View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14155_low_1 (Length: 752)

Name: NF14155_low_1
Description: NF14155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14155_low_1
NF14155_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-752)||(46631565-46632306)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 752
Target Start/End: Original strand, 46631565 - 46632306
Alignment:
Q  11 aagcaaaggcaacactcagatgtatgcaggctctggtcacagcacaagctagagctcgtgctcaaaggatccgaatggtgtcagaaggaaagcctcatct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46631565 aagcaaaggcaacactcagatgtatgcaagatctggtcacagcacaagctagagctcgtgctcaaaggatccgaatggtgtcagaaggaaagcctcatct 46631664  T
Q  111 aaatcacagaaatgctatggaaaatgacttgttcaggcaaatatataatgttagttctcttactactactaattaataattatcttttcttaccaatttg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46631665 aaatcacagaaatgctatggaaaatgacttgttcaggcaaatatataatgttagttctcttactactactaattaataattatcttttcttaccaatttg 46631764  T
Q  211 aatttgattgttgaaattttctgaattgatgtcataaacatgattggaaattatctatatcgaattgaaaacaacaatttgttcaagtgtgttttcaatt 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  46631765 aatttgattgttgaaattttctgaattgatgtcataaacatgattggaaattatctatatcgaattgaaaacaacatttagttcaagtgtgttttcaatt 46631864  T
Q  311 tgacacataaattttgtaggtaaagaaagtaacaagtttcattttgcattagttaaaacattactctatcatgagccatggcaccacactttatattgaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46631865 tgacacataaattttgtaggtaaagaaagtaacaagtttcattttgcattagttaaaacattactctatcatgagccatggcaccacactttatattgaa 46631964  T
Q  411 agtgtgtctgagcatccaacaagctactcttctgtttcagaccgacagtataccaacacttgtgattccatactctcacttctattatcttaaattatta 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46631965 agtgtgtctgagcatccaacaagctacactactgtttcagaccgacacgacaccaacacttgtgattacatacactcacttctattatcttaaattatta 46632064  T
Q  511 ccagtgtgtatgtgtaagcatagtatcatgtcttgtgtccgttttagtgtttcataggtcacgggaattaacaaacttattcttaaaactcaaannnnnn 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  46632065 ccagtgtgtatgtgtaagcatagtatcatgtcttgtgtacgttttagtatttcataggtcacgggaattaacaaacttattcttaaaactcaattttttt 46632164  T
Q  611 ngtttaagtaaacttaaaactcaattagtgcctagaaaattgcttcttttgtgtgttgtaaaatccaaagtaaaacatgttacattataaaattgtttag 710  Q
     | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46632165 tgcttgagtaaacttaaaactcaattagtgcctagaaaattgcttcttttgtgtgttgtaaaatccaaagtaaaacatgttacattataaaattgtttag 46632264  T
Q  711 tctatccaaatgaggaacaatatgaagtagttatagtcatga 752  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46632265 tctatccaaatgaggaacaatatgaagtagttctagtcatga 46632306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University