View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14155_high_3 (Length: 547)

Name: NF14155_high_3
Description: NF14155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14155_high_3
NF14155_high_3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-532)||(3778279-3778810)
chr8 (26-532)||(3707046-3707552)
chr8 (26-532)||(3770643-3771149)
chr8 (26-529)||(3718558-3719061)
chr8 (30-532)||(33005538-33006037)
chr8 (134-343)||(3700557-3700769)
chr8 (485-532)||(3700365-3700412)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 532
Target Start/End: Original strand, 3778279 - 3778810
Alignment:
Q  1 attgggtgctattgttgtgcattttctgcaaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778279 attgggtgctattgttgtgcattttctgcaaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagtt 3778378  T
Q  101 cttggaatgtagaagnnnnnnnccgtaagcaggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatc 200  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778379 cttggaatgtagaagaaaaaaaccgtaagcaggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatc 3778478  T
Q  201 tgaatagggtcggtgtgatctttgtattcacctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778479 tgaatagggtcggtgtgatctttgtattcacctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagtgaagttcccatggcagaaagtgggaagt 3778578  T
Q  301 atacgaaagataagaggtttaagtcttttgctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778579 atacgaaagataagaggtttaagtcttttgctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttga 3778678  T
Q  401 acacagtaacctcaacgagctacgaagagatggcatggattgaaccacggcgagttcaatttccaagacaacatggtgtggcaagtcttgtttgtttatt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3778679 acacagtaacctcaacgagctacgaagagatggcatggattgaaccaccgcgagttcaatttccaagacaacatcgtgtggcaagtcttgtttgtttatt 3778778  T
Q  501 ggagggaggaaagtgcagtttatggatgaagg 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778779 ggagggaggaaagtgcagtttatggatgaagg 3778810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 26 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3707552 - 3707046
Alignment:
Q  26 ctgcaaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagttcttggaatgtagaagnnnnnnnccg 125  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       | |    
T  3707552 ctgcaaggctctccctgtacttgcctccatttttgagaaactattcgccaagaaaccatgagcaagagacaagttcttggaatgtagaagaaaaatactg 3707453  T
Q  126 taagcaggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatctgaatagggtcggtgtgatctttgt 225  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||  ||||||| | ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  3707452 taagcaacactagatcgatcatgaaaaaattcgggaggaagatctttgccgagaataggtagacatcccggaatctgaataaggtcagtgtgatctttgt 3707353  T
Q  226 attcacctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagtatacgaaagataagaggtttaagtc 325  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||  |||  ||    |  ||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  3707352 attcacatgaaacttgtttatgcagtgtcggacaatagaagtgtaatgaagttatcatggcagaaagtgggaaatatacaaaagataagaggttcaagtc 3707253  T
Q  326 ttttgctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttgaacacagtaacctcaacgagctacga 425  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  3707252 tttagctatttctaatgcttgacttgcaaaaggatcaacaaccaatgctgacactggtgtgcatgttgaagttgaacacagtaacctcaacgagttgcga 3707153  T
Q  426 agagatggcatggattgaaccacggcgagttcaatttccaagacaacatggtgtggcaagtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcagtttatgg 525  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3707152 agagatggcatggattgaaccaccgcgagttcaatttccatgccaacatcgtgtgggaagtctagtttgtttattggagggaggaaactgcagcttatgg 3707053  T
Q  526 atgaagg 532  Q
    |||||||    
T  3707052 atgaagg 3707046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 26 - 532
Target Start/End: Original strand, 3770643 - 3771149
Alignment:
Q  26 ctgcaaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagttcttggaatgtagaagnnnnnnnccg 125  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       | |    
T  3770643 ctgcaaggctctccctgtactagcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagacaagttcttggaatgtagaagaaaaaaactg 3770742  T
Q  126 taagcaggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatctgaatagggtcggtgtgatctttgt 225  Q
    |||  |  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  |||||| | ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  3770743 taacgaacactagatcgatcatgaaaaaattcgggaggaagatcttggctacaaataggtagacaacccggaaactgaataaggtcagtatgatctttgt 3770842  T
Q  226 attcacctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagtatacgaaagataagaggtttaagtc 325  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||   ||  ||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||  ||||    
T  3770843 attcacatgaaacttgttcatgcagtgccggaaaatacaagttgaatgaagttgtcatggcagaaagtggaaagtatacaaaagataagatgttctagtc 3770942  T
Q  326 ttttgctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttgaacacagtaacctcaacgagctacga 425  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||   || |||| | |||||||| |||||||||   ||  ||| ||  | |||    
T  3770943 ttttgctatttctaatgcttgacttgcataaggatcaacaaccaatgctaccactggtgaggatgttgaacttgaacacaaggacaacaatgacttgcga 3771042  T
Q  426 agagatggcatggattgaaccacggcgagttcaatttccaagacaacatggtgtggcaagtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcagtttatgg 525  Q
    | |||||||||||||||| ||   |  | ||| ||||||||||||| || | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3771043 aaagatggcatggattgagccgtcgtcaattcgatttccaagacaaaatcgcgtggtaagtcttgtttgttaattggagggaggaaagtgcagtttatgg 3771142  T
Q  526 atgaagg 532  Q
    |||||||    
T  3771143 atgaagg 3771149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 26 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 3719061 - 3718558
Alignment:
Q  26 ctgcaaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagttcttggaatgtagaagnnnnnnnccg 125  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||              
T  3719061 ctgcaaggctctccctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagacgagtttttgcaatgttgaagaaaaagctta 3718962  T
Q  126 taagcaggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatctgaatagggtcggtgtgatctttgt 225  Q
    |||| |   | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| | |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  3718961 taaggaacgcaagaacgatcatgaaaaaattcgggaggaagatcttggcctcgaataggtagacaacctggaatctgaataggatcaatgtgatctttgt 3718862  T
Q  226 attcacctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagtatacgaaagataagaggtttaagtc 325  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||   ||  ||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  3718861 attcacatgaaacttgttcatgcagtgtcggaaaatacaagttgaatgaagttatcatggcagaaagtgggaagtatataaaagataagaggttcaagtc 3718762  T
Q  326 ttttgctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttgaacacagtaacctcaacgagctacga 425  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | |||    
T  3718761 tttagctatttctaatgcttgacttgcaaaaggatcaacaaccaatgctgacactggtgtgcatgttgaaattgaacaaagtaacctcaacaagttccga 3718662  T
Q  426 agagatggcatggattgaaccacggcgagttcaatttccaagacaacatggtgtggcaagtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcagtttatgg 525  Q
    ||| |||||||||||||| |    || |  ||  |||||   | || ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3718661 agacatggcatggattgagcggtcgccaaatcgttttccccaataaaatcctgtggtaagtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcattttatgg 3718562  T
Q  526 atga 529  Q
    ||||    
T  3718561 atga 3718558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 532
Target Start/End: Original strand, 33005538 - 33006037
Alignment:
Q  30 aaggctctcgctgtacttgcctccatttttgagaaactattcaccaagaaaccatgagcaagagaaaagttcttggaatgtagaagnnnnnnnccgtaag 129  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||| ||||| | ||| | ||||| ||||||||| ||  ||||||  ||| ||||        ||||||    
T  33005538 aaggctctcactgtgctttcctccatttctgagaagctattaatcaatacaccatcagcaagagagaatctcttggtttgtcgaagaattgtctcgtaag 33005637  T
Q  130 caggactagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaatagggatacaacccggaatctgaatagggtcggtgtgatctttgtattc 229  Q
    ||  |||||| ||||| | ||||||   | ||||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||| | |||||| ||   ||||||  |||| ||    
T  33005638 caatactagaccgatcttcaaaaaaagtacgagggagatcttggccgcgaataggtgtgcaacccggaatttcaataggttcaacgtgatccatgtactc 33005737  T
Q  230 acctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagtatacgaaagataagaggtttaagtctttt 329  Q
    ||| ||||||||||| | |||| | || ||||||||    || ||||||  |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||| || |||||     
T  33005738 acccgaaacttgttcgtcaagtattggcaaatgcaagtgtagtgaagttgtcatggcagaaacagggaagtacatgaaagataagatgttgaactctttc 33005837  T
Q  330 gctatttctaatgcatgacttgcaaaaggatcaacaaccaaagctgataccggtgtgcatgttgaagttgaacacagtaacctcaacgagctacgaagag 429  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |  |||   |||||||||   |||||||||||||| || || ||||||||    |||| ||    
T  33005838 gctatttctaatgcttggtttgcaaaaggatcaacaactattgctacaaccggtgtg---gttgaagttgaacaaagcaaactcaacgattcgcgaaaag 33005934  T
Q  430 atggcatggattgaaccacggcgagttcaatttccaagacaacatggtgtggcaagtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcagtttatggatga 529  Q
    |||||||||||| |   ||  | ||||||| || || |  ||| |  ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  33005935 atggcatggatttagtaacaccaagttcaagttgcatggtaacttcttgtggtaggtcttgtttttttattggagggaggaaagtgcagtgtatggttga 33006034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 134 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 3700769 - 3700557
Alignment:
Q  134 actagatcgatcatgaaaaaattcaggagggagatcttggccatgaataggga---tacaacccggaatctgaatagggtcggtgtgatctttgtattca 230  Q
    |||||| ||||| |||| ||| | ||||  ||||||||||||||||||||| |   | || || || | ||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  3700769 actagaccgatcgtgaagaaaattaggaatgagatcttggccatgaataggtacgttgcagccggggaactgaataggctcaatgtgatctttgtattca 3700670  T
Q  231 cctgaaacttgttcatgaagtgtcggtaaatgcaaaaagagcgaagttcccatggcagaaagtgggaagtatacgaaagataagaggtttaagtcttttg 330  Q
    |  |||| || ||| || ||||| || |||||  | || |  ||  || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  3700669 cacgaaaatttttcgtgcagtgttggcaaatgtgacaacaaagacattgccatggcagaaagtggaaagtatatgaaagataagaggttgaactcttttg 3700570  T
Q  331 ctatttctaatgc 343  Q
    |||||||||||||    
T  3700569 ctatttctaatgc 3700557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 485 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3700412 - 3700365
Alignment:
Q  485 gtcttgtttgtttattggagggaggaaagtgcagtttatggatgaagg 532  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3700412 gtcttgtatgttaactggagggaggaaagtgcagtttattgatgaagg 3700365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University