||||       
T  20884454 atgttaacttgtgcccttagggtacatgttaagcattaatttcatttcattaatagtaagaatttaatgggaaaaaaattagtattaaacaatttgagta 20884553  T
Q  112 aataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||||  |||||||||| | ||||  ||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  20884554 aataaattaacacaatttccaatatacaattactattagtggaattcttaacatgagccctaa 20884616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 21148542 - 21148414
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||| |||||| || |||  |||||||||||||||| | |||||||   | |||||||||||||||  |||||||||| |  |||| |||||||||    
T  21148542 catgttaaacattaactttattttattaatggtaagaatttaatgaaaaaattaatattaaacattttgagtaataaattaatacaattttcaatacata 21148443  T
Q  140 atttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  21148442 atttttattagtggaattcttaacatgtg 21148414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 37391179 - 37391058
Alignment:
Q  51 ttaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatc 148  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||| |||||   |||     
T  37391179 ttaattttattcctttaatggtaagaatttattgaaaaaaaattaatattaaacattttgagcaataaattaacacaatttctaataaataataactatt 37391080  T
Q  149 aatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  37391079 aatagaattcttaacatgtgcc 37391058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 40 - 143
Target Start/End: Original strand, 40211755 - 40211858
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||   | ||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||     
T  40211755 catgttaagcattaatgttattccattaatagtaagaatttattgaaaaaattaatattaaatattttgagcaataaattaagacaatttccaatacatg 40211854  T
Q  140 attt 143  Q
    ||||    
T  40211855 attt 40211858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 174
Target Start/End: Original strand, 41888871 - 41888950
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  41888871 tattaaacattttgaacaataaattaacacaattttcaatgcatgatttctattattggaattcttatcatgtgccctaa 41888950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 33956051 - 33955915
Alignment:
Q  34 tagggtcatgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttc 130  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||  |||| ||||   || |||||| ||| |||||||||||||||  ||||     
T  33956051 taggatcatgttaaacattaacttcatttcattaatgctaaaaatttattttaaaaaaaatgaatactaaacaatttaaacaataaattaacacaatttt 33955952  T
Q  131 caatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  33955951 caatatataatttttattagtagaattcttaacatgt 33955915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 14761764 - 14761900
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |  | |||||||||| ||||||||||||| ||||  | || |||||||    
T  14761764 catgttaaatattaatttcattctattaatgataagaatttaattgaaaaaaattaatattaaacatgttgaacaataaataaacacaaatttcaataca 14761863  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
     ||||| ||| | | |||||||||| |||||| ||||    
T  14761864 aaatttctattagtagaattcttaatatgtgcactaa 14761900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 89
Target Start/End: Original strand, 45513088 - 45513162
Alignment:
Q  16 aatgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa 89  Q
    |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  45513088 aatgttaacttgtgcccttaagacacatgttaagcactaatttcattccattaatggtaagaatttattgtaaaa 45513162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 165
Target Start/End: Original strand, 46718519 - 46718581
Alignment:
Q  103 attttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  46718519 attttaaacaataaattaacatattttccaataaataatttttattaatgaaattcttaacat 46718581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Original strand, 8073556 - 8073640
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |  | ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  8073556 catgttaagcattaatgtcattccactaatggtaagaatttattaaaaaaaattaatattaaacattttgagccaaaaattaaca 8073640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11731587 - 11731508
Alignment:
Q  66 taatggtaagaattaattg-aaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataattttt 145  Q
    |||||||||||| | |||| |||||| |||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11731587 taatggtaagaagttattgtaaaaattaatt-ttcaatattttgaataataaattaacataatttccaatacataattttt 11731508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 11667126 - 11667045
Alignment:
Q  63 cattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataattt 143  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||| |  | ||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11667126 cattaatggtaaaaatgtattgaaaaaaatgaatattaaacaatttgagcaataaattaacacaatttccaatacataattt 11667045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 6727205 - 6727150
Alignment:
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  6727205 taaattaacacaattttcaatacataatttttattagtggaattcttaacttgtgc 6727150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 174
Target Start/End: Original strand, 17874715 - 17874763
Alignment:
Q  126 atttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  17874715 attttcaatacataatttatattagtggaattcttaatatgtgccctaa 17874763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Original strand, 260292 - 260449
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatt---attaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||   |||||||||||||||||    
T  260292 atgttaacttgtgcccttagggtccatgttaagcattaatgtcattccattaatggtaagaatttattgaaaa--aaattaacattaaacattttgaaca 260389  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||| ||| | ||| |||||||| |||||||||    
T  260390 ataaattaacacaaatttcaatacataatttctattagtggtattcttaatatgtgccct 260449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 3491411 - 3491569
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaata 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   | ||||||| ||||||| |||||    
T  3491411 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaaaaattaatattaaaaattttgagcaata 3491510  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  3491511 aattatcacaatttccaatacataatttctattagtggaattcttaacatttgccctaa 3491569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 170
Target Start/End: Original strand, 52141474 - 52141630
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  52141474 atgttaacttgtgcccttagggcatatgttaagcattaatttcattccactaatggtaagtatttaatgaaaaaaaattaatattaaacattttgaacaa 52141573  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||    
T  52141574 taaattaacataatttccaatgcataattttcattattggaattcttatcatgtgcc 52141630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 5198969 - 5198817
Alignment:
Q  20 ttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaacaata 115  Q
    |||||||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||| ||||   |||||||||||||||| ||||    
T  5198969 ttaacttgtgctcttagggcacatgttaaacattaatttcatttcataaatggtaagaatttaatgaaaaaaaaataaatattaaacattttgaataata 5198870  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  5198869 aattaacacaatttccaatacataatttctattagtagaattcttaacatgtg 5198817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 298378 - 298217
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt--catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||||||| ||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||  | |||||||||  ||||  |    
T  298378 atgttaacttgtgcccttaaggcaacatgttaagcattaatttcattccattaatagtaagaatttaatgaaaaaaaattagtattaaacaacttgagta 298279  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  298278 ataaattaacacaatttccaatacacaattactattagtggaattcttaacatgtgccctaa 298217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 48022891 - 48022740
Alignment:
Q  16 aatgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaa 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |  | || |||||||||| | |||    
T  48022891 aatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaaaaaattaatactaaacatttttagcaa 48022792  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  48022791 taatttaacacaatttccaatacataatttctattacaggaattcttaacat 48022740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 40 - 147
Target Start/End: Original strand, 48722699 - 48722808
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatt--attaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||    
T  48722699 catgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttattgaaagaataattaaattaaacattttgagcaatacattaacacaatttccaataca 48722798  T
Q  138 taatttttat 147  Q
    ||||||||||    
T  48722799 taatttttat 48722808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 21276538 - 21276697
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |  | |||||||||| |||    ||    
T  21276538 atgttaacttgtgcccttaggacacatgttaagcattaatttcattctattaatggtaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaacatcttgcgtgat 21276637  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  21276638 aaattaacacaattttcaatacataatttctattagtggaattcttatcatgtgccctaa 21276697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 12521440 - 12521336
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||   | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||    
T  12521440 catgttaaacattaatttcattctattaatggtaagaatttaattaaaaaaattaatattaaacattttgagcaataaattaacataatttttaatacat 12521341  T
Q  139 aattt 143  Q
    |||||    
T  12521340 aattt 12521336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 40 - 165
Target Start/End: Original strand, 8550316 - 8550440
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||   | ||||||||  ||| | |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  8550316 catgttaaacattaatttcattt-attaatggtaaaaatttattgaaaaaatgaatattaaactatttaagcaataaattaacacaatttccaatacata 8550414  T
Q  140 atttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    |||| ||| | |||||||||||||||    
T  8550415 atttctattagtggaattcttaacat 8550440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 118
Target Start/End: Original strand, 15881101 - 15881202
Alignment:
Q  19 gttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataa 116  Q
    |||||||||| || | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  15881101 gttaacttgtaccttaagggtacatattaagcattaatttcattccattaatggtaagaatttaattaaaaaaattaatattaaacattttgaacaataa 15881200  T
Q  117 at 118  Q
    ||    
T  15881201 at 15881202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 40 - 138
Target Start/End: Original strand, 47370314 - 47370409
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||    
T  47370314 catgttaagcattaatgtcatttcattaatggtaagaatttattg-aaattaa--tattaaacattttgagcaataaatcaacacaatttccaatacat 47370409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 26701012 - 26700891
Alignment:
Q  61 tccattaatggtaagaattaattg-aaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattct 159  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||  |||| |    
T  26701012 tccaataatggtaagaatttcttggaaaaattaat-attaaacctttcgaacaataaattaacacaattttcaatacataatttttatcaatataatttt 26700914  T
Q  160 taacatgtgccctaaaaacataa 182  Q
    |||||| || | ||| |||||||    
T  26700913 taacatatgtcataacaacataa 26700891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 42597039 - 42596925
Alignment:
Q  54 atttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatg 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   | ||||||||||||| | |||||||||||||  || | ||||| || |||| ||| | ||    
T  42597039 atttcattccattaatggtaagaatttaattaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaacacaatattcaatatatgatttctattagtg 42596940  T
Q  153 gaattcttaacatgt 167  Q
    |||||||||||||||    
T  42596939 gaattcttaacatgt 42596925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 174
Target Start/End: Original strand, 13352301 - 13352381
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaat-ggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||| ||| |||| | |||| |||||||||||    
T  13352301 tattaaacattttgaacaataaattaacacaattttcaatgcataatttttattaatgggaaattttaaaatgtgccctaa 13352381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 943263 - 943200
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  943263 atgttaacttgtgccctcagggtacatgttaaacattaatttcattccattaatagtaagaatt 943200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 95 - 169
Target Start/End: Original strand, 47588466 - 47588540
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||| ||| ||| | | |||||||||||||||||    
T  47588466 tattaaacattttgaataataaattaacacaattttcaatacatagtttctattagtagaattcttaacatgtgc 47588540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 89
Target Start/End: Original strand, 13351543 - 13351592
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa 89  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13351543 catgttaaacattaatgtcattccattaatggtaagaatttattgaaaaa 13351592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2614953 - 2614818
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| |||||| ||| | ||| |||||||||  |||| |||||||| |  | |||||||  ||||||  |||||||||||   ||||| || ||||    
T  2614953 catgttaaacattaaattcttgccactaatggtaaatattatttgaaaaaaattaatattaaattttttgagaaataaattaacgcaatttcaaaaacat 2614854  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  2614853 aatttttattaatggaatccttaacatatgccctaa 2614818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 51672867 - 51672741
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| |  | ||||| |  |||||| ||||||||||||   |||||| | ||||    
T  51672867 catgttaagcattaaattcttgccactaatggtaagtattaattgaaaaaaattaatattagattttttgagcaataaattaacgcaatttccgagacat 51672768  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||||| ||| | |||||| ||||||||    
T  51672767 aatttctattagtggaatccttaacat 51672741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 95 - 168
Target Start/End: Original strand, 5467175 - 5467248
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    ||||||||| |||||| || ||||| |||  |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||    
T  5467175 tattaaacaatttgaataacaaattcacacaatttccaatacataattactatcaatgaaattcttaatatgtg 5467248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 171
Target Start/End: Original strand, 13132102 - 13132258
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||  | ||| ||||| |||| ||||||||||||| |  | ||||| |  |||||  ||||    
T  13132102 atgttaacttgtgcccttagggcacattttaagcattaaattattaccactaatgataagtattaattgaaaaaaattaatattagattttttgggcaat 13132201  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccc 171  Q
    ||||||||   |||||| | ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  13132202 aaattaacgcaatttccgaaacataatttctattagtggaatccttaacatgtgccc 13132258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 38942796 - 38942725
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttga 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | | ||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  38942796 catgttaagcattaatgtcattccattaatagtaagaacttactgaaaaagaattaatattaaacattttga 38942725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 40 - 168
Target Start/End: Original strand, 4051614 - 4051749
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataa--attattaaa----cattttgaacaataaattaacatcatttcca 132  Q
    |||||||||||||||| ||  | |||||||||||| || ||| |||||||| ||  |||||||||     |||||||| ||||||||||||  |||| ||    
T  4051614 catgttaagcattaatgtctattcattaatggtaaaaatttatttgaaaaacaattattattaaaaatttattttgaataataaattaacacaattttca 4051713  T
Q  133 atacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    ||| ||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  4051714 atatataatttctattagtagaattcttaacatgtg 4051749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Original strand, 38788843 - 38788906
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  38788843 atgttaacttgtgtcattatggcacatgttaaacattaatttcattctattaatagtaagaatt 38788906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 155
Target Start/End: Original strand, 25409612 - 25409705
Alignment:
Q  64 attaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaa 155  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||||  |  ||||||| || |||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  25409612 attaatagtaaaaatttattgaaaaatagttaatattaaatatcttgagcaataaattaacacaattttcaatacataatttctattaatggaa 25409705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 31411047 - 31410890
Alignment:
Q  18 tgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatt----attaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    |||||||||||||||||    
T  31411047 tgttaacttgtaccattagggtacatgttaagcattaatttcatttctttaatagtaagaatttattgaaaaaaaaaattagtattaaacattttgaaca 31410948  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||  ||| ||| |||||||||| |||||||    
T  31410947 ataaattaacacaatttccaataaataattactattaatagaattcttaatatgtgcc 31410890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 11258031 - 11257873
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaata 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||| | |||||||   | ||||||||||||| | |||||    
T  11258031 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaaacattattttcattcaaataatggtaagaatttaatgaaaaaattaatattaaacattttaagcaata 11257932  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||  ||||  |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  11257931 aattaacacaatttataatacataatttctattagtggaattcttaacatgtgccctaa 11257873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 172
Target Start/End: Original strand, 8072461 - 8072594
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| | ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||    
T  8072461 catgttaagcattattttcattcaaataatggtaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaacattttgaaccataaattaacacaattttcaatacat 8072560  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8072561 aatttctattagtggaattcttaacatgtgccct 8072594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 41128285 - 41128146
Alignment:
Q  36 gggtcatgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaacaataaattaacatcatttcca 132  Q
    ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||   ||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  41128285 gggtcctgttaagcaataattttattccaataatggtaagaatttaatgaaaaaaaaattaatattaaatattttgagcaataaattaacataattttca 41128186  T
Q  133 atacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||    
T  41128185 atacataatttatattagtggaattcttaatatgtgccct 41128146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 167
Target Start/End: Original strand, 26014843 - 26014995
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaaca 112  Q
    |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||   |||||||||||||| |    
T  26014843 atgttaacttgtacccttagggcacatgttaagcattaatagcattccattaatagtaagaatttattgaaaaa--aattaacattaaacattttgaata 26014940  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||    
T  26014941 ataaattaacacaaattccaatacataatttctattaatggtattcttaatatgt 26014995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 38869934 - 38869781
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  | | ||||||||||||  |||    
T  38869934 atgttaacttgtgcccttaaggcacatgttaaacattaatttcattccattaatggtatgaatttattgaaaaacaagtaattttaaacattttgtgcaa 38869835  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    ||||||||||  ||||  |||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||    
T  38869834 taaattaacacaatttttaatacataatttctattagtggcattcttaacatgt 38869781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 41 - 170
Target Start/End: Original strand, 5896020 - 5896151
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  |  | ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| | ||    
T  5896020 atgttaagcattaatttcattcctttaatagtaagaatttattgaaaaaagattaatattaaacattttgagcaataaattaacacaattttcaacaaat 5896119  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||    
T  5896120 aatttctattaatggaatttttaatatgtgcc 5896151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 6393693 - 6393558
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattg--aaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||   |||||    
T  6393693 catgttaaacattaatgtcattcaattaatggtaagaatttattgtaaaaaattaat-attaaacattttgagcagtaaattaacacaattttttataca 6393595  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  6393594 taatttctattaacagaattcttaacatgtgccctaa 6393558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 36660759 - 36660611
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||||||| ||| ||   ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||   ||| ||||||||||||    
T  36660759 atgttaacttgtgcccttaaggcatatgttaaccattaatttcgttccattaatggtaagaatttattgaaaa--aaattaatcttatacattttgaaca 36660662  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaac 163  Q
    ||||| ||| |   ||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  36660661 ataaactaaaacatttttcaataaataatttttattaatgaaattcttaac 36660611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 43 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 17867592 - 17867464
Alignment:
Q  43 gttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataat 141  Q
    |||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||  |||| |  ||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  17867592 gttaagcattaaattcttgtcattaatggtaagtattaattgaaaaaaaataatattaaattttttaagtaataaattaacacaatttccgatacataat 17867493  T
Q  142 ttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    || ||| |||| |||||||||||||||||    
T  17867492 ttctattaatgaaattcttaacatgtgcc 17867464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 40651783 - 40651624
Alignment:
Q  20 ttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattg-aaaaataa-attattaaacattttgaacaataa 116  Q
    ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||| | || |||||||  | |||||||||||||||  |||||    
T  40651783 ttaacgtgtgcctttagggcacatgttaagcattaatttcattctactgatagtaagaatttagtggaaaaatattaatattaaacattttgagtaataa 40651684  T
Q  117 attaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattc-ttaacatgtgccctaaa 175  Q
    || |  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  40651683 ataattacaattttcaatacataatttttatcaatggaattctttaacatgtaccctaaa 40651624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 170
Target Start/End: Original strand, 30069699 - 30069855
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattg--aaaaataaattattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| | ||  |||||   | |||||||||  ||||  ||    
T  30069699 atgttaacttgtgctcttagggcacatgttaagcatttatttcattccattaataataagaatttaatggaaaaaagttagtattaaacaacttgagtaa 30069798  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||||||    
T  30069799 taaattaacacaatttccaatacacaattactattagtggaattcttaacatgtgcc 30069855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 170
Target Start/End: Original strand, 7107509 - 7107584
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7107509 tattcaacattttgagcaataaatttacacaatttccaatacataatttctattagtggaattcttaacatgtgcc 7107584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 16037377 - 16037306
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatg 166  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16037377 tattaaacattttgaccaataaattaatacaatttccgatacataatttctatcagtggaattcttaacatg 16037306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 123
Target Start/End: Original strand, 9402867 - 9402976
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    |||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| | | ||||| ||  | ||||||||||||||| |||    
T  9402867 atgttaacttctgcccttagggcacatgttaagcattattttcatttcaataatggtaagaatttaataaaaaaaaattaatattaaacattttgagcaa 9402966  T
Q  114 taaattaaca 123  Q
    ||||||||||    
T  9402967 taaattaaca 9402976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 36068457 - 36068372
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata--aattattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |   | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36068457 catgttaagcattattttcattccaataatggtaagaatttaatgaaaaaaagttaatattaaacattttgagcaataaattaaca 36068372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 37456100 - 37456171
Alignment:
Q  103 attttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  37456100 attttgagtaataaattaacacaatttccaatacataatttctattagtggaattcttaacacgtgccctaa 37456171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 165
Target Start/End: Original strand, 1042730 - 1042854
Alignment:
Q  42 tgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |   ||||||| |  | ||||||||||||| | |||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  1042730 tgttaagcattaatttcattccattaataataataacttgatgaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaacacaattttcaatacataa 1042829  T
Q  141 tttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||| ||| | || |||| |||||||    
T  1042830 tttctattagtgaaatttttaacat 1042854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 40037612 - 40037556
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta 96  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  40037612 catgttaagcattaaattcttgccattaatgataagtattaattgaaaaaaaaatta 40037556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 24991881 - 24991798
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaac 122  Q
    |||||||| |||||| ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||| |  | |||||||  |||||||||||||||||||    
T  24991881 catgttaaacattaaattcttgccattaatagtaagtattaattgaaaaaaattaatattaaattttttgaacaataaattaac 24991798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 35507167 - 35507081
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattcca-ttaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||| ||  | |||||||||  ||||  ||||||||||||    
T  35507167 catgttaagcattaatttcattccatttaatagtaagaatttaatgaaaaaaaattaatattaaacaacttgagtaataaattaaca 35507081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 104 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 31451352 - 31451294
Alignment:
Q  104 ttttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaa 162  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||| |||| ||| |||||    
T  31451352 ttttgaacaataaattaacaaaatttccaagacataatttctattaatgcaatccttaa 31451294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 38730302 - 38730242
Alignment:
Q  63 cattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaac 122  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |  | |||||||  |||||||||||||||||||    
T  38730302 cattaatggtaagtattaattgaaaaaaattaatattaaattttttgaacaataaattaac 38730242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 35310371 - 35310212
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  35310371 atgttaacttgtgtccttagggcacatgtgaagcattaatttcatgtcactaatggtaaaaattaat-gaaaaaaaattaatattaaacattttgaacaa 35310273  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||    
T  35310272 taaattaacataatttccaatgcataattttcattattggaattcttatcatgtgccctaa 35310212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 32227590 - 32227453
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| ||||||    
T  32227590 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaataatttaatgaaaaaaaaattaatattaaacattttaaacaataaatgaacacaattttcaatac 32227491  T
Q  137 ataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||| ||| | | ||||||||||||| ||||||||    
T  32227490 ataatttctattagtagaattcttaacatatgccctaa 32227453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10500485 - 10500328
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattatta--aacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||  |||||||||| |||    
T  10500485 atgttaacttgtgccgttaaggcacatgttaagcattaatgtaattccattaatggtaagaatttattggaaaa-aaattaatatcaacattttgagcaa 10500387  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    |||| |||||  |||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||    
T  10500386 taaagtaacacaatttccgatacataatttttattagtggaaatattaacatgtgccct 10500328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 43305646 - 43305547
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||    
T  43305646 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaataatttaattgaaaaaattaatattaaatattttgaacaataaataaacacaaattccaatacata 43305547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 168
Target Start/End: Original strand, 27414049 - 27414202
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |  | ||||| |  |||||| ||||    
T  27414049 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcattaaattcttgccattaatggtaagtattaattgaaaaaaattaatattagattttttgagcaat 27414148  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    |||| |||   |||||| | ||||||||||||| | || ||| |||||||||||    
T  27414149 aaatgaacgcaatttccgagacataatttttattagtgaaatccttaacatgtg 27414202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 165
Target Start/End: Original strand, 33830217 - 33830368
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaac 111  Q
    ||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || || ||| |||||  |||||   | ||||||||||| |    
T  33830217 atgttaacttgtgcctttagagaccatgttaagcattaatgtcattccattaatgataaaaaatttattcaaaaa--aattaacatcaaacattttgagc 33830314  T
Q  112 aataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | |  ||||||||||||    
T  33830315 aataaattaacacaatttccaatacataatttctattagtaaaattcttaacat 33830368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 41766437 - 41766333
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||||    
T  41766437 catgttaaacattaatttcatttaattaatggtaaaaattagttgaaaaaaattaatattaaacattttgagcaataaaataacacaattttcaatacat 41766338  T
Q  139 aattt 143  Q
    |||||    
T  41766337 aattt 41766333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9374125 - 9374045
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||| | | |||| |||| ||||||||||| |||||    
T  9374125 tattaaacattttgagcaataaattaaaacaatttccaatacataatttctgttaatgaaatttttaacatgtgctctaaa 9374045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 12497424 - 12497289
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    ||||||| |||| ||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||| || |  ||||||||||||| | |||||||||||||  |||||| | ||||    
T  12497424 atgttaaacattcatttcattttattaatggtatgaatttaatgaaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaacacaatttccgacacat 12497325  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
     |||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||    
T  12497324 gatttctattagcggaattcttaacatgtgtcctaa 12497289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 32656397 - 32656262
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||| |||||||||||| | ||||||| || |  ||||||| ||||| | |||||||||||||  | || ||||||||    
T  32656397 atgtgaagcattactttcattttattgatggtaagaatttaatgaaaaaaaattaatattaaatattttaatcaataaattaacacaagtttcaatacat 32656298  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
     |||| ||| | || |||||||||||||||||||||    
T  32656297 gatttctattagtgaaattcttaacatgtgccctaa 32656262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 40534396 - 40534237
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaa-ttaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||  ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||  | |||||||||  ||||  |||    
T  40534396 atgttaacttgtgctcttagggcacatgttaaacattaatttcataccattaatagtaagaatttaatggaaaaat-tagtattaaacaacttgagtaat 40534298  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    |||||||||  |||| ||||||| ||||   || | ||||||||||||| ||| |||||||    
T  40534297 aaattaacacaattttcaatacacaattacgattagtggaattcttaacttgtaccctaaa 40534237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 45075789 - 45075678
Alignment:
Q  58 cattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaa 155  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||| ||| |||| | |||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| | || ||    
T  45075789 cattccattaatggtaagaatttattgaaaaaaaattaatattcaacgttttaagcaataaattaacacaattttcaatacataatttatattagtgaaa 45075690  T
Q  156 ttcttaacatgt 167  Q
    || |||||||||    
T  45075689 tttttaacatgt 45075678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 14776425 - 14776322
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |  | ||||||||| |||||  ||||||||||||  |||| ||||||||    
T  14776425 catgttaaacattaatttcatttcattaatggtaagaatttgatgaaaaaaattaatattaaacaatttgagtaataaattaacacaattttcaatacat 14776326  T
Q  139 aatt 142  Q
    ||||    
T  14776325 aatt 14776322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Original strand, 44721349 - 44721506
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaat 114  Q
    ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| |  | ||||||   |||| |  |||    
T  44721349 atgttaacttgtgcccttagagcacatgttaagcattaaattcttaccactaatggtaagcattaattgaaaaaaattaatattaactttttttagtaat 44721448  T
Q  115 aaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccct 172  Q
    |||||||||  |||| | ||||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||    
T  44721449 aaattaacagaattttcgatacataatttttattagtgaaatccataacatgtgccct 44721506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 165
Target Start/End: Original strand, 30326086 - 30326180
Alignment:
Q  73 aagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||||||| ||||||||| || |  |||||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||    
T  30326086 aagaatttattgaaaaaaaattaatattaaacattttgagtaataaattaacacaattttcaatacataatttctcttaatgaaattcttaacat 30326180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 11941641 - 11941557
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaac 122  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||| ||  | |||||||  |||||||||||||||||||    
T  11941641 catgttaagcattaaattcttgccactaatgataagtattaattgaaaaaaaattaatattaaattttttgaacaataaattaac 11941557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 103 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 43521085 - 43521042
Alignment:
Q  103 attttgaacaataaattaacatcatttccaatacataattttta 146  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  43521085 attttgagcaataaattaagataatttccaatacataattttta 43521042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 25904905 - 25904847
Alignment:
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  25904905 aattaacataattttcaagacataatttctatcagtgaaattcttaacatgtgacctaa 25904847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 89
Target Start/End: Original strand, 41465384 - 41465457
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa 89  Q
    ||||||||||||| | ||||||   ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  41465384 atgttaacttgtgtccttagggcagatgttaatcattaatgtcataccatcaatggtaagaatttattgaaaaa 41465457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 161
Target Start/End: Original strand, 35327749 - 35327896
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| | || |||| ||  | |||||||||  ||||  ||    
T  35327749 atgttaacatgtgccctcagggtacatgttaaacattaatttcatttcattaatattaagaatttaatggaaaaaaattagtattaaacaacttgagtaa 35327848  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattctta 161  Q
    ||||||||||   ||| ||||||| ||||  ||| | |||||||||||    
T  35327849 taaattaacacagttttcaatacacaattactattagtggaattctta 35327896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 20574854 - 20575016
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaac 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||||||   |||||||  ||||      
T  20574854 atgttaacttgtgcccttagggcacatgttaaacattaatttcattccattgatagtaagaatttaatggaaaaaaaaattagtattaaacaacttgagt 20574953  T
Q  112 aataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20574954 aataaattaacacaatttccaatacacaattattattaatggaattcttaacatgtgccctaa 20575016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 22409351 - 22409486
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  22409351 catgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaacacaatttccaatacat 22409450  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
     |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  22409451 gatttctattagtagaattcttaacatgtgccctaa 22409486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 32318690 - 32318539
Alignment:
Q  19 gttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataa 116  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||    
T  32318690 gttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcattaatgtcatttcattagtgttaataatttattgaaaaaaattaatattaaacattttgaacaataa 32318591  T
Q  117 attaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  32318590 attaacacaattttcaatacataatttctattaatgaaattcttaacatgtg 32318539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 167
Target Start/End: Original strand, 30537923 - 30538076
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    |||||||||||| || ||||||  |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| | || |||| ||  | ||||||||||||||| |||    
T  30537923 atgttaacttgttcccttagggcacatgttaaacattagtttcattccaataatggtaagaatttaatggaaaaaaatgaatattaaacattttgagcaa 30538022  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  30538023 taaattaacacaattttcaatacataatttctattaatggaattcttaacatgt 30538076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Original strand, 4960375 - 4960515
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| ||||||     
T  4960375 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaaaaaattattgaaaaaaaatgaatattaaacaatttgagcaataaattaacacaattttcaatacg 4960474  T
Q  138 taatttttatcaatgga----attcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||| ||| | ||||    ||||||||||||||||||||    
T  4960475 taatttctattagtggaattcattcttaacatgtgccctaa 4960515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 10109396 - 10109237
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa--taaattattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| ||||   |||||||  | ||| |||||||||||||| |||    
T  10109396 atgttaacttgtgtctttagggcacatgttaaacattattttcatttcaataatggtaaaaatttgatgaaaaaagttaat-attaaacattttgagcaa 10109298  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  10109297 taaattaacacaattttcaatacataatttctattagtggaattcttaatatgtgccctaa 10109237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 40 - 165
Target Start/End: Original strand, 14136584 - 14136709
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacata 139  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | | ||||||| || |||| ||||||||||| || |||||||||||||     
T  14136584 catgttaaacattaatattattccattattggtaagaatttattgaaaaaaataatattaaatatgttgagcaataaattaatataatttccaatacatg 14136683  T
Q  140 atttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    |||| ||| | | |||||||||||||    
T  14136684 atttctattagtagaattcttaacat 14136709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 175
Target Start/End: Original strand, 17268774 - 17268933
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattattaaacattttgaacaata 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| | ||  | ||| |||||| ||| |||||||||||||   | ||||| |  |||| |||||||    
T  17268774 atgttaacttgtgcctttagggcacatgttaagcattcaattattgccactaatggcaagtattaattgaaaaaattaatattagattttttaaacaata 17268873  T
Q  116 aattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    ||||||||  || ||| | ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  17268874 aattaacacaatctccgagacataatttctattaatagaattcttaacatgtgccctaaa 17268933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 169
Target Start/End: Original strand, 30255183 - 30255341
Alignment:
Q  16 aatgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaat---ggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttga 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||||   |||||||||| | ||||||| || |  |||||||| |||| |    
T  30255183 aatgttaacttgtgcccttagggcacattttaaacattaatttcattccaataataatggtaagaatttaatgaaaaaaaattaatattaaacttttt-a 30255281  T
Q  110 acaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
      ||||||||||||| |||| |||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30255282 gtaataaattaacataattttcaatgcatagtttctattaatggaattcttaacatgtgc 30255341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 167
Target Start/End: Original strand, 24010266 - 24010338
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  24010266 tattaaacattttggacaataaattaacacaattttcaatacataatttctattagtggaattcttaacatgt 24010338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 167
Target Start/End: Original strand, 53039377 - 53039531
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat---tattaaacattttgaaca 112  Q
    ||||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | | ||||| ||||   |||||||| ||||   ||    
T  53039377 atgttaacttgtgtccttagggcatatgttaagcattaatttcatttcattaatggtaaaaatttaataaaaaaaaaataaatattaaactttttatgca 53039476  T
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgt 167  Q
    |||||||||||  |||  ||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  53039477 ataaattaacacaattatcaatacataatttctattagtgaaattcttaacatgt 53039531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 38794173 - 38794110
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggtc-atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38794173 atgttaacttgtgcccttagggcccatgttaagcattaatttcattccattaatagtaagaatt 38794110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11873220 - 11873094
Alignment:
Q  43 gttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataat 141  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||| |  | ||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  11873220 gttaaacattaatgtcattccatcaatgataagaatttattaaaaaaaattaatatcaaatattttgaacaataaattaacacaatttctaatatataat 11873121  T
Q  142 ttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
     | ||||| ||||||| ||||||||||    
T  11873120 ctctatcagtggaatttttaacatgtg 11873094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 170
Target Start/End: Original strand, 26533186 - 26533243
Alignment:
Q  113 ataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  26533186 ataaattaacacaatttccgatacataatttctattagtggaattcttaacatgtgcc 26533243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 162
Target Start/End: Original strand, 20789228 - 20789295
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaa 162  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| | ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  20789228 tattaaacattttgagcaataaattaacacaattttcaacaaataatttttattaatgtaatccttaa 20789295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 174
Target Start/End: Original strand, 45850177 - 45850256
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||| | || ||||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  45850177 tattaaacaacttgagtaataaattaacataaatttcaatacacaattactattaatggaaatcttaacatgtgccctaa 45850256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 123
Target Start/End: Original strand, 42899520 - 42899589
Alignment:
Q  56 ttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || |  ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  42899520 ttcattctattaatggaaagaattaaatgaaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaaca 42899589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 123
Target Start/End: Original strand, 52278993 - 52279078
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaaca 123  Q
    ||||||||||||||| ||  | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  52278993 catgttaagcattaaatttttgccactaatggtaagtattaattgaaaaaaaaatagtattagattttttgagcaataaattaaca 52279078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 168
Target Start/End: Original strand, 18995246 - 18995318
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||  |||| | ||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  18995246 tattaaacattttgagcaataa-ttaacacaattttcgatacataatttctattagtagaattcttaacatgtg 18995318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 89
Target Start/End: Original strand, 20788417 - 20788454
Alignment:
Q  52 taatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa 89  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  20788417 taatttcattcctttaatggtaagaatttattgaaaaa 20788454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 169
Target Start/End: Original strand, 32055091 - 32055156
Alignment:
Q  104 ttttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
    |||| |||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||    
T  32055091 ttttaaacaataaattaacacaattttcgatacataatttctattaatggaatctttaacatgtgc 32055156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 165
Target Start/End: Original strand, 10305187 - 10305297
Alignment:
Q  58 cattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaattatta---aacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatgga 154  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| |||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||  |||||| ||| | || |    
T  10305187 cattccactaattgtaaggatttattgaaaaaaaaattaatattcaacattttgaataataaattaacacaattttcaatatttaatttctattattgaa 10305286  T
Q  155 attcttaacat 165  Q
    ||||| |||||    
T  10305287 attctcaacat 10305297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Original strand, 41069024 - 41069124
Alignment:
Q  44 ttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaata-aattattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatt 142  Q
    |||| ||||||| | |||| ||||||||||| |||| ||||||||| |  | ||||||| ||||| | |||||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  41069024 ttaaacattaatgttattcaattaatggtaaaaatttattgaaaaaaattaatattaaatattttaagcaataaattaacacaattttcaaaacataatt 41069123  T
Q  143 t 143  Q
    |    
T  41069124 t 41069124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 165
Target Start/End: Original strand, 10044147 - 10044298
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaacaa 113  Q
    ||||||||||||| | ||||| | |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||| |||    
T  10044147 atgttaacttgtgtccttaggatacatgttaaacactaatttcatttcattaatggtaagaatttattgaaaaataattaatattaaacattttgagcaa 10044246  T
Q  114 taaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||    
T  10044247 taaattaacacaactttcaatacataatttctattaatgacattcttaacat 10044298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 17566844 - 17566708
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt-aattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |  | |||||||||| ||||||||||||| ||||  | || |||||||    
T  17566844 catgttaaacattaatttcattctattaatgataagaatttaattgaaaaaaattaatattaaacatgttgaacaataaataaacacaaatttcaataca 17566745  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
     ||||| ||| | | |||||||||| |||||| ||||    
T  17566744 aaatttctattagtagaattcttaatatgtgcactaa 17566708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 170
Target Start/End: Original strand, 5402715 - 5402847
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaac-aataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||| || |  |||||||||  |||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  5402715 catgttaagcattaatttc-ttctattaatagtaagaatttaatgaaaaaaaattagtattaaacaacttgaagtaataaattaacacaatttccaatac 5402813  T
Q  137 ataatttttatcaatggaattcttaacatgtgcc 170  Q
    | ||||  ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  5402814 acaattactattaatggaatttttaacatgtgcc 5402847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 2903438 - 2903367
Alignment:
Q  104 ttttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  2903438 ttttgagcaataaattaacataatttccgagacataatttctattagtagaattcttaacatgtgccctaaa 2903367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 21369268 - 21369167
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa--attattaaacattttgaac-aataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||  | ||||||| ||||| | | ||||||||||||  |||| ||||||    
T  21369268 catgttaaacattaatttcattccattaatggtaagaatttaatgaaaaaaaattaatattaaatattttaagctaataaattaacacaattttcaatac 21369169  T
Q  137 at 138  Q
    ||    
T  21369168 at 21369167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 24876221 - 24876110
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttga---acaataaattaacatcatttccaat 134  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||||  |||||||| ||| ||||| || |  |||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||     
T  24876221 catgttaagcattattgtcattctattaataataagaatttatttaaaaaaaattaatattaaacattttgactaataataaattaacataatttccaaa 24876122  T
Q  135 acataattttta 146  Q
    ||||||||||||    
T  24876121 acataattttta 24876110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 95 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 25837009 - 25836936
Alignment:
Q  95 tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    ||||||||| |||||  ||||||| ||||   |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||    
T  25837009 tattaaacaatttgagtaataaatgaacacactttccaatacataattattattagtggaattcttaacatgtg 25836936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 40 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 25837474 - 25837435
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaatt 79  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25837474 catgttaagcattaatttcattatattaatggtaagaatt 25837435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 168
Target Start/End: Original strand, 16285931 - 16285988
Alignment:
Q  111 caataaattaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtg 168  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  16285931 caataaattaacacaattttcaatgcataatttctattaatgaaattcttaacatgtg 16285988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 28085345 - 28085272
Alignment:
Q  17 atgttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaa 89  Q
    ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||| ||  | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  28085345 atgttaacttgtgctcttagggcacatgttaagcattaaatttttgccattaatggtaaatattaattgaaaaa 28085272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 40886567 - 40886511
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta 96  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||  ||||| ||||||    
T  40886567 catgttaagcattaatttcattcaattaataataaaaattaatgaaaaaaaaaatta 40886511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0154 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0154
Description:

Target: scaffold0154; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 39 - 169
Target Start/End: Original strand, 36352 - 36484
Alignment:
Q  39 tcatgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |  |  ||||||| |||||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  36352 tcatgttaagcattattttcattccaataatggtaagaatttaatgaaaaaaagttaatattaaatattttgagaaataaattaacacaatttccaatac 36451  T
Q  137 ataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  36452 ataatttctattagtggaattcttaacatgtgc 36484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 21407 - 21250
Alignment:
Q  20 ttaacttgtgccattagggt-catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaa 117  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| |||||  |||||||  || |||| ||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||||    
T  21407 ttaacttgtgtctttagggcacatgttaagcattaatgtcattttattaatgaaaaaaatttattgaaaaaaattaatattaaacattttgaataataaa 21308  T
Q  118 ttaacatcatttccaatacataatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  21307 ttaacacaatttccaatatataatttttattattggaattcttaacatgtgtcctaaa 21250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0524 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0524
Description:

Target: scaffold0524; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 162
Target Start/End: Original strand, 1433 - 1552
Alignment:
Q  45 taagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatt 142  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  || |  ||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  1433 taagcattaatgtcatttcattaatagtaagaatttattgaaaacaaattaatatcaaacattttgagcaataaattaacacaatttccgatacataatt 1532  T
Q  143 tttatcaatggaattcttaa 162  Q
    | ||| ||||||||||||||    
T  1533 tctattaatggaattcttaa 1552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 169
Target Start/End: Original strand, 9098 - 9228
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaatta---ttaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatac 136  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| | |||||||  |||||   ||||||||||| || ||||||||||||  ||||| ||| |    
T  9098 catgttaagcattaattttattccactaatggcaataatttaatgaaaaa--aattaatgttaaacattttaaaaaataaattaacacaatttctaatgc 9195  T
Q  137 ataatttttatcaatggaattcttaacatgtgc 169  Q
    |||||||| || | ||||||||||| |||||||    
T  9196 ataattttcattattggaattcttatcatgtgc 9228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 174
Target Start/End: Original strand, 3475 - 3600
Alignment:
Q  50 attaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatc 148  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||| |  | ||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||     
T  3475 attaatttcattccactaatgacaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaaaattttaaacaataaactaacacaatttctaatgcataatttttatt 3574  T
Q  149 aatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  3575 attggaattcttatcatgtaccctaa 3600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 174
Target Start/End: Original strand, 130452 - 130577
Alignment:
Q  50 attaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataa-attattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacataatttttatc 148  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||| |  | ||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||     
T  130452 attaatttcattccactaatgacaagaatttaatgaaaaaaattaatattaaaaattttaaacaataaactaacacaatttctaatgcataatttttatt 130551  T
Q  149 aatggaattcttaacatgtgccctaa 174  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  130552 attggaattcttatcatgtaccctaa 130577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:

Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 37679 - 37553
Alignment:
Q  41 atgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaatacat 138  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||| || |  ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  37679 atgttaaacattaatttcatttcattaatggaaataatttaatgaaaaaaaattaatattaaacattttaagcaataaattaacacaatttctaatacat 37580  T
Q  139 aatttttatcaatggaattcttaacat 165  Q
     | || ||| | || ||||||||||||    
T  37579 gacttctattagtgaaattcttaacat 37553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 6831 - 6694
Alignment:
Q  40 catgttaagcattaatttcattccattaatggtaagaattaattgaaaaataaat--tattaaacattttgaacaataaattaacatcatttccaataca 137  Q
    ||||||||||||||| ||  |  || |||||||||| ||||||||||||| || |  ||||| |  |||||| ||||||||||||   |||||||| | |    
T  6831 catgttaagcattaaatttttatcactaatggtaagtattaattgaaaaaaaattaatattatattttttgagcaataaattaacgcaatttccaagata 6732  T
Q  138 taatttttatcaatggaattcttaacatgtgccctaaa 175  Q
    |||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||||    
T  6731 taatttctatttatggaatccttaacatgtgctctaaa 6694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University