View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14152_low_20 (Length: 408)

Name: NF14152_low_20
Description: NF14152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14152_low_20
NF14152_low_20
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (2-317)||(23352689-23353001)
chr3 (17-317)||(23454819-23455119)
chr3 (2-317)||(23448042-23448354)
chr3 (2-317)||(23499810-23500122)
chr3 (17-317)||(23479343-23479643)
chr3 (17-317)||(23387036-23387336)
chr3 (17-317)||(23440675-23440975)
chr3 (17-316)||(23405410-23405709)
chr3 (17-317)||(23473204-23473507)
chr3 (17-316)||(23464041-23464340)
chr3 (24-203)||(23469293-23469474)
chr3 (167-203)||(23401869-23401905)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (17-317)||(12205-12505)
[»] scaffold0570 (1 HSPs)
scaffold0570 (277-317)||(10752-10792)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Original strand, 23352689 - 23353001
Alignment:
Q  2 tccttaacctcatactatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatcca 101  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |    
T  23352689 tccttaacctcata---tatttcacatttactgaactgactaaatatatgtttatctctagttgtaataatgaccctactacccggtcccaacgcatcaa 23352785  T
Q  102 tttctaggataagatcttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttc 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  23352786 tttttaggataagatcttctatttgctctaaggtttccacaccatccaacacaacaaatactcttttacgtgcaatccttctcacggagaaagaggattc 23352885  T
Q  202 tatgtagggtgcatcaggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccatt 301  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23352886 tatgtaggatgcatcaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaaatttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccatt 23352985  T
Q  302 acattgaggaagcaac 317  Q
    ||||||||||||||||    
T  23352986 acattgaggaagcaac 23353001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 23454819 - 23455119
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||| |||||||| ||    
T  23454819 tatatttcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgtaataatgaccctactaccgggtcccagcccatcaatttttaggataaaat 23454918  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||| | |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23454919 cttctattctctctaaggtttccacgccatccaatacaattataacttttttaagcgcaatccttctttcggagaaagggacttctatgtagggtgcatc 23455018  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23455019 aggatgaagattttcttcctataacaatgaagataaaagtttattgtatacaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaa 23455118  T
Q  317 c 317  Q
    |    
T  23455119 c 23455119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Original strand, 23448042 - 23448354
Alignment:
Q  2 tccttaacctcatactatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatcca 101  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |    
T  23448042 tccttaacctcata---tatttcacatttactcaactgactaaatatctgcttatctctagttgtaataatgaccctactacctggtcctagaccatcaa 23448138  T
Q  102 tttctaggataagatcttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttc 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  23448139 tttttaggataagatcttctatttgttctaaggtttctacaccatccaaaacaattaaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttc 23448238  T
Q  202 tatgtagggtgcatcaggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccatt 301  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23448239 tatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacagaagtttattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccatt 23448338  T
Q  302 acattgaggaagcaac 317  Q
    |||||||||| |||||    
T  23448339 acattgaggacgcaac 23448354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Original strand, 23499810 - 23500122
Alignment:
Q  2 tccttaacctcatactatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatcca 101  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |    
T  23499810 tccttaacctcata---tatttcacatttactcaactgactaaatatgtgcttatctctagttgtaataatgaccctactacctggtcccagaccatcaa 23499906  T
Q  102 tttctaggataagatcttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttc 201  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  23499907 tttttgggataagatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaacacaattaaaacttttttacgaccaatccttctctcggagaaaggggcttc 23500006  T
Q  202 tatgtagggtgcatcaggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccatt 301  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  23500007 tatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgagtacaacattaagtccatacttgtttgattcatccatt 23500106  T
Q  302 acattgaggaagcaac 317  Q
    |||||||| |||||||    
T  23500107 acattgagtaagcaac 23500122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 23479343 - 23479643
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |||| | |||||||||    
T  23479343 tatatttcacatttactcacctgactaaatatgtgcttatctctagttgtaataatgaccctactacctggtcccagaccatcaatttttgggataagat 23479442  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    | |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23479443 catctatttgctctaaggtttctacaccatccaacacaattaaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatc 23479542  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23479543 aggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgagtacaacattaagtccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaa 23479642  T
Q  317 c 317  Q
    |    
T  23479643 c 23479643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 23387036 - 23387336
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| |||||||| || | |||||||||||    
T  23387036 tatatttcacaattactgaactgacttagtatgtgcttatctctagttgtaataatgaccctactacctgctcccaacccatcaatatttaggataagat 23387135  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||     
T  23387136 cttctattttctctaaggtgtccacactatccaacacaatgaaaacttttttacgtgcaatccttctcacggagaaaggggattctatgtaggatgcata 23387235  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  |||| | || |||||||| || ||||| || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23387236 aggatgaagattttcttcctctaacaatgaagacagaagtttattgtataaaacatcgagtccatgcttttttgattcatccattacattgaggaagcaa 23387335  T
Q  317 c 317  Q
    |    
T  23387336 c 23387336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 23440675 - 23440975
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||    
T  23440675 tatatctcacatttactgaactgactaaatatgtgcttatctctagttgtcataatgaccctactacccggtcccagcccatcaatttttaggataagat 23440774  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    |||||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  23440775 cttctatttgctctaaggtttctctgccatccaacacaattaaaacttttttacgtgaaatccttctcttggagaaagtggcttctatgtaggatgcatc 23440874  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||  | ||||||| |||||||| || ||||||   ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  23440875 aggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaagtttattgtatacaacattatgtccatacctgtttgattcatcaattacattgagaaagcaa 23440974  T
Q  317 c 317  Q
    |    
T  23440975 c 23440975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 316
Target Start/End: Original strand, 23405410 - 23405709
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||| |||  | |||||||||    
T  23405410 tatatttcacaattactgaactgacttagtatgtgcttatctctagttgtaatgatgaccctactacccggtcccaccccatcaattatttggataagat 23405509  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||    
T  23405510 cttctattttctctaaggtttccatgccatccaacacaatgagaacttttttatgtgcaatccttctcacggagaaagaggattcaatgtaggatgcatc 23405609  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
     |||||||  |||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  23405610 gggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattacatagtggaagcaa 23405709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 23473204 - 23473507
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||    
T  23473204 tatatctcacatttactgaactgactaaatatgtgcttatctctagttgtcataatgaccctactacccggtcccagcccatcaatttttaggataagat 23473303  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactt---tcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgc 213  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||   || |||| |||||||||||||| |||    
T  23473304 cttctatttgctctaaggtttctatgccatctaacacaattaaaactttaattttacgtgaaatccttctcttggataaagtggcttctatgtaggatgc 23473403  T
Q  214 atcaggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaag 313  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||  | ||||||| |||||||| || ||||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  23473404 atcaggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaagtttattgtatacaacattatgtccatacctgtttgattcatccattacattgagaaag 23473503  T
Q  314 caac 317  Q
    ||||    
T  23473504 caac 23473507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 316
Target Start/End: Original strand, 23464041 - 23464340
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||||||  |||  |||||||||||    
T  23464041 tatatttcacaattactcaactgacttagtatgtgcttatctctagttgtaataatgaccctactacccaatcccaacccataaattattaggataagat 23464140  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    | |||| || ||||||||| ||||  |||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  23464141 catctaattaatctaaggtatccaaaccatccaacacaataaaaacttttttaagtgcaatccttctcacggagaaagaggattctatgtaggatgcatc 23464240  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
     |||||||  |||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  23464241 gggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattacatagtggaagcaa 23464340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 203
Target Start/End: Original strand, 23469293 - 23469474
Alignment:
Q  24 cacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagatcttctat 123  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||| | |  ||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  23469293 cacattttgtgaattgactaaatatgtgtttatatctagttgtaataatgaccccactacccggtgccagtccatcaatttttagcataagatcttctat 23469392  T
Q  124 ttgatctaaggtt--tccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttcta 203  Q
    ||| ||||  |||  || || | || || ||||||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23469393 ttgctctacagtttctctacactatccagcacaatgtaaaattctttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggtttcta 23469474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Original strand, 23401869 - 23401905
Alignment:
Q  167 ttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttcta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  23401869 ttacgtgcaatccttctcacagacaaaggggtttcta 23401905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 12205 - 12505
Alignment:
Q  17 tatatatcacatttactgaactgactaattatgtgcttatctctagttgcaataatgaccctcctacccggtcctaacccatccatttctaggataagat 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||| || |||| |||||||||||    
T  12205 tatatgtcacatttactgaactgactaaatatatgtttatctctagttgtaataatgaccctactacccggtcccagcccttcaatttttaggataagat 12304  T
Q  117 cttctatttgatctaaggtttccacgccatacaacacaattaaaactttcttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggcttctatgtagggtgcatc 216  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  12305 ctgctatttgatgtatggtttccacgccatccaacacaatgaaaactttcttacgtgcaatccttctcatggagaaagaggattctacgtaggatgcatc 12404  T
Q  217 aggatgaagattttcttcctctgacaacaaagataaaaatttattgtgtagaacattgactccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||    
T  12405 aggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaagtttactgtgtataacattgagtccatacttgtttgattcatcccttacattaaggaaacaa 12504  T
Q  317 c 317  Q
    |    
T  12505 c 12505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 277 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10792 - 10752
Alignment:
Q  277 tccatacttgtttaattcatccattacattgaggaagcaac 317  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  10792 tccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaac 10752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University