View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14145_low_9 (Length: 539)

Name: NF14145_low_9
Description: NF14145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14145_low_9
NF14145_low_9
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-499)||(22913465-22913963)
chr7 (5-500)||(22898067-22898559)
chr7 (5-442)||(22893748-22894182)
chr7 (1-500)||(22809432-22809940)
chr7 (1-495)||(22889083-22889583)
chr7 (1-500)||(22875713-22876212)
chr7 (1-500)||(22814818-22815323)
chr7 (1-500)||(22839843-22840348)
chr7 (1-492)||(22830822-22831319)
chr7 (1-138)||(22805109-22805246)
chr7 (5-141)||(22826053-22826189)
chr7 (339-500)||(22805444-22805605)
chr7 (1-141)||(22858250-22858402)
chr7 (205-500)||(22885595-22885888)
chr7 (1-138)||(22880382-22880528)
chr7 (1-85)||(22885416-22885500)
chr7 (365-493)||(22880725-22880853)
chr7 (319-397)||(22842267-22842345)
chr7 (455-495)||(22858670-22858710)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-493)||(21150425-21150923)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (254-372)||(3741442-3741560)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (236-285)||(15628278-15628327)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 499
Target Start/End: Original strand, 22913465 - 22913963
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913465 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattgga 22913564  T
Q  101 gctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913565 gctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccat 22913664  T
Q  201 caatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcat 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913665 caatatcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcat 22913764  T
Q  301 aatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913765 aatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaac 22913864  T
Q  401 cattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagataca 499  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913865 ccttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagataca 22913963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 5 - 500
Target Start/End: Original strand, 22898067 - 22898559
Alignment:
Q  5 gatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898067 gatgaaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 22898166  T
Q  105 aagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatcaat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||   |||||| |||||| ||||||||||||  | |   |||| ||     
T  22898167 aagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttga---ccattaac 22898263  T
Q  205 atcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 304  Q
    ||||||||||||||| | ||  |||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||  || | ||||||    
T  22898264 atcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataata 22898363  T
Q  305 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccatt 404  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||  |  | ||||||||||| || |  || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||    
T  22898364 gtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagccctt 22898463  T
Q  405 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 500  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22898464 ttgtaggagagacaacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacac 22898559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 442
Target Start/End: Original strand, 22893748 - 22894182
Alignment:
Q  5 gatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893748 gatgaaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 22893847  T
Q  105 aagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattaccatcaat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  ||||||| | |||||| | |||||||||    | ||||| |      
T  22893848 aagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaa---ttgaccattacc 22893944  T
Q  205 atcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 304  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||   ||||    
T  22893945 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaata 22894044  T
Q  305 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccatt 404  Q
    |||||||| || | ||||||||| |||||  |    ||||||||||| || || |  || ||||||||||||  || | | ||||||||||||| || ||    
T  22894045 gtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagccctt 22894144  T
Q  405 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccacta 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894145 ttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccacta 22894182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 22809432 - 22809940
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaa----- 95  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||         
T  22809432 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaacca 22809531  T
Q  96 -------ttggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttga 188  Q
           |||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  22809532 acattaattggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttga 22809631  T
Q  189 actcattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaa 288  Q
    | | |   |||| | |||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  22809632 attga---ccattactatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaa 22809728  T
Q  289 ctccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagt 388  Q
    |||  || | | || |||||| || || | ||| |||||||||||| |  ||||||||||||| || |  || || |||||||| |||||||||| |  |    
T  22809729 ctcactacttagaagagtatctagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgctttt 22809828  T
Q  389 gaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagaga 488  Q
    |||||||| | || |||||| || |||| |||||| ||||||||||||  ||||||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22809829 gaatttggcagcccttttgtaggtgaaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaga 22809928  T
Q  489 aagaagatacac 500  Q
    ||||||||||||    
T  22809929 aagaagatacac 22809940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 495
Target Start/End: Original strand, 22889083 - 22889583
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaa---------caaca 91  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||          |||||    
T  22889083 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaaca 22889182  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaact 191  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||| ||  | |||||  |||||   |||| |||||| |    
T  22889183 ctcattggtgctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaatt 22889282  T
Q  192 cattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 291  Q
     |   |||| |  ||||||||||||||| | ||  || |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  22889283 ga---ccataaccatcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactc 22889379  T
Q  292 cgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaa 391  Q
       |||   |  ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22889380 aaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaa 22889479  T
Q  392 tttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaag 491  Q
    | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | | | | || | |||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  22889480 tctggtagcccttttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaag 22889579  T
Q  492 aaga 495  Q
    ||||    
T  22889580 aaga 22889583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 22875713 - 22876212
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttta--acaa-cattaatt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || | |||  |||    
T  22875713 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctatt 22875812  T
Q  98 ggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaactcattac 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||| |  ||||| ||  | ||||| ||||||   |||| | ||||   ||||     
T  22875813 ggagctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattat 22875912  T
Q  198 catcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtatt 297  Q
      |||   || ||||||||||  ||||  ||  |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||  || |    
T  22875913 attca---tcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagt 22876009  T
Q  298 cataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggt 397  Q
    || || || |||||| || | |||||||||||||||  |  |||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22876010 caaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggt 22876109  T
Q  398 aaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagata 497  Q
    | || |||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| | | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  22876110 agcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagaca 22876209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 22814818 - 22815323
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaa---------caaca 91  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||          |||||    
T  22814818 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaaca 22814917  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaact 191  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |  || || || || ||| |  |||||   || | | |||| |    
T  22814918 ctcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaatt 22815017  T
Q  192 cattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 291  Q
     |   |||| |  || |||||||||||| | ||  || ||  |||||||||||  ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  22815018 ga---ccatgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactg 22815114  T
Q  292 cgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaa 391  Q
    |  ||    |  ||| |||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22815115 caaatcttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaa 22815214  T
Q  392 tttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaag 491  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||| | | || | |||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  22815215 tttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaag 22815314  T
Q  492 aagatacac 500  Q
    |||| ||||    
T  22815315 aagacacac 22815323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 22839843 - 22840348
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaa---------caaca 91  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||          |||||    
T  22839843 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaaca 22839942  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaact 191  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||| ||  | |||||  | |||   |||| | ||||      
T  22839943 ctaaatggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatc 22840042  T
Q  192 cattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 291  Q
     ||||   |||   || ||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22840043 gattatattca---tcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactc 22840139  T
Q  292 cgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaa 391  Q
      || | | || ||||||||| || | |||||||||||||||      ||||||| |||| || |  || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22840140 actacttagaagagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaa 22840239  T
Q  392 tttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaag 491  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |   ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  22840240 tttggtagcccttttgtaggagaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaag 22840339  T
Q  492 aagatacac 500  Q
    |||| ||||    
T  22840340 aagaaacac 22840348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 22830822 - 22831319
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaa---------caaca 91  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||          |||||    
T  22830822 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaaca 22830921  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaact 191  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||| ||    |||||   ||||   |||||| |||| |    
T  22830922 ctaactggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaa-t 22831020  T
Q  192 cattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 291  Q
    |   ||||  |  ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  22831021 cg--accagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactc 22831118  T
Q  292 cgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaa 391  Q
       |||  ||  ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| ||||  || || ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  22831119 aaaatttttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaa 22831218  T
Q  392 tttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaag 491  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||   |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  22831219 tttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaag 22831318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 22805109 - 22805246
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||  | ||||||||||||||| || ||||    
T  22805109 tgaagatgagaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacataaactgga 22805208  T
Q  101 gctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcata 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805209 gctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcata 22805246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 141
Target Start/End: Original strand, 22826053 - 22826189
Alignment:
Q  5 gatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826053 gatgagaatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagcta 22826152  T
Q  105 aagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 141  Q
    ||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  22826153 aagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattc 22826189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 339 - 500
Target Start/End: Original strand, 22805444 - 22805605
Alignment:
Q  339 tgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggcc 438  Q
    ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805444 tgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggcc 22805543  T
Q  439 actaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 500  Q
    | ||| |   ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22805544 agtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacac 22805605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 22858250 - 22858402
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaac---------- 90  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||              
T  22858250 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaacca 22858349  T
Q  91 --attaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 141  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22858350 aaattaattggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattc 22858402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 205 - 500
Target Start/End: Original strand, 22885595 - 22885888
Alignment:
Q  205 atcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 304  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||||   |||   |  |    
T  22885595 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatca 22885694  T
Q  305 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccatt 404  Q
    || |||||||| | ||||||||||||| |  |  ||||||||||||| || |  ||  | ||||||||||||| |  | ||||||||||||||| || ||    
T  22885695 gtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--agagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagccctt 22885792  T
Q  405 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacac 500  Q
    |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||| | | ||||||||| ||||| | | || |||| ||||||||||| ||||    
T  22885793 ttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacac 22885888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 22880382 - 22880528
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaaca 91  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| || || |||||||         | |||||    
T  22880382 tgaagatgataatccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaaca 22880481  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcata 138  Q
     |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22880482 ctaatcggagctaatgtaacctcaatctttttcttcactccatcata 22880528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Original strand, 22885416 - 22885500
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttta 85  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22885416 tgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 22885500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 365 - 493
Target Start/End: Original strand, 22880725 - 22880853
Alignment:
Q  365 agaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagatttta 464  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |  |   | | ||  |||||| |    
T  22880725 agaccaaggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttga 22880824  T
Q  465 tggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaa 493  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  22880825 tggcaaatacaaaagtagttgagaaagaa 22880853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 319 - 397
Target Start/End: Original strand, 22842267 - 22842345
Alignment:
Q  319 accaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggt 397  Q
    |||||||||||||||  |  | ||||||||||| || |  || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22842267 accaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggt 22842345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 455 - 495
Target Start/End: Original strand, 22858670 - 22858710
Alignment:
Q  455 tcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaaga 495  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  22858670 tcagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaaga 22858710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 21150923 - 21150425
Alignment:
Q  1 tgaagatgagaatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaaca 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||         | |||||    
T  21150923 tgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaaca 21150824  T
Q  92 ttaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattccaaccaaatttgcattggtaagccactaaaaaggctcaaattcttgaact 191  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| | ||| |  ||||| ||  | ||||| ||||||   ||||  |||||      
T  21150823 ctaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatc 21150724  T
Q  192 cattaccatcaatatcataatatcctgctgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 291  Q
    ||| |  ||||   |||||||| ||||| ||||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  21150723 catcattatca---tcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactc 21150627  T
Q  292 cgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgagtcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaa 391  Q
       ||    || ||| |||||||| | |||||||||||||||  |  ||||||||||||| || |  || || ||||||||||||||  |||||||||||    
T  21150626 aaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaa 21150527  T
Q  392 tttggtaaccattttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaag 491  Q
    ||||||| |  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  21150526 tttggtagctcttttgtaggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaag 21150427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3741560 - 3741442
Alignment:
Q  254 tcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttg 353  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||   |||||||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  3741560 tcaattccaacatggttagcattgatatcattaaactcttgattcataaaaacatcaaactcaacaccaaaaacatggttgttggaatttccattgtttg 3741461  T
Q  354 agtcattgaatagaccaag 372  Q
    ||  ||| || ||||||||    
T  3741460 agagattaaaaagaccaag 3741442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 285
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628327
Alignment:
Q  236 gatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatc 285  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatc 15628327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University