View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14151_low_15 (Length: 459)

Name: NF14151_low_15
Description: NF14151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14151_low_15
NF14151_low_15
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-442)||(5811932-5812357)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (19-442)||(37743502-37743925)
chr7 (19-442)||(38601196-38601619)
chr7 (19-442)||(37764697-37765120)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5812357 - 5811932
Alignment:
Q  17 gcggtgatgcaaatcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812357 gcggtgatgcaaatcttccttgtccgtggagttggcattcaataaaaaaggacaataaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagg 5812258  T
Q  117 gcaagaagacaattctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaact 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812257 gcaagaagacaattctaaagacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaact 5812158  T
Q  217 acagttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtag 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812157 acagttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtag 5812058  T
Q  317 ttggattaccaaataatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacaga 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812057 ttggattaccaaataatcccgaatctgacaagtcacgtgagcttaatcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacaga 5811958  T
Q  417 ttggtccgattctgaaagcagtgatg 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  5811957 ttggtccgattctgaaagcagtgatg 5811932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 37743925 - 37743502
Alignment:
Q  19 ggtgatgcaaatcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggc 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||  |  ||||||||||||||||| |  |    
T  37743925 ggtgatgcaaatcttcctcgtccgtggagtcgacattcaacaaaaaaggacgataaagtgatcaccacagatgttagcaatcatgctagagctaaggaac 37743826  T
Q  119 aagaagacaattctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactac 218  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || ||| |    
T  37743825 atgaagacaattctatggacattgatgacccaaagcttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgggcaatgtctaagctgtgggcaaatgatacttc 37743726  T
Q  219 agttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagtt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||| |    
T  37743725 agttgtatccaatgatggtaacaaccaaccaacactgaataaggagaccgaaagtacattaattgcaaaccatcctatcttaagcgactcacatgtagat 37743626  T
Q  319 ggattaccaaataatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagatt 418  Q
    |  ||||||||||| ||  |||| || ||||| |||||  |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |    
T  37743625 gagttaccaaataaccctaaatccgacaagtcgcgtgatattaagcatgatggagtaatttctgatatggattatttcaagagtaaagtgacaacggagt 37743526  T
Q  419 ggtccgattctgaaagcagtgatg 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  37743525 ggtctgattctgaaagcagtgatg 37743502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Original strand, 38601196 - 38601619
Alignment:
Q  19 ggtgatgcaaatcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggc 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| | || ||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||| |    
T  38601196 ggtgatgcaaatcttcctcgtccgtggagtcaacattcaacaaaaaaagtcaataaagtgatcaccccacatgttaacaatcatgctagagctaaaggac 38601295  T
Q  119 aagaagacaattctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactac 218  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || ||| |    
T  38601296 atgaagacaattctatggaaattgatgacccaaaacttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgggcaatgtctaagctgtgggcaaatgatacttc 38601395  T
Q  219 agttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagtt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| |    
T  38601396 agttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccgaaaggacatcagttgcaaaccatcctatcttaagcgactcacaagtagat 38601495  T
Q  319 ggattaccaaataatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagatt 418  Q
    | ||||||||| || ||  |||| || |||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||| | ||||| || |    
T  38601496 gaattaccaaaaaaccctaaatccgataagaaacgtgagcttaagcatgatggagtaatctctgatatggattatttcaagagcaaattaacaacggagt 38601595  T
Q  419 ggtccgattctgaaagcagtgatg 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  38601596 ggtctgattctgaaagcagtgatg 38601619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 37765120 - 37764697
Alignment:
Q  19 ggtgatgcaaatcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggc 118  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  || |||  ||||||||||||||| |    
T  37765120 ggtgatgcaaatcttcctcgaccatggagtcgacattcaagaaaaaaagacactaaagcgttcaccccagatgtcaacaattgtgctagagctaaaggac 37765021  T
Q  119 aagaagacaattctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactac 218  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||||||| |||||| |    
T  37765020 atgaagacaattctatggacattgatgacctgaagcttcgagaatttcttcaggtcatgcaatctcgagcaacgtctaagctgtgggcaaatgaaacttc 37764921  T
Q  219 agttgtatccaatgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagtt 318  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |  | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||| ||| |    
T  37764920 agttgcatccaatgatggtagcaaccaagcaacattgaataagaagactgaaagaacatcagttgcaaaccatcctatcttaagcgactcacaattagat 37764821  T
Q  319 ggattaccaaataatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagatt 418  Q
    |  ||||||||||| ||  ||||  | |||  |||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |    
T  37764820 gagttaccaaataaccctaaatccaataagaaacgtgagcttaagcctgatggagtaatccctgatatggattatttcaagagtaaagtgacaacggagt 37764721  T
Q  419 ggtccgattctgaaagcagtgatg 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  37764720 ggtctgattctgaaagcagtgatg 37764697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University