View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14142_high_2 (Length: 687)

Name: NF14142_high_2
Description: NF14142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14142_high_2
NF14142_high_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (21-687)||(40181002-40181673)
chr5 (206-494)||(38605675-38605960)
chr5 (277-365)||(40180547-40180635)
chr5 (286-422)||(41885856-41885992)
chr5 (214-345)||(38604989-38605120)
chr5 (629-671)||(40180938-40180980)
chr5 (222-264)||(41885995-41886037)
chr5 (602-671)||(38606068-38606137)
chr5 (602-659)||(41885617-41885674)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (206-669)||(46358842-46359300)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (510-669)||(44459271-44459430)
chr8 (510-669)||(44466804-44466963)
chr8 (206-489)||(44460150-44460430)
chr8 (206-489)||(44467683-44467963)
chr8 (209-397)||(44459540-44459725)
chr8 (209-397)||(44467073-44467258)
chr8 (206-345)||(34502246-34502382)
chr8 (602-671)||(34502619-34502688)
chr8 (589-671)||(44459962-44460044)
chr8 (589-671)||(44467495-44467577)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (206-354)||(410919-411068)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Original strand, 40181002 - 40181673
Alignment:
Q  21 gacgaggagtggcaaagtccatgaatttgatagctgatttaatttggtacctatagtcacggaaaacaggaacgtcactgagacgt----gtcagtattc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||    
T  40181002 gacgaggagtggcaaagtccatgaattcaatagctgatttaattttgtacctatagtcacggaaaacaggaacgtcactgagacgtacgtgtcagtactc 40181101  T
Q  117 tctggaaactttcagatgtggtgaccttgtcatcgtcgtcataacaaggaagaaggtggttgtattcttcttgatcatcatcatggagtagcagcaactt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40181102 tctggaaactttcagatgtggtgaccttgtcatcgtcgtcataacaaggaagaaggtggttgtattcttcttgatcatcatcatggagtagcagcaactt 40181201  T
Q  217 ttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatcttgatttggcaca 316  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40181202 ttgatagatagactctgcttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaatatgtatcttgatttggcaca 40181301  T
Q  317 cattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagtttatttagaatccttgcgt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  40181302 cattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataactgagaaggattctatgagtttattgagaatccttgcat 40181401  T
Q  417 taagaaagtcagtttcatagcggccaattttcttaagcatgtcccacag-aaaaaatatgtatttcttccttagtttaacattaaaatcatagtgaacag 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40181402 taagaaagtcagtttcatagcggccaatatacttaagcatgtcccacagaaaaaaatatgtatttcttccttagtttaacattgaaatcatagtgaacag 40181501  T
Q  516 cagtgcttattgattcaacaagatattccaaaacatgggtatcgatgagatccttattatccttccaaagcatctttatgaagtatataagattctgagg 615  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40181502 tagtgcttattgattcaacaagatattccaaaacatgggtatcgatgagatccttattatccttccaaagcatctttatgaagtatataagattctgagg 40181601  T
Q  616 tggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttgattagaaagttttgttg 687  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  40181602 tggaacttctagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataacactgattagaaagtgttgttg 40181673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 206 - 494
Target Start/End: Original strand, 38605675 - 38605960
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatctt 305  Q
    |||||||| |||||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||    
T  38605675 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtc---aaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtctt 38605771  T
Q  306 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagtttatttag 405  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||||||| | ||| ||||   | || ||||  |||||| ||| |||||| | ||| ||    
T  38605772 gatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgacctataattgagaagaattgtatgaggtgattgag 38605871  T
Q  406 aatccttgcgttaagaaagtcagtttcatagcggccaattttcttaagcatgtcccacagaaaaaatatgtatttcttccttagtttaa 494  Q
    |||   || |||||||| | | |||| |||  ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  38605872 aatgggtgggttaagaaggccggtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcattcttccttagtttaa 38605960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 277 - 365
Target Start/End: Original strand, 40180547 - 40180635
Alignment:
Q  277 agcttgcagtgtatagtaataagtatcttgatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttcctt 365  Q
    ||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  40180547 agcttgcagtgtaaagatatatgtatcttgatttggcacacattgaaagacctcaaatttatgaaaaacatcaagtgcagccttccctt 40180635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 286 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 41885992 - 41885856
Alignment:
Q  286 tgtatagtaataagtatcttgatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaag 385  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||  |||| || || ||||   |||||||||  ||||||    
T  41885992 tgtaaagtaatatgtatcttgatttggctcacattgaaaagcctcaaatttatgaaaaacatcgtgtgcagctttcccttctcgccccataattgagaag 41885893  T
Q  386 gattctatgagtttatttagaatccttgcgttaagaa 422  Q
     ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  41885892 aattctattagtttatttagaatccgagcgttaagaa 41885856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 345
Target Start/End: Original strand, 38604989 - 38605120
Alignment:
Q  214 cttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatcttgatttggc 313  Q
    ||||||| |||||||||| | ||| |||| |||||||||||| || |||||  || | |||||||||| ||||||| ||  ||| | ||||||||| |||    
T  38604989 cttttgacagatagaagcggcttgctggagcatatcagcactgcaacttgttgtcttaaaaagagcttccagtgtaaagatatatgaatcttgattaggc 38605088  T
Q  314 acacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaac 345  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||||||||    
T  38605089 acacactgaaagacctcaaatttatgaaaaac 38605120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 629 - 671
Target Start/End: Original strand, 40180938 - 40180980
Alignment:
Q  629 gtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttga 671  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40180938 gtttcaacaaatttagtttgacaagaggttttaataactttga 40180980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 41886037 - 41885995
Alignment:
Q  222 agatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgt 264  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  41886037 agatagaagcagtttggtggatcatatcatcactactccttgt 41885995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 602 - 671
Target Start/End: Original strand, 38606068 - 38606137
Alignment:
Q  602 ataagattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttga 671  Q
    ||||| || |||||||  || ||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  38606068 ataaggttgtgaggtgatacctttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggtttgaataactttga 38606137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 602 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 41885674 - 41885617
Alignment:
Q  602 ataagattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggttt 659  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  41885674 ataaaattatgaggtggaacatttggggtttgaactaatttaatttgacaagaggttt 41885617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 206 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 46359300 - 46358842
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatctt 305  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||   ||||| ||||| ||   |||| ||||||||| |||| |  ||| |||||||    
T  46359300 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtggtc---aaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatctt 46359204  T
Q  306 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagtttatttag 405  Q
    |||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||||||   |  ||| |     ||||| | || ||||| ||| ||    
T  46359203 gattcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgag 46359104  T
Q  406 aatccttgcgttaagaaagtcagtttcatagcggccaattttcttaagcatgtcccacagaaaaaatatgtatttcttccttagtttaacattaaaatca 505  Q
    |||||| | | |||||| |||||| | |||| ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| | || ||||  ||||    
T  46359103 aatcctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttagatgaatattatcatca 46359004  T
Q  506 tagtgaacagcagtgcttattgattcaacaagatattccaaaacatgggtatcgatgagatccttattatccttccaaagcatctttatgaagtatataa 605  Q
      |  | |||| |  | ||||  |  ||||||  |||||| |||| |||||  |||||| ||||| |||| |||||||| || |||||| ||||  ||||    
T  46359003 gtggaaccagcgg--catatttctgaaacaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataa 46358906  T
Q  606 gattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 669  Q
    |||| |||||| |||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46358905 gattatgaggttgaacctttggggcttcaacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 46358842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 510 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 44459430 - 44459271
Alignment:
Q  510 gaacagcagtgcttattgattcaacaagatattccaaaacatgggtatcgatgagatccttattatccttccaaagcatctttatgaagtatataagatt 609  Q
    |||||| || || |||||||  ||||||  |||||| |||| |||||  |||||| ||||| |||| |||||||| || |||||| ||||  ||||||||    
T  44459430 gaacagtagagcatattgatgaaacaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataagatt 44459331  T
Q  610 ctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 669  Q
     |||||| |||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44459330 atgaggttgaacctttggggcttcaacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 44459271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 510 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 44466963 - 44466804
Alignment:
Q  510 gaacagcagtgcttattgattcaacaagatattccaaaacatgggtatcgatgagatccttattatccttccaaagcatctttatgaagtatataagatt 609  Q
    |||||| || || |||||||  ||||||  |||||| |||| |||||  |||||| ||||| |||| |||||||| || |||||| ||||  ||||||||    
T  44466963 gaacagtagagcatattgatgaaacaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataagatt 44466864  T
Q  610 ctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 669  Q
     |||||| |||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44466863 atgaggttgaacctttggggcttcaacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 44466804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 44460430 - 44460150
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatctt 305  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||   ||||| |||||    |||||| ||||||||| |||| |  ||| |||||||    
T  44460430 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtg---gtcaaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatctt 44460334  T
Q  306 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagtttatttag 405  Q
    |||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||||||   |  ||| |     ||||| | || ||||| ||| ||    
T  44460333 gattcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgag 44460234  T
Q  406 aatccttgcgttaagaaagtcagtttcatagcggccaattttcttaagcatgtcccacagaaaaaatatgtatttcttccttag 489  Q
    |||||| | | |||||| |||||| | |||| ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44460233 aatcctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttag 44460150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 44467963 - 44467683
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatctt 305  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||   ||||| |||||    |||||| ||||||||| |||| |  ||| |||||||    
T  44467963 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtg---gtcaaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatctt 44467867  T
Q  306 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagtttatttag 405  Q
    |||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||||||   |  ||| |     ||||| | || ||||| ||| ||    
T  44467866 gattcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgag 44467767  T
Q  406 aatccttgcgttaagaaagtcagtttcatagcggccaattttcttaagcatgtcccacagaaaaaatatgtatttcttccttag 489  Q
    |||||| | | |||||| |||||| | |||| ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44467766 aatcctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttag 44467683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 44459725 - 44459540
Alignment:
Q  209 agcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatcttgat 308  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||  | ||| ||   |||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||    
T  44459725 agcatcttctgacagatagaagctgcttgatggatcatatgagtactacaggtcgtggtc---aaaagagcttgcagagtaaagtaatatgtatcgtgat 44459629  T
Q  309 ttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagt 397  Q
    |||||||||| |||||  | |||||  |||||||||| |||||||| |  || ||||   |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  44459628 ttggcacacactgaaaggcctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagatttaccttctcgccccataattgagaaggattgtatgagt 44459540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 44467258 - 44467073
Alignment:
Q  209 agcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatcttgat 308  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||  | ||| ||   |||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||    
T  44467258 agcatcttctgacagatagaagctgcttgatggatcatatgagtactacaggtcgtggtc---aaaagagcttgcagagtaaagtaatatgtatcgtgat 44467162  T
Q  309 ttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataacagagaaggattctatgagt 397  Q
    |||||||||| |||||  | |||||  |||||||||| |||||||| |  || ||||   |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  44467161 ttggcacacactgaaaggcctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagatttaccttctcgccccataattgagaaggattgtatgagt 44467073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 345
Target Start/End: Original strand, 34502246 - 34502382
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatctt 305  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||   |||| |||||| ||   |||||||||| ||||||| ||   || ||||||     
T  34502246 agcagcatcttttgacagatagaagcggcttggtgggtcatatcagtgatacatcttgtgatc---aaaagagctttcagtgtaaaggtgtatgtatctc 34502342  T
Q  306 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaac 345  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  34502343 gattcggcacacattgaaatgcctcaaatttatgaaaaac 34502382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 602 - 671
Target Start/End: Original strand, 34502619 - 34502688
Alignment:
Q  602 ataagattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttga 671  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34502619 ataagattatgaggcgaaacctttggggtttcagttaatttagtttgagaagaggcttcaataactttga 34502688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 589 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 44460044 - 44459962
Alignment:
Q  589 ctttatgaagtatataagattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttga 671  Q
    |||||| ||||  |||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||  ||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  44460044 ctttataaagtggataagattatgaggcgaaacctttggggtttcaattaatttagtttgtgaggaggtttcaataactttga 44459962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 589 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 44467577 - 44467495
Alignment:
Q  589 ctttatgaagtatataagattctgaggtggaacttttagggtttcagctaatttagtttgacaagaggtttcaataactttga 671  Q
    |||||| ||||  |||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||  ||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  44467577 ctttataaagtggataagattatgaggcgaaacctttggggtttcaattaatttagtttgtgaggaggtttcaataactttga 44467495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 411068 - 410919
Alignment:
Q  206 agcagcaacttttgatagatagaagctgtttggtggatcatatca-gcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaataagtatct 304  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| | ||| |||| ||||| | | ||| || |||||  | || |||||||||| || |||| ||   || ||||||    
T  411068 agcagcatcttttgacagatagaagccgcttgctggagcatataaagtactgcaacttgttgttctaaaaagagcttccaatgtaaagatgtatgtatct 410969  T
Q  305 tgatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgc 354  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  410968 tgatttggaacacattgaaatacctcaaatttatgaaaaacttcaagtgc 410919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University