View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14131_low_9 (Length: 398)
Name: NF14131_low_9
Description: NF14131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14131_low_9 |
 | |
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| [»] scaffold0070 (2 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0830 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 24913139 - 24912753
Alignment:
| Q |
1 |
tttataaaatattcttaaaaataaatcttagacacattaattactaatataacatgctgattactgatgtgtgtgtcgtagannnnnnnnn----gttaa |
96 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
24913139 |
tttataaaatattcttaaaaataaagcttagacacattaattactaatataacatgttgattacagatgtttgtgtcgtagattttttttgttttgttaa |
24913040 |
T |
|
| Q |
97 |
caaaatcaaatagattggttaggactcaaaacgcagaataaaatgttacttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagttt |
196 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |
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| T |
24913039 |
caaaatcaaatagattggttaggactcaaaacacagaataaaatgttacgtaaagagaagaa-tgacctggtgcaaggtatccaacagtagctaaagtct |
24912941 |
T |
|
| Q |
197 |
gtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctt |
296 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24912940 |
gtgtatgagttttagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctt |
24912841 |
T |
|
| Q |
297 |
tagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24912840 |
tagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccaagatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
24912753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 136 - 384
Target Start/End: Original strand, 25490340 - 25490588
Alignment:
| Q |
136 |
aaaatgttacttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttg |
235 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
25490340 |
aaaatgttaagtaaaaaaaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagttttagattgtccttcatccatgagcttag |
25490439 |
T |
|
| Q |
236 |
caataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatg |
335 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25490440 |
caataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatg |
25490539 |
T |
|
| Q |
336 |
aagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25490540 |
aagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25490588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 148 - 384
Target Start/End: Original strand, 25695515 - 25695751
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25695515 |
aaagaaaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagttttagattgtccttcatccatcagctttgcaataccaaaat |
25695614 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25695615 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccactggtattgaggaaccatgatggagatattccaa |
25695714 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25695715 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25695751 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 96 - 384
Target Start/End: Original strand, 25453079 - 25453373
Alignment:
| Q |
96 |
acaaaatcaaatagattggttaggactcaaaacgca--gaataaaatgttac----ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagcc |
189 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
25453079 |
acaaaatcaaatagattggttaggactgaaaacataaagaagaaaatgttatgaagtaaaagagaataaatgacctggtgcaaggtatccaatagtagct |
25453178 |
T |
|
| Q |
190 |
aaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattgg |
289 |
Q |
| |
|
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
25453179 |
aaagtttgtgtgtaagtttgagattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaaatcgctaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattag |
25453278 |
T |
|
| Q |
290 |
aaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25453279 |
aaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25453373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 148 - 384
Target Start/End: Original strand, 25715348 - 25715584
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25715348 |
aaagagaagaaatgacctggtgcaagatatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
25715447 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25715448 |
cgctaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccactggtattgaagaaccacgatggagatattccaa |
25715547 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25715548 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25715584 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 148 - 383
Target Start/End: Original strand, 25322811 - 25323046
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25322811 |
aaagagaagaaatgacctggtgcaagatatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaaat |
25322910 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25322911 |
cgctaacatgtgcaaccatatttttatccaataagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggtattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
25323010 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25323011 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
25323046 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 148 - 383
Target Start/End: Original strand, 25685802 - 25686037
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25685802 |
aaagagaagaaatgacctggtgcaagatatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccaggagcttggcaataccaaaat |
25685901 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25685902 |
cgctaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattcgaaggctttagatcgcaatgaaccacaggtattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
25686001 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25686002 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
25686037 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 148 - 383
Target Start/End: Original strand, 25604792 - 25605027
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25604792 |
aaagataagaaatgacctggtgcaagatatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaaat |
25604891 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25604892 |
cgctaacatgtgctaccatatttttatccaataagacatttgaaggctttagatctcaatgaaccacaggtattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
25604991 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25604992 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
25605027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 146 - 384
Target Start/End: Original strand, 25341133 - 25341371
Alignment:
| Q |
146 |
ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaa |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25341133 |
ttaaagagaagaaatgacctggtgcaaggtatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagttttagattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaa |
25341232 |
T |
|
| Q |
246 |
atcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattcc |
345 |
Q |
| |
|
||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25341233 |
atcgcttacatgtgcaaccatattttcatccaataagacattagaaggctttagatcgcaatgaaccactggtactgaagaaccatgatggagatattcc |
25341332 |
T |
|
| Q |
346 |
aatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25341333 |
aatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25341371 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 148 - 384
Target Start/End: Original strand, 23258359 - 23258595
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
23258359 |
aaagagaacaaattacctggtgcaaggtatccaagagtagctaaagtttgtgtatgagtttcagattgtccttcatccatgagctttgaaataccaaaat |
23258458 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
23258459 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattagaaggttttagatcgcaatgaaccacgggtattgaagaaccatgatggagatattccaa |
23258558 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23258559 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
23258595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 146 - 384
Target Start/End: Original strand, 25570039 - 25570277
Alignment:
| Q |
146 |
ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaa |
245 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25570039 |
ttaatgagaagaaatgacttggtgcaaggtatccaatagtagctaaagtctgtgtatgagttttagattgaccttcatccatgagcttagcaataccaaa |
25570138 |
T |
|
| Q |
246 |
atcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattcc |
345 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
25570139 |
atcactaacacgtgcaaccatattttcatccaacatgacattggagggctttagatcacagtgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatatttc |
25570238 |
T |
|
| Q |
346 |
aatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25570239 |
aatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25570277 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 152 - 383
Target Start/End: Original strand, 25800437 - 25800668
Alignment:
| Q |
152 |
agaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcact |
251 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
25800437 |
agaagaaattacctggtgcaagatatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagttttagattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaaatcgct |
25800536 |
T |
|
| Q |
252 |
aacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgca |
351 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |
|
|
| T |
25800537 |
tacatgtgcaaccatattttcatccaataagacattagaaggctttagatcgcaatgaaccactggtattgaagaaccatgatggagatattctactgca |
25800636 |
T |
|
| Q |
352 |
gatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25800637 |
gatgcaacatctatcattatatttaacctttg |
25800668 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 96 - 384
Target Start/End: Original strand, 25647109 - 25647403
Alignment:
| Q |
96 |
acaaaatcaaatagattggttaggactcaaaacgca--gaataaaatgttac----ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagcc |
189 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
25647109 |
acaaaatcaaataaattggttatgactgaaaacgtaaagaagaaaatgttaagaagtaaaacagaagaaatgacctggtgcaagatatccaatagtagcc |
25647208 |
T |
|
| Q |
190 |
aaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattgg |
289 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
25647209 |
aaagtctgtgtatgagttttagattgtccttcacccatgagcttagcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacatttg |
25647308 |
T |
|
| Q |
290 |
aaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
25647309 |
aaggctttagatctcattgaaccactggtattgatgaaccatgatggagatattccaattctgatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
25647403 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 92 - 384
Target Start/End: Original strand, 25475754 - 25476052
Alignment:
| Q |
92 |
gttaacaaaatcaaatagattggttaggactcaaaacgca--gaataaaatgttac----ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagt |
185 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |
|
|
| T |
25475754 |
gttaacagaatcaaatagattggttgggactaaagacataaagaagaaaatgttacaaagtaaaagagaagaaatgacctggtgcaatgtatccaatagt |
25475853 |
T |
|
| Q |
186 |
agccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagaca |
285 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| || |||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
25475854 |
aggaaaagtttgtgtatggcatttagatcggccttcatcgatgagcttggcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatatttttatccaacatgaca |
25475953 |
T |
|
| Q |
286 |
ttggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25475954 |
ttagaaggctttagatcgcaatgaaccacaggtattgaagaaccatgatggagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatattcaacctttgc |
25476052 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 154 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22900709 - 22900479
Alignment:
| Q |
154 |
aagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaa |
253 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22900709 |
aagaaattacctggtgcaagatatccaatagtagccaaagtctctgtatgagttttagattgtccttcatccatgagtttggcaataccaaaatcactaa |
22900610 |
T |
|
| Q |
254 |
catgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcaga |
353 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
22900609 |
catgtgcaaccatatcttcgtccagcaagacattactaggctttagatcacaatggaccacaggtattgaagaaccatgatggagatattccaatgcata |
22900510 |
T |
|
| Q |
354 |
tgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22900509 |
tgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
22900479 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 146 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 24875337 - 24875157
Alignment:
| Q |
146 |
ttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaa |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24875337 |
ttaaagagaagaaatgacttggtgcaaggtatccaatagtagccaaagtttgtgtatgagtttcagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaa |
24875238 |
T |
|
| Q |
246 |
atcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaaga |
326 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
24875237 |
atcgctaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccactggtattgaaga |
24875157 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 24875159 - 24875126
Alignment:
| Q |
351 |
agatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24875159 |
agatgcagcatctatcattatatttaacctttgc |
24875126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:
Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 32 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 17066 - 16713
Alignment:
| Q |
32 |
acacattaattactaatataacatgctgattactgatgtgtgtgtcgtagannnnnnnnn--gttaacaaaatcaaatagattggttaggactcaaaacg |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
17066 |
acacattaattactaatataacatgttgattactgatgtgtgtgtcgtagatttttttttttgttaacaaaatcaaatagattggttaggacttaaaact |
16967 |
T |
|
| Q |
130 |
cagaataaaatgttacttaaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatga |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
16966 |
cagaataaaatgttacttaaagagaagaa-tgacctggtgcaaggtatccaacagtagctaaagtctgtgtatgagttttagattgaccttcatccatga |
16868 |
T |
|
| Q |
230 |
gctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaacc |
329 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16867 |
gcttagcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaacc |
16768 |
T |
|
| Q |
330 |
atgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16767 |
atgatgaagatattccaatgcagatgcaacttctatcattatatttaacctttgc |
16713 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 17110 - 17078
Alignment:
| Q |
1 |
tttataaaatattcttaaaaataaatcttagac |
33 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
17110 |
tttataaaatattcttaaaaataaagcttagac |
17078 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 148 - 380
Target Start/End: Original strand, 10324008 - 10324240
Alignment:
| Q |
148 |
aaagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
10324008 |
aaagagaagaaatgacctggtgcaaggtatccaatagtagctaaagtctgtgtatgagtttttgattgtccttcatccatgagcttggcaataccaaaat |
10324107 |
T |
|
| Q |
248 |
cactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaa |
347 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
10324108 |
cgctaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattagaaggctttagatcacaatgaaccacgggtattgaagaaccatgatggagatattccaa |
10324207 |
T |
|
| Q |
348 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacct |
380 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10324208 |
tgcagatgcaacatctatcattatatttaacct |
10324240 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0830 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:
Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 149 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 4434 - 4199
Alignment:
| Q |
149 |
aagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatc |
248 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4434 |
aagaaaagaaattacctggtgcaaggtatccgatagttgccaaagtttgtgtatgagttttagaatgtccttcgtccatgagcttggcaataccaaaatc |
4335 |
T |
|
| Q |
249 |
actaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaat |
348 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
4334 |
actaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacatttgaaggctttagatctcaatgaaccacaggtattgaagaaccatgatgtagatattccaat |
4235 |
T |
|
| Q |
349 |
gcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4234 |
gctgatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
4199 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 149 - 372
Target Start/End: Original strand, 5079906 - 5080129
Alignment:
| Q |
149 |
aagagaagaaatgacctggtgcgaggtatccaacagtagccaaagtttgtgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatc |
248 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| | || |||| ||||| ||||| || ||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
5079906 |
aagagaagaaattacctggtgcaacataaccaattgtagctaaagtctgagtatgagctttagattgtccatcatccaagagctttgaaatcccaaaatc |
5080005 |
T |
|
| Q |
249 |
actaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaat |
348 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
5080006 |
actaacatgtgcaaccatattttcatccagtaacacattgctaggcttcaaatcacaatgaaccactggtattgaagaaccatgatgaagatactccaat |
5080105 |
T |
|
| Q |
349 |
gcagatgcaacatctatcattata |
372 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
5080106 |
gcagatgccacatctatcattata |
5080129 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 198 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5119578 - 5119392
Alignment:
| Q |
198 |
tgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggcttt |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
5119578 |
tgtatgagtttttgattgtccttcatccaagagcttggaaatcccaaaatcactaacatgtgcaaccatatcttcatccagcaacacattactaggcttc |
5119479 |
T |
|
| Q |
298 |
agatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
5119478 |
aaatcacaatgaaccactggtattgaagaaccatgatgaagatactccaatgcagatgccacatctatcattatgttcaacctttgc |
5119392 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 198 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5102019 - 5101833
Alignment:
| Q |
198 |
tgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggcttt |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| | |||||| |
|
|
| T |
5102019 |
tgtatgagtttttgattgtccttcatccaagagcttggaaatcccaaaatcactaacatgtgcaatcatattttcatccaataacacattagcaggcttc |
5101920 |
T |
|
| Q |
298 |
agatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
5101919 |
aagtcacaatgaaccactggtattaaagaaccatgatggagatactccaatgctgatgccacatctatcattatgttcaacctttgc |
5101833 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 214 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 16886284 - 16886114
Alignment:
| Q |
214 |
tgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggctttagatcacaatgaacca |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
16886284 |
tgtccttcatccaagagcttagaaattccaaaatcactgacatgtgcaaccatattttcatctagtaacacattactaggcttcaaatcacaatgaacca |
16886185 |
T |
|
| Q |
314 |
caggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
16886184 |
ctggtattgaagaaccatgatggagatactccaatgcagatgcaacatctatcattatattcaacctttgc |
16886114 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 198 - 384
Target Start/End: Original strand, 14412266 - 14412452
Alignment:
| Q |
198 |
tgtatgagtttgagattgtccttcatccatgagctttgcaataccaaaatcactaacatgtgcaaccatattttcatccaacaagacattggaaggcttt |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| | || ||||| |||||| |
|
|
| T |
14412266 |
tgtatgagtttttgattgtccttcatccaagagcttggaaatgccaaaatcactcacatgtgcaatcatagcttcatctagtaacacattactaggcttc |
14412365 |
T |
|
| Q |
298 |
agatcacaatgaaccacaggcattgaagaaccatgatgaagatattccaatgcagatgcaacatctatcattatatttaacctttgc |
384 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
14412366 |
aagtcacaatgaaccactggtattgaagaaccatgatggagatactccaatgcagatgccacatctatcattatgttcaacctttgc |
14412452 |
T |
|
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