View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14120_low_5 (Length: 466)

Name: NF14120_low_5
Description: NF14120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14120_low_5
NF14120_low_5
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (18-455)||(16224174-16224611)
chr1 (18-455)||(16184784-16185221)
chr1 (18-455)||(16174141-16174578)
chr1 (18-429)||(33109910-33110321)
chr1 (69-440)||(33115940-33116311)
chr1 (124-456)||(30619775-30620107)
chr1 (127-416)||(30615024-30615313)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (39-389)||(37314745-37315095)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (123-328)||(38894093-38894298)
chr7 (151-328)||(38884907-38885084)
chr7 (373-455)||(38893966-38894048)
chr7 (373-455)||(38884780-38884862)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16224611 - 16224174
Alignment:
18 aataccggttggataccctttatctgtctttgtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16224611 aataccggttgggtaccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 16224512  T
118 gcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16224511 gcagctgagattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 16224412  T
218 atgtgagtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 317  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
16224411 atgtgagtgagtatattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagtgcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 16224312  T
318 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16224311 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 16224212  T
418 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16224211 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 16224174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16185221 - 16184784
Alignment:
18 aataccggttggataccctttatctgtctttgtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16185221 aataccggttggataccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 16185122  T
118 gcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16185121 gcagctgagattccatgacaggtagaccttagcctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 16185022  T
218 atgtgagtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 317  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
16185021 atgtgagtgagtacattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagtgcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 16184922  T
318 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16184921 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaatgctaccgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 16184822  T
418 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16184821 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 16184784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Original strand, 16174141 - 16174578
Alignment:
18 aataccggttggataccctttatctgtctttgtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16174141 aataccggttgggtaccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 16174240  T
118 gcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
16174241 gcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgttgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 16174340  T
218 atgtgagtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 317  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
16174341 atgttagtgagtacattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 16174440  T
318 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16174441 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaatgcgactgtgaaccagtagcccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 16174540  T
418 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16174541 gctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 16174578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 33110321 - 33109910
Alignment:
18 aataccggttggataccctttatctgtctttgtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgca 117  Q
    |||||| ||||| || || | ||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
33110321 aataccagttgggtaaccatgatcagtcttcgtcggatccttactttgtgcagcatataaaaatccaaatgcaccaacaattgctccagcctttcctgca 33110222  T
118 gcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaaga 217  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || | ||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
33110221 gcagctgagattccgtgacaggtagatctaagccttgccgggaaaatctcggctggaacaacaaatgtggtagcatttggaccgaaattggcaaaaaaga 33110122  T
218 atgtgagtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaa 317  Q
    | || | |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||  ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||    
33110121 aagttaatgagtacattacaacaaacccaattctgttttctttcttagtccaatgatcataaggtatagctagagcaaacatgaagacggtcatgaagaa 33110022  T
318 gaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgt 417  Q
    ||| ||||||| ||| || || ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||||    
33110021 gaaacccatcaattggatcgcaaaacgacccatgtaatcgataaatgccactgtaaaccagtaacctggcactgtactgcacaatgctataagggtttgt 33109922  T
418 gctcttgcaatc 429  Q
    ||||||||||||    
33109921 gctcttgcaatc 33109910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 69 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 33116311 - 33115940
Alignment:
69 agcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgcagcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctct 168  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||    
33116311 agcatacaagaaaccaaaagcacctaccattgctccagcttttccagcagcagcggatataccatgacatgttgaccttagccttgccgggaaaatctct 33116212  T
169 gccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtgagtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctcc 268  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| ||||||   ||  ||| | || |||    
33116211 gccggaaccacaaacgtcgttgcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtcaatgaatacatgacaacaaaaccaatttggtttcctttcatggtcc 33116112  T
269 aatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctac 368  Q
    |||| | |||||| || || |   ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || |  || |  || ||   ||| || |  || ||    
33116111 aatggtgatatggaatggccaatccaaacatgaaaacggtcatgaagaaaaatcccatcaattggattgtaaatcttccaattctatcaatgagtgccac 33116012  T
369 tgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgtgctcttgcaatcttgtaaacctc 440  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
33116011 tgtgaaccagtaaccaggaacagtactgcaaagtgctatgagtgtctgtgctctagcaatcttgtaaacctc 33115940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 124 - 456
Target Start/End: Original strand, 30619775 - 30620107
Alignment:
124 gatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtga 223  Q
    |||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||| || || ||||| || || || ||||| || || ||||| || |||||||| || |    
30619775 gatattccgtgacaagttgatctaaacctagccgggaaaatctcggcaggcacaacgaaagtggttgcattaggtccgaaattcgcgaagaagaaagtta 30619874  T
224 gtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatcc 323  Q
      || || | ||| ||||| || ||||| |||||||  |   |||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
30619875 aggaataaagtacaacaaatccgattctgttctctttatgtgtccagtgatcataaggaatagcaagtgcaaacataaaaactgtcataaagaaaaatcc 30619974  T
324 catcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgtgctctt 423  Q
    ||| |  ||||||| ||| |  || ||   ||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||     
30619975 cattaactgaatagtgaaccttccaattctatcaatgaatgcaactgtgaaccagtaaccaggaactgtactgcataatgcaataagtgtttgcgccctc 30620074  T
424 gcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcatc 456  Q
    ||||| || |||||||| | || ||||||||||    
30620075 gcaattttataaacctcttcaagtgcattcatc 30620107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 416
Target Start/End: Original strand, 30615024 - 30615313
Alignment:
127 attccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtgagtg 226  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| |||| ||| || || ||||| || |||||||| || |  |    
30615024 attccatgacaagttgatctaaacctagccgggaaaatctcggcaggcacaacaaatgtggtagtattaggcccgaaatttgcgaagaagaaggttaagg 30615123  T
227 agtacattaccacaaacccaattctattctct-tccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatccca 325  Q
      || |  ||  ||||||||||| | |||||| |  ||| |||| |||||| | || || ||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
30615124 cataaagcacagcaaacccaattttgttctctgttattg-tccagtgatcaaaaggaatagcaattgcaaacataaaaactgtcataaagaagaatccca 30615222  T
326 tcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttg 416  Q
    | |  ||||||| ||| |  |||||   ||| || |  || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||    
30615223 ttaactgaatagtgaaccttcccattctatcaatgagtgccactgtgaaccagtaaccaggaactgtactacataaagcaataagtgtttg 30615313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 39 - 389
Target Start/End: Original strand, 37314745 - 37315095
Alignment:
39 atctgtctttgtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcctgcctttcctgcagcagctgatattccatgacag 138  Q
    |||| ||||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| || || ||||| ||||  ||||| ||||||||     
37314745 atctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataattgctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacat 37314844  T
139 gtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtgagtgagtacattacca 238  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||| || || | || |||||| || |    
37314845 gtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaa 37314944  T
239 caaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatcccatcatttgaatagc 338  Q
     ||| |||||||| || |||  |||  ||||||||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||| ||    
37314945 gaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacatgaacacagtcataaagaagaatcccattagttgaattgc 37315044  T
339 gaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaac 389  Q
     |||||||| ||    |||||||| || || ||||||||||| || |||||    
37315045 aaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaac 37315095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 123 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 38894298 - 38894093
Alignment:
123 tgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtg 222  Q
    |||||||||||| |||||||| |  || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||     
38894298 tgatattccatggcaggtagaacggaatctagcaggaaaaatttctgctggcacaacaaaggtggtagcattaggcccgaaatttgcaaagaagaaggtc 38894199  T
223 agtgagtacattaccacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatc 322  Q
    | ||| |||| |||||| || || ||||  |  || |  |   |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
38894198 aatgaatacaataccacgaatccgattcggtgatccttatgagtccagtgatcatatggaatggcaagagcaaacatgaagacagtcataaagaagaatc 38894099  T
323 ccatca 328  Q
    ||||||    
38894098 ccatca 38894093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 151 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 38885084 - 38884907
Alignment:
151 ctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtgagtgagtacattaccacaaacccaattc 250  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || |  || || || |||||||| || ||||    
38885084 ctagctggaaaaatctctgctggcacaacaaatgttgtagcattaggcccaaaatttgcaaagaagaaggtcaaggaatatatcaccacaaatcctattc 38884985  T
251 tattctcttccttgctccaatgatcatatggtattgcaagagcaaacatgaaaacagtcatgaagaagaatcccatca 328  Q
      || || |  |   |||| || ||||| || || |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
38884984 ggttttccttatgagtccagtgttcataaggaatggcaagagcaaacatgaaggcagtcataaagaagaatcccatca 38884907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 373 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38894048 - 38893966
Alignment:
373 aaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgtgctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 455  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| | || |||||||||    
38894048 aaccagtagcctggaactgtactgcatagagcaataagtgtttgagctcttgcgattttgtaaacctcctcaagtgcattcat 38893966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 373 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38884862 - 38884780
Alignment:
373 aaccagtaacccggaacagtactgcacaacgcaataagtgtttgtgctcttgcaatcttgtaaacctcatgaattgcattcat 455  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| | || |||||||||    
38884862 aaccaataacctggaactgtactgcatagagcaataagtgtttgagctcgagcaattttgtaaacctcctcaagtgcattcat 38884780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University