View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14145_high_2 (Length: 893)

Name: NF14145_high_2
Description: NF14145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14145_high_2
NF14145_high_2
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (22-885)||(5351537-5352400)
chr8 (25-322)||(14949392-14949689)
chr8 (25-322)||(15125686-15125983)
chr8 (25-320)||(5290229-5290524)
chr8 (28-322)||(5313665-5313959)
chr8 (25-320)||(5282642-5282937)
chr8 (25-320)||(5306459-5306754)
chr8 (31-239)||(11833226-11833434)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (28-320)||(31526355-31526647)
chr6 (114-182)||(11738952-11739020)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 807; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 885
Target Start/End: Original strand, 5351537 - 5352400
Alignment:
Q  22 tgaaatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  5351537 tgaaatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagctagttgaattc 5351636  T
Q  122 tttgcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5351637 tttgcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttt 5351736  T
Q  222 tattgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggct 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5351737 tattgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactttgtatccatgatgtttgagaaacataggct 5351836  T
Q  322 acctcaccatgcaaattaagctgcatttagcgacattataattaagataacaacattgttgatacatataattaatcaaataaaggtactgcatcaagac 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5351837 acctcaccatgcaaattaagctgcatttagcgacattataattaagataacaacattgttgatacatataattaatcaaataaaagtactgcatcaagac 5351936  T
Q  422 attattctctctcgttcgtttttagttgtcgttttaagtttatttacatgtatcaacaaataaatgtaacgcaacttttatacaaaatcgacggttaaaa 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5351937 attattctctctcgttcgtttttagttgtcgttttaagtttatttacatgtatcaacaaataaatgtaacacaacttttatacaaaatcgatggttaaaa 5352036  T
Q  522 aggaatggagagagtgannnnnnnggttcatactcacagttccacaaactttaggcatttctccaaggatagcatgaagcaaagaagacttgccagcccc 621  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352037 aggaatggagagagtgatttttttggttcatactcacagttccacaaactttaggcatttctccaaggatagcatgaagcaaagaagacttgccagcccc 5352136  T
Q  622 aactggtccacaaactgcaactttttcaccatgtttgatgccgaaattaatttgtctcaaagtaggtgtaactgatccctcatcccagctgaaatcagct 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5352137 aactggtccacaaactgcaactttttcaccatgtttgatgccgaaattaatttgtctcaaagtaggtgtaactgatccctcatcccaactgaaatcagct 5352236  T
Q  722 tcctctatctcaatgcatttacctgattttgaaacataaatgctcttcttttggtaggaagtatttatctcatcatcaaacagaaaagtgttaagcctat 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5352237 tcctctatctcaatgcatttacctgattttgaaacataaatgctcttcttttggtaggaagtatttatctcatcatcaaacagaaaaatgttaagcctat 5352336  T
Q  822 caaatgagactttaacttgaataataacagaaacagcctcgggtataaacctcacaggttctgc 885  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5352337 caaatgagactttaacttgaataataacagaaacagcttcgggtataaacctcacaggttctgc 5352400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 322
Target Start/End: Original strand, 14949392 - 14949689
Alignment:
Q  25 aatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattcttt 124  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||    
T  14949392 aatagtattgcagctgtatgagcatcaactgcactgaaaggatcatcaagaagatagatatcagcatcattgtagactgctctagcaagctgaatccttt 14949491  T
Q  125 gcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttat 224  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  14949492 gcttttgtcctccactcatgttaatccctctctcacctatttctgtaagatcaccatggctaaaatcattgatatccttatctaaagcacaagctttaat 14949591  T
Q  225 tgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggcta 322  Q
    ||| |||||||||||  |  | ||||||   || ||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  14949592 tgctttctcatatcttgttttgtccattgccttgccaaagagtatattatcttgaactgttccactttgtatccaagaagtttgggaaacataggcta 14949689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15125983 - 15125686
Alignment:
Q  25 aatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattcttt 124  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  15125983 aatagtattgcagctgtatgagcatcaactgcactgaaaggatcatcaagaagatagatatcagcatcattgtagactgctctagctagttgaatccttt 15125884  T
Q  125 gcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttat 224  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  15125883 gcttttgtcctccactcatgttaatccctctctcacctatttctgtaagatcaccgtggctaaaatcatcgatatccttatctaaagcacaagctttaat 15125784  T
Q  225 tgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggcta 322  Q
    ||| |||||||||||  |  | ||||||   || ||||| ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||    
T  15125783 tgctttctcatatcttgttttgtccatttccttgccaaatagtatattatcttgaactgttccactttgtatccaagaagattgagagacataggcta 15125686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 25 - 320
Target Start/End: Original strand, 5290229 - 5290524
Alignment:
Q  25 aatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattcttt 124  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  5290229 aatagtattgcagctgtatgagcatcaactgcactgaaaggatcatcaaggagatagatatcagcatcattgtagactgctctagctagttgaatccttt 5290328  T
Q  125 gcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttat 224  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| || || ||||| ||||| ||    
T  5290329 gcttttgtcctccactcatgttaatccctctctgaccgatttctgtaagatcaccatggctaaaatcattgatatccttatctaaggcacaagctttgat 5290428  T
Q  225 tgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggc 320  Q
    ||| |||||||||||  |  | ||||||   || ||||||||||| || ||  ||| ||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||    
T  5290429 tgctttctcatatcttcttttatccattggcttgccaaagagtatattttcttgaactgttccactttgtatccaagaagattgagaaacataggc 5290524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 5313959 - 5313665
Alignment:
Q  28 agaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattctttgct 127  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  5313959 agaatagcagctgtgtgtgcatcaacagcactgaaaggatcatcgaggagatagatatcagcatcattgtagactgctctagctatttgaatcctttgct 5313860  T
Q  128 tttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttattgc 227  Q
    | || |||||||| | |||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| || || |||||| |||| || ||    
T  5313859 tctgtcctccacttacgttaatccctctctgacctatttctgtaagatcgccatagctaaaatcatcaatatccttatctaaggcacatactttaatggc 5313760  T
Q  228 attctcatatctgttcctt-tccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggcta 322  Q
    |||||||||| | ||| || ||||||   || ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||    
T  5313759 attctcatat-ttttctttgtccattggcttgccaaagagtatattatctcgaactgttccactttgtatccaagaagattgagaaacataggcta 5313665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 320
Target Start/End: Original strand, 5282642 - 5282937
Alignment:
Q  25 aatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattcttt 124  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  5282642 aatagtattgcagctgtatgagcatcaactgcactaaaaggatcatcaaggagataaatatcagcatcattgtagactgctctagctagttgaatccttt 5282741  T
Q  125 gcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttat 224  Q
    ||||||| |||||||| |  || |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||| || || ||||| ||||| ||    
T  5282742 gcttttgtcctccacttatattgatccctctctgacctatttctgtaagatcaccatggctgaaatcattgatatccttatctaaggcacaagctttaat 5282841  T
Q  225 tgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggc 320  Q
    ||| |||||||||||  |  | |||||    || ||||| ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||| || |  ||||||||||||||    
T  5282842 tgctttctcatatcttgttttgtccatggtcttgccaaatagtatattatcttgaactgttccactttgtatccaagaagactgagaaacataggc 5282937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 25 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 5306754 - 5306459
Alignment:
Q  25 aatagaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattcttt 124  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| || |    
T  5306754 aatagtattgcagctgtatgagcatcaactgcactgaaaggatcatcaaggagatagatatctgcatcactgtagactgctctagctagttgaatcctct 5306655  T
Q  125 gcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttat 224  Q
    ||||||| ||||||||||  || |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||  |  ||||| || |||||||| ||||| ||    
T  5306654 gcttttgtcctccactcatattgatccctctctggccaatttctgtaagatcaccatggctgaaatcattgaagtccttatctaaagcacaagctttaat 5306555  T
Q  225 tgcattctcatatctgttcctttccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggc 320  Q
    ||| || | ||||||  |  | ||||||   || ||||||||||| || ||  ||| ||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||    
T  5306554 tgctttttgatatcttcttttatccattggcttgccaaagagtatattttcttgaactgttccactttgtatccaagaagattgagaaacataggc 5306459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11833434 - 11833226
Alignment:
Q  31 attgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattctttgctttt 130  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  11833434 attgctgctgtatgagcatcaactgcactgaaaggatcatcaaggagatagatatctgcatcattatagactgctctagctagttgaatcctttgctttt 11833335  T
Q  131 gccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttattgcatt 230  Q
    | |||||||| |  || |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |  || | ||| ||||| ||||| ||    
T  11833334 gtcctccacttatattgatccctctctgaccaatttctgtaagatcaccatggctaaaatcattgatatccttatgtaaggaacaagctttaattgcttt 11833235  T
Q  231 ctcatatct 239  Q
    |||||||||    
T  11833234 ctcatatct 11833226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 320
Target Start/End: Original strand, 31526355 - 31526647
Alignment:
Q  28 agaattgcagcagtatgtgcatctactgcactaaaagggtcatcaagaagatatacatcagcatcattgtagactgctctagccaattgaattctttgct 127  Q
    ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||| |||||||    
T  31526355 agaatagcagcagtgtgcgcgtcaactgcgctgaaagggtcatcaaggagatagatatcagcatcgttgtaaactgctcgagctagttgaatcctttgct 31526454  T
Q  128 tttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatggctaaaaccatctatatccttgtccaaagcacatgcttttattgc 227  Q
    |||| |||||||| | |||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||| |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| || ||    
T  31526455 tttgtcctccacttaggttaatccctctttgacctatttctgtaagatcaccatgactcaaatcattgatatcttcgtccaaggcacaagctttaatagc 31526554  T
Q  228 attctcatatctgttcctt-tccattaattttccaaagagtatgttatcacgaattgttccactgtgtatccatgatgtttgagaaacataggc 320  Q
    |||||||||||| | | || | ||||   || ||||||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31526555 attctcatatct-tgctttgttcattggcttgccaaagagtatattatctcgaacggttccactttgtatccatgaagattgagaaacataggc 31526647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 182
Target Start/End: Original strand, 11738952 - 11739020
Alignment:
Q  114 ttgaattctttgcttttgccctccactcaagttaagtcctctctgtcctatttctgtaagatcaccatg 182  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| || |||||||||||    
T  11738952 ttgaattcgttgcttttgacccccactcaagttaactcctctctctccaatttcagtgagatcaccatg 11739020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University