View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14150_high_3 (Length: 571)

Name: NF14150_high_3
Description: NF14150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14150_high_3
NF14150_high_3
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (26-571)||(22831411-22831976)
chr7 (26-358)||(22805689-22806027)
chr7 (26-359)||(22840432-22840772)
chr7 (26-252)||(22810024-22810252)
chr7 (26-325)||(22815407-22815715)
chr7 (26-268)||(22858799-22859041)
chr7 (27-311)||(22842545-22842843)
chr7 (26-292)||(22876296-22876567)
chr7 (26-223)||(22889672-22889868)
chr7 (25-217)||(22898642-22898836)
chr7 (26-295)||(22894324-22894606)
chr7 (139-358)||(22885988-22886210)
chr7 (361-510)||(22810396-22810543)
chr7 (89-295)||(22873589-22873794)
chr7 (26-252)||(22880944-22881158)
chr7 (184-295)||(22841175-22841286)
chr7 (402-520)||(22859142-22859261)
chr7 (402-511)||(22806090-22806199)
chr7 (402-507)||(22842953-22843059)
chr7 (455-517)||(22894792-22894854)
chr7 (462-517)||(22841490-22841545)
chr7 (407-518)||(22886284-22886396)
chr7 (26-102)||(22914048-22914124)
chr7 (455-520)||(22816032-22816095)
chr7 (56-88)||(22885937-22885969)
chr7 (457-517)||(22899055-22899113)
chr7 (294-345)||(22810292-22810343)
chr7 (457-517)||(22840890-22840950)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (26-346)||(21150029-21150334)
chr1 (425-516)||(21149819-21149910)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 571
Target Start/End: Original strand, 22831411 - 22831976
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| || ||||    
T  22831411 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgctgtcttcacttgctacaaatg 22831510  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataa 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831511 taacaagaaaaaacaacataaacacaagcttgaggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttgtgtagttctgttcggtgtttattatttataa 22831610  T
Q  226 gattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcac 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831611 gattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaatgtcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcac 22831710  T
Q  326 ttgacaaggtttcttaaattgccttatcatctg------------------acatgaatgtgttacacatttgaataaatgagcacattcgaggcacaaa 407  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||                  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||     
T  22831711 ttgacaaagtttcttaaattgccttatcatctgagatatttagtttagtgaaaattaatgtgttacacatttgaataaatgagcacatttgaaccacaat 22831810  T
Q  408 ttttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgt 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831811 ttttctttccatctgtagttgtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgt 22831910  T
Q  508 ctaaattctt-aaagtg-nnnnnnnnnccttttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttacta 571  Q
    |||||||||| ||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831911 ctaaattcttaaaagtgtttttttttttcttttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttacta 22831976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 26 - 358
Target Start/End: Original strand, 22805689 - 22806027
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||    
T  22805689 agtatgccatctgaggttaactcagcaaaaccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatcttcacttgctactaatg 22805788  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataa 225  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805789 taacatgaaaaaacaacataaacacaagtttgaggaacatgattatagtttgagaatgaataatgcttgtgtagttctgttcggtgtttattatttataa 22805888  T
Q  226 gattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaaccta-----gctacgaattattactgaaagaaac 320  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||     ||||||||| ||| || ||||||||    
T  22805889 gattttgtcctaagtgaagaaaaaattgcaagtctaatttgggtcctagtaagaaatgtcctggaacataacttagctacgaatcatttctaaaagaaac 22805988  T
Q  321 atcacttgacaaggtttcttaaattgcc-ttatcatctg 358  Q
    ||||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  22805989 atcacatgacatggttactaaaattgcctttatcatctg 22806027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 26 - 359
Target Start/End: Original strand, 22840432 - 22840772
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattat------agatgaaactgttatctttacttgcca 119  Q
    |||||||||  ||| | |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      ||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  22840432 agtaagccagttgaggctaactcagcggtaccatcaagatataaatttgatgattggaatccattatatttatagatgaaactgttgtctatacttgcta 22840531  T
Q  120 ccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattat 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22840532 ccaatgtaacatgaaaaaacaacatgaacacaagtttgatgaacatgattatagtttgtgaataaatgatgcttctgtagttctgtttggtgtttattat 22840631  T
Q  220 ttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaa 319  Q
    ||||||||||||||   |||||||  ||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22840632 ttataagattttgtggtaagtgaaagaaaaatttcatgtctaatttgggtcctactaagaaatgtcctggaacctagctacgaattatttctgaaagaaa 22840731  T
Q  320 catcacttgacaaggtttcttaaattgcc-ttatcatctga 359  Q
    |||  | |||| ||||| || || ||||| |||||||||||    
T  22840732 catttcatgaccaggttactaaatttgcctttatcatctga 22840772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 26 - 252
Target Start/End: Original strand, 22810024 - 22810252
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  22810024 agtaagccatctggggttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgttatctttacttgctactaatg 22810123  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagtt---ctgttcggtgtttattattta 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||    
T  22810124 taacaagaaaaaacaacataaacacaagcttgaggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgctgttcaatgtttattattta 22810223  T
Q  223 taagattttgtccaaagtgaagtaaaaatt 252  Q
    ||||||||| | | |||||||| |||||||    
T  22810224 taagatttt-ttctaagtgaagaaaaaatt 22810252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 26 - 325
Target Start/End: Original strand, 22815407 - 22815715
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||    
T  22815407 agtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatttaaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactgttgtctacacttgctaccaatg 22815506  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgatta-tagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtg-tttattatttat 223  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||    
T  22815507 taacgagaaaaaacaacatgaacacatgtttgaggaacatgattattagtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgtttgatgttttgttatttat 22815606  T
Q  224 aagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacc----tactaagaaatatcctggaacctagctacga---attattactgaaag 316  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||   ||||||||| ||||    
T  22815607 aagattttgtgctaagtgaaggaaaaattgcatgtctaatttgggtcctaggtactaagaaatgtcctggaacttagctaggaattattattactaaaag 22815706  T
Q  317 aaacatcac 325  Q
    |||||||||    
T  22815707 aaacatcac 22815715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 26 - 268
Target Start/End: Original strand, 22858799 - 22859041
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||    
T  22858799 agtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatg 22858898  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataa 225  Q
    ||||||| ||| | |||||||| ||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22858899 taacaagcaaacataacataaagacaaacttgaggaacatgattttagtttgtgaatgaacaatgcttgtgtagttctgttcggtgtttgttatttataa 22858998  T
Q  226 gattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttggg 268  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  22858999 gattttgtgctaagtgaaggaaaaattgcatgtctaatttggg 22859041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Original strand, 22842545 - 22842843
Alignment:
Q  27 gtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc------attatagatgaaactgttatctttacttgccac 120  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||      |||||||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  22842545 gtaagccacctgaggttaactcagcaataccatcaagatacaaatgaaatgattggaatcctctattattatagatgaaactgttgtcttcacttgctac 22842644  T
Q  121 caatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagtt---ctgttcggtgtttatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  ||||||||    
T  22842645 caatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagcttgaggaacatgattattgtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgctgttcaatgtttatt 22842744  T
Q  218 atttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacct-----agctacgaattattact 311  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||   ||| | |    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     |||||||||||||||||    
T  22842745 atttataagattttgtgccaagtgaagatgaaaataccaatctaatttgggtcctactaagaaatgtcctggaacctaactcagctacgaattattact 22842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 292
Target Start/End: Original strand, 22876296 - 22876567
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  22876296 agtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatataaatttgatgattggaatccattatagatgaaactgttttcttcacttgctaccaatg 22876395  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttat-- 223  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||   ||||||||||||||      
T  22876396 taacaagataaaacaacatgaacacaagcctgaagaacatgattatagtttgtggat-aataatgcttatgcagttctgttgattgtttattatttatta 22876494  T
Q  224 ----aagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaac 292  Q
         | ||||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  22876495 tttatatattttgtcctaagtgaagaaaaaattgcaagtctaatttggatcctactaagaaatgtcctggaac 22876567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 223
Target Start/End: Original strand, 22889672 - 22889868
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  22889672 agtaagccatttgtagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactgttgtcttcacttgcaaccaatg 22889771  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttat 223  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  ||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  22889772 taacatgaaaaaacaacatgaacacatgtctgaggaacatgattataggttgtgaat-aataatgcttatacagttcggttcattgtttcttatttat 22889868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Original strand, 22898642 - 22898836
Alignment:
Q  25 aagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaat 124  Q
    |||||||||||  || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22898642 aagtaagccattggaggttaaattagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgttatctttacttgctaccaat 22898741  T
Q  125 gtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgatta---tagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttatt 217  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  22898742 gtaacatgaaaaaacaacatgaacgcaagcttgaggaacatgattatagtagtttgtgaat-aataatgattctgtagttctgtttagtgtttatt 22898836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 26 - 295
Target Start/End: Original strand, 22894324 - 22894606
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    ||||||||||  || ||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||| |||||  |||||||    
T  22894324 agtaagccattggaggttaaattagcaataccatcaagatacaaatgagatgattggaaatcattatagatgaaacttttgtcttcacttggtaccaatg 22894423  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatt----- 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||         
T  22894424 taacaagaaaaaacaacataaacacaagcctgaggaacatgattatagtttgtgaat-aataatgcttatacagttctgttcagtgtttattatttatta 22894522  T
Q  221 ---------tataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaaccta 295  Q
             ||||||||||||||| | |||||| |||||||||  | |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  22894523 tttattatgtataagattttgtcctaggtgaagaaaaaattgcaagtctaatttgggtcctactaagaaatgtcttggaaccta 22894606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 139 - 358
Target Start/End: Original strand, 22885988 - 22886210
Alignment:
Q  139 caacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcg--------gtgtttattatttataagattt 230  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  22885988 caacatgaacacaagtctgaggaacatgattatagtttgagaatgaatcatgcttctgtagttctgttcgagtgttcggtgtttattatttataagattt 22886087  T
Q  231 tgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgac 330  Q
    ||| | |||||||| ||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||      
T  22886088 tgtgctaagtgaaggaaaaattgcatgtctaattcgggtcctactaagaaatttcctagaacctagctacgaattattactaaaagaaacatcacatg-- 22886185  T
Q  331 aaggtttcttaaattgccttatcatctg 358  Q
       ||| || ||||||||||||||||||    
T  22886186 ---gttactaaaattgccttatcatctg 22886210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 361 - 510
Target Start/End: Original strand, 22810396 - 22810543
Alignment:
Q  361 atgaatgtgttacacatttgaataaatgagcacattcgaggcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaa 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  22810396 atgaatgtgttacacatttgaataaatgtgcacatttgaaccaca--ttttctttccatctgtagtagcgggggaatgtttttcaacgtttacatattaa 22810493  T
Q  461 gtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtcta 510  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22810494 gtgttcgatgctaaattgaatatgtgaaattaaatcatcaaagtcgtcta 22810543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 89 - 295
Target Start/End: Original strand, 22873589 - 22873794
Alignment:
Q  89 ttatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataa 188  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||| |||||||||| | ||||||  || ||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  22873589 ttatagatgaaactgttgtcttcacttgctactaatgtaacaagataaaacaacatgagcacaagcctgaggaacatgattatggattgtgaat-aataa 22873687  T
Q  189 tgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctg 288  Q
    ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||  | |  ||||||  ||| || |||||||||| |    
T  22873688 tgcttatgcagttctattcagtgtttattatttatatgattttgtcctaagtgaagaaaaatttgcaggtcacatttggttcctgcttagaaatatcccg 22873787  T
Q  289 gaaccta 295  Q
    |||||||    
T  22873788 gaaccta 22873794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 252
Target Start/End: Original strand, 22880944 - 22881158
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccatt------atagatgaaactgttatctttacttgcca 119  Q
    |||||||||| |||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      ||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  22880944 agtaagccatttgagtttaccttagcaataccatcaagatataaatgtgatgaatggaatccattgtatttatagatgaaactgttttcttcacttgcta 22881043  T
Q  120 ccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattat 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||         |||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    | |||| |  ||    
T  22881044 tcaatgtaacaagaaaaaacaacataaacaca---------aac----ttatagtttgtgaatgaataatacttctgtagttct----gatgttca-aat 22881125  T
Q  220 ttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaatt 252  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  22881126 ttataagattttgtcctaagtgaagaaaaaatt 22881158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 184 - 295
Target Start/End: Original strand, 22841175 - 22841286
Alignment:
Q  184 aataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaata 283  Q
    |||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||||| |||||||||||||     
T  22841175 aataattcttatgcagttatgttcagtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagaaaaaattgcaagtcttatttgggtcctactaagaaatg 22841274  T
Q  284 tcctggaaccta 295  Q
    ||||||||||||    
T  22841275 tcctggaaccta 22841286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 402 - 520
Target Start/End: Original strand, 22859142 - 22859261
Alignment:
Q  402 cacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatatt--aagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||  ||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  22859142 cacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatgtttttcaacgtttatatattcgaagt-cttgatgcaaaattgaatatgtgaaattaaaacatt 22859240  T
Q  500 aatgtcgtctaaattcttaaa 520  Q
    ||||| |||||| ||||||||    
T  22859241 aatgttgtctaatttcttaaa 22859261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 402 - 511
Target Start/End: Original strand, 22806090 - 22806199
Alignment:
Q  402 cacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaa 501  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||     
T  22806090 cacaaattttctttccaattgtagtagtgggtaaatgtttttcaatgtttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaatcaagacatcag 22806189  T
Q  502 tgtcgtctaa 511  Q
    ||| ||||||    
T  22806190 tgttgtctaa 22806199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 402 - 507
Target Start/End: Original strand, 22842953 - 22843059
Alignment:
Q  402 cacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatattttt-caacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatca 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  22842953 cacaaattttctttccaactgtagtagtgggtaaatgttttttcaatttttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaatcaaaacatct 22843052  T
Q  501 atgtcgt 507  Q
    |||||||    
T  22843053 atgtcgt 22843059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 455 - 517
Target Start/End: Original strand, 22894792 - 22894854
Alignment:
Q  455 tattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 517  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22894792 tattgagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttctt 22894854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 462 - 517
Target Start/End: Original strand, 22841490 - 22841545
Alignment:
Q  462 tgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 517  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22841490 tgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttctt 22841545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 407 - 518
Target Start/End: Original strand, 22886284 - 22886396
Alignment:
Q  407 attttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttc-aacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtc 505  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||| |||| |||||  ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||     
T  22886284 attttttttccaacagtagtagtgggtgaatgtttttttaacatttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaatttaattatcaatgtg 22886383  T
Q  506 gtctaaattctta 518  Q
     ||||| ||||||    
T  22886384 ttctaatttctta 22886396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 22914048 - 22914124
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaact 102  Q
    ||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||    
T  22914048 agtaaaccatttgaggttaattcagcaacaccatcaagatataaatgtgatgatttgaaaccattatatgtgaaact 22914124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 455 - 520
Target Start/End: Original strand, 22816032 - 22816095
Alignment:
Q  455 tattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattcttaaa 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  22816032 tattaagtgtttgatgctaaattgaa--tatgaaattaaaacatcagtgtcatctaatttcttaaa 22816095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 88
Target Start/End: Original strand, 22885937 - 22885969
Alignment:
Q  56 ccatcaagatataaatgtgatgattggaatcca 88  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885937 ccatcaagatataaatgtgatgattggaatcca 22885969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 457 - 517
Target Start/End: Original strand, 22899055 - 22899113
Alignment:
Q  457 ttaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 517  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  22899055 ttaagtgtttgat-ctaaattgaatatgtgaaatt-aaacatcaatgtcatctatattctt 22899113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 294 - 345
Target Start/End: Original strand, 22810292 - 22810343
Alignment:
Q  294 tagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaatt 345  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| || |||||    
T  22810292 tagctacgaattattacttaaagaaacatcacatgacatggttactaaaatt 22810343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 457 - 517
Target Start/End: Original strand, 22840890 - 22840950
Alignment:
Q  457 ttaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 517  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  22840890 ttaaatgtttgatgcaaaaatgaatatatgaaattaaaacatcaatgttttctaatttctt 22840950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 26 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 21150334 - 21150029
Alignment:
Q  26 agtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatg 125  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  21150334 agtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatcttcacttgctaccaatg 21150235  T
Q  126 taacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataa 225  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  21150234 taacaagattaaacaacataaacacaagcttgaggaacatgattatagtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgtttgatgtttattatttataa 21150135  T
Q  226 gattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcgtgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcac 325  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||| ||                ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21150134 gattttgtgctaagtgaaggaaaaattgcatg---------------tctaagaaatgtccgggaacctagctacgaattattactaaaagaaacatcac 21150050  T
Q  326 ttgacaaggtttcttaaattg 346  Q
     ||||| |||| || ||||||    
T  21150049 atgacatggttactaaaattg 21150029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 425 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 21149910 - 21149819
Alignment:
Q  425 gtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattct 516  Q
    |||||||| |||| |||||||| || | | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21149910 gtagtgggtgaatgtttttcaatgtttacgtgttaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttct 21149819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University