View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14138_high_16 (Length: 407)

Name: NF14138_high_16
Description: NF14138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14138_high_16
NF14138_high_16
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (19-375)||(10361594-10361950)
chr3 (13-390)||(10582524-10582902)
chr3 (19-390)||(10431819-10432193)
chr3 (19-386)||(10197593-10197963)
chr3 (19-390)||(10262618-10262992)
chr3 (19-386)||(10090710-10091081)
chr3 (19-390)||(11779760-11780131)
chr3 (22-390)||(10519408-10519776)
chr3 (22-390)||(9851662-9852030)
chr3 (22-390)||(10128848-10129216)
chr3 (22-390)||(9840784-9841149)
chr3 (19-390)||(11771154-11771525)
chr3 (16-212)||(10665443-10665633)
chr3 (22-390)||(10033923-10034294)
chr3 (237-376)||(13853253-13853392)
chr3 (22-390)||(10373620-10373991)
chr3 (138-295)||(10502622-10502779)
chr3 (19-210)||(10186300-10186491)
chr3 (19-210)||(10079330-10079521)
chr3 (302-390)||(10665669-10665757)
chr3 (93-183)||(10530641-10530731)
chr3 (138-183)||(10679477-10679522)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (22-390)||(55380-55748)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-386)||(26908808-26909175)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-183)||(44955662-44955825)
chr8 (21-342)||(11486957-11487272)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10361950 - 10361594
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| |||| |||    
T  10361950 ccaaattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatgtgcttttcctcaacttagagctatggagttacataattgtccagaactaaggggacatt 10361851  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnn 218  Q
    |||| ||  | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  10361850 tgccgagcaaccttccttgcatagaagaaattgtaatacaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaataaaaaa 10361751  T
Q  219 ntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10361750 ttttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattcaaaagtgcgctatg 10361651  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactc 375  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10361650 ctgtcatctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacactcttgggactc 10361594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 390
Target Start/End: Original strand, 10582524 - 10582902
Alignment:
Q  13 aatataccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagg 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10582524 aatataccaaattggaataaatggcttccctttgaaggcatacaatttgcttttcctcaacttcgagctatgaagttacgtaattgtcccaaactaaagg 10582623  T
Q  113 gatatttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaat 212  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582624 gacatttgcctagccatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgtgttcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaat 10582723  T
Q  213 -nnnnnnntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtg 311  Q
             |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||    
T  10582724 aaaaaaaaattaagattgatgggcttggtgaaaggacccaattgttattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagatgcagtgatggcaaactg 10582823  T
Q  312 cgctatgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    || ||  || | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10582824 cgttaacctattagctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactctattctctttcttct 10582902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 10432193 - 10431819
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||| | |    
T  10432193 ccaaattggaatgaatggctgccctttgaaggcataaaagttgcttttcctcgacttagagttatggagttacataattgtcctgaactaaggggacaat 10432094  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnn 215  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||       
T  10432093 tgcctagcaaccttccttgcatagaagaaattgatatatcaggttgttctcaactactggaaacagagccaaacactatgcattggttgtcgtcaataaa 10431994  T
Q  216 nnnntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgct 315  Q
         |||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || | |    
T  10431993 gaaagttaatatcaatgggcttgacggaaggaccaatttgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagtgattgaaaactgtgtt 10431894  T
Q  316 atgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | ||| | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  10431893 aagctattagttgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattctctttcttct 10431819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 386
Target Start/End: Original strand, 10197593 - 10197963
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  10197593 ccaaattggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagctatggagttacgtaattgtcgagaactaaggggacatt 10197692  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnn 215  Q
    |||||||  | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |       
T  10197693 tgcctagcaaccttccttgcataaaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaaa 10197792  T
Q  216 nnnntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgct 315  Q
         |||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||  |||||| |||    
T  10197793 gaaaattaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatggaagatgtagtgattcgaaagtgtgct 10197892  T
Q  316 atgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttc 386  Q
    | ||| | |  | |||||||| |||||   |||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  10197893 aagctattagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttgaaactctattctctttc 10197963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Original strand, 10262618 - 10262992
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| || | |||    
T  10262618 ccaaattggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaactttcttttcctcgacttagagctatggagttacataattgtccagaactaagggaacatt 10262717  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnn 215  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |       
T  10262718 tgcctagcaaacttccttgcatagaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaaa 10262817  T
Q  216 nnnntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgct 315  Q
         |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||    | || | |    
T  10262818 gaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagaagtagttattcgtgaatgtgtt 10262917  T
Q  316 atgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | | | | |  ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| |||||    
T  10262918 aagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtctaacacacttgaaactcagttctcttccttct 10262992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 386
Target Start/End: Original strand, 10090710 - 10091081
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagtt-acgtaattgtcccgaactaaagggatat 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||  |||||||||||  ||||||| |||| ||    
T  10090710 ccaaattggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagctatggagtacacgtaattgtcgagaactaaggggacat 10090809  T
Q  118 ttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnn 214  Q
    ||||||||  | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |      
T  10090810 ttgcctagcaaccttccttgcataaaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaa 10090909  T
Q  215 nnnnntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgc 314  Q
          |||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||  |||||| ||    
T  10090910 agaaaattaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatgatggaagatgtagtgattcgaaagtgtgc 10091009  T
Q  315 tatgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttc 386  Q
    || ||| | |  | |||||||| |||||   |||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  10091010 taagctattagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttgaaactctattctctttc 10091081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 11780131 - 11779760
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||| |||   |  |||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  11780131 ccaaattggaatgaatggtttccctttgaaggtataaaatttgcatttcctcgactcaaaactatggagttgcgtaattgtcctgaactaaggggacatt 11780032  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnn 218  Q
    ||||||   | ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    | |||||||||||||||||||||||          
T  11780031 tgcctaccaaccttccttgcatcgaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaaaaccatctactttgcattggttgtcgtcaataaaaga 11779932  T
Q  219 ntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
      | || ||  | || |||| || || ||| ||||||||||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11779931 aatgaatatcaaaggacttggtgaaaagacacaattgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgcaacatgtagtgattgaaaagtgtgctgag 11779832  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    || |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  11779831 ctatcagttgtgccaaaattgattttgagaagcatttgtcttacatacttgagactccattctctttcttct 11779760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Original strand, 10519408 - 10519776
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||   | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  10519408 aattggaatgaatggattcccttcgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggctataaagttacgtaattgtccagaactaaggggacatttgc 10519507  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||    | ||||||||||||||||| |||||        |    
T  10519508 ccaccaaccttccttccatagaagaaattgtaataaaaggttgtgttcatctattggaaacaccatctactttgcattggttgtcttcaataaaaaaaat 10519607  T
Q  222 taagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctg 321  Q
     || ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| ||||||| | || |||     
T  10519608 gaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccttgtatgatgcaagatgtagagattaaaaagtgtgttaagcta 10519707  T
Q  322 tcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | |  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  10519708 ttagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgggactcgattctctttcttct 10519776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Original strand, 9851662 - 9852030
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |  ||  |||||||| |||||||  |||||| |||||||||||    
T  9851662 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggcaatagagttacgtgattgtccaaaactaaggggatatttgc 9851761  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||| ||||||||| |||||        |    
T  9851762 ccaccaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcgttggttgtcttcaataaaaaaaat 9851861  T
Q  222 taagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctg 321  Q
     || ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||| | || |||     
T  9851862 gaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagatgtagagattgaaaagtgtgttaagcta 9851961  T
Q  322 tcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  9851962 ttagctgtgccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattcactttcttct 9852030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Original strand, 10128848 - 10129216
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   | |||  ||||| | |||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  10128848 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggctatagagttatggaattgtccagaactaaggggacatttgc 10128947  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        |    
T  10128948 ccaccaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaat 10129047  T
Q  222 taagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctg 321  Q
     || ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| |||     
T  10129048 gaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaagcta 10129147  T
Q  322 tcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10129148 ttagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgagactctattctctttcttct 10129216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Original strand, 9840784 - 9841149
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||   | |||  ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  9840784 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaa---tgcttttcctcaacttaaggctatagagttacgcaattgtccagaactaaggggatatttgc 9840880  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        |    
T  9840881 ccaccaaccttccttccatagaaaaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaat 9840980  T
Q  222 taagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctg 321  Q
     || ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||  ||     
T  9840981 gaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatgatgcaagatgtagtgattgaaaagtgtgttaaacta 9841080  T
Q  322 tcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | |  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  9841081 ttagttgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattctctttcttct 9841149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Original strand, 11771154 - 11771525
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| |||   |  |||| |||| ||||||||||| ||||||| || | |||    
T  11771154 ccaaattggaatgaatggcttccttttgaaggtataaaatttgcttttcctcgactcaaaactatggagttgcgtaattgtcctgaactaagggtacatt 11771253  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnn 218  Q
    | ||||   | ||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |    | |||||||||||||||||||||||          
T  11771254 ttcctaccaaccttccttgcatcgaagaaattgtaatcaaaggttgttctcatctattggaaaaaccatctactttgcattggttgtcgtcaataaaaga 11771353  T
Q  219 ntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
      | || ||  | || |||| || || ||| || |||||||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||  | |  |    
T  11771354 aatgaatatcaacggccttggtgaaaagacacagttgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgcaacatgtagtgattgaaaagtatgttgag 11771453  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  11771454 ctatcagttgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacatacttgagactccattctctttcttct 11771525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 212
Target Start/End: Original strand, 10665443 - 10665633
Alignment:
Q  16 ataccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggat 115  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||||  |||||||||||     
T  10665443 ataccaaattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagccatggagttacgtaattgtccaaaactaaagggac 10665542  T
Q  116 atttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaat 212  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||      || |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  10665543 atttgcctagccatcttccttgtatagaagaaattgaaattgaagg------tcgtctattagaaacaggtcccactttgcattggttgtcgtcaat 10665633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Original strand, 10033923 - 10034294
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||   | |||  |||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  10033923 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatgtgcttttcctcgacttaaggctatagagttatataattgtccagaactaaggggacatttgc 10034022  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        |    
T  10034023 ccaccaaccttccttccatagaaaaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaat 10034122  T
Q  222 taagattgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
     || ||  ||||||||||   || |||  ||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| |    
T  10034123 gaatatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaag 10034222  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||    
T  10034223 ctattagctgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctctttcttct 10034294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 237 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 13853392 - 13853253
Alignment:
Q  237 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtcatatgtgccaaaa 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||    
T  13853392 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccttgcacgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgtgttatgctgtcatctatgccaaaa 13853293  T
Q  337 ttgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactct 376  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  13853292 ttgattttgagaagcacttttcttcaacacttgaaactct 13853253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 10373991 - 10373620
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||   | |||  |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  10373991 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttaaggctatagagttacgtaattgtccagaactaaggggacatttgc 10373892  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        |    
T  10373891 ccaccaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaagaaat 10373792  T
Q  222 taagattgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
     || ||  ||||||||||   || |||  ||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||    | || | || |    
T  10373791 gaatatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaag 10373692  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
     | | |  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||    
T  10373691 ttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcgattctctttcttct 10373620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 295
Target Start/End: Original strand, 10502622 - 10502779
Alignment:
Q  138 catagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntttaagattgatgggctt 237  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||| |         ||| ||  ||||||||    
T  10502622 catagaagaaattgtaatagaaggttgtgctcatctattggaaacaccgcctactttgcattggctgtcgtcattgaaaaaaggtaatatcaatgggctt 10502721  T
Q  238 gatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatg 295  Q
    | || || ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10502722 ggtgaaaagactcaattatcattgcttgggagtgactctccatgtatgatgcaacatg 10502779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Original strand, 10186300 - 10186491
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||| |||| ||  |||| |||||  | ||||||| |||||||||||  |||    
T  10186300 ccaaattggaatcaatggcttccctttgaaggaataaattttgtttttcctcgacttagaactatggagttagatgattgtcctgaactaaaggggcatt 10186399  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtca 210  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |  |||||||||| |||   || |||||| |||||||| |||||    
T  10186400 tgcctagtgaccttccttgcatagaagaaattatgataaaaggttgtgcgaatctattggatacaccacctactttggattggttgccgtca 10186491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Original strand, 10079330 - 10079521
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||| |||| ||  |||| |||||  | ||||||| |||||||||||  |||    
T  10079330 ccaaattggaatcaatggcttccctttgaaggaataaattttgtttttcctcgacttagaactatggagttagatgattgtcctgaactaaaggggcatt 10079429  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtca 210  Q
    | |||||  | |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |  ||||||||||||||   || |||||| |||||||| |||||    
T  10079430 ttcctagcgaccttccttgcatagaagaaattatgataaaaggttgtgcgaatctattggaaacaccacctactttggattggttgccgtca 10079521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 390
Target Start/End: Original strand, 10665669 - 10665757
Alignment:
Q  302 ttgaaaagtgcgctatgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    |||||||||| | |||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||    
T  10665669 ttgaaaagtgtgttatgctgtcatccatgccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttggcactctattcactttcttct 10665757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 183
Target Start/End: Original strand, 10530641 - 10530731
Alignment:
Q  93 taattgtcccgaactaaagggatatttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 183  Q
    ||||||||| ||| | | |||| |||| ||||| || ||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10530641 taattgtccagaatttaggggacattttcctagccacctatcttccatagaagaaattcaaatagaaggttgtgctcgtctattggaaaca 10530731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 183
Target Start/End: Original strand, 10679477 - 10679522
Alignment:
Q  138 catagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 183  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  10679477 catagaagaaattcaaatagaaggttatgctcgtctattggaaaca 10679522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 55748 - 55380
Alignment:
Q  22 aattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |  ||  |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  55748 aattggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggcaatagagttacgtgattgtccagaactaaggggacatttgc 55649  T
Q  122 ctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntt 221  Q
    | |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        |    
T  55648 ccaccaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaataat 55549  T
Q  222 taagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctg 321  Q
     || ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| |||     
T  55548 gaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaagcta 55449  T
Q  322 tcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttcttct 390  Q
    | |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||    
T  55448 ttagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgaaactccattcactttcttct 55380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 386
Target Start/End: Original strand, 26908808 - 26909175
Alignment:
Q  19 ccaaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatt 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||| || || ||||||||||||| |||  ||  |||  |||| | |||||||||  ||||||| |||  ||    
T  26908808 ccaaattggaatcaatggcttccctttgaaggaatgaatttttcttttcctcgactcagaactattgagttgcataattgtccaaaactaaaaggacttt 26908907  T
Q  119 tgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnn 218  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||    | ||||| |||||| ||||||| ||          
T  26908908 tgcctagcaaccttccttgcatagaagaaattgtaataaaaggttgctatcatctattggaaacaccatctactttacattgggtgtcgtccataccgaa 26909007  T
Q  219 ntttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatg 318  Q
      |||| ||  ||||||||| |  |||||||  ||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||| || | |  |    
T  26909008 aattaatatccatgggcttggtaaaaggaccatattgtcattgcttaagagtgattctccctgtatgatgcaagatgtagtgattcaaaattgtgttggg 26909107  T
Q  319 ctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgagactctcttctctttc 386  Q
    || | |  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  26909108 ctattaggtttgccaaaattgattctgagaagcacatgtcttcaacacttgaaactctattctctttc 26909175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 44955825 - 44955662
Alignment:
Q  20 caaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatattt 119  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||| |  || ||| |||||||||  ||| || || ||| ||||| | |||||||  |||  | | || | ||    
T  44955825 caaattggaaggagtggattccctttaaaggaagcaattttgcttttcctcgtcttagaattttgacgttacatgattgtccaaaacataggcgacactt 44955726  T
Q  120 gcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 183  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  44955725 gccaagtcatctttcttccatagaagaaattgaaataaaagattgtgctcatctattggaaaca 44955662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 342
Target Start/End: Original strand, 11486957 - 11487272
Alignment:
Q  21 aaattggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttg 120  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||| |||||| |   |||||||||||||  ||| ||  | |  |||||| || |||||  || |||| |||| |||||    
T  11486957 aaattggaaggaatggcttccttttgaaggcaaatttttttcttttcctcgtcttagaactcttgagttacatagttgtcatgagctaaggggacatttg 11487056  T
Q  121 cctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnt 220  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||  ||||||| | ||||| |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||            
T  11487057 cctagccaccttccttgcatagaaaaaattaatataacaggttgtgcccatcttttggaaacaccatctgctttgcattggttgtcgtcaataaaa---- 11487152  T
Q  221 ttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgct 320  Q
      || ||||||     |||||||| |||| || |||| || ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||  || |||||||||||| |  | | |    
T  11487153 --aaaattgatatcaatgatggaatgaccgaactgtctttacttgggagtgactctccgtgtatgaggcagcatatagcgattgaaaagtgtgtcacgtt 11487250  T
Q  321 gtcatatgtgccaaaattgatt 342  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  11487251 gtcatctgtgccaaaattgatt 11487272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University