View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14145_low_7 (Length: 564)

Name: NF14145_low_7
Description: NF14145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14145_low_7
NF14145_low_7
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (64-546)||(5495064-5495546)
chr2 (3-546)||(5489282-5489831)
chr2 (3-538)||(5476169-5476706)
chr2 (65-534)||(5484109-5484578)
chr2 (65-544)||(5466497-5466970)
chr2 (3-269)||(5481510-5481782)
chr2 (359-538)||(5481256-5481435)
chr2 (3-85)||(5500566-5500648)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 64 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 5495546 - 5495064
Alignment:
Q  64 tagagatatcaagataatgcaaatttgacaaattgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatatt 163  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||    
T  5495546 tagagatatcaagataatgcaagtttgacaaattgccaagatgaggggggaccattccagaaaaatatgaatctgataagtcaaggtaattgagcatatt 5495447  T
Q  164 gagggaaccaataaattctggaatggaaatttcttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggatttatc 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| | ||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5495446 gagggaaccaataaattctggaatgggaactccttcgaaatcattatatcttaggtccaagtgactcaagtgtttcaagtcagccaatgaaggatttatc 5495347  T
Q  264 ttaccgccgaagggagagagtgaaaatgtacttgcagttttgttgcagataagatagcgctggagctcaaactttagaacatgaccagttcggttgtcac 363  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  5495346 ttaccaccaaagggagacagtgaaaatatacttacagttttgatgcagataagatagggcctgagcttaagctttaaaacatgaccagtttggttgttac 5495247  T
Q  364 attctatacccttccaattacagcaatcttcccctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccattct 463  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  5495246 attgtatacccttccaattacagcaatcttccccgacccatgaagaaagacaattggatggatctttgagatcttttttgattttaaggagtgccactct 5495147  T
Q  464 ctcttccttaatgcaaagagtgctattattacggctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaagaagagggcaatga 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5495146 ctcttccttaatgcaaagagtgctaacattattgctactcactacatattgggttgatgcaaaaagaaagaagagggaaatga 5495064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 3 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 5489831 - 5489282
Alignment:
Q  3 agatattgaagcgaagacagagaagatagccagcttaagtctctagcccaaagtga------tggactagagatatcaagataatgcaaatttgacaaat 96  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  5489831 agatatcgaagcgaagacagagcagatagccagcttaagtctctagcccaaagtgacgaatatgggctagagatatcaagatagtgtaaatttgataaat 5489732  T
Q  97 tgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatattgagggaaccaataaattctggaatggaaatttc 196  Q
    ||||||||| | | ||||| | |||||  |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |  | |    
T  5489731 tgccaagattagtcgggaccattccagtgaaatttgcattggacaagtcaaggtaattgagcatattgagataaccaataaattctggaatgggagctcc 5489632  T
Q  197 ttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggatttatcttaccgccgaagggagagagtgaaaatgtactt 296  Q
    ||| |||| | | || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||    ||| | | || |     
T  5489631 ttcaaagtcactatagcttaggtccaagtgactcaagtgtttcaagtcagccaatgaaggatttatcttaccaccaaaggaaggcgatgacagtatatta 5489532  T
Q  297 gcagttttgttgcagataagatagcgctggagctcaaactttagaacatgaccagttcggttgtcacattctatacccttccaattacagcaatcttccc 396  Q
      ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5489531 atagttttggtgcagataagataacgccggagctcaaacttttgaacatgaccagtttggttgtcacattctatacccttccaattacaacaatcttccc 5489432  T
Q  397 ctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccattctctcttccttaatgcaaagagtgctattattacg 496  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  5489431 caacccatgaagaaaggcaatttgaaggatccttgagatcttttttgattttaaggagtgccactctctcttccttaatgcaaagagtactaacattaag 5489332  T
Q  497 gctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaagaagagggcaatga 546  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5489331 gctagtcactaagtactgggttgatgcaaaaagaaagaagagggcaatga 5489282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 3 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 5476706 - 5476169
Alignment:
Q  3 agatattgaagcgaagacagagaagatagccagcttaagtctctagcccaaagtga------tggactagagatatcaagataatgcaaatttgacaaat 96  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||| |||      || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5476706 agatattgaagtgaagacagagcagaaagccagcttaagtctctgacccaaactgaagaatctgaactagagatatcaagatggtgcaaatttgacaaat 5476607  T
Q  97 tgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatattgagggaaccaataaattctggaatggaaatttc 196  Q
    | ||||||| | | ||||| | ||| | ||| | || | | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5476606 taccaagatcagtagggaccattcctgtaaattttgaattagataagtcaagataattcagcatattgagagaaccaataaattctggaatggaaattcc 5476507  T
Q  197 ttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggattta-tctt-accgccgaagggagagagtgaaaatgtac 294  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||| ||       ||||||||| |||    
T  5476506 tttgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagtgtttcaagtaagccaatgaaggatttaatattcaccgccaaaa------agtgaaaatatac 5476413  T
Q  295 ttgcagttttgttgcagataagatagcgctggagctcaaactttagaacatgaccagttcggttgtcacattctatacccttccaattacagcaatcttc 394  Q
    || |||||||||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5476412 ttacagttttgttgcagataacataggtattgagctcaaactttagaatatgaccagtttggttgtcacattcaatacccttccaattacagcaatcttc 5476313  T
Q  395 ccctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccattctctcttccttaatgcaaagagtgctattatta 494  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  5476312 cccgacccatgacgaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccactctctcttccttaatgcaaagagtgctaacatta 5476213  T
Q  495 cggctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaagaagag 538  Q
     ||||  | ||| |  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  5476212 aggctcttaacttcacattgagttgatgcaaaaaggaagaagag 5476169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 65 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 5484578 - 5484109
Alignment:
Q  65 agagatatcaagataatgcaaatttgacaaattgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatattg 164  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||| | ||| |||    
T  5484578 agagatatcaaggtagcgcaaatttgacaaattgccaagatgattagggacaattccagtaaaatttgcatttgataggtcaaggtaattcaacattttg 5484479  T
Q  165 agggaaccaataaattctggaatggaaatttcttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggatttatct 264  Q
    || |||||||||  ||||||||||| |||| ||||||| | |||| | || | |||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||    
T  5484478 agagaaccaatatgttctggaatgggaattccttcgaaatcattgaagcttaagtccaagtgactcaagtgtgtcaagtcggcgaatgaaggatttatct 5484379  T
Q  265 taccgccgaagggagagagtgaaaatgtacttgcagttttgttgcagataagatagcgctggagctcaaactttagaacatgaccagttcggttgtcaca 364  Q
     ||| |||||||  ||  |||| | | || |||  ||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5484378 caccaccgaaggctgactgtgacagtatagttgtggttctggtgcagataagatagggcttgagctcaaactttagaacatgaccagtttggttgtcaca 5484279  T
Q  365 ttctatacccttccaattacagcaatcttcccctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccattctc 464  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  5484278 ttcaatacccttccaattacagcaatcttccccaactcatgaagaaaggcaattggatggatctttgagatctattttgatgttaaggagtgccactctc 5484179  T
Q  465 tcttccttaatgcaaagagtgctattattacggctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaaga 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  5484178 tcttccttaatgcaaagagtgctaacattaaggctatccactaagtactgggatgatgcaaaaataaaga 5484109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 65 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 5466970 - 5466497
Alignment:
Q  65 agagatatcaagataatgcaaatttgacaaattgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatattg 164  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||   ||||| | ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5466970 agagacatcaagatgatgcaaatttgacaaatttccgagatgaggagggaccattccagaaaaatttgcatgggataaatcaaggtaattgagcgtattg 5466871  T
Q  165 agggaaccaataaattctggaatggaaatttcttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggatttatct 264  Q
    || |||||||||||||| ||||||| || | ||| ||| | ||| || |||| |||||||||||||||  |||| ||||||   ||||||||||||||||    
T  5466870 agagaaccaataaattcaggaatgggaactcctttgaaatcattatagctcaagtccaagtgactcaaatgttttaagtcaagtaatgaaggatttatct 5466771  T
Q  265 taccgccgaagggagagagtgaaaatgtacttgcagttttgttgcagataagatagcgctggagctcaaactttagaacatgaccagttcggttgtcaca 364  Q
    |||| || ||||||||  || ||||| ||  ||     ||| |||||||| ||  | ||||||| |||| ||| ||||  | ||| |||   ||||||||    
T  5466770 tacctcccaagggagactgtaaaaatatatctg-----ttg-tgcagatatgaaggggctggagatcaagcttaagaatgttacctgttttattgtcaca 5466677  T
Q  365 ttctatacccttccaattacagcaatcttcccctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgccattctc 464  Q
    || ||||||  |||| | ||||||||| | |||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
T  5466676 ttgtataccaatccagtcacagcaatccttcccaacccaagaggaaaggcaattggaaggatcgttcagatctttttttatgttaaggagtgccaccctc 5466577  T
Q  465 tcttccttaatgcaaagagtgctattattacggctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaagaagagggcaat 544  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  || | ||||  | |||||  | || ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  5466576 tcttctttaatgcaaagagtgctaacatcaaggctcataactacacactgagttgatgcaaaaagaaagaggagagcaat 5466497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 3 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 5481782 - 5481510
Alignment:
Q  3 agatattgaagcgaagacagagaagatagccagcttaagtctctagcccaaagtgatggac------tagagatatcaagataatgcaaatttgacaaat 96  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |       |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5481782 agatattgaagcgaagacagagtagagagccaacttaagtctctgacccaaagtgacgaaaatgagttagagatatcaagataatgcaaatttgacagat 5481683  T
Q  97 tgccaagatgatttgggactactccagaaaaatatgcactggataagtcaaggtaattgagcatattgagggaaccaataaattctggaatggaaatttc 196  Q
    |||||||||||    |||| | ||| | ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |    
T  5481682 tgccaagatgaggaaggaccattcctgtaaaatttgcattagataagtcaaggtaattgagcatattgagagaaccaataaattctggaatgggaactcc 5481583  T
Q  197 ttcgaagttattgtaactcaggtccaagtgactcaagcgtttcaagtcagccaatgaaggatttatcttaccg 269  Q
    || ||| | |||  | || |||||||||||||||||  |||| |||| | | |||||||||||||||||||||    
T  5481582 tttgaaatcattaaagcttaggtccaagtgactcaaatgttttaagttaactaatgaaggatttatcttaccg 5481510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 359 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 5481435 - 5481256
Alignment:
Q  359 gtcacattctatacccttccaattacagcaatcttcccctgcccatgaagaaaggcaattggaaggatcattgagatcttttttgatgttaaggagtgcc 458  Q
    |||||||||||||||  ||||   ||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5481435 gtcacattctataccaatccagcgacaacaatctttcccaacccatgaagaaaggcaattgtaaggatcattgagatcttttttgacgttaaggagtgcc 5481336  T
Q  459 attctctcttccttaatgcaaagagtgctattattacggctagtcactacgtattgggttgatgcaaaaagaaagaagag 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||  | ||| |  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  5481335 attctctcttccttaatgcaaagagtgctaacattaaggcttttaacttcacattgagttgatgcaaaaaggaagaagag 5481256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 5500648 - 5500566
Alignment:
Q  3 agatattgaagcgaagacagagaagatagccagcttaagtctctagcccaaagtgatggactagagatatcaagataatgcaa 85  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5500648 agatattgaagcgaagtcagagcagatagccagcttaagtctctagtccaaagtgatggactagagatatcaagataatgcaa 5500566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University